无论古代的哲人，还是笛卡尔本人，还是我们当代的哲学家，都承认身心相互作用的事实，因为这种现象对我们太平常、太普遍了，几乎在生活的每时每刻都会遇到这个问题：我心里想到一件事，然后我的身体的有关器官就随之而动了起来。比如我正在电脑上写作，忽然听到窗外一声巨响。我就想出去看个究竟。这时我的心就指挥我的腿走动起来。同样的一个现象时，有的人得了半身偏瘫症，他也想去看看，但他的腿就是不听指挥。经过一段诊疗后，他又可以自如地行走。对后一个现象，我们可以从医学上加以解释。但对第一个现象，医学却不能很好地解释的。当年笛卡尔极力想通过生理学和心理学来揭示这个对人来说几乎是常识性的现象，可是他没有得到满意的答案，现在情况依然没有多大的变化。看来对这个问题的解释还需要各门新兴学科的综合应用。
物理学所能解释的是，一声巨响，声波冲击耳鼓，引起耳鼓的振动，再把振动传到耳蜗。耳蜗中的耳膜接受到振动后再把振动传给耳中的一种流体。流体又拨动一些敏感的细丝，细丝受拨动后而产生了电脉冲。脉冲沿着神经通道进入大脑，在大脑中电脉冲组成的信号与一个复杂的电化学网络相碰撞，于是声音就被感知到了。前边的物理过程都是很清楚的，问题就出在最后一步，那个电脉冲与电化网络相碰撞怎么就产生了精神现象，这对我们还是一个谜。其后的问题就更不好解决了，这个精神性的东西又是怎么调动起大脑细胞、神经和肌肉，使你的腿终于动了起来。物理学家试图用电路图形来描述人脑的活动过程，可这个电路无论怎样地离奇，它不可能与一个非物质性的精神接上头。而且，如果人脑的活动真如电路图所描述的，那一定是一个必然的过程，我们又怎么解释得清人的犹豫彷徨、自由选择等心理现象呢？
当代哲学家在极力寻找解决笛卡尔难题的办法。他们当中有的仍然坚持笛卡尔的二元论，只是弱化了二者的对立。如属性二元论，把心理过程看作是脑过程的非物质属性或副产品。有的哲学家在批判笛卡尔二元论的同时，又走向了唯物主义一元论或唯心主义一元论。在20世纪60年代，唯物主义一元论逐步占了上风，他们试图把精神现象归结为一种特殊的物质现象。如物理主义者卡尔拉普等人试图把科学统一的思想与还原的思想融为一体，主张用物理语言来说明一切，包括心理现象。他说：“每一心理句子都能用物理语言来表达。用实质的说话方式来表达，这就是说：所有的心理句子都描述物理事件，即人和其他动物的物理行为。”然而物理主义者在把心理现象归结为物理现象的过程中遇到了很多麻烦，诸如颜色、声音、情感、信仰等现象并不能客观化，如果它不能被客观化，又怎么可能还原为物理性的东西呢？石里克似乎已经意识到这些，他在对物理语言和心理语言进行了分析后认为，情感世界的东西是不能用物理语言来谈论的，只能用人的心灵的语言来表述，这就是机器人为什么不能让人产生爱慕之情的原因，无论从它的嘴里说出什么甜言蜜语的话，它毕竟是机器。
牛津日常语言学派的代表人物赖尔，对笛卡尔身心二元论进行分析批判。他在《心的概念》一书中指出，笛卡尔把身心对立起来所犯的错误实质上是“范畴错误”，他把属于某一逻辑范畴的语句误认为属于另一个逻辑范畴，也就是说在表达某些东西时使用了不该使用的语言习惯。如人们由于经常问：“物是什么？”“物在何处？”我们就不加分析地也这样问：“心是什么？”“心在何处？”能这样问吗？当你问“心在何处？”其实在所问的问题中已经把心当作物来看待了。范畴错误的另一种表现是，人们习惯于将属于不同范畴的句子并列起来构成连接句或选言句。如在身心对立的言语框架里，我们习惯于用相反的意思来描述二者的对立，如当我们说物由物理材料构成，那么心就必然是由非物理材料构成，我们说物有物理状态，那么心就有非物理状态，总而言之，它们必须是相反的。但事实上，相反的两个事物之间并不是处处都是相反的，一个事物的状态并不一定是由他的对立面事物来确定的。赖尔认为造成这种错误的原因是自然科学尤其是物理学对人们的影响。我们是在物理学的范畴体系框架中分析比物理更高级的人的身体和心灵的，特别是人的心灵，它显然不是物理学的范畴体系所能解释的。至此，赖尔认为，笛卡尔所揭示的身心对立实质上是虚假对立，在哲学上根本不能成立。所谓“机器中的幽灵”其错误就是把一个概念归属于它所不隶属的逻辑类型的结果。
