但是，笛卡尔马上就意识到自己错了，因为他的“普遍怀疑”是怀疑一切的。也就是说，在没有找到确实的真理以前，他甚至认为上帝是不存在的，或者上帝本身就是一个彻头彻尾的骗子或者恶魔。那么，如果连上帝都不存在的话，上帝所创造的天地万物又何以存在？那么，上面提到的那个“有脸、手、胳膊，以及骨头和肉组合的这样一架完整的机器”的我，又何以存在“我还曾认为我吃饭、走路、感觉、思维，并且我把我所有这些行动都归到灵魂上去”的我又何以存在？笛卡尔说：“这样，我就不能再有确实的形体，没有了脸、手、胳膊，更不会吃饭、走路，不会进行任何我以前认为理所当然的生理活动。如果真是这样的话，那么，‘我’还是什么呢？‘我’还剩下什么呢？当然，不可能‘我’什么都没有，如果我能够怀疑，那么，我肯定还有一样东西是绝对属于我自己的。”
笛卡尔在思考之后认为这最后一样属于他自己的东西就是能够帮助他怀疑一切的“思想”。正如笛卡尔所论述的那样，“现在我觉得思维是属于我的一个属性，只有它不能与我分开。有我，我存在着才是靠得住的；可是，多长时间？我思想多长时间，我就存在多长时间；因为假如我停止思想，也许很可能我就停止了存在。——因此，严格来讲我只是一个在思想的东西，也就是说，一个精神、一个理智或者一个理性，这些名词的意义是我以前所不知道的——我说：我是一个能思想，在思想的东西”。“我”不是任何东西，除了“我”能够进行“思想”之外，“我”不具有任何以前“我”所认为理所当然的生理活动，也不具有任何形体。“我”的所有属性也是“我”的惟一属性就是——“思想”。“思想”是“我”能够进行的惟一活动，也是惟一能够证明“我”的惟一活动。
“思”：现在，我们已经知道，笛卡尔所说的“我思，故我在”中的“我”是一个“我是一个能思想，在思想的东西”。那么，“思”又是什么呢？笛卡尔在很多著作都对“思”做过解释。例如他说：“‘思想’，这个词包括以一种我们能够直接地意识的方式存在于我们之中的每一件东西。所以全部理智的活动、意志的活动、想象的活动和感觉的活动都是思想。”可见，笛卡尔在这里表述的“思”是一个范畴相当广泛的概念。另外，笛卡尔还把思想和思维以及“意识活动”等同起来看。在笛卡尔看来，“思想”就是“思维”，也就是我们的所有的意识活动。
“故”：“故”在“我思，故我在”这一命题中占据着很重要的作用，它直接决定了“我思，故我在”这一命题的性质。但是，“故”也是人们在解读“我思，故我在”的时候最容易忽视的概念。表面上看，“故”有一种推理的意味，例如：我思想，所以我存在。在“我思，故我在”这一命题中，“我思想”是大前提；“我在”是建立在“我思想”这个大前提的基础之上的结论；而“故”是从“我思想”向“我存在”演绎的一个过渡阶段。实际上，按照我们通常的对“故”这一词的理解，我们也只能对“我思，故我在”做出这样的解释。也就是说，我们很容易把“我思”当成一个从前提“我正在思想”推导出结论“我存在”的演绎论证过程。如果真的是这样的话，那么结论应该是确定的，因为这个演绎是有效的，而前提又是确定无疑的。因为，如果“我思，故我在”真的就如我们理解的那样是一个推断的话，那么它不管怎样都需要一个特殊的前提。但是笛卡尔是不是真就认为“我思，故我在”纯粹就是一个推断呢？实际上并不如此。
笛卡尔说：“当我们正在承认‘我思，故我在’这一命题的时候，我们并不是真的要从‘我正在思想’这个前提推导出‘我存在’这一结论。”那又是什么呢？笛卡尔说，“我们承认‘我思，故我在’，只不过是通过我们的心灵直觉把它看成某种不证自明的事情。也就是说，‘我思，故我在’这只是一种直觉，并不是从‘我思想’到‘我存在’的一个推论式的演绎过程。为什么这样说呢？因为如果‘我思，故我在’真的是一个推理的话，那么，我们就必须承认‘任何思想的事物都是存在的’这个大前提，但是我们只能从经历中认识到‘离开存在我们就不能思想’。这正好是一个矛盾。”
