又讯据贼供武汉贼情曲折，一并声明。奉上谕：“曾国藩等以剿贼自任，虽当乘此机会，急思顺流而下，以次攻复沿江诸城，然须计出万全，谋定后战，方无挫衄虞。若能由九江、安庆直抵金陵，使长江数千里尽荡妖氛，则从征将弁，朕必破格施恩，以酬懋绩。”钦此。总督杨公霈自德安入驻武昌，时贼已退出黄州。
南则踞兴国州，北则屯聚蕲州、广济，仍以船为巢穴。公与杨公会商进剿，分为三路：以塔齐布公统率湖南兵勇，进剿兴国、大治为南路，派提督桂明等领鄂省兵勇进剿蕲州、广济等处为北路，公自督水军浮江而下。
九月初七日，驰奏统筹三路进兵分别水陆先后直捣下游一摺。附片奏请饬谕陕西抚臣筹银二十四万两，解赴行营。又片奏参都司成名标监造船工，浮开款项，请革职查办。是日，又具摺汇保出力员弁兵勇第二单。奉上谕：“曾国藩等奏统筹三路进兵直捣下游一摺。览奏布置各情，甚合机宜。以长江大局而论，楚北上游既已渐次肃清，则各路官军乘胜东趋，自成破竹之势。但兵机移步换形，贼情亦诡诈百出，总须出奇应变，步步为营，以免孤军深入，方操胜算。其桂明一军，较之楚南兵勇，强弱是否相当？倘彼强此弱，南岸被剿紧急，该逆必至伺隙北渡，该督等曾否虑及？此次东下之师，关系大局转机，务期成算在胸，相机筹办，能制贼而不为贼制，庶可次第廓清也！所请饬拨陕西饷银，已谕知王庆云照数筹拨，源源接济矣。”钦此。十三日，驰摺恭谢天恩，并奏陈：奉命署理湖北巡抚，于公事毫无所益，于臣心万难自安。臣统率水师，即日启行，于鄂垣善后事宜不能兼顾。且母丧未除，遽就官职，得罪名教，何以自立？是以不敢接受关防，仍由督臣收存。公前奉上谕“曾国藩虽系署任巡抚，而剿贼之事重于地方”等因。是摺未奏到时，奉上谕：“曾国藩着赏给兵部侍郎衔，办理军务，毋庸署理湖北巡抚。陶恩培著补授湖北巡抚。未到任以前，著杨霈兼署。”钦此。是摺奏到，奉朱批：“朕料汝必辞，又念及整师东下，署抚空有其名，故已降旨，令汝毋庸署湖北巡抚，赏给兵部侍郎衔。汝此奏虽不尽属固执，然官衔竟不书署抚，好名之过尚小，违旨之罪甚大，著严行申饬！”钦此。又奉上谕：“曾国藩既无地方之责，即可专力进剿。但必须统筹全局，毋令逆匪南北纷窜，方为妥善。并随时知照江、皖各抚及托明阿、向荣等四路兜击，以期直捣金陵。固不可迁延观望，坐失事机；亦不可锐进贪功，致有贻误。谅曾国藩等必能兼权熟计，迅奏肤功也！”
钦此。水师杨公载福领战船先行，公与李****等继进。南路陆营以十三日拔营进剿，北路陆军魁玉、杨昌泗等以十七日拔营。十九日，水师破贼于蕲州城下。二十一日，塔齐布公克复大冶县城，罗公泽南等克复兴国州城。公舟次黄州，按行前总督吴文节公堵城营垒，于其殉难之处，为文以祭之，词甚哀厉。（祭文稿今佚。）二十七日，公驻舟道士γ，驰奏陆军克复兴国、大冶，水师在蕲州胜仗一摺。附片奏探明贼踪，于田家镇坚垒抗拒，横江铁锁二道，拟先攻半壁山，夺其要隘。又具摺奏称：臣自入鄂城以来，采访舆论，佥谓武昌再陷之由，实因崇纶、台涌办理不善。督臣吴文忠勤忧国，殉难甚烈，官民至今思之。即于前抚臣青麟，亦尚多哀怜之语，无怨憾之词。前任督抚优劣情形，以及年馀之成败始未，关系东南大局，不敢不据实缕陈。又奏遵保出力员弁兵勇第三次汇单请奖一摺。
