孟德尔回到了阔别3年的布尔诺。
回来后，他还是住在修道院里，并在院子里开始了种植豌豆实验。同时，他又在布尔诺的小学教了一个冬天的宗教课。第二年春天，孟德尔被聘为布尔诺高等实业学校的助理教师。
在前后共14年的教师生涯中，孟德尔留给学生们的印象极其深刻。他们盛赞自己的老师：对教学倾注了极大的热情，待学生温和仁慈；虽然是代课教员，但有很强的责任感；讲解有方，不论什么样的问题，一经他的解释，学生们都能心领神会，悟出症结所在。一个学生曾这样回忆说：
“我们的老师以执教为荣。他在讲解中所涉及到的问题，总是新颖而有趣。论证也总是非常的精确。所以我们对他的课程很感兴趣。他就像一位技艺高超的厨师，无论是动物学、植物学，还是物理学，都能让人感到既可口又有益。”
孟德尔上课时，每当讲到精彩之处，总是妙语连珠，谈笑风生，学生们禁不住拍手称颂。这时，他会笑着举手制止大家，课堂随即安静下来。学生们还喜欢他语言的诙谐，让大家在愉悦轻松中学懂深奥的知识。
上实验课时，孟德尔总是临时指定一位班长，负责全班的纪律。一旦学生有越轨行为，班长必须立即报告。这时，孟德尔会从金边眼镜的上端射出严厉的目光，注视犯规的学生，呵斥几句。这就是他对学生最重的责备或惩罚。
上课时他的教学方法十分特别。他根据学生的程度编排出号码，平时提问时，只呼号码而不称名道姓。他总是先拿出记分小册，翻阅一遍，再随意指定一个号码，被指定的学生会立即站起来回答问题。如果首先应答的学生是12号，孟德尔会接着说道：“12的2倍是24，24加12是36，那么下一个被考查者是36号。”36号学生就会站起来，回答老师的下一个问题。
孟德尔会采用这样的数字游戏，是因为他当时正在研究遗传问题，并下意识地应用到数学中来。
孟德尔十分关心学生们的学业，他严加督促，细心考查，尽力鼓励学生作科学探求。每到期末来临，他必定要召集成绩较差的学生，讨论疑难问题，然后逐一给学生解答。这种诲人不倦的精神，学生们很受感动。
孟德尔还特别喜欢动物，处处都能体现出他对动物的一片爱心。
在修道院内，孟德尔养了一只驯狐，晚间任其自由出入，人与狐都习以为常。他还饲养了一只小刺猬。一天晚上，小刺猬藏在孟德尔的高筒靴里过夜。清晨起床后，孟德尔把脚伸进靴子时，不禁大叫一声，他的脚被小刺猬扎得疼痛难忍。这双靴子，也是孟德尔的心爱之物。田间土拨鼠四伏，如果没有这双靴子，恐怕所受之苦要百倍于刺猬了。
孟德尔平时沉着冷静，从不因什么烦恼而失态，但是也有过一次惊慌失措的时候。
有一位艺人携带多种动物漫游各地，路过布尔诺时，他将动物陈列在白十字厅公开展览。孟德尔当然不会放过这个机会，他约学生们一同去参观。学生们兴高采烈，如期赴约。参观的人很多，学生们聚在入口处，人群拥挤不前。孟德尔见状，忙上前疏通。入口处的对面，就是摆放停当的动物笼子，其中装着几只猴子的笼子离入口处最近。人群拥挤着向前，孟德尔为了维持秩序，就站在了猴笼前。猴子们被人群的喧闹弄得不安起来，它们并不明白外面发生了什么，在笼子里窜来窜去。一只最大的、最年长的猴子外表镇静，端坐在笼中，但突然跑到孟德尔跟前，出其不意地伸出一只长臂，将孟德尔的眼镜抓去。孟德尔大吃一惊，不仅脸上火辣辣的刺痛，而且眼前一片模糊。人群也乱起来，连忙召唤看守人：
“看守！看守！猴子抓伤人了！”
猴子的这种举动，纯粹是出于自卫。
看守急急忙忙赶来，几经周折，才算把眼镜夺了回来，可是已经支离破碎，不能再用了。孟德尔面部的伤痕又深又痛，需要近一个月才痊愈。
因为爱鸟，孟德尔极力反对孩子们用弹弓射杀。弹弓是一种木制的玩具，可用橡皮筋夹着石子射击。孩子们都喜欢用这种弹弓射杀鸟雀。
一天，孟德尔到教室，严厉地问学生们：
“有没有人身上带着弹弓？”
很少见到老师这样严厉的面孔，几个学生胆怯地从口袋里取出了弹弓，轻轻地放在桌子上。
孟德尔愤怒地大声说：
“难道是我教你们射那些可怜的小鸟儿不成！”
结果玩具全部被没收，无一幸免。
可是这并不影响学生们对孟德尔的喜爱。有时学生们会不等老师的邀请，蜂拥奔至老师房间窗前，说说笑笑。孟德尔这时总是莞尔一笑，带着他们到花园里浏览一圈。
一个学生回忆起第一次去拜访孟德尔的情景：“因为是第一次，难免心里紧张。沿着修道院的石阶拾级而上，走过上面覆盖着瓦顶的长廊，只见孟德尔的房门正大开着，他穿着黑色的长衣，站在门口，温和地接待我。这时，我紧张的心情稍安一些。孟德尔看出我有点发窘的样子，便顺手摘下几个果实，对我说：‘尝尝吧，味道很美的。’”
“经过一个小小的温室，他隔着玻璃窗，给我指点哪个是金色的菠萝。”
“‘就在那边，看到了吗？多漂亮！’”
“走过菜畦，就到了花园较高的地方，在这里可以远望，周围的景色十分美丽。”
孟德尔说：此地有一种菜，名叫“卡杜斯·奥诺婆丹”，很美。
“接着又说：‘这名字很有诗意的，你知道吗？’”
我困惑地摇摇头。
“它的原意是——驴食草呀！”
“我们两人一同大笑起来。此时，我完全忘了是第一次拜访老师。”
孟德尔和学生有着特殊的感情。他十分自信，但却从不固执己见，待人谦恭有礼，对学生循循善诱，学生们不仅把他当做良师，也把他视为最亲近、最值得信赖的朋友。
学校的校长曾不止一次地称赞孟德尔是一位很好的实验家。
“他能用非常简陋的设备，做出非常漂亮的物理学和生物学的演示实验来。”
在布尔诺，孟德尔有很多的学生。多年以后，当学生们谈起自己的老师时，眼中充满快乐的光彩，仿佛孟德尔就在眼前。
在科学历史的长河中，孟德尔是一位伟大的开拓者，也是一位伟大的传播者。