清初至鸦片战争的近200年间，学校制度基本上沿袭明制，地方学校为府学、州学、县学，统名为儒学，新创厅学、乡学。省置提学道管理学校，后改为提督学政。府、州、县学，从童生中招生，童生的入学考试包括县试、府试和院试三个阶段，考试分两种——岁考和科考，岁考每年1次，科考两年进行1次。童生经过各种考试取得生员资格后，才能被府州县学所录取。岁考和科考有一定的名额。生员录取名额，根据当地文风的高下，钱粮丁口的多寡各有差别。清初将府州县分为大、中、小三类。顺治四年（1647年），定学额大县40名，中县30名，小县20名，清代后期录取名额逐渐增多。生员分三等：一等廪生，二等增生，可补廪生缺额，三等附生。府州县学廪生十年挨次升人京师国子监读书，称为岁贡。能够参加岁贡廷试的人也很少。顺治二年（1645年），令直省学政考取岁贡，府厅学岁1人，州学三岁1人，县学二岁1人，一正一陪，乡学三岁1人，送京廷试。康熙二十六年（1687年），停止岁贡廷试。岁贡选授本省训导，只须经过学政考试合格，上报吏部，得缺之后，再由巡抚加以考验即可。地方学校学生、教官、学科考试、待遇、奖惩都有规定，并订为学规。
当时河西走廊各府、州、县普遍建立儒学。清雍正二年（1724年），凉州卫改凉州府，府治设在武威县，凉州卫儒学改为凉州府儒学，设教授1人，训导1人，文武童生各15名，廪生和增生各20名，两年一贡。又取古浪县童生8名入凉州府儒学，廪生和增生也各增lO名，选拔生员由两年一贡改为三年两贡。雍正三年（1725年），文武童生各20名，廪生和增生各40名，选拔生员一年一贡。雍正四年（1726年）创建武威县儒学，设教谕1人，文武童生各15名，廪生和增生各20名，选拔生员两年一贡。在甘州，明设行都司学，清初因之，并将学宫由城东南移建城北，顺治五年（1648年）遭兵燹，顺治九年巡抚周文华、总兵张勇等重建学宫于城南隅。康熙二年（1663年）陕、甘分省，张掖为甘州府（治所张掖）。雍正三年（1725年），改行都司学为甘州府学，设教授、训导各1人，招文武童生各12名，廪生、增生各40名。雍正十二年（1734年），文武童生各增加12名。在原甘州左、右卫，置张掖县学，设教谕1人，招文武童生12名。雍正十二年（1734年）文童增为60名，武童增为28名。山丹卫学也改为山丹县学，招文武童生各12名，后文童增加为34名，武童增为19名。学习内容，据《皇朝文献统考》记载，有《四书》、《五经》、《性理大全》、《资治通鉴纲目》、《大学衍义》、《历代名臣奏议》、《文章正宗》等，武生还要习读《武经七书》、《百将传》，练习弓马武艺。
二、清代中叶。兴办书院之风十分活跃
书院是学馆、学校的前身。明清书院兴盛，并逐渐官学化，成为准备科举的场所。清初，朝廷鉴于明末书院讲学结社，议论时政的风气，认为不利于封建统治，曾一度禁止开设书院。雍正十一年（1733年），清世宗谕令督抚在各省会设立书院，并提供一千两白银作为开办营建书院的经费。书院开禁之后，兴办之风十分活跃。雍正十三年（1735年），甘肃巡抚许容奉旨创建兰山书院，以此为始，河西各地相继兴办了许多书院。仅张掖就创建了天山、南华、□得、河西等四书院，山丹建仙提书院、东乐仰止书院等，民乐建金山书院，临泽建蓼泉书院，高台建健康书院，武威建成章、天梯、北溟等书院。河西书院的组织简单，管理人员较少。各书院除必设山长监院外，其他人员各有增减。山长即书院的主持，也叫掌院、院长、主讲或师长，后统称为院长，负责书院的组织管理和主要教学工作。书院的院长由地方官延聘，但州府厅县儒学官不得兼任。院长不分本省、外省或已仕、未仕，只选经明行修的名儒延聘。监院由府县核定的绅士充任，管理书院财务、图书、生徒膏火奖赏，协助院长经营书院的日常事务，以及督导诸生课读。斋长，一般选诸生中品学兼优者充当，主要督促诸生课读，沟通诸生与院长的联系，协助监院管理财务。
书院的建筑大致分为讲学、供祀、藏书三部分。讲学部分包括讲堂、斋舍。讲堂是院长讲学议道的地方，斋舍是学生住宿、读书、自习的地方。供祀部分称礼殿或道统祠，内设儒家先贤牌位，通过祭祀活动，激励诸生继承遗教，发扬传统学风。藏书部分称为藏经阁、尊经阁、藏书楼等名称，借阅图书有严格的手续。
