各部门首长进了商讨，最后分别就总统宣誓就职的时间、方式和地点提出书面意见。由于他们的意见分歧，不能就改进办法提出明确建议，也就没有对原来的仪式作一丝改变。3月4日，华盛顿在参议院会议室当众宣誓就职。主持就职仪式的是贾斯蒂斯？库欣先生，在场的有各部门首长、外国使节、在京城的众议院议员，还有一些可以提供食宿的来宾。
在华盛顿进入总统第二任期时，各方面都出现不好的兆头：内阁意见分歧，党争加剧，人们疑心国内有君主政体的苗头，华盛顿的威信也开始下降。在世界历史上，这也是一个不好的时期。因为不久之后，就传来路易十四被推上断头台的消息。美国许多极其真诚地鼓吹自由的人士都对这一事件表示惋惜。他们像华盛顿一样还记得这位可怜的君主在美国的革命斗争中一直是美国的朋友。但是，也有一些热衷于政治改革的人士对这一事件抱着幸灾乐祸的态度，认为这一事件标志着法国君主政体的垮台和一个共和国的诞生。在这一事件之后，接着又有一件事打破世界的宁静，4月初传来法国对英国宣战的消息。一时之间，群众激动极了。人们都在问：在这样一个关头，美国人怎么办？英国是他们的宿敌，法国是一个共和国。在这两个国家中，美国人能够一直做漠不关心的旁观者吗？确实，这场战争的确是法国发动的，但是，法兰西共和国有被颠覆的危险，君主政体有东山再起的危险，美国人应该袖手旁观吗？许多人一时很冲动，恨不得马上把美国推到一场战争中去。幸而，这种好战的冲动还不普遍，冷静英明的华盛顿又及时加以制止。他得到英法开战的消息时，正在弗农山庄。他获悉有准备派出一些美国商船在这场战争中充当私掠船，其中有些商船已经在改装中。他马上就针对这个问题派人给杰斐逊送去一封信。他写道：“英国既已实际开战，我国政府宜于努力严守中立，防止我国公民把我们卷入漩涡。”
他又连忙赶回费城，在4月19日召开内阁会议，讨论在目前这场危机中美国宜于采取的措施，并制定了行政部门的总的行动方案。
在这次会议中，大家一致决定由总统发布公告，“禁止美国公民参加海上的任何战争，警告他们不得把现代国际惯例看做违禁品的任何物品运送到交战国，并阻止他们采取同一个友好国家对交战国的职责不相符合的任何行为和步骤。”
大家还一致决定，假如法兰西共和国派遣使者到美国来，应当给予接待。
华盛顿知道，他的影响和他的政府都处在危险的情况中，很可能要受到致命的冲击。但是，他深信中立是真正符合国家利益的政策；他决心坚持这一政策，不管他在群众中的声望要受到多么大的损害。
过去，为了主持一个意见分歧的内阁，他已经够操心、够苦恼的了。现在，这个内阁又有瓦解的危险。汉密尔顿先生在信中通知他，由于公私两方面的各种原因，他已决定在国会下次会议将近结束时辞去现在的职务。他的目的大概是要让国会有机会对他的行为进行审查。杰斐逊先生7月31日写来一封信，说明他本来就打算在共和国建国将近4年的时候辞去现有职务，后来由于种种原因，他才把辞职的日期推延。他说，现在，这些情况几乎不复存在了，他可以再考虑辞职了。
华盛顿接到这一通知以后，既感到难受，又感到为难。他忧心忡忡地跑到费城附近杰斐逊的乡间住所，前去拜会杰斐逊，向他说明，目前政局动荡不定，很不好办；在这样的情况，他在内阁中的左右手要抛弃他，使他非常难受，因为他不知道到什么地方去寻找有才干的人来弥补空缺；一时之间，他感到十分痛苦，又再一次表示，他当初没有按原定计划辞掉总统职务，现在非常懊恼。
他接着说，现在，群情愤激到惊人的地步，各种政治社团风起云涌。他不知道这一切会怎样发展。下一届国会开幕在即，人数比上一届更多，态度也许会截然不同。看看下届国会开头表示的意见是非常重要的，因此，如果杰斐逊能够继续留任，哪怕是任职到国会这次会议终结的时候，他也会感到很大的安慰。
