十三日，驰摺奏汇报军情，贼分东西两路。东路任、赖逆股，刘铭传、潘鼎新等追剿，逆踪盘旋于巨、郓一带；西路张总愚一股，已入陕西，鲍超军驰至陕州，未及接仗。又摺详报刘铭传、潘鼎新在郓城等处追剿胜仗。又摺奏病难速痊，请开协办大学士两江总督之缺，并请另简钦差大臣接办军务，自以散员留营效力，不主调度。附片奏陈剿捻无效，请将臣所得封爵暂行注销，以明自贬之义。又具摺续报水陆阵亡病故员弁，汇单请恤。又附片密陈山东抚臣阎敬铭、藩司丁宝桢澄清吏治，讲求军务实际，请开复处分。又片奏李鸿章已带印出省，黄翼升回驻江宁，藉资镇抚。十五日，公子纪鸿来营省视。十九日，奉到寄谕一道，词旨严切，催令速筹援军，以赴陕、洛。二十五日，奉到上谕：“该大臣勋望夙著，积劳致病，自系实情，著再赏假一个月，在营安心调理。钦差大臣关防著李鸿章暂行署理。曾国藩俟调理就痊，即行来京陛见一次，以慰廑系。朝廷赏功之典，具有权衡，该大臣援古人自贬之义，请暂注销封爵，着无庸议。”钦此。三十日，任、赖捻股由山东回窜陈州境。公行营戒严，调亲军出队截剿。是月，公弟国荃出驻黄州。
十一月初二日，驰摺奏报西路张逆深入秦境，尚无回窜之说，调鲍超一军进荆紫关，以援秦中；东路任、赖一股回窜河阳，饬刘松山迅赴汝州，遏其西窜之路。附奏奉旨复陈一片。称行军太钝，精力日衰，俟病体稍痊，入都陛见，自请办捻不善之置。又片奏杨鼎勋、张锡嵘追剿任、赖一股，捻踪直奔沙河以南，刘松山仍由汝、洛进兵，以力保黄河，先顾山西为主。初六日，奉到上谕：“曾国藩著回两江总督本任，暂缓来京陛见。江苏巡抚李鸿章著授为钦差大臣，专办剿匪事宜。”钦此。十七日，驰摺奏酌筹西路军务，鲍超一军援秦，派委江苏道员薛书常专办霆营粮台，采办军米。又摺奏：交卸钦差大臣关防，赍送徐州，交李鸿章祗领，钦奉谕旨，饬臣竟回本任，臣自度病体不能胜两江部督之任，若离营回署，又恐不免畏难巧取之讥，请仍在军营照料一切，维系湘、淮军心，庶不乖古人尽瘁之义。附片奏刊用木质关防一颗，其文曰“协办大学士两江总督一等侯行营关防”。又片奏任、赖股匪奔扰信阳之南，将入鄂境，周盛波跟踪追剿，现饬张树珊拔队追击。刘铭传军疲劳太久，在周家囗稍休，即行赴鄂。又檄调李昭庆全军由皖赴鄂，以收夹击之效。又附密片奏保湘、淮各军将才。如道员刘盛藻、总兵戴春林、潘鼎立、提督章合才，均为后起之选。前任大名道祝垲、编修张锡嵘，皆文员中出群之才。略陈品概，以备采择。十九日，委员赍送钦差大臣关防赴徐州营。二十八日，奉到上谕“曾国藩请以散员仍在军营自效之处，具征奋勉图功，不避艰险之意。惟两江总督责任綦重，湘、淮军饷，尤须曾国藩筹办接济，与前敌督军，同为朝廷倚赖。该督忠勤素著，且系朝廷特简，正不必以避劳就逸为嫌，致多顾虑”等因。钦此。是月，公弟国荃驻军德安，湖广总督官文公奉旨开缺，入都供职。钦差户部侍郎谭公廷襄暂署总督。
十二月初三日，驰摺奏钦奉谕旨，再陈下悃，仍请开两江总督协办大学士缺。
