摩尔根及其弟子们将基因定位在染色体上。基因研究发展到细胞学水平之后，遗传学面临的历史任务便是解决“基因究竟是什么”的问题了。摩尔根在他的经典著作《基因论》中，就已经提出“基因是某种化学实体”的猜测。
摩尔根及其弟子尤其是缪勒相信，基因是某种化学分子，基因是通过化学过程而起作用的。他们进而认为，经典的物理学和化学方法最终能说明生命现象。
研究基因的化学本质，单靠遗传学的力量还远远不够，需要有生物化学家与物理学家的加盟。不同领域的科学家从不同方向朝基因的分子水平进军，在分子遗传学的酝酿时期形成了三大学派：信息学派、生化学派和结构学派。
信息学派
1.德尔布吕克
德尔布吕克是信息学派的先驱者之一。德尔布吕克曾经是丹麦著名物理学家、诺贝尔奖获得者玻尔的研究生。1932年，玻尔在哥本哈根举行的国际光疗会议上发表了《光和生命》的著名演讲，应用物理学的概念来解释生命现象。在当时，人们很难理解玻尔这些科学思想的意义，一些听讲的生物学家甚至不知所云。然而，玻尔以一种天才的直觉能力，借助于量子力学的范例，预感到在生物学中将有某些新的发现。这无疑给人们一种深刻的启示，并向当时的物理学家和生物学家提出了挑战。
德尔布吕克受到这个著名演讲的启发，使他“对于广阔的生物学领域将揭示的前景充满了热忱，并准备迎接挑战”，转而研究生物学，“选择了一条把遗传学与物理学结合在一起的道路。”1935年，德尔布吕克与前苏联遗传学家梯莫菲也夫·雷索夫斯基和物理学家齐默尔合作，应用物理学概念研究果蝇的X射线诱变现象，建立了一个突变的量子模型。他们三人共同署名的论文题为《关于基因突变和基因结构的性质》，刊登在德国哥廷根的科学协会通讯上，这篇论文代表了德尔布吕克的早期生物学思想，可以认为是量子遗传学的最早端倪。1937年，德尔布吕克带着洛氏基金的资助，前往美国加州理工学院——当时世界的遗传学中心。在加州理工学院，德尔布吕克与摩尔根及其弟子们交往甚密。他犹豫不决地接受了基因作为“分子”的看法，但同时坚持，这种“分子”绝不是处于随机碰撞和化学平衡中的分子，细胞中的化学反应是高度专一的，各个反应彼此常常保持独立。尤其重要的是，基因仅以一个或两个副本存在，它不可能是满足一般化学平衡所需的大量分子，而且基因代代相传，在结构上异常稳定，抵御着不确定性的降解。这一切对于物理和化学来说是反常的。在德尔布吕克这些独创性的想法中，看不到玻尔互补原理或统计决定论思想的痕迹；相反，却看到了生命的确定性和因果性。
德尔布吕克想采用最简单的生物来探讨“基因的化学本质是什么”的问题。然而，摩尔根研究的果蝇使他感到一筹莫展，果蝇过于复杂而不适应于物理学家惯有的简单性思维。1938年，一种寄生于大肠杆菌中的小小病毒——噬菌体，闯入了德尔布吕克的生活。德尔布吕克与噬菌体可谓“一见钟情”，噬菌体碰上了德尔布吕克经过长期物理学方法论训练的有准备的头脑。噬菌体在分子生物学中的地位，犹如氢原子在玻尔量子力学模型中的地位，氢原子只有一个核外电子和一个核内质子。用噬菌体作生物学研究材料有着极大的优越性：它易于繁殖，在半小时内，就能依赖一个细菌细胞繁殖出数百个子代噬菌体；在培养基中，因为它们分解细菌而出现透明的噬菌斑，因而易于计数；噬菌体只含有蛋白质外壳和核酸内含物两种生物大分子，结构异常简单——氢原子结构与噬菌体结构惊人的可比性以及在玻尔和德尔布吕克师徒两人开创性成就中的作用之类似，难道仅仅是历史的巧合吗？噬菌体的特性符合德尔吕布克的想法：“在每一个有机体中，所发现的许多高度复杂和特殊的分子，其起源有一个极大的简单性。”德尔布吕克与另一位生物学家爱利斯一道发展了研究噬菌体的方法以及分析实验结果的数学方法。
2.卢里亚
