人群中的新政派对罗斯福富有战斗精神的人道主义报以欢呼喝彩。两周前，罗斯福已向国会提出一项计划，要求通过工资工时法案和清理贫民区法案，改组政府行政部门，续订互惠贸易协定和建立几个地区性的类似田纳西水利局的机构。但是最高法院看来似乎是一心想破坏新政，他要怎样对付它呢？在审理的16项案件中，大法官们对11项作出了不利于行政当局的裁决，人们已表示担心，社会保险和瓦格纳法也会被宣判违宪。罗斯福在发表第二次宣誓就职演说时没有提出任何具体措施，而是敦促美国人民“坚决要求民选政府的每个部门都用有效手段来执行他们的意愿”。罗森曼留神观察了首席大法官听到这些话时的面部表情。他在离开时确信，休斯“懂得总统在念到‘每个’这两个字时加重了语气的用意。”
在过去两年里，罗斯福一直想到对最高法院进行改革。他是美国第一位任职四年而未能亲自任命一名大法官的总统，这一点使他觉得很不痛快。他常常跟朋友和伙伴们谈论这个问题。有些人要他谨慎从事，他们之中有参院司法委员会主席亨利·艾休尔斯特参议员。他说，大法官们都年事已高，再过几年这个问题就自然而然地解决了，因为随着大法官们的逝世和退休，最高法院会出现空缺，罗斯福可以用他的人来补缺。他预言：“命中注定由你任命的大法官要比华盛顿将军以后任何一任总统任命的都更多。”另一些人敢作敢为。费利克斯·弗兰克福特对总统说：“那些研究我国宪政制度和我国社会需要的学者，看到最高法院中多数盲目的、固执的大法官造成的这种僵局，都不会感到满意的。”这位教授接着说，司法部门的保守派显然在用他们自己对法律的解释来维护他们的经济与社会偏见。总统完全有理由要求用修改宪法的办法加以补救。
罗斯福说，实际上，最高法院对于收到的状书和上诉书有81%未予受理，而且没有说明任何原因。他说：“联邦司法机构的人员不能胜任交给他们的工作。”他把这归咎于法官们“年事已高或体力不济”，可是仍一心想留在最高法院里。他接着说：“如果能不断地、有计划地补充年轻的血液，就能给法院增添活力，使它具备更好的条件，去认识和根据不断变化的世界需要和实际情况运用基本的司法概念。”
保守派政治家和报刊立刻对这项往法院里安插人员的计划给予抨击。赫伯特·胡佛盼望1940年的选举，希望届时能结束痛苦的游荡生活，重返白宫。他给罗斯福的反对者们提出一句口号：“不许碰最高法院！”股票市场价格下跌。保守派的民主党人，如弗吉尼亚州的卡特·格拉斯等人，指责这项计划不道德，是自共和国成立以来绝无仅有的。《纽约先驱论坛报》说，如果罗斯福的建议成为法律，那就“会把美国自立国以来一直存在的国家断送掉”。美国商会、自由联盟、美国革命女儿会、美国退伍军人团以及全国制造商协会都随声附和。一些律师协会、州议会、吉瓦尼斯俱乐部以及妇女俱乐部也纷纷通过决议，指责这项计划。堪萨斯州众议员尤利塞斯·盖耶模仿莎士比亚的悲恸腔调喊道：“我们这个皇帝吃的是什么肉竟然长得这么高大？”沃尔特·李普曼一本正经地说，提出这项计划是发动“一场不流血的政变”。
富兰克林·罗斯福怒不可遏，他向美国人民陈述了他的立场。3月4日。有百元一客的筹款祝捷宴会上，他呼吁全体民主党人紧密地团结起来，共同捍卫在过去四年里取得的成就。他不再佯称他只是想提高法院的效率，而是宣称新政的前途危在旦夕。他说，最高法院“掌握着否决”所有重大的“新政”立法大权。法院颁布的禁令已使瓦格纳法的实施陷于瘫痪，并鼓励大公司公然蔑视这项法规。水灾和旱灾波及全国，而低一级的联邦法院却颁布禁令。使田纳西水利局无法开展工作。总统接着说：“就是现在，全国还有三分之一的人饥不饱腹，衣不蔽体，居住的条件极差！如果我们对信任我们的人守信用，如果我们要想使民主政体获得成功……我们就必须采取行动--现在就采取行动！”
