比起隆科多，助雍正登基的另一个大功臣年羹尧，境遇似乎更糟糕一些。
雍正一登基，立即重用年羹尧。首先将手握兵权的皇十四子胤祯召回京，将抚远大将军印转交给年羹尧，让他与继任延信共同执掌军务。雍正元年（1723）十月，青海发生罗卜藏丹津叛乱，雍正改命延信为平逆将军。同时任命年羹尧为抚远大将军，总揽西部一切事务，年羹尧成为雍正在西陲前线的亲信代理人。
罗卜藏丹津本是青海和硕特部的首领，他胁迫青海蒙古各部会盟于察罕托罗海。在会盟中，罗卜藏丹津命令各部取消清朝的封号，恢复各自原来的名号，此举就意味着叛清。同时，罗卜藏丹津出兵进攻西宁，企图割据青海。
年羹尧首先快速调兵驻藏，阻断了叛军与准噶尔部的联系。然后，年羹尧又派精兵攻打西宁及其附近的叛军，罗卜藏丹津的军队很快瓦解，罗卜藏丹津西逃。年羹尧下令部将不遗余力地追剿叛军残部，至雍正二年（1724），此次叛乱基本完全镇压，受降叛军几万，罗卜藏丹津装扮成妇人的模样才侥幸脱逃。
这次战役，年羹尧只用了短短15天时间就以迅雷不及掩耳之势横扫敌营，大获全胜。年羹尧以“年大将军”之名震慑西陲，扬名朝廷内外。雍正帝喜出望外。
战后，年羹尧建议朝廷改革青海地区的行政建议，从而使青海地区完全置于清廷的直接管辖之中。雍正帝为此破格提拔年羹尧为一等公，赏以子爵，尊封其父为一等公，外加太傅衔。从此，年羹尧不但在涉及西部的一切问题上大权独揽，而且奉命直接参与朝政，与隆科多并称雍正的左膀右臂。在政务活动中，雍正还常常征求并采纳年羹尧的意见。年羹尧已经实现了众臣渴望终生的出将入相荣耀。
一人得道鸡犬升天。年羹尧不仅一个人显赫，他的兄长年希尧也被雍正提拔为工部侍郎，他的妹妹是雍正帝年贵妃，他的妻子是宗室辅国公苏燕之女。他和他的父亲已贵极人臣。总之，在雍正初登基的日子，雍正帝对年羹尧的宠信可谓前无古人。
年羹尧虽远在西北边陲，雍正却让他参与朝政，并常常采纳他的意见。律例馆修订律例，雍正阅后发给年羹尧看，要他提出修改意见。在用人方面，川陕“文官自督抚以至州县，武官自提镇以至千把”，其升迁降格，雍正均让年羹尧一人决定。在任用其他地方官吏时，雍正也常征求年羹尧的意见。朝中对京口将军何天培的操守为人议论不一，雍正就让年羹尧就其所知“据实奏来，朕以定去留。”
在生活上，雍正也给予年羹尧及其家人以特别的照顾。年羹尧手腕、肩膀有不适，雍正再三关照并赐送药品；年羹尧的妻子得病，雍正也再三垂询；年羹尧的父亲、年贵妃及其所生皇子的身体情况，雍正帝也都经常以手谕的形式告诉年羹尧。至于赏赐年羹尧，更是常有的事，连双眼孔雀翎、四团龙补服、黄带、紫辔及金币等非常之物也毫不吝惜地赏赐给年羹尧。一次，宫中进贡来一些荔枝，为了保持荔枝的鲜味，雍正令驿站加急6天内从京师送到西安，堪与当年杨贵妃的荔枝相比了。
雍正还表示，自己有了年羹尧这样的封疆大吏是自己的幸运，把年羹尧视为自己的“恩人”。还说，假如国家有十来个他这样的大臣的话，自己就不愁治理不好国家了。为了颂扬年羹尧的丰功伟绩，雍正还谕旨曰：“不但朕心倚眷嘉奖，朕世世子孙及天下臣民当共倾心感悦。若稍有负心，便非朕之子孙也；稍有异心，便非我朝臣民也。”意思是，谁要不记得年羹尧的功劳，谁就不是皇帝的子孙或臣民。雍正还赌咒发誓说：“朕不为出色的皇帝，不能酬赏尔之待朕。”意思是说，朕如果不能当一个好皇帝，第一个对不起的就是年羹尧。这样前无古人后无来者的肉麻话，当真少见。
