毛泽东不在北京，奉命主持召开中共中央政治局扩大会议的，是党的中央委员会副主席、国家主席、毛泽东的接班人——刘少奇。
刘少奇没有想到，毛泽东所做的一切，以及他的许许多多的不满和怒气，绝不仅仅是简单地、就事论事地针对彭、罗、陆、杨的。
1958年“大跃进”失败以后，特别是在60年代对“左”的冒进进行了卓有成效的调整以后，毛泽东对在中央一线主持工作的、和他的想法不相协调的刘少奇和邓小平已开始不满。当然，对居于首位的刘少奇，怒气就更多。此时的毛泽东，为了维护他的“无产阶级专政条件下继续革命”的理论，为了防止在中国产生“修正主义”和发生“资本主义复辟”，已作出决定，由竭尽能事表示“忠于”他的林彪，代替刘少奇作为党的接班人。这一点，刘少奇没有觉察，邓小平没有觉察，党的高级干部们也都没有觉察。
对于今后将要发生的各种迅雷不及掩耳的事件，对于毛泽东超越常规常理的一系列想法做法，刘少奇、邓小平和各级干部们先是未能察觉，察觉后又不能理解，这种政治上的“迟钝”，注定了他们将从一开始的“跟不上形势”，到必然地犯“错误”，到更进一步地被“革命”的狂流所淹没和击倒。
5月25日，也就是批判彭、罗、陆、杨的政治局扩大会议结束的前一天，北京大学哲学系党总支书记聂元梓等七人，在康生的授意和策划下，贴出一张大字报，攻击北大校党委和北京市委。这就是那张臭名昭著的“文化大革命”的“第一张马列主义大字报”。
此大字报一经贴出，整个北大即刻哗然。二姐邓楠那时在北大上学，看到大字报后，马上打电话给妈妈询问大字报的事情。妈妈当时就说：“聂元梓这个人不好，在延安时就表现不好。不过你不要对别人讲啊！”妈妈的态度，是代表爸爸的。显然，对这张突如其来的“大字报”，父亲是持反对意见的。
风暴既来，便无人可挡。当日，北京大学内各种意见的大字报已逾千张。北京震动了，给校领导提意见及各种形式的造反，立即像狂风一样吹遍了北京的大中学校。6月1日以后，大字报更是像雪片一样在北京的校园中纷纷飞落。一股强烈的躁动的气氛，像瘟疫一样不可抗阻地流动着，北京大中学校顿时全面陷入混乱局面。造反行动不断扩大升级，一些学校出现了批判揪斗校长、老师，甚至体罚打人现象。
5月28日，根据毛泽东的部署，由陈伯达任组长，康生任顾问，江青、张春桥等任副组长，姚文元等任组员的中央文化革命小组——即中央文革——宣告成立。此前一直在暗地里策划活动，而日后则要登台扮演重要角色的陈伯达、康生、江青、张春桥、姚文元等，正式披挂上阵，粉墨登场。
毛泽东一向信奉“不破不立”基本原则，他的立意是“天下大乱达到天下大治”。此时的他，身在外地，遥看着北京这一番大破大乱的局势的发展，当觉甚合其意。
而在北京主持工作的刘少奇、周恩来和邓小平，面对眼前这突如其来的混乱，则陷入极其为难的境地。
5月29日，刘少奇、周恩来和邓小平三位负责中央日常工作的政治局常委，召集中央有关部门开会研究运动问题，决定由陈伯达率工作组去人民日报社，由张承先率工作组去北京大学。周恩来将会议决定电话报告在杭州的毛泽东，并取得同意。30日，刘少奇、周恩来、邓小平三人联名向毛泽东正式发电报进行请示，毛泽东当夜批示：“同意这样做。”
正当中央一线领导忙于部署领导运动事宜时，形势发生了突然变化。6月1日，毛泽东作出支持聂元梓大字报的批示，指示新华社全文播发，在全国各报刊发表，并说“北京大学这个反动堡垒，从此可以开始打破”。
6月1日，《人民日报》发表题为《横扫一切牛鬼蛇神》的社论，号召群众起来“横扫盘踞在思想文化阵地上的大量牛鬼蛇神”，“把所谓资产阶级的‘专家’、‘学者’、‘权威’、‘祖师爷’打得落花流水，使他们威风扫地”。这篇社论是由陈伯达主持连夜起草的，发表前没有报告中央。当晚，中央人民广播电台广播了聂元梓等七人的大字报。
一天之内，风云突变，刘少奇、周恩来和邓小平完全没有思想准备，甚感惊愕。此后几日，《人民日报》连续发表大量煽动性的社论、报道和文章，形势急转直下，运动迅速席卷全国。