奉上谕“蕲州贼势尚众，水师既经攻剿得手，何以桂明等陆路一军未能赶到？曾国藩经朕畀以剿贼重任，事权不可不专，自桂明以下文武各员，均归节制，倘有不遵调遣，或迁延畏葸贻误事机者，即著该侍郎专衔参奏，以肃戎行”等因。钦此。是月奉旨：“胡林翼调湖北按察使，杨载福补湖南常德协副将，罗泽南授浙江宁绍台道，均督勇剿贼。”钦此。二十九日，蕲州贼船上犯，杨公载福、彭公玉麟等纵火尽焚之。
十月初一日，罗公泽南陆军破贼于半壁山，夺其营栅。初四日，罗公泽南等大破贼于半壁山，歼贼逾万人。初五日，贼至，复击破之。初七日，驰奏陆军踏破半壁山贼垒水师续获胜仗一摺，阵亡员弁何如海、石炽然、徐国本请恤。附片专奏营官白人虎阵亡请恤。又片奏查明前湖北道员刘若殉难情形，请饬部议恤。
又片奏军中子药概系湖南支应，今全军将出楚境，距湘省千数百里，请旨饬江西抚臣遴委干员，筹款开局，监制火药，铸造铁子铅弹，解营接济。是日，具摺谢恩赏兵部侍郎衔。附片陈明前摺未署署湖北巡抚新衔，奉批谕申饬，蒙恩宽宥，谨奏申谢。又代奏浙江宁绍台道罗泽南呈谢天恩，仍请留营剿办贼匪。初八日，水师攻贼船于蕲州，绕出贼前。初十日，贼船退至田家镇南岸，铁锁已为陆营湘勇斫断。杨公载福、彭公玉麟督水军于十三日攻断江中铁链，舟师飞桨而下，至邬穴纵火焚贼舟。适东南风大作，贼船四千五百馀号皆尽，伏尸万数。田家镇北岸之贼大溃，毁营而遁。十四日，驰奏南路陆军大捷、毙贼万馀、斫断江岸铁锁、水师屡获胜仗一摺。随摺奏保李续宾、彭三元、普承尧三员，阵亡千总萧吉祥请恤。附片奏陈贼踪遍扰，驿邮多梗，侦探难遣，文报难通，江、皖各营不克随时知照，请旨饬军械处，将江南、北大营现在情形及红单船现泊何处，随时示知行营，期通消息。奉朱批：“获此大胜，皆因汝等和衷共济，调度有方，故能将士用命，以少击众。朕披览之馀，感慰莫能言喻，仍另有旨。”钦此。奉上谕“此次我军陆路夺取半壁山，水师屡获大胜，逆贼不敢复窥南岸，办理甚为得手。据奏北兵不甚得力，究竟桂明一军现在何处？何以未与南军会合？著杨霈亲督后军，迅速前进，为曾国藩等后路声援，不准稍有迁延，致滋贻误”等因。钦此。十四夜，蕲州之贼弃城窜去。水师追贼，船至九江城下。塔齐布公陆军破平南岸富池囗贼垒。二十日，与罗公泽南率师渡江而北。二十一日，公舟次田家镇，驰奏官军水陆大捷、烧毁贼船四千馀号、田家镇蕲州两处贼悉溃窜一摺。随摺奏保副将杨载福、同知彭玉麟、道员罗泽南、游击普承尧、水师将弁刘培元、秦国录、孙昌国、洪定升八员。附片奏报水师前队追逐贼宗已至九江城外，陆军即日渡江北岸进剿。又片奏臣等一军，以肃清江面直捣金陵为主，设该逆旁窜他县，陆军竟难兼顾，请旨饬各路带兵大臣及各省督抚择要堵御，预防流贼之患。奉朱批：“续获此胜，皆因汝等筹画尽心，朕甚廑念。”钦此。又奉上谕：“曾国藩、塔齐布自岳州统师东下以来，沿江攻克城池，歼除丑类，所向克捷。缘由同心戮力，调度有方。节次披览奏章，朕心实深欣慰。在事文武员弁兵勇亦能人人用命，奋不顾身，尤堪嘉奖。”钦此。陆军渡江，循北岸而下。二十六日，遇贼于莲花桥，击破之。二十六日，克复广济县城。水师追击贼船，二十八日战于九江城外，破之。