附片奏任、赖一股窜扰孝感，鄂军接仗获胜，檄调刘秉璋与刘铭传军合为一路，探踪追剿。又具摺奏保刘铭传一军：克复黄陂，并在济宁、雉河、阜阳、扶沟等处战功最伟，劳苦尤甚。五案并保，开单请奖。附片奏保吏部主事钱应溥在营效力，请加四品卿衔。十五日，奉到上谕“曾国藩当仰体朝廷之意，为国家分忧，岂可稍涉疑虑，固执己见？著即懔遵前旨，克期回任，俾李鸿章得专意剿贼，迅奏肤功”等因。钦此。二十一日，驰摺奏：遵旨回驻徐州，暂接两江总督关防。
臣病体未痊，仍恳另简江督，而臣以散员效力行间。至中外交涉事件，素未讲求，请旨令两淮运司丁日昌护理通商钦差大臣关防，必能有裨时局。附片奏东路任、赖一股，盘旋于安陆之境。刘铭传等追剿，贼窜向鄂东一带。西路张逆，渡过渭北，鲍超自请移师赴鄂，先剿东段。因檄令刘松山、张锡嵘等由潼关入秦，即在陕州设立粮台，仍派薛书常管理。是日具摺奏江西南康县查办案内充公田产，分析办竣。又奏保刘松山、张诗日等军在西华、上蔡、新野等处大胜，汇案请奖。
附片奏请酌提安徽丁漕，加该省兵勇之饷。又片奏前年饬委运同衔容闳前往西洋，采办机器百数十种，均交上海制造局收用。该员不避艰阻，请予奖励，以昭激劝。
又片奏参安徽涡阳县知县沈濂革职。是月，楚军、淮军集于湖北之境，凡七万馀人，会剿任柱、赖文光一股。郭松林军挫于德安，总兵张壮勇公树珊阵亡，贼益张。陕西官军挫溃，张总愚逼近西安省城。乔公松年到陕后，亟檄刘松山一军入援关中。公办理捻匪一载有馀，初立驻兵四镇之议，次设扼守两河之策，皆未久而改变。其在临淮，搜擒蒙、亳匪徒，以绝捻之根株；在徐州办结湖团巨案，以除捻之勾引。刘铭传、刘松山、潘鼎新三军，大小数十战，贼众纵横飙忽之势，实因以少衰。是冬张逆入秦，任、赖入楚，中原稍得息肩矣。
而是岁言路劾公办理不善者，有御史朱镇、卢士杰、朱学笃等疏，皆奉寄谕钞发。御史穆缉香阿奏督师日主无功，请量加谴责一疏，奉上谕：“年馀以来，曾国藩所派将领，驰驱东、豫、楚、皖等省，不遗馀力，歼贼亦颇不少，虽未能遽蒇全功，亦岂贻误军情者可比？该御史所奏，着毋庸议。”钦此。是后，又有御史阿凌阿劾公骄妄各款，亦奉旨辨斥。公念权位所在，众责所归，惕然不敢安焉！
「丁卯」同治六年，公五十七岁。
正月，公在周家囗营。初六日，启行赴徐州。十三日，过砀山境，散钱二十六缗给饥民。十五日，公至徐州。十九日，接受两江总督关防、两淮盐政印信、通商大臣关防，与李公鸿章通筹西北大局。二十一日，驰摺奏报加驻徐州接篆日期。附片奏贼在鄂中，官军有合围之势，恐任、赖一股续窜入秦，鲍超一军应留豫西拦截，俟贼情定后，再调赴秦。又片奏：彭玉麟报捐养廉银两，奉旨查明子弟，给予奖叙。该侍郎力辞，出于至诚，恳如所请，以遂其报效之诚。二十九日，奉到上谕：“曾国藩既经接受两江督篆，所有察吏筹饷及地方应办事宜，均关紧要；且金陵亦不可无勋望素著大员坐镇。着即回驻省城，以资镇摄。该督公忠体国，自当仰体朝廷倚畀之隆，勉为国家宣力。一切军情调度，仍着李鸿章随时咨商，以资裨益。”钦此。是月，张公锡嵘在陕西阵亡。鲍公超回军襄阳，击贼于杨家泽，大破之；追剿至丰乐河，复大破之，杀贼万馀人。任、赖捻股窜河南境。