刘少奇于6月3日紧急召集有关部委负责人参加的政治局常委扩大会议，讨论如何应付局势。在大部分人一致的认识下，会议制定了内外有别、注意保密、大字报不要上街、不要搞示威游行、不要串连、不要搞大规模声讨会、不要包围“黑帮”住宅、不准打人污蔑人等八条规定；决定派出工作组以控制首都大专院校近于瘫痪的局面；并决定，哪里出事，哪里派人去，派工作组要快，要像派消防队救火一样的快。邓小平在会上说，中央的八条传达要快，开个十万人大会，一竿子插到底。
会后，北京市委根据会议精神，向一些大中学校派出工作组。由于有人背后支持造反运动，工作组进校后，不但未能阻止混乱的发展，事态反而变得越来越难以驾驭。刘少奇、周恩来、邓小平等频繁开会，研究处理运动中出现的种种问题。
毛泽东不在北京，许多重大政策定不下来，刘少奇、周恩来和邓小平于6月9日赴杭州，向毛泽东汇报情况。10日至12日，毛泽东主持召开两次会议，讨论“文化大革命”问题。会上漫谈，议论内容涉及“文革”的方方面面。会上谈到运动可能要进行半年时间，但并未对当前运动应该怎样进行提出具体意见。关于派工作组问题，毛泽东只是在议论中表示：派工作组太快了不好，没有准备，不如让它乱一下，混战一场，情况清楚了再派。
从杭州回京后，由于周恩来要出国访问，指导运动的责任落在刘少奇、邓小平身上。从6月4日起，北京新市委仿效向北京大学派工作组的经验，向部分北京大专院校和中学派出工作组。
刘少奇和邓小平想通过派工作组进校，达到保持党对运动领导的目的，同时制止混乱恢复秩序。他们对工作组的工作既支持又关心，还分别直接接见工作组人员了解情况和指导工作。
邓小平在6月4日接见驻北京师大女附中工作组。在谈话中，针对学生批判老师“资产阶级学术权威”的问题，邓小平说：“如果（老师）真有学问，还要团结他们。女附中数学、物理都不错。好的学校热火朝天，名气大，有一套。如果没有好教师，也就教不出好学生。要善于分析。工作组要教育、帮助学生提高水平。打人没有？打人是没有本事的，是没理的。斗争要讲道理，批判要做好准备，事实要核对清楚，要充分讲道理。有些人是真黑帮，有些不是黑帮。讲错了话都是坏人，那就没有好人了。材料不够，不要轻易开斗争会。不要搞变相肉刑，戴高帽子也不好。有些搞错了，将来赔礼都赔不完。政治问题要用政治方法解决。（党的）总支中总有些好的嘛，校长、副校长总有些好的嘛。把党都搞垮了怎么行？把团搞垮了怎么行？如运动把共产党、共青团都打倒，是胜利了吗？总是共产党领导的无产阶级专政国家嘛。教师大多数是好的。说老师都坏，我不同意。”
详细抄录这篇讲话，是为了说明两点。一是可以看出，邓小平在思想上和原则上都不认同“造反”的理论；二是可以看出，到了这时，他对毛泽东发动这场政治运动的意图依然毫无意会，更不要说在思想上和行动上紧跟。作为中央一线领导人，他和刘少奇一样，于不自觉之间，在运动的问题上，已经落伍，已经跟不上，已经远远脱离毛泽东的步伐了。
6月14日，刘少奇、邓小平召集中央政治局常委扩大会议，传达杭州会议精神。此后，他们多次开会听取运动情况汇报和研究运动中出现的问题。6月21日，刘、邓再次召集中央政治局常委扩大会议研究运动问题。邓小平在会上就工作组的工作方法等问题提出意见。会议精神贯彻下去后，学校和社会上的混乱状况有所好转，无政府主义现象得到遏制。6月28日，刘少奇、邓小平召集政治局常委扩大会议，提出运动要有步骤，要制定一些便于掌握的具体政策。
在毫无思想准备的情况下，面对突如其来的运动狂潮，刘少奇、邓小平的做法，是他们所应该作出的正常的决定，也是正确的决定。他们和绝大多数干部一样，希望学校恢复正常，希望学生回去上课，希望首都恢复平静。
他们没有想到，他们的做法，从根本上与毛泽东的想法背道而驰。而且在暗处，中央文革一班人马，正在鼓足了劲头，精神抖擞地策动和支持学生的造反行动。对于江青等人来说，只有动乱的局面，才是他们显示身手的大好舞台。
这场“文革”运动，从根本上来讲，是自上而下的和人为发动的，加之林彪、江青等“文革”势力利用青年学生的革命热情和天真幼稚，大行挑动和蛊惑，因此，中央派出的工作组进校以后，不但没能扭转混乱的局面，反而从一开始便遭到部分“革命群众”的激烈反对甚至轰赶。
