第二天，女王召见了笛卡尔，她向大臣们介绍了笛卡尔，言语中流露出对他的欣赏和敬意。导航员向大家介绍了旅途情况，并特地向女王汇报了他们对笛卡尔的印象。第三天，笛卡尔又随国王参加了一个会议。当天在他写给伊丽莎白的信中，他谈到了自己对女王的最初印象，他认为女王温柔、善良，极具魅力，是那种所有男人都愿意为她效劳的人。但看到国王每天都是那样的忙碌，他担心她是否能有一定的时间和精力来学习，而且他对女王的哲学功底和兴趣也有所怀疑：她完全沉醉于文学的学习，因为我不知她对哲学学了多少，我不知道她喜欢什么，也不知她是否愿意花时间去学哲学，更不知我是否能使她满意，是否对她能有所帮助。看来，笛卡尔对能否完成自己的使命心存疑虑。笛卡尔似乎隐隐地感到，他是在完成一项塑造“哲学王”的任务，他希望这位年轻的瑞典国王能在他的哲学指导下更完美、善良而有智慧。可是，笛卡尔似乎也应该想想他的先师柏拉图在这个实验中的悲惨命运，他不是差点被当作奴隶卖掉吗？笛卡尔似乎也应该想想，年轻女王邀请他来，仅仅就是处于对哲学的兴趣和爱好吗？她是个政治家，虽然年龄尚小，但她7岁就入宫当了国王，如今算起来，她在国王的位子上也将近20年了，她早已习惯了宫廷的生活，而且能够熟练地操纵这部国家机器。一个年轻的女王，能把政治玩于股掌之间，使文武群臣俯首贴耳，没有一定的魄力和魅力是不可能的。笛卡尔应该明白，他与女王的关系也不能与亚里士多德和亚里山大大帝的关系相比。人家的师生关系从幼儿启蒙就开始了，而你呢？不过是国王请来的客人，你赋予自己这样的使命是否超出了现实条件。常言道：伴君如伴虎。笛卡尔还是小心为妙。
与女王的交流一开始就遇到了麻烦。首先是生活习惯方面的不适应。女王精力充沛，喜欢早起办公，她希望能把一天中最清醒、最安静的时间留给笛卡尔，她更希望在这段时间里能从笛卡尔那学到哲学。而这个时间上的安排与笛卡尔的生活习惯正好冲突，因为笛卡尔多年来形成了一个习惯，他喜欢早上一个人独自躺在被窝里一边思考、一边写作。笛卡尔为了给女王上课，必须在早上3点就得起床准备，这样就完全打乱了他的生活习惯，笛卡尔只得很紧张地适应这种生活。后来女王知道了笛卡尔的不便之处，就由原来的每天上课改为一周上2~3次课。
女王对笛卡尔很信任，大小事都喜欢和他商量。她想在首都斯德哥尔摩建造一个类似于法国科学院的机构，笛卡尔不但要参与女王的整体筹划工作，而且还承担科学院章程草案的起草和修订工作。他还经常被女王召去咨询一些琐碎的事情，如男人的特点、男人间的处事规则，以及对一些人和事的态度和评价。如对波兰驻瑞典大使布雷格的看法和任用，外传他与女王亲近、效忠女王是另有图谋，无非是希望更接近女王。布雷格与笛卡尔关系甚好，女王就想通过笛卡尔进一步了解布雷格的情况。笛卡尔只好给皮柯神父写信，再从他那里了解。类似这样的具体事务让笛卡尔有点不堪重负。问题是，这些事对女王来说，都是她所关心的大事，而对笛卡尔来说，既要尽心尽力地去做，又觉得因此而耽误了自己许多宝贵的时间，所以心里就难免有些烦。笛卡尔是个思想家，而不是活动家，更不是官僚政客，他习惯于静静地思索，而不愿意做与求知无关的琐事，即便是些别人求之不得的事。这也许就是思想家与活动家的区别吧。国王的信任，没给笛卡尔带来什么快乐，反而增加了许多烦恼，更可怕的是，它也招致了一些大臣的嫉妒和憎恨，这些人对他虎视眈眈，伺机找茬报复他，或是用刻薄的语言侮辱他，在女王的面前说他的坏话，这些对他都是一种伤害。
