一、怀疑
第一条沉思是最重要的哲学文献之一。在这篇沉思中，笛卡尔对物质客体的存在提出了哲学的怀疑。这篇简短的哲学论文向读者展示了两个挑战。第一个挑战是，不要不经思考就拒绝笛卡尔提出的怀疑。相反，我们必须理解他的论点，而且不要满足于浅薄的异议。第二个挑战是，我们应该怎样对他的论点做出回应。在后来的几篇沉思中，笛卡尔自己对这些怀疑做出了回答。然而，他解决问题的方法是值得怀疑的。因而，我们无法以笛卡尔试图采用的方式来逃避第一沉思中的怀疑的力量。我们接受的是他所提出的问题，而不是他的解决方法。
笛卡尔“怀疑方法”的最终目的是要发现确定性，找到可以在知识重构中充当可靠基础的命题。特别需要强调的是，对于笛卡尔来说，这是建立其物理学形而上学基础的第一步，也是进一步深入的方法。促使笛卡尔这样做的是这样一个事实，甚至在提出任何怀疑之前，他就认识到他的许多信念是靠不住的，而且是建立在迷信基础上的。然而，他不能确定哪些是可信的，哪些是靠不住的。笛卡尔批评经院哲学提供了一种具有或然性的三段论，因此，他必须提供确定性。解决方法就是用“怀疑方法”把黑板擦干净，进而使用那些确定性，这些确定性作为知识重构的基础可以在这种清洁过程中得以存续。知识必须建立在确定性基础之上，我们须通过拒绝不确定性来获得确定性。在《沉思录》的提要中，笛卡尔对此做了解释：尽管怀疑的作用笼统地看并不十分明显，但它仍然是非常重要的，表现在（这种怀疑）使我们远离各种偏见，并提供了一种使我们的心灵习惯于将自己从各种感觉中分离出来的简单方式。最终，表现在它导致这样的结果，就是使我们不再对以后发现的事实产生任何怀疑。“怀疑方法”也是一种心理行为，有助于读者自己从各种感觉的影响下获得自由。我们习惯于认为，世界就是我们所感知到的那个样子。但在笛卡尔看来，这是一种偏见。为了达到目的，笛卡尔不得不使怀疑系统化。他不能逐条怀疑他的每一个信念，因此，他必须摧毁它们赖以存在的基础。
进行怀疑并不意味着认为我们的信念都是虚假的。它是指把对各种信念的真实性悬置起来，既不相信也不否认。相信既包括人们心灵之中具有某一观念，也包括判断这一观念是真实的。赞成P观念就是相信P；否认P观念就是不相信P。当人们怀疑P时，不管怎样，他就会对P的真实性或谬误暂时不做判断。事实上，笛卡尔的“怀疑方法”总的说来就是，不对外部世界任何事物与内心观念的联系或导致内心观念产生的原因进行判断。观念是认知的直接对象，外部世界仅仅是以这些观念为中介而得到认识的。作为认知之直接客体的观念概念，在笛卡尔的方法中是潜在的。
“怀疑方法”由三个阶段组成，每一阶段都比前一阶段更为根本。笛卡尔并不想仅仅阐明怀疑在逻辑上的可能性。他所论证的更为强有力的结论是，怀疑是有根据的。怀疑的每一阶段都给这种结论以某种论证。前面我们曾探讨了怀疑的用途，而这有可能掩盖了这样一种重要观点：根据第一条沉思，我们没有足够的证据来断言存在何种外部客体。这就向读者提出了两个挑战。
二、第一阶段
首先，笛卡尔提到他的许多信念来自感性知觉。他指出，感性知觉过去曾欺骗了他，特别是对于微小的以及远距离的客体。他声称，已经知道某种东西欺骗了我们可我们仍然相信它，这是一种愚昧无知的表现。由此他得出结论，我们不能相信那些建立在感觉基础上的信念。我们可以这样来表述他的论证：1我的大多数信念建立在感觉基础上；
2这些感觉过去曾欺骗了我；
3对曾经欺骗了我的某种东西产生怀疑，是合乎理性的；
