牛顿晚年非常注重将自己的形象留给后人。他不仅在晚年而且自他到伦敦以来，就不断让人为自己画像，继1702年内勒给他画完像（已是内勒绘制的第二幅）之后，不到4年便会有一幅新作问世。在牛顿生命的最后10年中，画像似乎成了他的一个嗜好。继内勒在1702年为他绘制了一幅之后，耶瓦在1703年也画了一幅；甘地在1706年又绘了一幅，桑希尔在1709至1710年两次给他画像。1714年，他坐下来让里奇为他绘制一幅小型画像。同年，他又让勒·马钱德为自己用象牙雕刻了一座半身像。4年之后，也就是1718年，勒·马钱德又为他雕刻了一座半身像和其他一些浮雕。同年，穆雷还为他绘制了一幅画像。1725年，范德班克为牛顿绘制了两幅画像，1726年绘制了第三幅，而西曼在1726年也为牛顿绘制了一幅。在牛顿的晚年有证据证明达尔也为他绘制了一幅画像。现存的还有两幅他晚年的画像是由两位不知名的艺术家绘制的，其中一幅放在国家画像艺术馆中，另一幅为赫弗和他的儿子们所有。其中一幅（或两幅）可能是复制品，有一幅可能是达尔的作品。虽然这些画像有许多或大部分都是由其他人委托制作的，但这些画像也只有在牛顿的配合下才画得出来。不管怎么估算，这都是一个不小的数字，用“着迷”这个词来形容牛顿对画像的喜爱似乎并不过分。
牛顿晚年经常从事的另一项活动是慈善捐赠。他将大部分财产捐赠给了他家族的各个旁支，因为当时他是这个家族中最富有的人，其他成员都指望他能给予帮助。18世纪早期，他们生活中的痛苦多于欢乐，他们带着痛苦来找富裕的牛顿爵士。他的同母异父妹妹的丈夫去世之后，玛丽·史密斯·皮尔金顿像她妹妹汉纳一样也成了寡妇，牛顿同样对她给予资助，后来他定期每季度给她寄去9英镑以供她的女儿玛丽的生活费用。他还为他妹妹的儿子——托马斯·皮尔金顿担保，让他可以得到20英镑的贷款。除了他们之外，还有很多人需要牛顿资助。
由于命运的安排，经常有很多穷亲戚上门求助。他的赈济不仅限于他的家族成员。在他的个人书信中，还有很多求助信，这些信件表明牛顿在他周围的人中是一个有名的慈善家。这些信中的某些内容还证明他对很多求助信予以答复。牛顿在伦敦居住多年，与很多人建立起来的持久友谊以及他所进行的这些捐助活动，大大改善了他与莱布尼茨之争在世人心目中留下的印象。他对那些不幸者的捐助也取得了同样的效果，也许他希望借此来弥补自己的不足。牛顿去世之后，留下了相当可观的一笔遗产，从这一点我们可以看出牛顿在伦敦的这些年是非常注重积蓄的。
在他的晚年，牛顿喜欢回忆在他一生中起过重要作用的各种话题。至少有3个人分别听他讲过有关苹果与万有引力的故事。斯图克利经常与牛顿讨论关于年表和预言的问题，但牛顿从不让他深入了解自己关于神学的见解。康迪特也时常听他讲一些泛泛的设想。1725年3月7日，他俩进行了一次关于宇宙中各种循环的长时间的谈话，康迪特将这次谈话的内容记入备忘录。牛顿告诉他说他相信有一场天体革命，来自太阳的光和气聚集到一起形成二级物体，例如月亮，而这些二级物体又继续聚集更多的物质，变成主要的行星，最后变成彗星，而彗星反过来又落入太阳以补充太阳所散失的物质。他认为1680年发现的那颗大彗星，在围绕轨道运行五六次或更多次之后，会落入太阳，由于太阳的热量一下子增加太多，地球上的生命将会毁灭。他继续说道，人类是近代才出现的，地球上已有的毁灭迹象可以证明他所预言的这种灾难以前曾发生过。康迪特问他既然生命曾经被毁灭过，那地球上怎么可能又有生命呢？牛顿回答他说，这就需要一个造物主了。“为什么您不像开普勒那样将自己的推测公之于众呢？”“我不赞同推测。”他拿起《原理》，指给康迪特看书中的一些暗示，那些暗示表明了他对彗星的看法。为什么他不将它清楚地表述出来呢？他笑了笑说，他发表的已经够多了，人们足以从中了解他的意思。
就在牛顿去世前不久，他还与某个不知名的朋友一起回顾了他的一生，并做了一个简要的概括。他的这段总结真可谓是对追求真理的一生最精彩的回顾：