十一月初一日，陆师破贼于双城驿。初三日，破贼于夏新桥。初四日，克复黄梅县城。初六日，驰奏莲花桥胜仗克复广济及水师九江胜仗一摺。阵亡将弁苏胜、郑沐、李金梁请恤。附片预报黄梅胜仗，并陈桂明一军未能会剿缘由。又附片奏蕲州州判魏作霖殉难，请恤。又片奏调湖南永州府知府张丞实来营，添募湘勇，交该守管带，以厚兵力。又附片奏报服关日期，现在办理军务，在营释服。
是日具摺奏保克复武汉及兴国、大冶、蕲州各案水陆两军出力员弁兵勇共三百四十人，开单请奖。罗公泽南自黄梅拔营进剿，破贼于濯港。十一日，公驰奏双城驿、大河埔、夏新桥胜仗黄梅克复一摺。随摺奏保周发胜、佘星元、滕国献三弁，阵亡千总王映轸，请恤。附片奏濯港胜仗。又奏陈近日剿办情形一摺。奏称：九江贼船不多，我师两次苦战，未能大挫凶锋，皆因两岸贼营太多，水陆依护，抵拒甚力。我之水师与陆军隔绝，昼夜戒严，劳苦倍甚。并陈可恃者数端，可虑者说数端。时迭奉谕旨，令湖北、江西两省派兵会剿，总督杨公霈派桂明一军留驻黄州，魁玉、杨昌泗随同剿贼。蕲州以下，杨公霈自驻黄梅、广济之间。江西派臬司恽光宸、总兵赵如胜驻军九江境上。皆奉旨归公节制调度。又奉上谕：“杨霈奏克复广济、黄梅一摺，所叙进攻九江情形，似该郡贼党尚复不少。塔齐布渡江而北，南岸官军即不能得手，是江西陆路兵勇殊不足恃，塔齐布仍须渡回南岸。
倘南北两岸专恃一塔齐布奔驰追剿，则湖北、江西两省官兵，岂不皆成虚设耶？“
钦此。十二日，塔齐布公、罗公泽南等破贼于孔陇驿。十三日，小池囗贼遁去。
十四日，水师焚贼船，浔郡江面贼宗略尽。公即日进驻九江城外。十五日，塔公陆军抵小池囗。水师击破贼船，进泊湖囗。贼踞守九江，坚不可下。十八日，陆军渡江南岸，驻营九江南门外。二十一日，驰奏濯港孔陇驿小池囗胜仗、浔郡江面肃清，水师进扼湖囗一摺。随摺奏保朱南桂、童添云二员。附片奏参鄂军营官李光荣所带川勇掳掠滋扰，请革职讯办。又片奏称：攻围九江陆兵单薄，湖北臬司胡林翼识略冠时，已札饬带勇二千，驻防田家镇，就近飞调该军来浔助剿；副将王国才、都司毕金科朴实勇敢，驭军有法，请拨带劲旅，交臣调遣；皖省道员何桂珍、知县李沛苍在六安等处带勇防剿，亦请归臣调遣。又片奏请旨饬江西抚臣赶造攻具，解交行营。均奉旨允准。又奉上谕：“曾国藩、塔齐布运筹决胜，戮力同心，麾下战士率皆转战无前，争先用命，皆由曾国藩等调度有方。览奏之馀，实堪嘉慰。曾国藩著赏穿黄马褂，并发去狐腿黄马褂一件，白玉四喜搬指一个，白玉巴图鲁翎管一枝，玉靶小刀一柄，火镰一把，交曾国藩祗领，以示优奖。”钦此。贼踞九江、湖囗两域，浚濠坚垒，结木于湖囗城下，以阻官军入湖之路，而别筑石于梅家洲，水陆相倚。贼舟屯踞大姑塘，扰犯南康府。二十一日，罗公泽南湘军渡江未毕，为贼所乘，回军击却之。彭公林翼军亦至，均驻九江城外。