4因此，我的大多数信念容易受到理性的怀疑。根据笛卡尔的观点，这一论证并不能证明普遍怀疑的合理性，因为许多来自信念的感觉似乎是确定的。例如，他认为，仅仅在这一论证的基础上，他不能对“他有肉体”、“他正坐在火前面”做出合理的怀疑。此类怀疑需要一种更为根本的凭直觉得到的论证。他的意思可能是认为上述前提中第三条是错误的。显然，有时感性知觉不会欺骗我们，而在一些知觉基础上不加区别地对感觉进行谴责是不理性的表现。
需要注意的是，笛卡尔并不是要从任何感觉经验都可能是幻觉的前提出发进行论证，从而得出所有感觉经验整体上都有可能是错觉的结论。这种论证中有可能包含着谬误，因为幻觉的普遍可能性并不能证明普遍幻觉的可能性。这一论证涉及到构成的虚假性。一个人能挣到超过平均水平的工资，并不意味着所有人都能够达到这一水平。然而，笛卡尔没有犯这种错误。同时，我们也应该注意，笛卡尔在怀疑的第一阶段所做的论证，与所谓的来自幻觉的论证是不同的。关于后者我们将在本章后面的部分中进行考察。
三、第二阶段
接下来，笛卡尔问道，他是如何确定他并不是在做梦呢？他回忆过去曾经做过的清晰的梦。例如，他曾经梦见他是醒着的，坐在火边，就像他现在一样。清醒的梦与醒着的经历很难区分，在这样的梦中，人有可能相信他事实上是醒着的。因而，尽管梦中的情景通常比醒着更为混沌，但是，要在梦与醒之间做出区分，是不大可能的。没有能使人们分清自己是醒着还是在做梦的内在标准或迹象。任何给定的条件都有可能是一种幻觉：它可能是一场梦。笛卡尔的论证可以通过下面的逻辑推理来表示：1不存在人们据之而将做梦从醒着的感觉经验中区分出来的内在标准；
2梦中的经验通常是虚假的；
3因此，我的任何感觉经验都有可能是虚假的；
4我的所有信念都建立在感觉经验的基础上；
5所以，我的所有信念都可能是虚假的。然而，笛卡尔断言，这一论证也不足以证明普遍怀疑的合理性。梦必然由来自现实中的元素组成，诸如形状、大小、数量和时间等这些简单的元素，一定是真实的。笛卡尔这样说实际上是在对第二个前提进行修正。梦中情景并不是现实中实际发生的事情，按照这一认识，梦中经历通常是虚假的。然而，梦中的经历并不完全是虚假的，因为它们包含了现实中的元素。笛卡尔还说，即使他假定正在做梦，二加三仍然等于五，而一个正方形总是有四条边。当他这么说时，实际上是在提醒我们第四个前提是错误的。某些真理是通过理性认识到的。
除了笛卡尔本人对自己的论证心存疑虑外，一些哲学家对怀疑第二阶段的正确性也提出了质疑。一种反对意见认为，即使现在我正在做梦是可能的，但是我却不可能一直处于梦中。梦中经验的可能性需要一些非梦中的经历。然而，这种反对意见似乎并未击中要害。笛卡尔的观点并不是说我们有可能一直在梦中，而是表明，我们没有内在证据或标准可以确切地将梦中经历与醒着的经历区别开来。任何特殊的经历都可能是一场梦。
四、第三阶段
第一与第二阶段仅仅使我们达到上述认识程度。只有更为根本的第三阶段才成功地引出对外部客体存在的普遍怀疑。它存在于一个恶魔的可能性中。笛卡尔假定，可能存在着一个至高无上的、全能的智能精灵，它竭尽全力在欺骗他。笛卡尔认为，在这样的假定中，他有可能被欺骗陷入二加三等于五的思考中。恶魔的可能性使得我们过去从合理的怀疑下获得的信念荡然无存。在“怀疑方法”的第三阶段，怀疑尽其所能带有根本性和普遍性。任何不受这种怀疑影响的信念都将是确定的。
怀疑的第三阶段提出一种根本的怀疑。假如存在一个欺人的恶魔，那么，我在思考我的感觉经验与外部客体的联系或其外部原因时，就有可能产生误解。可能存在的恶魔有力地支持了对物质客体是否存在的怀疑观点。对怀疑的第三阶段的确切论证是什么呢？我们可以对这种论证进行如下表述：1有可能存在一个欺骗我的全能的邪恶精灵；
2如果存在这样一个恶魔，那么我的所有信念都有可能是错误的；