李公鸿章奉旨授湖广总督，李公瀚章调授江苏巡抚，暂署湖广总督，刘公琨授湖南巡抚。
二月初三日，李公鸿间拔营赴河南督师，仍驻周家囗。初八日，传摺奏谢年终恩赏。又奉报军需款目：自咸至二千一百三十馀万之多，分为四案，开列简明清单，照例报销。附片奏动用安徽抵征一项，比例请销。又片奏江忠义、席宝田二军饷银，归入江西汇总造报。又片奏补发湘军欠饷，作为第四案续报之款。又奏新授江苏布政使丁日昌请暂缓陛见。十四日，驰摺奏迭奉谕旨，移驻金陵，恭报起程日期。又摺奏：上年奉旨，发交臣营差委各员——道员钟文、总兵沈宏富、提督何绍彩，分别发往各路差遣。附片奏道员祝垲应仍交李鸿章随营差遣。又片奏甘肃道员金国琛，请开缺终养。又片奏阵亡编修张锡嵘，请加恩其子。又奏阵亡总兵张树珊，请于周家囗建立专祠。又摺奏彭玉麟水师营、鲍超霆军查办滋事弁勇。十六日，由徐州启行，至韩庄登舟，沿途查阅运河堤墙。二十二日，至清江浦，张公之万来见公。二十三日，吴公延栋来见公于舟次，方舟从公赴金陵。
二十六日，查阅清水潭堤工。三十日抵扬州。是月，任、赖捻股东窜安徽境，回窜湖北东境，湘军败挫，彭忠壮公毓橘阵亡于黄州。刘松山军入陕西，击张逆一股，连破之。
三月初一日，公与官文公相见于舟次。初二日，查阅瓜洲盐栈。初六日，抵金陵，还署。金陵之民，焚香于道以迎公。初十日，按视新修江宁学宫工程。十五日，刘公琨舟过金陵见公。二十日，驰摺奏报回省日期，并陈鄂东之贼向西北窜走，张逆在秦，与回逆合股，刘松山攻剿屡胜，尚有把握。附片奏酌拨军饷，协解陕、甘两省。是月，鲍公超在襄阳伤病大作，公委员赍药馈问之。左公宗棠赴陕甘任，行至湖北，接受钦差大臣关防。丁公宝桢补授山东巡抚。
四月初七日，驰奏提督鲍超伤疾甚剧，请调直隶署提督娄云庆南来接统霆军。
附片奏回任以后，通计饷需款目，入不敷出，且有万不容缓之事，须行筹款者，如制造轮船，购买机器，湘军入秦，淮军在楚，多未发足军饷，长江北岸，拟添陆军，以为防运河堤坝，险工林立，均属刻不容缓，请旨将江海关洋税应解部之四成，酌留二成以济要需。十六日，专摺奏谢京察从优议叙恩。又奏遵照新章，甄别劳绩州县，开单附呈。江南苦旱，公出祷雨于甘露神祠。二十四日，雨。是月，任、赖捻股由湖北窜河南南阳境。
五月十六日，驰奏续查民圩，擒斩捻党，开单奏结，嗣后归地方官办理。附片奏：任、赖逆股自鄂省窜出，有东趋之势。本年天气亢旱，农田枯坼，人心皇皇，皆由臣德薄，累及斯民，忧愧无地，且运河水涸，东路军情可虑。又闻张逆有回窜出关之意。又摺奏本年乡试依限举行，并兼行乙卯科武乡试。又片奏保员外郎王家璧，请以五品京堂，遇缺题奏。公连日步出祷雨。十九日，公诣灵谷寺取水。二十日，大雨。公筹银四千两，修复灵谷神祠。是月，任、赖逆股由河南窜山东，越运河而东犯青州之境。奉到上谕：“曾国藩着补授大学士，仍留两江总督之任。”钦此。