“我不知道世人怎样看我，但我自认为我不过像一个在海边玩耍的孩童，不时为找到比常见的更光滑的石子或更美丽的贝壳而欣喜，而展现在我面前的是全然未被发现的浩瀚的真理海洋。”
虽然人们从未觉得牛顿老态龙钟，但衰老的迹象终于开始出现。
在最后的5年中，牛顿的健康状况每况愈下。他最大的毛病就是括约肌机能衰退，这也许是1723年的那场疾病所致。从那以后牛顿就开始小便失禁。由于活动会引起痛苦，于是他放弃了马车，终日坐在椅子上。他不再外出就餐，也很少请朋友来家里吃饭。他不再吃肉制食品，一点也不吃，而主要吃肉汤、蔬菜和菜汤。1725年1月，牛顿咳得非常厉害，还感染了肺炎，紧接着，痛风又进一步加重了他的病症。自1月7日起到4月22日，他再一次暂时离开皇家学会会长之职，并且自那时起一直到他生命的最后一刻，他缺席会议比参加会议的次数还要多。费了几番周折，康迪特才说服他在肯辛顿买下一幢房子。那里的空气对他的身体健康有好处。康迪特说，他比前几年“明显好多了”，这无异于是默认牛顿的身体状况比康迪特在公开场合下所说的要严重得多。牛顿始终保持坚强的意志。康迪特劝他不要走着去教堂，可他回答说，“只有用腿，才能有腿”。康迪特还说他一直坚持学习和写作直至生命的最后一刻。
在牛顿临终前几天，他老家所在的教区——圣马丁教区的教区长扎查理·皮尔斯前来看望他。皮尔斯回忆说：
“我看见他还在写《古代王国年表》，他当时并没有戴眼镜，坐在离窗户很远的地方，桌子上有一大摞书，在纸上投下一道阴影。我走进房间，见到这一切便对他说：‘爵士，您写东西的地方光线似乎不太好呀！’他回答说：‘我有一点光就行了。’然后他告诉我说他在整理他的《年表》，准备付印，为此他将大部分手稿重写了一遍。他给我读了两三张写好的内容（我想是著作的中间部分）。我们在谈话中偶尔提到《年表》中的一些问题。我记得，他继续读下去，并谈论他所读的内容，在晚饭之前，谈了将近一个小时。”
1726年暑期之后，牛顿只参加了皇家学会的四次会议和一次理事会。他所主持的最后一次会议是1727年3月2日，这次会议使他很兴奋，晚上便在伦敦住了下来。第二天，康迪特发现他的气色非常好，这是多年来不曾有过的。可是，由于次日紧张的会议以及频繁的探访，他那剧烈的咳嗽又复发了。他于3月4日回到了肯辛顿。康迪特派人请来为牛顿治病的两位著名医生——米德和切斯尔登，诊断结果是牛顿患了膀胱结石，几乎没有康复的希望。牛顿忍受着剧烈的疼痛，汗珠从脸上滚落。
1727年3月初，牛顿的病情恶化了，经医生诊断，还是膀胱结石。3月15日，他感觉好些了。18日晨，他可以阅读报纸并同医生正常交谈，但是当晚6时许，病情突然再次恶化，牛顿失去了知觉，再也没有醒过来。1727年3月27日凌晨，一颗天才的头脑停止了运转，牛顿去世了。3月28日，英国为牛顿举行了盛大的国葬（作为自然科学家，牛顿是享此殊荣的第一人）。他的灵柩被安放在威斯敏斯特大教堂，这是英国历史上著名的艺术家、学者、政治家才有权享用的最后的归宿。牛顿去世后的第四年，他的亲戚出资在他的墓前修建了一座宏伟的巴洛克风格的纪念碑。上面的墓志铭这样写道：这里安睡着伊萨克·牛顿爵士，他以超乎常人的智力及其所发明的数学方法，首次证明了行星的运动与形状、彗星的轨道和海洋的潮汐，他研究了光线的不同折射率，以及由此产生的颜色的性质，这些是别人想都没有想到的。对于自然、历史和圣经，他是一个勤奋、敏锐而忠实的诠释者。他用他的哲学证明了上帝的威严，他度过的是一个真正清教徒的一生。所有活着的人都为曾经有这样一位伟人的存在而感到幸福。
伊萨克·牛顿爵士生于1642年12月25日，卒于1727年3月27日。牛顿的去世引起人们极大的关注，各种报纸争相报道这一消息。3月的《大不列颠政治状况》用三版的篇幅高度赞扬牛顿，充分概括了牛顿在英国学术界的地位，称他为“最伟大的哲学家，是英国的骄傲”。而由詹姆斯·汤姆森所写的“纪念伊萨克·牛顿爵士的诗”在年底之前就印刷了五版。曾授予他爵士头衔的国家，在他死后给予了他更大的荣誉。