十月，回銮，奉旨兼署兵部左侍郎。
十一月十三日，领同乡京官具摺谢恩，为水灾州县蠲缓钱粮。
十二月二十二日，礼部奏元旦礼节。朱批严饬礼部堂官，分别交部议处察议。
寻奉旨准予抵销处分。
是年夏间，广西贼匪大起，巨股数十。六月，逆首洪秀全与其党杨秀清、萧朝贵等起于桂平县之金田村，为数最众且悍。诏以向荣为广西提督，起用林则徐为钦差大臣，驰赴广西督剿，以前云南提督张必禄督师会剿，广西巡抚郑祖琛革职。既而林文忠公则徐卒于道，张武壮公必禄至浔州亦卒，诏以李星沅为钦差大臣，以周天爵署广西巡抚。
「辛亥」咸丰元年，公四十一岁。
正月初十日，领同乡京官具摺谢恩，为上年灾区借给籽种。十四日，上祗谒慕陵，行初周年礼，礼部堂官悉从，公奉旨派留署办事。
二月，上谕广州副都统乌兰太驰往广西帮办军务。二十六日，公弟国潢出都还湖南。粤西贼势益炽。
三月，上命大学士赛尚阿为钦差大臣，前赴广西督师，以都统巴清德、副都统达洪阿为之副。初九日，公奏简练军实以裕国用一摺。奏称：天下大患，一在国用不足，一在兵伍不精。近者广西军兴，纷纷征调，该省额兵竟无一足用者，他省可推而知。当此饷项奇绌，惟有量加裁汰，痛加训练，庶饷不虚糜，而兵归实用。谨抄录乾隆增兵，嘉庆、道光减兵三案进呈。疏入，召见，嘉其切中时弊，谕以俟广西事定，再行办理，疏留中。十四日，礼部奏请以宋臣李纲从祀孔子庙廷。时福建巡抚徐继畲原奏称李纲所著书有《周易传》、《论语说》二种，公复查得纲所著《中兴至言》、《建炎类编》、《乘闲志》、《预备志》各书，文渊阁著录者《梁溪集》、《建炎时政记》二种。奉旨准其从祀，在先儒胡安国之次。
四月二十六日，公奏《敬陈圣德三端预防流弊》一摺。维时上孜孜求治，在廷臣僚，鲜以逆耳之言进者。广西军事日棘，赛尚阿公以端揆大臣出而督师，中外惊慑。公意欲为人臣者趋尚骨鲠，培其风节，养其威棱，遇有事变，乃可倚之以折冲捍患，不至畏葸退缩。公所陈多切直之语，疏入时，恐犯不测之罪。上谕：“曾国藩条陈一摺，朕详加披览，意在陈善责难，预防流弊，虽迂腐欠通，意尚可取。朕自即位以来，凡大小臣工章奏，于国计民生用人行政诸大端有所补裨者，无不立见施行；即敷陈理道，有益身心者，均著置左右，用备省览；其或窒碍难行，亦有驳斥者，亦有明白宣谕者，欲求献纳之实，非徒沽纳谏之名，岂遂以‘毋庸议’三字置之不论也？伊所奏，除广西地利兵机已查办外，馀或语涉过激，未能持平；或仅见偏端，拘执太甚。念其意在进言，朕亦不加斥责。至所论人君一念自矜，必至喜谀恶直等语，颇为切要。自维藐躬德薄，夙夜孜孜，时存检身不及之念，若因一二过当之言不加节取，采纳不广，是即矫矜之萌。朕思为君之难，诸臣亦当思为臣之不易，交相咨儆，坐言起行，庶国家可收实效也。”钦此。
公是疏得奉优旨，时称盛事焉。是月，李文恭公星沅卒于军。
五月，诏授邹鸣鹤为广西巡抚。十八日，唐公鉴入都，召见十馀次，极耆儒晚遇之荣。二十六日，公奉旨兼署刑部左侍郎，次日具摺谢恩，并以前疏激直未获咎戾，具申感激之意。
六月，赛尚阿公抵桂林，疏调江公忠源随营差遣。江公方丁忧在籍，应调赴粤。乌兰太公一见而极重之，留于幕府，每事必咨焉。复委募楚勇五百人助剿，是为湖南乡勇出境剿贼之始。公前官翰林时，与倭仁公、唐公鉴辈讲学，逐日记注，中辍数年。刘公传莹为公书斋额曰“养德养身绵绵穆穆之室”，至是公乃仿程氏读书日程之意，为日记曰《绵绵穆穆之室日记》。其说曰：“自戒惧而约之，以至于极中，而天地位，此绵绵者由动以之静也。自谨独而精之，以至于极和，而万物育，此穆穆者由静以之动也。由静之动，有神主之；由动之静，有鬼司之。
