同治年间，在甘肃省西宁地区发生了大规模的回族、撒拉族穆斯林起义，坚持斗争十余年。
同治元年九月二十三（1862年11月14日），西宁府碾伯县（今乐都县）民团无端杀死三名回民，并扬言要“尽洗米拉沟回民”。碾伯县的回族和循化厅的撒拉族异常愤怒，便聚众数千，拥推马文义（即马尕三）为首领，举起反清义旗。甘肃总督乐斌急忙派西宁总兵多慧、甘肃提督成瑞带领3000多名标兵前去镇压。由于清军手段残忍，胡乱杀人，致使事态愈演愈烈。清政府乃派协办大学士、兵部尚书麟魁、户部尚书沈兆霖前去察看。根据沈兆霖的奏报，清廷撤了乐斌的职，多慧和成瑞也定以“斩监候”的罪名。然而，起义并没有平息，仍迅速蔓延、扩大。同治四年（1865年）春，起义军占领大通县，不久又占据了碾伯至享堂（今民和回族土族自治县）的大道，切断了兰州至西宁的交通。西宁办事大臣玉通焦急万分，请求循化回绅、花寺门宦道祖马来迟裔孙马本源、马桂源到马文义处说合，打通了关节，兰州至西宁的交通恢复了。同治六年（1867年），玉通保举马桂源署西宁知府，委派马本源署镇标游击，代行西宁总兵职务。企图以暂时的妥协来麻痹起义群众，以便等来援军，一举扼杀起义。这样，西宁的军政大权便一时落到了马桂源兄弟手中。他们以“抚局面官……所有在城文武官员任其使唤”（《平同志》卷3）。玉通亦无可奈何。于是，整个西宁地区均被起义军占领。他们还经常从扁都口进军河西走廊，打击清军。玉通死后，新任西宁办事大臣豫师不敢上任，远居三百里之外的平番（今永登），西宁总兵黄武贤也留居威远堡（今互助土族自治县），从未到达任所。
同治十年（1871年），马文义病故，起义军失去首领，顿时紊乱。时值清军攻陷金积堡，马化龙起义失败，马文义的旧部马永福发生动摇，准备率部降清。恰在此时（同治十年七月），白彦虎等率陕西回民起义军，冲破清军的追剿与拦截，来到西宁的大小南川。白以利害说予马永福，马终于被说服。于是，马与白共商大计，布置防守，继续坚持反清斗争。
迄同治十一年（1872年）五月，左宗棠命刘锦棠、何作霖等统军进犯西宁，并檄令降回头目马占鳌等拦截白彦虎等陕西回民起义军的去路。马桂源兄弟在西宁东关私宅约白彦虎、崔三等共商抗清大计，决定成立两军联合指挥部，并公推马本源为统领河湟陕兵马元帅，全力迎击清军。
从八月十一日刘锦棠率清军18营进剿为发端，著名的“西宁战役”开始了。清军在大峡口、才沟口、平戎驿（今平安镇）、高寨、小峡口等处遭到起义军的痛击，伤亡惨重。刘锦棠损兵折将，费了九牛二虎之力，用了两个多月的时间，于十月十九日才到达西宁。
白彦虎乃放弃大小南川，移居西川；马桂源兄弟率部撤往东川巴燕戎格（今化隆回族自治县）。陕回头目崔伟、毕大才等动摇，率部投敌。刘锦棠选其精壮，立“旌善五旗马队”，成为“以回制回”的急先锋。
十二月下旬，马桂源与大通营都司马寿、向阳堡马进禄、下乱泉韩起寿等联合，继续坚持反清斗争。
次年正月初，刘锦棠率军进攻向阳堡。起义军失利，马寿、马进禄、韩起寿被俘遇害。接着，大通也失守，千余名义士惨遭杀害。刘锦棠飞檄西宁降回头目冶福兴，令其火速剿白彦虎部。正月十六日，冶部遭到义军伏击，“所部伤亡甚多”，冶被活捉，后被处死。白彦虎与冯均禄、马正清、马长顺等，率家眷和部众2000多人，经永安、南山、草滩，由扁都口翻过祁连山，向肃州方向撤去，准备联合马文禄，继续抗清。
刘锦棠乃调集兵力，进剿马桂源兄弟。清军舍弃大道，通过“番地”，直指巴燕戎格。正月末，清军至端庄，起义军首领马永福出降。此时，马桂源兄弟兵少势孤，乃弃城出走。马占鳌率部紧追不舍。马桂源无奈，派人求马占鳌设法解救。马占鳌准其先交马械，然后议员。当义军交出马械后，二月四日，遭到清军的野蛮屠杀，马桂源兄弟被捕下狱，后也被杀。
五月，清军进占循化，撒拉族起义军也被全部缴了械。至此，坚持反清斗争达十二年之久的西宁地区回族、撒拉族起义，最后失败了。