沿途他经常碰见茂密的大飞帘丛林，可是这些大飞帘还没有长到能把骑马者掩藏起来的高度，而且要想穿过大飞帘丛林，只有走过去人们踩出的小径。当地强盗曾利用这些丛林来袭击走在这些秘密小道上的旅行者。所以，对达尔文提的“这里强盗是否很多”的问题，人们给予奇怪的问答：“飞帘还没有长高。”
达尔文有时从桥上，有时搭乘大桶做成的渡船，渡过了几条小河，即巴拉那河的支流，并在去圣尼科拉斯途中的第三天，初次看到了壮观的巴拉那河及其浑浊的河水。他在提尔西罗河一带找到了一些分散的骨骼和一些巨大的箭齿象牙齿化石。船工们早就发现了这些突出地面的骨骼，但由于不会解释这种现象，就作出结论说，箭齿是一个跟一样的穴居大型野兽。达尔文于10月2日来到圣菲。他马上就感觉到这里的气候比较暖和，长浦着观赏树叶的商陆树在这里明显地高于一般，出现一些仙人掌和其他植物的新品种。能碰见不少新鸟类，而且这一带地方总的特征也还是那样。在炎热的天气里，土壤都非常灼热，一缕缕暖空气袅袅上升，而蜘蛛分泌出蛛网之后，就被这些正在上升的气流托起，可以看到许多附着蜘蛛的蛛网正在飘飞。懂得，为什么他有时一下子就挖掘出这么多的被埋葬在一块的动物。人们告诉他说，在布宜诺斯艾利斯省的北部和圣菲省的南部，所有的植物在大旱时期都旱死了，所有的河流都干涸了。鹿都聚集在院子里的水井边找水喝，鹧鸪也已渴得几乎无力飞走。死了约有100万头牛。几千头牛冲向巴拉那河，陷在巴拉那河的沼泽地里，在那条流经圣佩得罗的河流的水流里，积满了腐烂的兽尸。接着就是洪水泛滥，沙滩和淤泥上覆满了动物骨骼。达尔文听了这些叙述后想道：“人们并不认为这是由于大洪水的作用所造成的。”
10月12日，头痛病又犯了，达尔文决定用最放心的办法，即搭乘一只小单桅船返回布宜诺斯艾利斯。他们路过了树木众多的群岛。这里有许多水豚和以食水豚为生的猛兽美洲豹。过去人们在旅途中谈论的话题是“印第安人的踪迹”，而现在人们谈论的话题是“老虎（即美洲豹）的踪迹”。这种动物在这里特别多，它们经常在树林里袭击马、牛和人，特别是樵夫。有人说，在圣菲有一只美洲豹钻进了教堂，咬死了二名到那里去的牧师。人们不得不从上面拆掉一个墙角，从那里开枪把这只美洲豹打死。美洲豹经常用爪子从树干上一块块把树皮揭下来（当地居民认为，它们是在把爪子磨利），而达尔文也看到了美洲豹在这里呆过的这些踪迹。
达尔文在这里看到了一种与燕鸥相似的鸟，叫做剪嘴鸟。它长着一个窄条形的嘴，下半片嘴比上半片嘴长得多。达尔文看到剪嘴鸟如何用下半片嘴贴着水面迅速地飞来飞去，灵活地把它的嘴所碰到的小鱼从水中叼出来。
达尔文由于在布宜诺斯艾利斯市没有等着“贝格尔”号，在那里呆了两个星期后，就搭乘开往蒙得维的亚的邮船，11月4日，他存蒙得维的亚找到了“贝格尔”号。该舰为了画完所有的海岸图，把起航日期拖延到了12月初，所以达尔文再次登岸，决定再深入到当时叫作班达奥利恩塔耳，现在叫作乌拉圭的国家去考察一次，他这次考察用了两个星期，即从11月4日到18日。他预定要去的一个地点就是位于蒙得维的亚以西的科洛尼亚·德尔·萨克拉明托城，而他也打算从那里沿乌拉圭河上流到乌拉圭河东支流的里奥内格罗河（这是同一名字的另一条河）沿岸的小村落梅塞德斯去，然后从那里径直返回到蒙得维的亚。