六月初十日，专摺奏谢天恩补授大学士。又摺奏鲍超伤病深重，恳请回籍养病。附片奏贼已渡运东窜，令黄翼升驻扎射阳湖，为里下河之防。又片奏江宁建立昭忠祠，其初专祀湘军陆营将士，请并祀水师员弁。又摺奏本年乡试，派学政鲍源深入闱监临。又奏请展缓本年军政。十八日，专摺奏江南、江北粮台收支军需各款，分案开单奏销。是月，任、赖逆股东窜登、莱之境，李公鸿章、刘公长佑建议：合四省兵力合堵运河，就东境剿灭任、赖一股；河南、湖北两省兵力严扼潼关，毋令东窜，就关中剿除张总愚一股。英翰公疏请合兵严守胶莱河，逼贼于海隅，聚而歼之。
七月二十九日，驰奏霆营将领公禀不愿隶娄云庆部下，请将鲍超全军撤遣大半，其馀令谭胜达等带赴济宁，归李鸿章调遣，并以娄云庆另募新军，以备防剿。
又奏遵旨筹拨直隶赈灾一款，皖军协饷一款，并陈现筹兴复淮渎，使水归故道，以减淮扬水患，于清江设立导淮局，试办挑浚。附抄章程十六条咨送军机处，以备查核。附片奏筹拨本年大运银两，解交织造衙门应用，俟军务平定，再议添拨。
是月，任、赖股匪回窜，越潍河扰犯沂州境，窜扰赣榆、海洲、沭阳之境。
八月，接到总理衙门公文，预筹换约事宜。公饬属吏悉心条议，择其善者具咨与函，专派员弁，由沪入都呈复。议增修金陵昭忠祠。祀江南殉难官绅。
九月十八日，具摺奏甄别府县等官。续奏采访忠义第二十八案。附片奏水营记名提督冯标病故请恤，皖南殉难县丞罗庆恩请恤，烈妇程胡氏请旌。是月，海州捻股回窜山东境。
十月初五日，公下闱典校武乡试，提督李朝斌会考。十九日，试竣，取中武举一百五十七名。是月，山东贼复窜赣榆，刘公铭传追剿，破之，阵毙捻酋任柱。
公弟国荃开缺回籍。
十一月初三日，专摺奏报江南武闱乡试事竣。初六日，专摺奏江北粮台捐造船炮，用过银数，循例报销。又奏徐州善后局报销。又摺奏扬州虹桥乡殉难绅民妇女请旌恤，巡检陆斤请恤，澄海营副将陶位中、参将黄占魁出洋捕盗遇害，请恤。十五日，驰摺奏遵旨预筹修约事宜。二十七日，刘公铭传击贼于寿光イ河，大破之，擒斩数万人，贼大溃，赖文光遁走。山东肃清。是月，官文公署直隶总督，丁公日昌授江苏巡抚。
十二月初三日，奏查明本年江北新漕征解实数，现在筹办情形。又奏筹解明年协甘饷银。又摺奏：江宁省城，自咸丰三年沦陷，向荣、和春等驻兵八载，阵亡之文武将弁，殉难之官绅士民，尚未建祠崇祀，实为阙典。湘军昭忠祠地基宽敞，因与僚属议建三祠，中为湘军陆营，西为湘军水师，东为金陵官绅，务使毅魄忠魂，萃于一处。其金陵官绅，综举约有六端：一曰咸丰三年城陷殉难之员，二曰向荣、和春营中阵亡病故之员，三曰江宁七属殉难之绅，四曰江南大营援剿他处殉难之员，五曰镇江、扬州两军阵亡病故之员，皆祀祠中；六曰满汉妇女不屈而死者，别立贞烈祠祀之。恳饬令地方官一并致祭，实在裨于圣朝劝忠之道。
附片奏霍邱县殉难团绅****张请恤，并其家属五十一名。初十日，扬州官军擒捻酋赖文光斩之，徐党迸散，东南荡平。二十二日，奉上谕：“大学士两江总督一等毅勇侯曾国藩著加恩加赏一云骑尉世职。”钦此。是月，张总愚捻股由陕西越黄河窜至山西境，东趋畿辅。