宫廷的活动非常多，大都是些交际性的或娱乐性的活动。进入12月份以来，为了庆祝威斯特法里亚和平条约签订，宫廷里准备了大型的芭蕾舞会，女王理所当然地要带上她这位尊贵的客人参加。笛卡尔不适应宫廷里的繁杂礼节，尽管有国王的特殊政策，他可以不拘泥这些，但在与人交往和应酬时，就显得特别的不自然。舞会开始后，女王邀请笛卡尔跳舞，笛卡尔不会跳这种芭蕾舞，一时觉得很尴尬，他只好站在旁边当观众，会后还得想法学习跳舞。见笛卡尔不适应这种场合，女王就让笛卡尔为芭蕾舞剧《和平的诞生》写法文诗。你想，让一位搞哲学和数学的学者写诗，真有些强赶鸭子上架，没办法，笛卡尔还是硬着头皮接受了，而且居然还写出了一些有声有色的诗歌。为了给宫廷的活动助兴，也为了打发这些百无聊赖的时光，笛卡尔居然还编出了一本法国式的轻喜剧，一扫宫廷里的沉靡之气，颇受女王和大家的喜爱，当然也就让那些明的或暗的对手们在自愧弗如的同时，更心生妒意和恨气。他太不适应宫廷里复杂的人际关系了，置身于悠扬的歌舞声中，笛卡尔的内心似乎在进行着激烈的战斗，那个身居斗室、独往独来、天马行空的笛卡尔，那个在哲学和数学王国里挥洒自如的笛卡尔，如今却要将自己的才情逸致奉献给宫廷做笑料。而且在国王的关爱有加的背后，更有着女王对笛卡尔的期望，她对他在知识界的声望更感兴趣，她想利用笛卡尔这块招牌，把更多著名的文学家、科学家和思想家吸引到她的宫廷中来，用以实现其野心勃勃的复兴计划。这对一个政治家来说是无可厚非的，甚至是合情合理的，但对笛卡尔本人来说，无疑于是一场悲剧，因为这等于把他从思想的王国里放逐出来，使他在难以改变的自我中向世俗投降。一个月过去了，笛卡尔心中的柏拉图式的使命已经荡然无存了。
没有迹象表明克丽斯丁娜女王对笛卡尔的信任和尊敬是虚伪的，也没有什么迹象表明女王有什么对不住笛卡尔的地方。相反，女王总是想方设法关照笛卡尔，他不适应所安排的上课时间，女王就马上减少了上课的时间；他不适应宫廷里的繁琐礼节，女王特许他不拘泥这些礼节；为了稳住笛卡尔，女王为他封官加爵，专门派人到南方寻找适合笛卡尔的居住地，她是真心诚意地对待笛卡尔，希望他能够留在瑞典辅佐她实现振兴国家之大业。可是，思想家和政治家之间的差距太大了，特别是对哲学家，他喜欢在观念中玄思妙想，喜欢建构思想体系，在完满的理想王国里坐而论道。而政治家，她要面对现实，要与各种各样的人打交道，要与周围的国家打交道，她崇尚行动和结果，她需要实力和武力。妥协是她的艺术，胜利才是她的本性。如果说，笛卡尔与伊丽莎白公主有那么长久的精神交往，那是因为公主不在王位，谋不了政事，她那时恰恰需要的是一种思想来填充自己的寂静和空虚。而如果她也像瑞典女王那样当朝主政，相信她更欣赏的是马基亚维里和他的《君王论》。笛卡尔应该清楚，他只是国王政务之外享受闲暇时的精神需求，他在宫廷具有工具性和装饰性的功能，这个也是不可否认的事实。问题是笛卡尔不能适应这种生活，而他所需要的东西又不可能在宫廷中实现。有时候，好心并不一定能办成好事，爱能帮人也能杀人。
三、生命的最后时刻
12月20日，夏纽从巴黎返回斯德哥尔摩，全家人高兴万分，笛卡尔更是欣喜，好朋友的到来，一扫他多日来的烦闷和不安。12月28日，女王正好外出考察，笛卡尔也就有更多的时间与夏纽在一起交流。在落日黄昏的便道上，常常可以看见他俩并肩散步的身影；在饭桌上，在房间里，总能听见激烈的争论和朗朗的笑声。这是笛卡尔最惬意的日子，在异国他乡与知心朋友相聚恳谈，似乎使他又找到了过去的时光。然而，好景不长，意外的事情很快打破了这个家庭的安逸和平静。
1650年1月，天气特别冷，白雪皑皑的大地上，空气都好像冻得凝固了，人走在雪地里，脚下咯吱咯吱地响，仿佛是空气被撕裂的声音。据当地老人回忆，他们从来没见过这么冷的天。18日凌晨，夏纽陪笛卡尔到皇宫给国王讲课，回来时就感到浑身不舒服，紧接着就发起了高烧，而且高烧一连几天都没退，这可急坏了笛卡尔和夏纽夫人，找大夫到家，医生诊断为肺炎。笛卡尔和夏纽夫人吓坏了，要知道，肺炎在当时可是要命的病。在这个关键时候，夏纽夫人也病了，而且很严重。笛卡尔顾不得肺病传染，为病人端药送水，跑前忙后，忙得不可开交。家里的事让笛卡尔揪心，女王那里的事也不能误了，准备上课，筹划科学院报告，笛卡尔都得认真去做。常常是忙完病人再去忙国王的事，凌晨四点多，还得匆匆赶去为女王上课。总算苍天不负苦心人，在笛卡尔的精心照料下，夏纽夫妇的病情日见好转，笛卡尔一颗悬着的心总算落了地。