萨尔瓦多·爱德华·卢里亚是一位充满了人文精神的分子遗传学家，1912年出生于意大利都灵一个犹太中产阶级家庭。他在都灵大学的医学院完成大学学业，1937年去罗马师从当时意大利的物理学新星费米，希望通过生物物理学走向生物遗传学，结果却因微生物家瑞塔而“结识”了噬菌体。1938年，卢里亚到巴黎，做了一段时间的噬菌体研究工作。1940年巴黎沦陷后，卢里亚来到美国。1943年1月，卢里亚前往布鲁明顿的印第安纳大学，在一次著名的教师舞会上，他想到了如何证明细菌基因的突变。不久，他便与德尔布吕克合作发表了著名的“卢里亚-德尔布吕克波动试验”。这是信息学派的一项开创性成果。
卢里亚的第二项发现是X射线“致死”噬菌体的重组修复。卢里亚和德尔布吕克在合作中，发现了一些无法解释的现象，一些被X射线操作致死的噬菌体经过一段时间的沉默之后又奇迹般地复活了。1946年，卢里亚进一步研究表明：这种致死噬菌体复活必须同时有两个或多个存在才能成功，原来这两个或多个噬菌体仍能感染细胞并在细胞中进行重组，重组的结果得到了一个具有破坏细菌功能的“活”噬菌体。打个比方说，两根在不同部位破损的竹竿，若分别把好的部位截下并拼接起来可以得到一根没有破损的竹竿。卢里亚关于噬菌体重组现象的发现第一次表明，噬菌体也是有基因的，因为重组也是基因的行为特征之一。
卢里亚的第三项成就是细胞基因限制的发现，那是另一次偶发事件。1952年，他得到了一种特别的突变菌，噬菌体可以感染并杀死它，但并不释放出噬菌体来，卢里亚一直无法解释这一现象。一天，卢里亚不小心将装有被噬菌体感染的大肠杆菌的试管打碎了——卢里亚的动手实验能力似乎并不强——他到隔壁借来了痢疾杆菌，他认为结果应该大致相同。结果被感染的痢疾杆菌释放出了噬菌体。这一结果使卢里亚感到既迷惑又兴奋，后来秘密揭开了：噬菌体在突变菌中被修饰了而不能生长，只有到其他菌种上才能繁殖。亚伯等人于20世纪70年代在分子水平上解开了这一谜团：细菌的酶对于入侵噬菌体DNA发生作用，将其切成小片段。而这些DNA被特殊修饰“标记”后就不会被切割了。亚伯找到了这种切割的酶，叫做限制性内切酶，它能识别DNA顺序上特定的DNA位置并在这个地方切割。这种酶后来被广泛地使用于基因工程中，亚伯因此荣获了1978年度诺贝尔奖。
德尔布吕克与卢里亚的重要贡献是证明了噬菌体和细菌都有基因，以及选取了一种恰当的生物学研究材料，从而为分子生物学的诞生奠定了坚实的基础。德尔布吕克和卢里亚于1969年荣获诺贝尔奖。
3.薛定谔
德尔布吕克早期工作中关于基因突变的量子模型，激发了另一位诺贝尔奖获得者、著名的奥地利物理学家、量子力学的奠基人之一薛定谔对生命问题的兴趣，使他对于将物理学理论应用于生物学充满了乐观和希望。1943年，薛定谔应邀在爱尔兰都柏林大学作了题为“生命是什么？”的一系列演讲，讲稿于次年汇册出版，在科学界引起了强烈的反响。薛定谔在《生命是什么》这本小册子中开宗明义地宣称，他的目的是希望探索这样一个重大的理论问题：“在一个生命有机体的空间范围内，在空间和时间上发生的事件，如何用物理学和化学来解释。”
薛定谔在德尔布吕克的量子力学突变模型的基础上，进一步论证了德尔布吕克关于基因是生物大分子的思想。薛定谔还进一步指出，生物细胞内的遗传基因被一个“能障”保护着，外界因素如果要引起遗传物质发生突变，必须越过这一能障——一个量子化了的很高的能垒。高能辐射可以越过这一能垒，引起遗传基因中10个原子距离立方体内的“爆炸事件”，导致基因中的量子跃迁过程，从而成为突变基因。
在《生命是什么》一书中，薛定谔最先提出遗传密码传递的概念，并且认为这种密码贮存在“非周期性晶体”——具有亚显微结构的染色体纤丝中。薛定谔说，这种贮存着密码的非周期性晶体，正是生命的物质载体。这简直可以说是薛定谔对后来发现的遗传物质DNA特性的预言。一般的无生命物质的晶体，总是由一定的晶体结构周期性地重复排列而成。DNA分子中虽然也存在核苷酸单体排序的重复顺利，但主要的一级结构是“非周期性”的单一顺序，唯其如此，才能贮存大量的信息。
薛定谔应用热力学和统计力学等物理学理论来解释生命的本质，最先提出负熵的概念及其与生物生长和进化的关系。他的“生物赖负熵为生”的名言，至今仍然脍炙人口。