刚一上路，他就不得不乘小船多次渡过流入拉普拉塔河的河水横溢的河流。使他感到惊奇的是，完全不习惯于游泳的马却很容易地游过一些达500米之宽的河流。由于最后几次在陆地旅行时所见到的平原都是极为平坦的，所以现在他看到的地方就呈现出高低不平的丘陵状。许多小溪和碧绿繁茂的草原使风景更增添了诗意。达尔文第三天到达了科洛尼亚·德尔·萨克拉明托。在附近的畜牧场里，达尔文感到惊奇的是一种样子像狮子狗的本地牛“尼阿塔”。达尔文指出，属于这种奇特品种的动物只能食取长得很高的草类，所以在大旱期间，它们由于上唇短而不能食取长得很矮的草类，就轻易地死掉了。
达尔文在走到清澈的河水迅速流向南去的壮丽的乌拉圭河岸时，便向北拐去。他不得不骑马穿过一望无际的、常常高过骑马者头顶的飞帘丛和有马背那么高的西班牙蓟丛。因为牲畜很容易在飞帘丛中丢失，所以这里特别好的畜牧场都密密地坐落在没有飞帘的低湿河谷的地方。达尔文终于到了乌拉圭河的支流里奥内格罗河。从山上一眼望去，这条河流的风景美丽如画。它又宽又深，水流湍急，从悬崖峭壁的山麓绕行过去，在它拐弯处的外而有一条森林带，而在地平线的远处部是绿茵茵的草原。
达尔文在从梅塞德斯返回的途中，又偶然发现了一些古生物残骸：在这里他也挖掘出一部分磨齿兽的头骨、箭齿兽的头骨和几片大犰狳的甲壳。一些地方的名称--兽河和巨兽山也表明，整个国家都是这些绝灭动物的坟墓。
达尔文回到蒙得维的亚，一个星期后搬到“贝格尔”号上，“贝格尔”号上完水并曳拖上从洛乌那里买来的“埃德文切尔”号纵帆船，于12月7日往南朝巴塔哥尼亚方向驶去。
如果不把一望无际的无数群白蝴蝶向“贝格尔”号铺天盖地飞袭而来这件事算在内的话，那么可以说，这次航行是一帆风顺的。在离哥连德角不远的地方，被达尔文撤到海里的一张小网捞取了许多在海中浮游的活甲虫，其中一部分是淡水栖甲虫，一部分是陆栖甲虫。达尔文把这种现象解释为：有一条来自淡水湖的小河在离哥连德角不远的地方流进海里。
八、成为博物学家
12月20日，“贝格尔”号驶进了希望港口，于是在达尔文面前展现出一片真正的荒漠，在荒漠的班岩块体的上面展现了一片辽阔的平原，混杂有淡白色的泥土的圆形砾石，长着棕偈色粗硬的草的寥寥无几的地块，多刺的灌木丛覆盖在它的上面。食物、植物和动物奇缺是该荒漠的主要特征。从一些地方名字如“饥饿港”就已表明这一点。然而达尔文10月24日在这里的无数羊驼中还是射到了一只。这只羊驼除了内脏以外，净重70公斤。达尔文在《航海日记》中记道：“所以，我们就有了供大家过圣诞节用的鲜肉了。”
就这样，达尔文在“贝格尔”号上的旅行生活又过去一年。他已茁壮成长为一个博物学家和旅行家。物种起源问题也就愈来愈广泛地在他面前展开了。恰恰在南美洲，有如此之多的贫齿目化石的发现，许多邻近物种的地理分布，对于动物的绝灭、动物的适应、动植物的相互斗争的观察，所有这一切都在为怀疑赖尔对物种所持的观点的正确性提供根据。达尔文在这一年仍继续研究南美洲的地质情况。他的研究工作经常是在困难的环境中进行的，要有十分耐心、孜孜不倦和坚韧不拔的精神，要有做出正确判断的卓越才能，要有善于博得当地居民信任的本领。如果说他在学生时代作为一个采集家、收藏家和猎人就已初步表现出了这些品质的话，那么现在他已锻炼成为一个善于思考、善于给自己提出问题、并且设法解决这样或那洋问题的博物学家了。