终始往来，一以贯之。“每日自课以八事：曰读书，曰静坐，曰属文，曰作字，曰办公，曰课子，曰对客，曰复信。触事有见，则别识于其眉。
八月，钦派顺天乡试搜检大臣。公兼摄刑曹，职务繁委，值班奏事，入署办公，益无虚日。退食之暇，手不释卷，于经世之务及在朝掌故，分汇记录，凡十有八门。大学士琦善公在新疆办理番案得罪，钦差大臣萨迎阿公前往查办，奏请将琦善交刑部治罪，奉旨逮问。
闰八月，琦善至京师，入刑曹，钦派军机大臣三法司会审。琦善自供摺千馀言，谓由萨迎阿之陷害。在廷诸公亦颇咎萨公原奏之过。当时萨公代琦善任，未旋京邸。会审之际，琦善争辩不已。军机章京邵懿辰驳诘供词十九事，诸公不之省，乃议传萨公所随带查办之司员四人，赴法堂与琦善对讯，至有议反坐者，公独曰：“琦善虽位至将相，然既奉旨查办，则研鞫乃其职分；司员职位虽卑，无有传入廷尉与犯官对质之理。若因此得罚，将来大员有罪，谁敢过问者？且谕旨但令会审琦善，未闻讯及司员，必欲传讯，当奏请奉旨然后可。”争之甚力，词气抗厉，四坐为之悚动，其事遂已。广西逆匪窜陷永安州城，僭伪王号。赛尚阿公督师由桂林进剿。二十一日，上御门，闻永安失守之警，督兵将帅。皆奉旨申饬。二十六日，礼部考送军机章京。二十九日，刑部考送军机章京。
九月初一日，领同乡京官具摺谢恩，为水灾州县豁免钱粮。
十月十二日，钦派顺天武乡试大主考，以沈公兆霖为之副。是科中式武举一百六十六名。十七日，试竣复命，召见。十一月初三日，监视郊坛开工。十九日，领同乡京官具摺谢恩，为新宁县经兵乱，奉旨蠲免钱粮与仓谷之未完者；又因武陵等州县水灾蠲缓钱粮。
十二月十八日，公奏备陈民间疾苦一摺。奏称：国贫不足患，惟民心涣散则为大患。目前之急务，其大端有三：一曰银价太昂，钱粮难纳；二曰盗贼太众，良民难安；三曰冤狱太多，民气难伸。其时银价昂贵，朝野均以为苦。宣宗曾饬部院衙门、各省督抚议变通平价之法。公疏于弭盗贼请狱讼二条请申谕外省，思所以更张之。其平银价一条，即于次日续递银钱并用章程一摺。奏称：十年以来，中外臣工奏疏言钱法者，不为不多，臣之所深服者，惟吴文熔、刘良驹、朱尊三疏，谨就三臣原奏，参以管见，拟章程凡六条，并抄录吴文等原疏，进呈御览。奉旨交户部议奏。二十六日，监视慕陵隧道开工。是岁，公选录古今体诗凡十八家，又选录古文辞百篇，以见体要。
「壬子」咸丰二年，公四十二岁。
正月二十四日，奉旨兼署吏部左侍郎，次日具摺谢恩。
二月十九日，随扈祗谒慕陵。是月，广西永安州贼窜出，官军大挫，总兵官长瑞等四人阵亡。贼扑攻桂林省城，都统武壮公乌兰太追贼至将军桥阵亡。江公忠源之军，初与乌公偕，至是回籍，益募楚勇赴桂林防剿。
三月初二日，奉宣宗成皇帝永安地宫，上行虞祭礼回銮。初七日，奉神牌升附，颁恩诏于太和门。初八日，率同乡京官递摺谢恩，为豁免屯丁实欠。钦派会试搜检大臣。十一日，广西警报至都下，奉旨乌兰太、向荣交部严加议处，赛尚阿交部议处。公赴部会议，以军务关系重大，议处罪名宜从重者，不当比照成例。
会议罢后，公专摺奏请从严议处，诏改从宽典焉。十八日，礼部奏请以宋臣韩琦从祀孔子庙廷。二十七日，奉旨派恭送太庙册宝。三十日，公第六女生，后字衡山聂氏，婿名缉规。欧阳夫人之兄柄铨入都。是时粤匪猖獗，河工未合，京畿亢旱，人情惊惧。上诏求直言，内阁学士胜保上疏失检，交部严议，部议降三级调用。公奏请特旨宽免胜保处分以广言路一摺。上纳用焉，疏留中。
四月初一日，宣宗成皇帝升配，诏礼部诸臣各加一级。广西省城解围，贼窜陷全州，入湖南境，掠民船将浮湘而下。江公忠源以楚勇破之于蓑衣渡。
