精神分裂症的治疗方法有药物治疗、电痉挛治疗、心理治疗和心理社会康复治疗。按分期治疗如下：
（1）前驱期 一旦明确了分裂症的前驱症状，应立即治疗。药物可用于前驱期，先兆发作，或急性发作的防治及改善间歇症状。
（2）急性期 尽力减轻和缓解急性症状，重建和恢复病人的社会功能。抗精神病药应尽早使用，传统抗精神病药中一线药物主要为氯丙嗪和氟哌啶醇，对阳性症状疗效肯定，但副作用较多，存在病人耐受性和依从性较差的问题。新型抗精神病药物，总的来看，对分裂症的疗效不亚于传统药物或更好，最大的特点是副作用少，有报道可改善阴性症状（生活懒散、自语、自笑等），不少学者提出应把这类新型药物，诸如利培酮、奥氮平、奎硫平、齐拉西酮等作为治疗分裂症的一线药物，如存在不依从情况可用肌肉或静脉点滴给药。在一种抗精神病药物疗效不佳时可并用其他药，如碳酸锂、卡马西平、丙戊酸钠、苯二氮卓类，或改用氯氮平等二线药物（尽量单药物治疗）；对紧张型、药物治疗无效或有禁忌证时，可用电痉挛治疗（ECT）。急性期治疗6~8周以控制病情。
（3）恢复期 减少对病人的应激，降低复发和增强病人适应社区生活的能力。如一种抗精神病药已使病情缓解，应继续用同量6个月以上的巩固期治疗，再考虑减量维持治疗。
（4）康复期 继续药物治疗保证病人维持和改善功能水平及生活质量，鼓励其回归社会；注意药物副反应，一旦出现应早期处理；制订长期的药物治疗计划时，应针对药物不良反应与复发风险加以权衡。初发病人维持治疗至少2年才可试验性逐渐减量停药，复发者维持治疗至少5年甚至终生，对于反复发作或缓解不全的病人，必须长期治疗。维持用药虽然原则上是最低有效量，但不是一成不变。分裂症在秋冬或冬春季节是易反复的特殊时期，故在此时期应根据患者情况适当增加剂量，甚至恢复原治疗剂量。
分裂症的第一次发病是治疗的关键，这时抗精神病药物治疗效果最好，所需剂量也小，如能获得有效治疗，病人复原的机会最大，长期预后也最好。影响预后的关键时期是在前驱期至发病头5年，精神功能的损害至此保持在一个平台期，如果处理得当，通常不再进一步恶化。
精神分裂症为一组病因不明，病机不清的重性精神障碍，虽抗精神病药治疗分裂症疗效肯定，但有1/3~2/3的病人病程迁延、反复发作、加重或恶化，而最终导致衰退或精神残疾的根本原因所在为病情反复。除急性期尽快控制精神症状外，缓解期治疗可预防病情的反复及进一步改善残留症状和促进社会心理功能康复。故早期的有效治疗和缓解期的维持治疗同样重要。
分裂症的用药要遵循“个体化”的原则，疗程需根据患者发病年龄、有无阳性家族史、具体分型及病程等综合因素来决定。通常来说，对于初发的分裂症患者，抗精神病药物预防复发治疗时间应该持续至少2年；对于在发作中对自己或他人有危险的患者，或经充分治疗后仍然不能痊愈的患者应终生服药治疗。对于有明显阳性家族史的患者，从临床观察看，比无阳性家族史的患者更易反复、慢性化，即使首次发病，也应延长其维持治疗期，甚至终生服药。