水军登岸攻贼，屡破之。贼每乘夜惊营，水师亦彻夜戒严。二月初一日，陆军合攻九江城，未克。初三日，驰奏水军屡获胜仗、陆军围逼浔城、现筹攻剿情形一摺。阵亡将弁曾献成、周福友、罗嘉典请恤。奉上谕：“我军自肃清浔江进扼湖囗以后，满拟九江郡城乘胜可克，乃连日焚毁贼船，蹋破贼垒。而该逆死党仍负固坚守，殊属凶悍。贼情变幻靡常，著曾国藩、塔齐布相机筹画，不可稍有孟浪，致误事机。”钦此。初六日，胡公林翼、罗公泽南击贼于梅家洲，破之。
水师乘势攻破湖囗木贼卡。初八日，童壮节公添云因攻城受伤，卒于军。初十日，水陆合攻湖囗贼营，未克。十二日，水师舢板驶入内湖，焚贼舟数十号，乘胜追逐至大姑塘以上。贼复于湖囗设卡筑垒增栅，以断其后。舢板船遂不得出。
其在外江者，皆快蟹、长龙诸大船，掉运不灵，贼以小艇乘夜来袭，战船被焚者三十九号，馀皆退回九江大营。十四日，驰奏九江、湖囗水陆攻剿情形一摺。随摺奏保刘国斌、孙昌国二弁，阵亡参将童添云暨兵弁叶楚南、杨玉芳、黄韵南、姜凌浩请恤。水师既退，集九江城外湖囗之贼分股渡江，踞小池囗皖贼复上犯鄂境。公派周凤山陆营渡江，攻剿小池囗贼垒，大挫而还。公急调胡林翼、罗泽南回援九江，驻营南岸官牌夹。二十五日，贼复以小艇夜袭水军，放火焚战船十馀号。公座船陷于贼，文卷册牍俱失。公棹小舟驰入陆军以免。调舟师悉泊南岸，与罗公泽南湘勇陆营，紧相依护。粮台辎重各船皆退驶至邬穴，以上战舰亦多溃而上溯者。公愤极，欲策马赴敌以死，罗公泽南、刘公蓉及幕友等力止之。三十日，驰奏水师在内湖三获胜仗一摺，外江水师两次败挫一摺。奏称：水师屡获大捷，声威尤震。自至湖囗苦战经月，忽有挫失，皆由臣国藩调度无方，请交部严加议处。水师阵亡将弁史久立、李允升、李选众、沈光荣、葛荣册及座船弁兵刘盛槐等请恤。奉上谕：“水师锐气过甚，由湖囗驶至姑塘以上，长龙、三板各船与外江师船隔绝，以致逆氛顿炽，两次被贼袭营，办理未为得手。曾国藩自出岳州以后，与塔齐布等协力同心，扫除群丑，此时偶有小挫，尚与大局无损。曾国藩自请严议之处，著加恩宽免。”钦此。杨公载福留邬穴养病，闻败，力疾而下，督战船拒贼却之。寻以病甚回籍。水军在外江者，李公****、彭公玉麟与陆军依岸而守；其入鄱湖者，营官萧捷三、段莹器、孙昌国、黄翼升等领之。由是水师遂有内湖、外江之分。
是岁正月，科尔沁郡王僧格林沁及胜保公督兵相破于独流。二月，破贼于阜城。三月，贼由安徽分股窜山东，陷临清州。四月，胜保公歼贼于临清，僧王大军克阜城。五月，贼陷高唐州，大兵围之。江北大军五去冬收复扬州，贼窜踞瓜洲。
是年二月，瞿威壮公腾龙阵亡于瓜洲。贼陷太平府，孙文节公铭恩死之。闰七月，江南官军克太平府，江督师文勤公琦善卒于军，江宁将军托明阿代其任。
芦州陷后，皖北城邑多残破，诏以福济为安徽巡抚。江南大营复遣提督和春以兵援皖。五月，克六安州。捻匪乘乱起于皖、豫之交，副都御史袁公甲三督师驻临淮关防剿。何公桂珍奉旨授皖南兵备道。道阻不得之任，袁公委以带勇剿贼，驻于霍山。屡有功，欲西与楚军会合。公亦疏调来营，阻于贼而不能达。