也许是近几天的劳累过度，再加之这个冬天的严寒气候，笛卡尔病倒了。1月底，他抱病向国王汇报了科学院的筹备工作。在会上，女王提议让笛卡尔担任科学院院长，被笛卡尔婉言谢绝了，他认为，这个职务应由瑞典人担任，这样更有利于本国科学事业的发展。当笛卡尔把倾注着自己心血的报告交给女王后，心里长长舒了口气，好像完成了自己的使命。这天聚会散后，笛卡尔走出宫门，就觉得天旋地转、浑身发软，豆粒大的汗珠从他苍白的脸上一颗一颗地沁了出来。他以为是劳累过度，回到家休息休息就会好的，没想到，第二天怎么也起不了床。夏纽夫妇过来一摸笛卡尔的头，很烫手。原来笛卡尔正发着高烧，浑身不断地抽搐，神智也有些不清。笛卡尔的病惊动了女王，她派御医过来诊治。女王有两个御医，一个是法国人里埃，与笛卡尔一向友善；一个是荷兰人，叫凡维勒，是笛卡尔在乌特勒支的论敌，更是皇宫里反对笛卡尔的主力军。笛卡尔发烧那天，恰巧里埃不在，宫里就剩凡维勒一个医生。他一听是为笛卡尔看病，先是拒绝，认为他患的只是风湿性感染，没什么危险。后来勉强去，笛卡尔又不合作。听说凡维勒要放血治疗，笛卡尔吼道：“你别打算放一滴法国人的血。”并坦率地告这位医生，如果你不在这，我将幸福地死去，医生只好悻悻离去。笛卡尔的态度，除了对他的不信任外，大概还受麦尔塞纳逝世的影响，麦当时就是被庸医误诊放血而死。3天后，病情仍不见好转，夏纽夫妇非常着急，尽管他们对笛卡尔进行了精心的护理，但烧一直退不下来。国王也很焦急，又派医生前来诊治，笛卡尔还是拒不与医生相见。笛卡尔也懂些医术，他采用土法治疗，用温酒泡烟叶喝。这样维持到第八天，在夏纽夫妇的劝说下，笛卡尔同意放血治疗。放血后一小时，仍没见效；笛卡尔要求再放一次，烧还是退不下。笛卡尔绝望了，面对如亲人一样照料他的夏纽夫妇，他的眼角流出了感激的泪。高烧不退，笛卡尔还不住地咳嗽，次数越来越多，声音越来越弱。疾病折磨笛卡尔，他本就虚弱的身体更是难以支撑，脸色苍白，眼眶深陷，瘦小的身体卷曲着。急促的咳嗽，一口一口地喘着气，最后连说话的声音也听不到了。2月10日，笛卡尔的病情忽然转好，他马上让夏纽替他向他的两个兄弟写了一封信，并请求他们为那位曾无微不至关照过他的护士提供一笔数目可观的生活费用，使她可以颐养天年。写完信后，夏纽夫妇高兴地把他扶到火盆边坐下，但马上他又昏倒了。再次醒来后，他微微地睁开眼睛，看着身边的夏纽，干燥而发紫的嘴唇翕动着。见笛卡尔有话要说，夏纽俯下身，耳朵对着他的嘴边尽力地听：“亲爱的夏纽，这是我们必经的命运打击。”他希望上帝能接受他献给上帝的自愿牺牲，来赎他一生的过错。说完又昏了过去。夏纽夫人叫来了法国大使和牧师，他们都围在笛卡尔的周围，这时笛卡尔已经不会说话了，呼吸像游丝一样微弱，眼皮塌落下来，眼珠似乎还在转动。夏纽弯下腰，嘴贴着他的耳边，轻轻地问：“笛卡尔，你希望得到最后的祝福吗？如果你愿意，就跟我们打个手势。牧师就在身边。”笛卡尔睁开眼睛，仰着头向天上看了看，这是他向我们做的最后一个暗示。牧师走过来为笛卡尔做起祷告，其他的人也站在牧师后边一起向自己的朋友祷告。
时间是1650年2月11日，一颗火红的灵魂徐徐向天上升去。这时，门外还下着雪……
笛卡尔走了，这个面色苍白拒不哭泣的人带着他的泪水走了，这个追求医学和健康的人带着他的疾病走了，这个充满神秘性和坚定性、好奇心和内疚感的人带着他的矛盾走了，这个一生都在怀疑、一生都在探索的人带着他的问题走了，这个渴望宁静又害怕被遗弃的人在宁静的夜晚躺在了上帝的怀抱里……
纷纷扬扬的大雪覆盖着他的灵魂，静静地、轻轻地向上，向上……