五月，贼窜陷道州。
六月十二日，钦命充江西乡试正考官。次日递摺谢恩。附片奏请试竣后，赏假两月回籍省亲。公自己亥之冬入都供职十有馀年，由翰林七迁至侍郎，眷遇甚隆，中间星冈公衰老疾笃屡恩乞假归省，于势未得。至是得江西试差，乃请假回籍，朱批允之。二十四日，驰驿出都。二十九日，过河间府，吴公廷栋权守河间，相见于途次。
七月十三日，道过宿州。周公天爵方引病在籍，以函约公相见于旅店，纵谈今古，自夜达旦，乃别去。二十五日，行抵安徽太和县境小池驿，闻讣：江太夫人于六月十二日薨逝。公大恸，改服奔丧，取道黄梅县，觅舟未得，乃乘小舟渡江，至九江府城，雇舟溯江西上。贼于六月由道州窜出，陷桂阳州。是月陷郴州，由安仁、醴陵下犯长沙省城。湖南各郡旧有会匪蠢焉欲动。湘乡尤多匪踪，县令朱孙诒缉治甚勤，礼请邑中儒士罗公泽南、李公续宾兄弟、王公鑫、刘公蓉等，团结乡勇，加以训练，而竹亭公以乡老巨望总其成。是时乡团以湘乡为称首。
八月十一日，公舟至黄州登陆。十三日，抵武昌。常公大醇为湖北巡抚，来唁。公始闻逆匪扑长沙之警。十四日，由武昌启行，十八日，抵岳州，取道湘阴、宁乡。二十三日，抵家哭殡，旋谒星冈公墓。逆贼大股均至长沙，官军亦渐集。
江公忠源于南门外近贼垒为营，贼不得逞。诏以张亮基为湖南巡抚。张公入守长沙，以左公宗棠入赞军幕。
九月十三日，江太夫人葬于下腰里宅后山内。贼用地道轰长沙城，官军拒却之。时承平日久，骤经兵乱，人心惧怯，伪言四起，虽未见贼之地亦相率挈家惊走。公在家遇乡里人，则教之以保守之方、镇静之道。赛尚阿公至长沙，奉旨逮问。以徐文缙为钦差大臣，督兵剿贼。
十月，长沙围解。贼渡湘西窜宁乡、益阳，东出临资囗，大掠民船，窜湘阴，陷岳州。官军数自长沙拔营追之。
十一月，贼船蔽江而下，陷汉阳府城。张公亮基于贼退后搜捕土匪甚严。留江公忠源之楚勇二千人驻省城防守，札委湘乡罗泽南、王鑫等招募湘勇千人入省垣防守。时巴陵匪徒晏仲武等作乱，江公忠源以楚勇往讨擒之。是月，湖南巡抚奉上谕：“前任丁忧侍郎曾国藩籍隶湘乡，于湖南地方人情自必熟悉，著该抚传旨，令其帮同办理本省团练乡民搜查土匪诸事务，伊必尽力，不负委任”等因。
钦此。
十二月，武昌省城失守，湖北巡抚常文节公大醇等殉难。十三日，公奉到寄谕，草疏恳请在家终制，并具呈请巡抚张公代奏，缮就未发，适张公专弁以函致公，告武汉失守，人心惶恐，恳公一出。郭公嵩焘至公家，力劝出保桑梓。公乃毁前疏，于十七日起行，二十一日抵长沙，与张公亮基筹商，一以查办匪徒为急务。二十二日，拜摺敬陈团练乡民搜查土匪大概规模；且称长沙省城兵力单薄，行伍空虚，不足以资守御，因于省城立一大团，就各县曾经训练之乡民招募来省，实力操练，既足资以剿捕土匪，于防守省城不无裨益。是摺奉朱批：“知道了，悉心办理，以资防剿。”钦此。公又附片奏称：臣在京供职十有四年，今岁归来，祖父母之墓已有宿草，臣母之葬亦未尽礼。若遽弃庭闱出而莅事，万分不忍。请俟贼氛稍息，团防之事办有头绪，即当回籍守制，以遂乌私。维时罗公泽南，领所招湘乡练勇三营，已至省城，仿前明戚继光束伍成法，逐日操练，公为之酌定训练章程，故疏中及之。其后良将辈出，实滥觞于此。浏阳会匪煽乱，号曰征义堂，其匪酋为周国瑜，聚党逾万人。江公忠源以楚勇往，出其不意，一战破平之。
武昌陷后，诏授向荣为钦差大臣，徐广缙逮问，前湖广总督程采革职；诏以张亮基署总督，又特命琦善为钦差大臣，偕直隶提督陈金绶、内阁学士胜保督兵驰赴楚豫之交，堵贼北窜；又以两江总督陆建瀛为钦差大臣，出省堵剿。