1、相生关系的传变。
五脏相生的次序为：肝生心，心生脾，脾生肺，肺生肾，肾生肝；
母病及子。是指疾病顺着相生次序传变，即母藏先病，然后按母子相生关系传到子藏。例如，肾属水肝属木，水能生木，所以肾为母藏，肝为子藏。当肾藏病后，它可以传给肝藏，这就是母及子。按照五行的相生关系，肝病传心，心病传脾，脾病传肺，肺病传肾。临床上常见的“水不涵木”病症，就是由于肾阴不足，不能滋养肝阴，引起肝肾阴虚，阴虚则不能制阳，导致肝阳上亢。
子病及母。是指疾病逆着相生次序的传变，即子藏先病，然后按母子相生关系反过来传给母藏。例如，肝属木，心属火，木能生火，故肝为母，心为子。逆相生的传变有两类：一类“子病犯母”，即子实引起的母实病症；一类是“子盗母气”，即子虚引起的母虚病症。
2、相克关系的传变。
五藏相克的次序为：肝克脾，脾克肾，肾克心，心克肺，肺克肝。
在五行中，相克中间会有两种情况，一是“相乘”，二是“相侮”，五藏疾病按相克来推算的话，也有这两种情况，即顺着或逆着相克关系在传变。
相乘就是相克太过引起的疾病，它顺着相克次序传变。以肝和脾的关系为例，肝属木，脾属土，木能克土。有两种情况可以导致肝脾相乘，一是肝气太旺，比正常的脾气高出许多，于是就出现了相克“太过”现象；一是肝气并不旺（与正常相比），但由于脾太虚，肝气趁机大损脾脏。
相侮就是所谓的反克，指疾病逆着相克次序传变。以肺和肝为例，肺属金，肝属木，金克木。但如果肝气太过，或者肺气太虚，都会引起反克，即肺克肝，临床上称为“木侮金”，或“木火刑金”。
相乘或相侮，都是相克的异常表现，《素问?六节藏象论》曰：“……太过，则薄所不胜，而乘所胜也……不及，则所胜妄行，而所生受病，所不胜薄之也。”介绍了相乘、相侮形成的原因。但五藏相生相克仅仅是大原则，不能死搬硬套，中医在这个大原则下，更讲究辩证治疗。
中医不但用五行学来阐释五藏的功能，更重要的是用五行解释疾病并指导治疗。
由于五脏病变可以相互传变，故临床上又可根据五行的生克乘侮关系来推断病情的变化，如脾虚病人面上应该显出黄色，一旦显现出青色，或者脉象兼洪，提示此病可能转向肝，木来乘土；心脏病人应该呈现赤色，一旦面色偏黑，那就可能病已经转到了肾上，此为水来乘火之象。
因此中医的治疗并非机械地头痛医头，而是考虑到整个五藏的变化，肝病患者要考虑到心脾肺，而不是一味地治肝。这种方法还可以防止疾病的传变，故《难经?七十七难》曰：“见肝之病，则知肝当传之与脾，故先实其脾气。”
中医里有许多治疗方法，都是从阴阳五行中演化出来的：
“虚则补其母，实则泻其子”：中医在治疗虚症时，常用补其母的方法，例如，肺气如果虚弱到一定程度，就不能直接治疗肺，而应该先补脾，因为脾为肺之母，脾土可生肺金。在治疗实症的时候，又常常使用泻其子的方法，例如，在治疗肝火旺盛时，常常清泄心火，因为心为肝之子，子病犯母，导致肝火过旺。
滋水涵木法：是滋肾阴以养肝阴，以制约肝阳上亢的方法，适用于肾阴不足，水不生木，以致肝阴不足，阴不制阳，引起肝阳上亢的症候。
益火补土法：按五行相生理论，用温心阳以助脾阳的一种方法，或者温肾阳以助脾阳的方法。
培土生金法：补脾气以助肺气的方法，适用于脾气虚弱，不能资助肺脏，导致肺气虚弱，或者因肺气虚而引起的肺脾两虚症。
金水相生法：滋养肺肾阴虚的一种方法，即滋养肺肾法。适用于肺虚不能输布津液以滋肾，或者肾阴不足，不能上滋肺而导致的肺肾阴虚症。
抑木扶土法：紧疏肝、平肝，佐以健脾治疗肝旺脾虚的一种方法，适用于木旺乘土的病症。
培土制水法：是用温运脾阳来治疗水湿停聚的一种方法，适用于脾虚不运，水湿泛滥而致的水肿胀满之症。此处的水不指肾，而指水湿邪气。
佐金平木法：是以清肃肺气以抑制肝木的一种治疗方法，有时又指通过抑制肝木以助肺气的清肃，适用于肝火犯肺症。
泻南补北法：南为火，北为水。实际上指泻心火补肾水，适用于肾阴不足，心火偏亢，水火不济，心肾不交之症。
此外，五行学说还有指导治疗精神情志疾病的作用。
中医认为，人类的情志生于五脏，五脏间有生克传变的关系，五情志间也有生克传变的关系，所以古代人在治疗精神情志疾病时，常常借用情志间的相互制约关系来达到治疗的目的。
悲为肺志，属金；怒为肝志，属木。悲能胜怒，犹金能克木也。
恐为肾志，属水；喜为心志，属火。恐能胜喜，犹水能克火也。
怒为肝志，属木；思为脾志，属土。怒能胜思，犹木能克土也。
喜为心志，属火；忧为肺志，属金。喜能胜忧，犹火能克金也。
思为脾志，属土；恐为肾志，属水。思能胜恐，犹土能克水也。
中医学认为：五行组成万物，同样组成人类。由于五行多少有偏颇，遂有种种类型之人。主要有五大类：木形、火形、土形，金形、水形之人。每种类型都有心理、行为及生理、病理众多方面的特点。例如，木形之人的特点是：有才智、好用心思，多忧劳，体力不强，不耐秋冬……
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