九、本种与变种
“贝格尔”号继续测量海岸，为了避免触礁和激浪的冲击，夜里该舰不是下锚，就是开往海上。1834年1月12日，它终于开进了一个良好而宽广的海湾圣胡利安港。达尔文和费茨·罗伊把一部分水兵留在小船停泊处的岸上后，便和其余的水兵一起到这个地区的腹地去。可是这个地区特别荒凉，他们都累得疲倦不堪，特别是带着工具和笨重双筒枪的费茨·罗伊。到处都没有淡水，他们口渴得要命。他们登上一个小丘远眺，发现离他们很远的地方有两个闪闪发光的湖。然而大家都已累得筋疲力尽，都不敢到那里去。如果到那里去，看到这是两个盐湖的话，那么他们就会渴得浑身无力而走不回来。达尔文认为自己在这些长途徒步跋涉中，比费茨·罗伊和水兵们多受了些锻炼，便自告奋勇地要单独去一趟，并约好那里如果有水的话，就用信号通知留下的人。
费茨·罗伊和水兵们不安地目送着达尔文，看到他在地图上被人们称之为渴丘的丘巅之上，走下山丘来到一个湖边，可是他毫不停留地马上离开了这个湖，又走到另一个湖边，也同样没有停留就离开了这个湖。大家从他那往回走时所迈的缓慢步伐就明白，这是盐的沉积物而不是湖。
然而费茨·罗伊就是在山丘上稍事休息了后，也很难返回小船。所以，达尔文和水兵们只好留下一个来陪伴舰长，然后就匆忙往小船走去，达尔文第一个到达，马上命令从原来留下的人中抽出几个人带着淡水去接费茨·罗伊。当时，达尔文自己还不感觉特别累。可是到了第二天，他就浑身发冷，一直在床上躺了两天。
1月底，费茨·罗伊舰长、达尔文和水兵们，一部分人乘“贝格尔”号，另一部分人乘坐小船去勘探麦哲伦海峡。最后“贝格尔”号停泊在饥饿港。从这里可以望见火地岛最高的山中的一座山，即离该港150公里外的萨尔明托山。达尔文在这些地方又可对许多有趣的关于生物地理分布的情况进行观察了。麦哲伦海峡的两岸具有过渡的特性。在这里，巴塔哥尼亚的生物和火地岛的生物混合在一起。时常可以同时看见这一地区或那一地区的植物。
达尔文登上海拔600米左右的塔尔恩山。在连续下了三天的倾盆大雨后，山上的树木是这样的茂密，尽管海峡里暴风怒号，这里的树叶却一动也不动。堆满了大量腐烂树干的深沟与河谷使人望而生畏。脚一踏在这些树干上就陷到膝盖处，旅行者经常滑倒，特别是他们想靠一下的某些树干，原来是轻轻一碰就会粉碎的烂木头。最后树木愈来愈矮小，到山顶上就光秃秃的什么也没有了。从山巅上看到周围是些不规则的山脉，上面点缀着片片雪迹，看到有绿里透黄的河谷和大海支流。这里刮着刺骨的寒风，而空气却充满了雾气。下山很不费力，然而人们在下山时却经常滑倒。
“贝格尔”号离开麦哲伦海峡返回后，又向南拐，继续测量东火地岛的东岸，这次测量终于完成了。达尔文在圣塞瓦斯蒂安港看见了一幅壮丽的景象：无数条口内有齿的抹香鲸正在嬉戏，全身跳出水面后，再倒身扣打下去，发出巨大的拍水声，这种声音很像大炮的发射声。