如此，笛卡尔是不是就是说“我思，故我在”仅仅是一种直觉而和推理无关呢？事实上也不完全如此。在《指导心智的规则》一书中，笛卡尔又说：“我们每个人都能直觉到我们自己的存在，因此，‘我思，故我在’的确定性只是对我们的存在的一种内省或者直觉。然而，当我们重新回到——‘我思，故我在’到底是一种推理还是一种直觉——这个问题的时候，我们的回答只能是：两者兼而有之。即‘我思，故我在’既有推理的成分，也有直觉的成分。”
首先，在笛卡尔看来，“我思，故我在”既有推理的成分，也有直觉的成分。如果真的有区别的话，那也只是程度的不同而已。一般来说，并不能把两者完全割裂开来看。例如，在推理的过程中，我们的直觉到了演绎的步骤；如果我们要真正弄明白结论是从前提之中推理出来的，我们仍需要直觉。
其次，实际上，在笛卡尔所理解的“我思”里，“我思”这一状态是“我”必须在第一时间感受到的。也就是说，“我”必须能领会到，并且是能直接领会到“我的存在”。所以，我们可以把“我思”从了解它的模式中辨别出来，把它当成是一种推断，但至少它也是我们从直觉直接抓住的推断。
“我在”：当我们再次回到“我思，故我在”这个命题本身的时候，虽然我们对它已经了解了很多，但是如果我们不能真正了解它所讲的“我在”，那么我们就不能够断言我们已经完全掌握了这一命题。那么，“我在”到底是什么意思呢？当然，从“我思，故我在”本身来看，我们多少能体会出“我思”和“我在”之间的关系，并且也能大致领会到“我在”的性质。很显然，笛卡尔在这一命题里所讲的“我在”并不是我们通常理解“我存在”那么简单。也就是说，这里所讲的“我在”并不是指“我的肉体”的存在，而是指一个精神实体的存在。
为什么这样讲呢？其实我们在前面的内容已经讲过，“我思，故我在”这一命题里所讲的“我”本身强调的就是一个精神实体，它本身并不会考虑肉体存在的问题。所以在这里所讲的“我在”并不是对肉体存在的一种肯定或者表示。因此，我们可以肯定地说，笛卡尔在“我思，故我在”这一命题里所讲的“我在”应该是“思想”的存在，或者说应该是“怀疑”的存在。
当然，这里的“我在”的存在和“我”的思想这一动态本身有很大的关联。也就是说，“我思，故我在”离所讲的“我在”虽然是一种思想的存在，但是它和精神主体的怀疑、了解、感觉以及“我”的一切内在的意识生活是有很大的关联的，并不是单独或者孤立存在的。也就是说，我们可以设想我们所想的和我们所感觉的事物是不存在的。但是，我们的思想、感觉、了解、愿望等意识活动都应该是确切的事实。
总之，这里的“我在”是一种思想的存在，即精神体、智能或者理智的存在。例如，我们正在看的这本书可能是不存在的，但是我们不能由此得出结论认为正在看见这本书的“我们”是不存在的。因此，我们可以说，“我思，故我在”，但是我们不能说，“我在故我思”。按照这样的逻辑，“我吃，故我在”、“我渴，故我在”、“我玩，故我在”、“我踢球，故我在”这些结论是不能成立的。因为，“我吃”、“我渴”、“我玩”、“我踢球”这些动作很可能都只不过是我们的幻想而已。我们从这些论述可以看出，笛卡尔在这里所说的“我思，故我在”实际上是一种很超越的状态。换言之，笛卡尔在“我思，故我在”这一命题里所讲的“我在”的确是指一个能直接被意识把握到的思想。
总之，就“我在”这一层面来讲，“我思，故我在”这一命题应该是绝对正确的，是不应该为任何东西所怀疑的。任何怀疑和假设，即使是最荒诞不经的假设，即使是最堂而皇之的猜想，都不能把“我思，故我在”的真实性推翻。“我思，故我在”是绝对不容置疑的。
三、“我思，故我在”和近代哲学