赖尔试图通过人的行为、意向以及所得技巧等等的外部表现的观察来对人的心理作出满意的解释，但他面临的这种问题是如何进行内在的心理体验，人的心理活动的内在性和私人性问题对行为主义者来说还是不容忽视的。
功能主义心理学把人的精神现象看作是活动而非状态和结构，它假定功能产生结构，并试图完全以现象所起的作用来解释现象的性质。支持这个学派的最大的成果是计算机的发明和应用。功能主义者认为，对心理现象，我们暂且不看它是什么，或由什么材料构成的，我们应该暂时撇开这些，单独考察这个心理系统能够做什么，起什么样的因果作用。机器功能主义者普特南认为，计算机的行为不能用计算机的物理化学成分来解释，而只能由机器的程序来解释。因为程序虽然是在一定的物理化学的基础上实现的，但它不能归结为物理、化学的东西。当一个系统状态与另一个系统状态保持对应的功能关系时，我们就可以认为这两个系统是功能同构。人与计算机中两个系统之间存在着功能同构，只要计算机程序体现着合理的思维（或计算）步骤，那么计算机就可以在模拟人的思维方面走得更远。普特南认为，功能主义有两个优点：第一，它将心理状态与功能状态统一起来，避免了还原论在理论上所遇到的困难；第二，功能状态的出现总是与机体的功能组织的某一部分的输入和输出有关，因而能为行为提供解释。
美国杰出的现象学和存在主义研究家德雷福斯在《计算机不能干什么》一书中对功能主义泼了一瓢冷水，他认为计算机对人的认知的模拟是不会成功的，因为智能行为需要的是人类的品质。同样在语义加工、控制微观世界、知识表达等方面都不会取得成功。因为生物学的假定不符合大脑的工作情况，人脑的信息加工方式可能完全不同于数字计算机，他要比计算机复杂的多。计算机还在心理方面、认识论方面、本体论方面存在很多问题。他最后得出三条结论：第一，人工智能是否可能，这是个经验问题，要取得有意义的进展是不可能的；第二，不存在可以编成程式的、固定的人类生活形式，人的需要总是随着文化的移入和人类自我解释的变化而变化；第三，计算机只能处理事实，但人不是事实或一组事实，而是事实的源泉，人创造人自己以及人生活在其中的事实世界。计算机不可能像人那样富有创造性。
对身心关系的探讨，现象学、存在主义、结构主义等，几乎当代所有的哲学派别都不可能绕过笛卡尔难题，他们都要对身心问题提出自己的解决方案。
笛卡尔作为现代第一位哲学家和现代哲学传统奠基人，他所设定的难题，或许还要耗费更多人的智慧。直至今日，在探讨身心问题上的所有学术派别达成了一个共识，那就是：身心问题并没有解决。
二、笛卡尔对科学的贡献
关于17、18世纪自然科学的发展状况，恩格斯在其《自然辩证法》里有一个总括性的评价，了解这个背景有利于我们更好地理解笛卡尔所做的贡献。恩格斯认为，在这一时期“最重要的数学方法基本上被确定了；主要由笛卡尔制定了解析几何，由耐普尔制定了对数，由莱布尼茨，也许还有牛顿制定了微积分。刚体力学也是一样，它的主要规律被彻底弄清楚了。最后，在太阳系的天文学中，刻普勒发现了行星运动规律，而牛顿则从物质的普遍运动规律的观点对这些规律进行了概括……光学得到例外的进步是由于天文学的实际需要。化学刚刚借助燃素说从炼金术中解放出来。地质学还没有超出矿物学的胚胎阶段……在生物学领域内，人们主要还是从事搜集和初步整理大量的材料……”由此可见，在近代自然科学的发展中，理论数学走在了时代的前头，而笛卡尔的解析几何更是起到了领头羊的作用，特别是，作为哲学家的笛卡尔，并不简单地把它局限在数学的范围内，而是把几何学的方法当作一般的方法论加以运用，而解析几何的发现更是把辩证法引进了数学中，从而为这种方法在各个学科的运用创造了条件。
尽管笛卡尔在科学方面的贡献并不像他在哲学上的贡献那么大，但他的研究领域几乎涉及了近代科学的各个方面，特别在数学、物理学、光学、心理学等方面都作出了一定的贡献。1644年发表的《哲学原理》的后半部分主要记述了这方面的成就。
数学