“贝格尔”号在绕过位于东火地岛东南端的圣地亚哥角时，陷入了一个非常大而又危险的漩涡，没有风，南来的浪把舰冲往塔腾群岛的西端，尔后又把该舰冲往该群岛的东岸。“贝格尔”号从这里又向火地岛南面的一些小岛驶去，并停泊在武拉斯吞岛。达尔文以前在这里就曾碰见过最可怜的火地岛人。这些部落甚至都没有首领，每个部落都仇视邻近的部落，他们相互之间都为一片荒无人烟的地带或中立地区所隔离，两个部落彼此都竭力争夺那些少得可怜的生活资料，即悬崖下和海岸上的贝壳、鱼类和海豹。他们的主要财产是独木船，打从欧洲人认识了火地岛人以后的250年间，这种独木船还是老样子。同处于最不开化的原始状态的人的多次会见。当时大概就使达尔文“追溯到许多世纪以前，并且问自己，难道我们的祖先也是这个样子吗？我们对于他们的手势和表情动作的了解，还不如对家畜的了解哩。他们是这样的人：虽然未被赋予动物的本能，但是看来人的智慧，至少说由智慧所产生的活动，他们也无法能说有”。
2月26日，“贝格尔”号进入贝格尔河，费茨·罗伊前些年就曾乘坐小船沿着这条河旅行过。这一次，“贝格尔”号在航行中熟练地顶着西风迂回行驶，通过了这条河。火地岛人一边不停地重复喊着“雅密尔舒纳尔”，一边进行着交换，用鱼和蟹来换取一些破布条。
3月初，达尔文和费茨·罗伊利用一个好天气，最后一次参观了朋松布海峡的北部，那里有一座高度甚至超过萨尔明托山2000米的壮丽的达尔文山，也参观了伏里阿海港。他们的熟人琴米乘坐着一只挂着一面小旗的独木船向他们驶来。他怀着平常那种温和的感情，把两张水獭皮送给了自己的英国朋友，还把他亲手做成的几个矛头和箭头送给了舰长。当“贝格尔”号向着大海驶去的时候，他就在沿岸的一个山岗上燃起一堆火，作为送别的信号。
3月10日，“贝格尔”号又停泊在福克兰群岛附近的巴尔克里湾。达尔文在这里仍然顽强地、毫不动摇地继续进行自己的博物学家的工作。3月16日，他带着两名高楚人，对环绕着这个岛的部分地方，进行了一次考察。不管是寒冷的天气，还是夹杂着冰雹的暴风雨，也不管是只有地质意义的不毛之地都阻止不住达尔文。在旅途中经常碰见一小群大雁和田鹬。而野牛和从前法国人运到这里来的马匹，却吸引住了达尔文的主要注意力。他满意地观察着高楚人多么灵敏地往野牛脖子上投套索，向野牛后腿的主腱上用刀一刺，使它不能再迅速地向前奔跑，刹那间就把刀刺入脊髓的顶端，然后就把野牛杀死。他和高楚人一起吃野牛肉，为了不使一滴肉汁流失，他们连皮烧烤。因为这个岛上的人通常是把容易对付的母牛杀死吃肉，所以这里就大量出现了野公牛，它们常常向人和马猛冲过来。达尔文观赏了高楚人拖倒野牛的敏捷动作，他们一个人把一根套索抛到牛角上，另一个人把另一根套索抛到它的后腿上，刹那间就把向马猛冲过来的这头公牛拖倒在地。
达尔文指出，特别重要的是，在福克兰群岛上，变野了的牛不断繁殖增多，而且具有健壮结实的特点；而一群群野马却在不断地退化，它们个子长得不大，许多野马都害有跛脚病，所以小马经常死掉。达尔文认为马的跛脚是由蹄子变长所造成的。至于小马的死亡，他认为是由于公马强迫母马抛弃小马而造成的。在任何情况下，变野了的家畜向他清楚地表明，有一些类型的生物比其他一些类型的生物更能适应新的生存条件。他还注意到牛在这里分成了三种不同的毛色。
十、怀念家乡