葡萄牙人开拓的对日贸易，也为西方文化的传播带来了契机。天文十八年（1549年）八月十五日，耶稣会传教士方济各·沙勿略搭乘商船在鹿儿岛登岸，他的到来预示着一场外来文明的暴风骤雨即将来临。沙勿略先在鹿儿岛一带传教，逐渐渗透到山口、丰后、平户等沿海港口地区，然后进入本州之商业城市坍市及政治中心京都，两年后离开日本，病死在澳门附近的上川岛。
继沙勿略之后，天主教传教士络绎而至。他们以贸易为诱饵劝说大名接受洗礼，从而获得在大名领地内传教的权利。这些信教的大名当时被称为“切支丹大名”，主要分布在九州沿海地区，着名的有丰后国的大友宗麟、肥前国的有马晴信和大村纯忠等。
西方传教士在九州站稳脚跟后，将视线投向室町幕府上层人士。1559年维列拉到京畿传教，受到足利义辉将军的保护，上层武士相随信教者甚众；1568年弗洛伊斯面谒织田信长，获准在京都其建教堂（俗称“南蛮寺”）。
日本的天主教信徒，不单是大名和武士，包括商人、农民、渔民等广大阶层。据统计，1570年全国信徒约2万~3万人，1582年增至15万人，1600年达到30万人。天主教传播速度之快、影响面之广，确实令人惊讶。
传教之初，为了达到迅速普及的效果，《圣经》等文献的宗教概念和用语都采用照搬照馓假名或汉字标记，使受众容易理解教义的内容；同时，教义传播与当地风习相结合，通过琵琶法师说唱的方式传播，还利用包括谣曲在内的日本民间艺能演出新旧约的故事。有的传教士为了适应当地习俗，甚至身穿佛教法衣在大街小巷说教，传播其教义和文化上的自由、平等、博爱精神。
布教者成立神学院、培训所等教育机构，培养传教士和拉丁语、数学、天文、地理、音乐、绘画等方面的人才，还带来印刷技术和印刷所需要的铅字等设备，开始印制图书，主要是《圣教要理》、《信心录》、《劝善抄》等宗教书17种，《平家物语》、《伊曾保物语》、《落叶集》等文学书6种，《拉丁文典》、《拉丁语日语辞书》等语言学书5种。印刷事业刚起步就达到这个水平，这是很难得的。
随着天主教的普及，各种西方宗教艺术也传到日本。首先是圣像画。天文十八年（1549年），访日的传教士带来了《圣母玛丽亚像》，赠给萨摩太守岛津贵久。赠送时，岛津贵久与家族、家臣一起在像前下跪，以表敬意。信众也对西方宗教画产生浓厚的兴趣，乃至在岛原之乱时，阵中的军旗上绘有天主教堂用的圣像画。西方宗教画的技法也被日本画师所吸收，一时间天主教绘画大为流行。浦上天主堂收藏的《玛丽亚十王玄义图》完全模仿西方的版画和油画，画题都取自《圣经》。这是日本与西方美术最早的交流，初步形成了日本早期西洋画的画风。
人们对西方文化，特别是西方绘画产生了莫大兴趣。此时传入的西方宗教画和模仿绘制的西方宗教画已满足不了人们对西方艺术的追求，于是又引进西方绘画技法，扩展画题，除了绘制宗教画外，还绘制西方风俗画，着名的有《泰西王侯骑马图》、《泰西武人图》、《洋人奏乐图》、《师父二童子》等，巧妙地采用了西洋画的明暗法，来描绘人物，形象栩栩如生，学习西洋画技法已达到圆熟的地步。在运用西洋画技法绘制风俗画的同时，也采用日本画的技法描绘西方船只入港和西方人赴日情景的风俗画。
在伴随布教而展开的文化教育活动中，还有一项重要的活动，就是传播西方学术，首先是医学。弘治三年（1557年）起，西方教会先后在日本丰后、长崎、京都、大阪士界市、和歌山等地创建医院，按西医学分内科、外科等，为大众治病和传播医学常识，还办培训班培训日本医师。接着是传授天文学，庆长十六年（1611年）在京都开设教学院，讲授天文学、地理学和数学，宣扬地动说、天体观测法、地理测量法和航海技术，给日本人增加了新的科学知识，比如日本人于当时就开始在日本实地测量，绘制日本地图。这些举动促进了日本科学的进步。
有人从五个方面分析其中原因：战国大名利用天主教加强经济和政治实力；传教方式日本化；广泛兴办社会慈善事业；顺应民心；耶稣会士的主观努力。除了上述日本的特殊情况，从整个东西文化交汇的背景来看，文艺复兴后欧洲创造的科学技术、人文思想等先进文明，伴随天主教、基督教在全球范围内传播，东西贸易与之相辅相成，在16世纪以后形成一股难以挡拒的潮流。