在笛卡尔的诸多科学研究中，对数学的贡献尤为突出，他是解析几何的发明人，通过使用坐标系，把代数应用到几何学上，这是他在数学上的最主要的贡献。虽然说这一发明不是他一人完成的（与费马不谋而合），而且本身还有待完善，但他毕竟开创了数学上的新思路和新方法。恩格斯在《自然辩证法》中曾对笛卡尔的这一贡献进行了评价，他认为：“数学上的转折点是笛卡尔的变数。有了变数，运动就进入了数学，有了变数，辩证法就进入了数学，有了变数，微分和积分也就立刻成为必要的了。”
“坐标几何学（即解析几何学）的基本观念是很容易说明的。从一定点（或原点）O作互相正交的两直线OX与OY。这两条线可用为轴线，它们所定的平面上任何一点P的位置，可以其距离一轴的长度OM或X和距离另一轴的长度PM或y而决定之。X与y两长度称为P点的坐标，X与Y之间的各种关系相当于图中平面上的各种曲线。例如设y与X成正比而增加，换言之即y等于x2乘一常数，在图上合于这关系之点便是像OP那样的一条直线。又如设y等于X乘一常数，我们便得到一条抛物线……这样的方程式可以用代数学处理，而其结果则可用几何学解释。有了这个方法，许多物理学的问题，从前不能或不易解决的，现在都可以解决了。牛顿就研究过笛卡尔的几何学著作，并使用了他的方法。”
物理学
笛卡尔在物理学方面坚持的是机械论，由于他否认了原子和真空的存在，他的物理的运动主要是靠相互间的碰撞引起的。而且他把这种机械力学原则也运用到化学和生物学领域。他在自然科学的研究中，强调通过观察实验收集经验材料，这在一定程度上就承认了感性认识的作用。他在实验科学方面的成就虽不如数学，但重视实验和感性经验在一定程度上纠正了他哲学上唯理论方面的某些偏差。
光学
在他的《屈光学》的卷首，笛卡尔把视觉同一个盲人借助手杖感知周围物体的过程相比较。他认为，“光是一种作用或压力”，它从发光体经过居间媒质传到我们的眼睛，就像一个物体的运动或者抵抗通过盲人的手杖传到他的手。他把颜色归因于发光媒质的微粒的转动速率不同。这个类比使笛卡尔更坚信光是“即时”传播的。笛卡尔在另外两本书《论人》（1630年前后）和《哲学原理》（1644年）里更为完整地阐发了这种关于光的本性的概念。在他的体系里，最重要的光源是炽烈的涡旋核心。太阳和恒星就是这样的核心，它们的外向压力除了照耀行星而外，还使它们各自的涡旋抵御邻近恒星的外向压力而保持存在。
在试图从力学上证明折射和反射定律时，笛卡尔假定，既然光的本性是一种推力或者说运动倾向，因此可以期望它跟一个实际运动物体，如网球拍打出的一个网球一样，也遵循相同的力学定律。他表明，当这样一个球从一个坚硬而又平滑的表面反射时，其速度的那个平行于该表面的分量（即部分）实际上未受影响，而垂直于这平面的那个分量则因这碰撞而反转方向。由此不难得知，入射角必定等于反射角。为了说明从较密媒质到较疏媒质的折射，笛卡尔假想这球击穿一层薄布，结果其速度的垂直分解部（即部分）按一定的比例减小，而水平分量则不变。从较疏媒质到较密媒质的折射的情形里，假定这球在入射处又受到了一次推动，因而以更大的速度行进。这些类比包含一个假设：光在较密媒质里比在较疏媒质里行进得更顺利、更迅速；笛卡尔对此提供了一个力学理由。他论证说：“光由媒质中的运动构成，因此碰撞在柔软的、联系松散的空气微粒上比碰撞在较为坚硬、联系较为紧密的水或玻璃微粒上，更容易使光减弱，正如一个球在地毯上不如在光的桌子上容易滚动那样。上述考虑立即导致折射定律。”
笛卡尔在《气象学》里对虹霓理论的贡献。笛卡尔把“一条光线通过一个水滴时的偏移与光线入射到水滴表面的角度两者的对应关系编制了表，他用这种表证明，对于某个入射角，这偏移达到最小。因此，约莫以这个角度入射到水滴的那些光束便形成大致平行的光束，它们对眼睛产生明显的效应。根据这条原理，笛卡尔解释了虹霓的圆形及其固定的角半径，以及虹霓为什么总是正好对着太阳，尽管他对颜色的解释是不可取的。”
磁学
关于磁流本性的种种理论在17世纪上半期都是含糊不清而又带有神秘主义的色彩，而且通常还认为智能是磁石的属性。第一个科学的磁学理论是笛卡尔在他的《哲学原理》一书中提出的。这个理论成为他在别处论述他的总的漩涡体系的一部分。