遗憾的是，雍正还真的对不起年羹尧了。
年羹尧所受的恩遇之隆，是历朝历代臣子所没享受过的。然而古语说得好：“水满则溢，月满则亏。”年羹尧受的皇宠越多，后来被剥夺得也就越多。他文治武功均显赫，享誉朝野，被宠得昏了头，做了很多一个臣子不该做的事情，最终犯了雍正的忌讳。
早在雍正二年（1724）十月年羹尧因平定青海叛乱奉旨进京时，就大大伤害了雍正的自尊心。这次是年羹尧第二次进京觐见，途中他令官员跪道迎送，到京时又让王公以下官员跪接，他自己趾高气昂骑在马上直行而过。王公大臣下马问候他，他也只不过点点头。在雍正面前，年羹尧以功臣自居，态度依然十分骄横，“无人臣礼”。雍正帝奖赏军功、整治皇八子允禩集团，京中传言，这都是雍正帝听了年羹尧话的结果。言外之意，好像雍正是受年羹尧支配行事的。这令雍正非常不爽。所以年羹尧结束陛见回任，就接到雍正的朱谕，其中有这样一段话：“凡人臣图功易，成功难；成功易，守功难；守功易，终功难。……若倚功造过，必致反恩为仇，此从来人情常有者。”雍正改变了过去嘉奖称赞他的语调，警告他要慎重自持。
皇帝最忌朝中结党。本来朝中大事雍正就交给年羹尧做出决定或提意见，年羹尧却还在朝中安排自己的亲信，又令雍正动怒。年羹尧曾出资印刻了《陆宣公奏议》，请求雍正帝作序。雍正正准备亲自撰写序言，年羹尧却又说不敢“上烦圣心”，代雍正拟序言，雍正心中更为痛恨。
雍正三年（1725）三月，京中出现“日月合璧，五星联珠”的“祥瑞”，群臣称贺。年羹尧也上贺表称颂雍正，但表中字迹潦草，并将“朝乾夕惕”误写为“夕惕朝乾”。雍正借机发难，说年羹尧心怀不敬，办事粗糙，免除了年羹尧川陕总督和抚远大将军之职务，降任为杭州将军。年羹尧还幻想也许雍正会改变决定，所以上任途中逗留在江苏仪征，观望不前，结果雍正更恼怒。然后，雍正又更换了年羹尧在四川和陕西的亲信官员，对于追逐年羹尧的官员，则革职或处死。
年家在朝夕期间发生如此局面，年贵妃心急如焚，不久郁闷而终。雍正帝更下决心处理年羹尧。至此，朝廷内外已经看清皇帝用意，纷纷揭发年羹尧罪状。雍正三年（1725）十月，雍正以俯从群臣所请为名，削去年羹尧官爵，逮捕回京受审。同年十二月，朝廷议政大臣向雍正提交审判结果，共列出92款大罪，请求立正典刑。为了免于背负屠杀功臣的恶名，雍正帝故作宽宏大量，说年羹尧虽有极刑之罪，但念其功勋卓越，特地开恩，赐与自裁，族中人为官者皆革职，嫡子孙发配边疆充军。
年羹尧不敢相信这个消息，寄希望雍正念及旧情能回心转意，所以接到自裁的谕令后一直迟迟不肯动手。然雍正除他心意已决，并认为命他自裁已属格外开恩，他应该“虽死亦当感涕”。年羹尧悲愤绝望之下自尽谢君，一代名将最终以身败名裂、家破人亡收场。
年羹尧虽说是“藩邸旧人”，可并不真正了解雍正，雍正对一个人的好，怎么可能天长地久呢？尤其是别人侵犯起皇帝的尊严时。
很多人都以为年羹尧和隆科多的垮台，是因为雍正想要杀人灭口，掩饰自己矫诏篡位的事实。实际上，即使没有这些原因，这二人的下场也好不到哪里去。雍正自幼喜怒无常，精神脆弱，作为一个至高无上的君王，他怎么能容忍权臣的僭越呢？在他看来，君臣关系的本质就是主奴，像年羹尧这样不知进退的权臣，雍正能容忍一时，却不能容忍一世。也许，他们两个都该向谨小慎微的张廷玉和允祥学习。谁敢挑战他的权威，威胁他的权威，谁就没有好下场。