书院订有繁琐的学规，规定书院的培养目标、诸生修身、养性、治学、处事接物的准则，体现书院的教学方针、教学内容和教学方法。
书院课程一般有经学、史学、对偶声律、书法几门。经学先读《四书》，进而再读《五经》以及宋明理学家的著作。史学着重读《二十一史》、《通鉴》。对偶声律之学着重读唐诗或诗律词赋。书法为六艺之一，习字是诸生的日常功课。各书院所开课程，根据学生实际和师资力量有所不同。
书院的教学方法，一般学生严格照院长制定的读书进度自己攻读，在自读中发现疑难问题，由院长予以解答。院长每次仅讲二页书，一部《四书》约八九个月可讲一遍，并令诸生履讲。院长对诸生严加考课，日有程，月有课，不完成功课者，院长随时惩戒。院长阅卷限三日内完毕，然后齐集诸生加评讲。每月考课三次（官课一次，堂课二次）。
甘州一些书院，每日课程的具体安排如下：诸生各置一簿，每日分晨起、午前、午后、灯下四节。昼起温读经文；午前看经、解史鉴、听讲、习字；午后温经、记典故一二个，用片纸书贴壁上，时为寓目，看《小学》、《近思录》及诸语录数页，点读唐诗或诗律词赋（止在二、七日夜间）；灯下仍业经史，带读古文及先辈程文，至三更就寝。诗文不必多作，每月应官课二次外，多以三四次为止……师长置以课簿，分别具载察其勤惰，慎其防闲，时其省试，俾无废业。
三、社学、义学、私学遍及城乡
清代河西地区还有社学、义学、私学等办学形式。它们是地方官学的补充，也是对儿童进行启蒙教育的场所。
清初，令每乡置社学一所，选择“文行优者充社师，免其差徭，量给廪饩（食粮）”，近乡子弟凡十二岁以上者，可入学肄业。康熙十年（1671年）副使胡悉宁在甘州文庙侧创立甘州社学。乾隆五年（1740年），张掖知县李延桂置社学田百三十亩。乾隆二十六年（1761年）张掖知县王廷赞在城内设左、右两科社学。乾隆二十五年（1760年）抚彝厅通判高沅倡议在抚彝堡（今蓼泉）设立圆通寺社学。乾隆十二年（1747年），武威县令李如□倡导建社学5处（城内2处，乡村3处），后有增加。从乾隆年间开始，此后“城乡皆有社学”，由绅民捐资，教其同社子弟。当时社学学生一所只有二三十名，也有不足十名者，每年开校迟，放假早，一年读书只有六七个月。
义学也叫义塾，多由地方绅士捐资兴办，专收无力交纳学费的儿童入学。清雍正以后，河西走廊相继设立义学，张掖城内四所，农村八所；山丹城内三所，农村八所；临泽二所，光绪八年（1883年）增加到二十四所；嘉庆年间高台城乡有义学十二所；武威城内有义学八所，农村二所。
私学亦称私塾，是由私人开办的学校。清代河西的私学较普遍，一般有四种类型，（一）塾师在家中或寺庙、会馆中招收学童就读，称私塾，亦称“门馆”、“设账”；（二）由官僚、地主、商贾独立一家聘请塾师在家设馆，专教自家子弟、甥侄，称“坐馆”、“教馆”；（三）由巨大族姓筹资设馆，教授本族本姓子弟，称“家塾”、“族塾”；（四）由乡村里民集资设馆专教本乡村里的子弟，称“里塾”。私学只设一名教师，称“塾师”、“先生”，一般由老童生、生员、贡生、举人充任。私学招收5～16岁的儿童少年入学。塾师的酬金称“束惰”，由学童分担，四时八节，学童还要向塾师馈赠钱、粮、食品。私学是启蒙教育的重要场所。学童的启蒙通用教材，有《三字经》、《百家姓》、《千字文》、《幼学琼林》等，也有自编的教材，如《弟子礼》、《日常运用杂字》等。河西城乡普遍设立私学，“各处私塾难以指针”，直到解放初期，一些偏僻闭塞的山村仍有私学存在。
科举制度是选拔官吏的考试制度，因分科考选举贤而得名。它的创立与发展，对封建时代的教育文化、官僚政治和社会发展都产生过深远的影响。它又是各封建王朝笼络知识分子的主要手段，也是知识分子出仕求官、光宗耀祖的主要途径。在科举时代，进士多寡，在等级制度上反映了一个时期政治、经济、文化的兴衰，同时也反映了一个地区的社会文化学术发展的状况。武威自顺治到光绪（1652—1904年）考中文进士41名，武进士6名，文举人259名，武举人182名。清代张掖（山丹、民乐、临泽、高台）考中文进士12人，武进士27人，文举人69名，武举人256名。