有人认为，药物牙膏既保护牙齿，又能治病，所以长期使用。其实，长期使用药物牙膏，危害很大。因为长期使用药物牙膏可使口腔内的致病菌产生抗药性，同时口腔内的正常有益的细菌也会被杀灭，容易造成二重感染。另外，药物牙膏内含有生物碱和刺激性物质，长期使用不仅损害口腔内娇嫩的黏膜，还会刺激舌头、牙龈、咽喉和口唇，从而引起炎症，甚至产生溃疡。另外，有色素的牙膏还会使牙齿失去光泽。
如果必须使用药物牙膏，最好几种药物牙膏交替使用，口腔内的细菌就不能适应，便于杀灭，也有抑制新细菌的作用。尤其是还未确诊是炎症还是脱敏引起的牙龈出血时，交替使用消炎、脱敏、止血的药物牙膏，更能增加牙膏的功能。如果口腔无病，则忌用药物牙膏。