罗斯福无意后退，采取折衷办法可能了结这件事情。另外，关于改革法院的斗争已经发展，而不仅仅是政府的行政部门和立法部门争夺权力的斗争。在总统看来，这场斗争现在已经成了自由派和保守派的决斗。哈里·伯德、米勒德·泰丁斯和沃尔特·乔治之类的保守派民主党人长期反对新政，但是从南北战争以后以及尔后的重建过程中开始形成的政治传统使他们不能同共和党人结盟。罗斯福认为，如果他放弃这场斗争，那就意味着把民主党的未来葬送在这些保守派的手里。他已表示不谋求第三个任期，如果他输掉这场斗争，他就不能提名他的接班人。所以，如果他希望完成他宏伟的计划，那么在这场彻底战胜新出现的保守联盟的斗争中，他就不能心慈手软。
“你看法院问题的情况如何？杰克”。罗斯福问加纳。加纳此时已从得克萨斯州回来，并对参议员的意见私下作了一番调查。
“你是希望通过原来方案，还是折衷方案？”
“原来方案”，总统笑着回答。
“好”，加纳回答。“那你输定了，你没有那么多票数。”
于是，罗斯福决定认输。惟一可行的，就是让加纳来缔结一个协议，保持总统已经下降的声望。7月22日，即在罗斯福首次宣布他的建议后的168天，这场斗争终于结束了，参议院悬殊的票数决定把法院改革法案送回委员会。一星期后，加纳强迫参议院通过一项软弱无力的替代方案。要求对比较低级的联邦法院实行无关痛痒的程序改革。对最高法院只字未提。
从表面看来，富兰克林失败后心绪还平静，然而伊克斯着重指出：“最近的打击使他头晕目眩。”他不仅由于最高法院改革的斗争而受到损伤，而且遭受到工潮的打击，面临着可能使新政的成就丧失殆尽的经济衰退。
经济情况继续恶化，而罗斯福对于采取什么解决办法举棋不定。一天他在记者招待会上沮丧地说，他最近收到两位颇有影响的经济学家的来信。“一封信说，全部问题在于资本转为信贷的速度，所以不要把注意力放在购买力上。另一封信说，忘掉所有关于资本转为信贷的速度的数学公式吧。全部问题在于1.3亿人的购买力。”11月，他要求国会召开特别会议。“如果私营企业不对危机作出反应”，他声称，“政府就必须着手处理萧条问题。”
1938年6月24日晚上，总统在炉边谈话中打响了清洗的第一枪。他谴责那些反对自由主义改革政策的民主党人是“毒蛇”。为了预防人们攻击他干预地方选举，他声称：“作为民主党的领袖……负责执行1936年民主党纲领中提出的确定自由主义的原则宣言，我认为我完全有权在少数几种场合中讲话，因为在这些情况中，力争民主党提名的候选人之间显然存在着涉及这些原则或者涉及滥用我的名义的争论。”
清洗的主要目标有佐治亚州的沃尔特·乔治、南卡罗来纳州的“棉花埃德”·史密斯、马里兰州的米勒德·泰丁斯、内华达州的帕特·麦卡伦和科罗拉多州的阿尔瓦·亚当斯这几位参议员以及纽约州的众议员约翰·奥康纳。罗斯福采取的手法多种多样。有时罗斯福来自带头攻击，有时由代理人传达总统的祝福和诅咒。得宠的人受到热烈欢迎，被贬的人受到冷落，忠贞的党员对罗斯福的决定感到惊愕。法利想说服他不要采取这一步骤，但是法利这颗明星在白宫的天空中在暗淡下去。
由于干预地方选举，罗斯福就在道义上失败了。不久以前的斗争使人们想到“向法院安插亲信”，而“清洗”则引起了集中营、强迫劳动和行刑队这些不祥的幽灵。总统干预的必然结果是使那些受攻击的人成为烈士。
然而，要说1938年的国会选举是全面否定“新政”和富兰克林·罗斯福，那是不正确的。《幸福》杂志在翌年年初举行的一次民意测验表明，60%以上的人在某种程度上拥护罗斯福及其政策。尽管共和党大获全胜，罗斯福仍然连任总统，这是詹姆斯·门罗以来的第一次，而门罗在第二任期结束前，他的党还控制着国会。人们可能对新政感到厌烦，但是并不希望它解体。大萧条造成的紧迫感消失了，美国人寻求恢复传统的生存方式。正如伍德罗·威尔逊曾经指出的那样，美国人只能在非常有限的时间里容忍改革引起的紧张和动乱。
但是，罗斯福不再全神贯注于国内事务了。由于战争风云正从大西洋和太平洋彼岸席卷而来，他越来越关心外来的危险和美国的防务了。