由于对工作组进校的态度不同，各院校群众组织迅速分成“保守派”和“造反派”两大基本阵营。这种局面的形成，实际代表了以刘少奇、邓小平为首的一线中央负责人，与以林彪、江青等为首的“文革”势力之间的对立的形成。
7月份，因事态紧急，中央于13、19、22日连续三次开会讨论工作组问题。陈伯达代表中央文革，说工作组压制民主，给群众泼冷水，要求撤出工作组。刘少奇愤而驳斥，并与康生发生争执。素以沉稳著称的邓小平忍无可忍，一下子站了起来，指着陈伯达说，你们说我们怕群众，你们到前边试试！并明确表态：“撤工作组我不赞成！”在会议上，中央一线领导和中央文革，从思想到言词均已针锋相对，斗争已趋白热化。
混乱就这样持续了一个多月。一些学校中出现了红卫兵组织，批判校领导、揪斗“黑帮”和“牛鬼蛇神”的行动不断升级，发生了体罚和打人。反工作组和保工作组的斗争更趋激烈，派性和派别组织由此产生。各大中学校均已停课，大小辩论会昼夜不断。中央文革人马频频到各校煽风点火，鼓吹造反。刘少奇、周恩来、邓小平等中央领导人也被迫到学校与学生对话进行说服。记得有一次，父亲到一个大学参加辩论会，回答学生质问，在场的还有其他中央领导及江青等中央文革小组成员。操场上人群拥挤，口号震天，群情激昂。在强烈刺眼的灯光照射下，江青那“向红卫兵小将学习!向红卫兵小将致敬！”的尖声叫喊，陈伯达那没人听得懂的福建话和王力的从旁翻译，显得那样的得意、狂妄和不可一世。而刘少奇、周恩来、邓小平等一线中央领导的那些说明和劝说，则显得那样的无奈和无力。这些参加了一辈子人民革命的老革命家，面对这样一种扭曲变形了的群众“革命造反”场面，彻底地茫然了。
毛泽东是“文化大革命”的发动者，是造反运动的支持者。在北京“天下大乱”的时候，他在杭州，在波光粼粼的西子湖畔，发表了与北京的一线领导截然不同的观点。6月21日，他说，文化革命是一个政治斗争、阶级斗争。他说，现在不派工作组去学校，让他们大乱一场。7月8日，他给江青写信说，天下大乱，达到天下大治。过七八年又来一次。现在的任务是要在全党全国基本上打倒右派。
这是自运动以来，毛泽东发出的又一次“战斗”号令。
7月18日，毛泽东在武汉豪迈从容地畅游长江后，回到了北京。
他托词休息不见闻讯赶来的刘少奇，却在当日听取了中央文革的汇报。
从第二天开始至23日，刘少奇根据毛泽东的意见，主持召开“文化大革命汇报会”。会上仍是分歧很大，中央文革猛烈攻击中央一线领导派工作组是镇压群众。会议期间，毛泽东发表了意见。他说，回到北京后感到很难过，冷冷清清，甚至有人镇压学生运动，这是方向错误，赶快扭转。24日，毛泽东召集中央常委和中央文革小组成员开会，批评刘少奇、邓小平，说工作组起坏作用，阻碍运动，明确指示立即撤出工作组。
毛泽东为工作组定了性，派工作组的刘少奇、邓小平，在此问题上，自然而然地“犯了错误”。
7月29日，北京市委在人民大会堂召开万人大会，宣布撤销工作组。
刘少奇、周恩来、邓小平在会上作了检查性的讲话。邓小平说：“必须说明，以新市委名义向各大中学校派出工作组，这是根据中央的意见办的。”
“有的同志说，老革命碰到新问题，的确是这样。”周恩来说：“工作组绝大多数的同志是好的，老革命遇到新问题嘛。”刘少奇说：“至于怎样进行无产阶级文化大革命，你们不大清楚，不大知道，你们问我们，我老实回答你们，我也不晓得。我想党中央许多其他同志、工作组的成员也不晓得。”
刘少奇、周恩来、邓小平的讲话，是检查，是承担，更是肺腑之言。
作为学校的红卫兵代表，我也参加了那次大会。我今天仍然清楚地记得，望着那空旷的主席台，万人大会堂内鸦雀无声。我们这些“保工作组派”，一边听着，一边流下了眼泪，在内心深处体会着父辈们言语之下的抵触和无奈。我也清楚地记得，大会结束时，毛泽东令人意外地出现在大会堂的主席台上。他以无人企及的巨人风采向全体与会者频频挥手致意。会场立时沸腾，红卫兵小将们因震惊兴奋而激动欢呼，一个个热泪洒面。为了看到毛主席，后面的人不顾一切地站到椅子上和桌子上，尽情地高呼“毛主席万岁！”会议由开始时那极端的压抑和沉闷，一下子变成了欢腾的海洋。
此次大会后，由毛泽东发起的“文化大革命”运动，从此消除了阻碍，名正言顺地进入了“造反有理”的新阶段。