杰斐逊在回答时提出的借口是，他十分讨厌政界的生活，而且在这个职位上，他感到很不自由—这一因素对他似乎有极大的影响。汉密尔顿和他本人的意见分歧特别令人不爽，也损害了不可或缺的和谐。至于共和党，他深信共和党没有任何反对现行政体的意见。他坚信，下届国会不会采取任何重大行动，仅仅会设法使自己的机构成为独创的机构。
华盛顿回答说，他相信共和党的意图是完全正确的。他说：“但是，在人们把一部机器开动起来之后，他们就不能使机器恰好在他们所选择的地方停下来，也不可能指出机器要在什么地方停下来。我们现有的体制是一一种非常好的体制，如果我们能够使它保持现在的面貌的话。”
他又谈到杰斐逊经常怀疑有一个党想要把现存的政体改为君主政体。他说，他比合众国任何一个人都更坚决地反对这种改变。
杰斐逊说道：“合众国任何一个有理性的人都不怀疑你有任何其他想法，但是，每一星期，我们都可以证明君主派在不断发表胡扯言论，说什么我们的政体一点都没有用处，完全是一种一推就倒的脆弱玩意，说什么必须把它推倒，重新建立一个更有意义的政体。”
华盛顿说：“如果真是这种情况，那就证明他们精神失常。因为在联邦境内，共和精神已经深入人心，十分明显，谁要是想铲除它，都是一件奇怪的事情。”
华盛顿一直在不断地努力调解他邀请来帮助他管理政府的两位知名人士之间逐渐增长的嫌隙。他对杰斐逊的才能、外交事务知识和彻底的爱国主义，仍然有极高的评价。他真诚地希望杰斐逊在整个下次国会会议期间一直留在内阁中。他相信，到下次国会会议结束时，对外关系、印第安人的骚乱和国内政策等方面的政局会比现在更加明朗，他还希望能有所好转。因此，两人达成一项中间的解决办法：允许杰斐逊在秋天暂时停职，回来以后一直任职到1月份。
正当华盛顿呵护备至的美国中立受到法国公使吉纳的阴谋诡计的严重威胁的时候，英国内阁的不明智举措也使美国中立马上陷入岌岌可危的情况。
法国由于作物歉收，出现严重粮荒。人们都担心发生饥荒。英国却利用自己的海军优势，决心为断绝法国的一切海外供应，从而增加法国的困难。为此，英国在1793年6月命令自己的巡洋舰把一切开往法国的载有玉米、面粉或玉米片的商船都加以扣留，强迫这些商船进入港口，卸下船上的货物，加以收购，对运费给予适当补贴，然后再把商船放走，再不然就强迫船主立下字据，保证把货卸在对英国友好的港口。这一措施引起美国各党派的愤怒。美国政府也对这一措施严重提出抗议，指出这一措施违背中立国的法律，根据对国际法的正当解释，也并不是没有道理可言。
英国还不断地劫持美国海员为他们服务。由于美国人和英国人同种同族，美国海员特别容易遭到抢劫。这也促使反对英国的不满浪潮更加高涨。
引起反英情绪的缘由，除此以外，还有英国拒不归还按照条约的规定理应归还的大湖区南侧的碉堡。华盛顿觉得自己无法采取铁腕手段坚持我们的条约款项。有些人则坚决要求他这样做。在有些州法院中，已经有人提出问题，要阻止我方履行条约中同偿还战前欠英国的债务有关的款项，激烈的亲法派根本不考虑我方的这些弱点，而要求立即夺回大湖区南侧的碉堡。但是，华盛顿认为，即使我们认为采取这种强硬措施是适合的，我方也应该首先认真履行我们的义务，这是必要的前提。华盛顿在一切行动中都是不偏不倚，主持公道的。在这件事情上，他也采取了坚定信义的谨慎态度。亲法派作家却认为他这种态度说明他对英国偏心，而歧视“我们的老盟友”。
杰斐逊辞去了国务卿的职位。
众议院全体委员会很快就对杰斐逊先生提出的商务报告进行了评议。麦迪逊先生根据这一报告，提出一系列有关美国商人应当享有的特权和他们应当受到的限制的提案。在辩论这些提案的过程中，议员们争得十分激烈，而且出言不逊。商务报告主张通过差别待遇从对英贸易转变为对法贸易，根据这份报告提出的提案也主张这么做。他们的目的是要用商业壁垒来对抗劫持商船的行动，用报复性的关税来实现商业上的彻底平等。他们的出发点是认为，英国商业系统仇视美国。可是，在辩论过程中，却有一些议员强烈反对这一意见。