自从葡萄牙人揭开了日本的神秘面纱，“岛上确实有黄金、白银和其他财宝”的消息迅速传开，此后葡萄牙的商船几乎每年驶入平户、长崎、府内（今大分）等诸港，从事获利盛丰的“南蛮贸易”。天正十二年（1584年）西班牙人接踵而至，贸易的规模逐渐扩大。
继葡萄牙人和西班牙人之后，荷兰人、英国人接踵而至，进行交流和贸易。接着，西方先进的铸造技术也被引进来了，日本实现冶炼技术的革命，打下了金银铜铅的采矿和冶金技术的基础，除了制造洋枪洋炮外，冶炼技术也成为介入这一时代文化生活的重要楔子。比如，此前日本茶道用的茶锅是中国式的芦屋锅和高丽式的天明锅，但到了安土桃山时代，由于它们的制作技术落后，适应不了当时茶道迅速发展的需要，于是有人开始利用引进的新技术制作京都锅，它的纤细之美与当时流行的草庵式茶室和“空寂”茶道精神十分契合，广受茶人欢迎。
南蛮贸易带来了西方的物质文明，诸如鸟铳、望远镜、帽子、披风、雨衣、西装、手杖、床铺、椅子、眼镜、钟表、香烟、面包、天鹅绒，等等，成为社会时尚和身份标志。与此同时，通过天主教传播的西方精神文明，诸如一神信仰、一夫一妻制、基督教文学、西洋音乐、天文地理知识、社会福利事业、绘画技法，等等，对日本社会造成的影响更为巨大和深远。
随着技术的引进和对外贸易的扩大，西方的精神文明在日本实行锁国政策一个世纪之后也相伴而至。上述西方人带来了以天主教为中心的西方文化。由于这些传教士漂泊于印度、东印度地区布教，他们是从南方海路赴日，所以被称为“南蛮人”。他们带来的天主教文化，包括印制传教刊物用的印刷机和印刷技术。事实上，从广义来说，这些“南蛮人”带来的“南蛮文化”，还包括他们从南亚带来的亚洲诸国的文化。这一时期从西方传入的文化，不论有形还是无形、物质还是精神，我们统称为“南蛮文化”，在此作一概略的介绍。
一、宗教思想。
天主教信奉唯一的上帝，反对偶像崇拜及祖先信仰，主张神权高于君权。当时日本处在“下克上”的时代，世俗权利高于一切。手握兵权的将军不把天皇放在眼里，实力雄厚的大名不听将军使唤，加之日本人信仰的佛教、儒教、神道，在天主教看来均属邪教异端。因此，天主教在日本的传播，意味着日本人的宗教信仰出现了根本动摇。
二、伦理道德。
天主教主张男女平等、个人自由、一夫一妻，重视贞操反对淫乱。在日本的封建体制中，讲求主从、忠信、身份，形成严格的上下等级秩序，犯错的部下可以通过剖腹自杀赎罪，然而信教的武士认为自杀是对神的亵渎，往往拒绝剖腹，对武士社会的道德规范形成冲击。在日本，由于受儒教“男尊女卑”观念的影响，女性地位低下，一夫多妻流行，和尚娶妻纳妾普遍。这些现象均遭到天主教的指责和攻击。
三、科学技术。
欧洲经过文艺复兴和宗教改革运动，科学技术有了长足的进步，天主教出于传教目的，将天文学、地理学、历算、测量学等知识传入日本。以地理学为例，当时日本的世界地理知识限于日本、中国、朝鲜、印度等东方地区，葡萄牙人带来绘制精确的世界地图，大大开阔了日本人的眼界。人们甚至把世界地图绘制在屏风上，作为艺术品鉴赏，这类《南蛮地图屏风》尚有10余种流传至今。葡萄牙人传播的西方科技，还包括西医、枪炮、航海术、冶金术、活字印刷等。
四、文教事业。
天主教为了培养本地的传教人士，在各地积极兴办教会学校，建立了全日制教学模式，为无缘进入藩校的平民百姓提供了接受教育的机会。除了初等学校之外，教会还创办了专业化的神学校和神学院，课程包括神学、哲学、自然科学、拉丁文学、日本文学等。教会的另一项文教事业，是出版各类书籍，包括《日葡词典》、《伊索寓言》、《平家物语》等。
五、西方艺术。
天主教从西方传来或在日本创作的艺术品，包括绘画、工艺、建筑、音乐等。绘画主要是宗教题材的彩绘，与日本流行的水墨画意趣迥异，这一时期油画、壁画、铜版画等技法传入日本，成为日本洋画的源头。工艺品中最引人注目的是漆器和陶器，这些器皿的制造技术不能说比日本高超，而是其造型、图案、色彩独特，富有浓郁的异国情趣。天主教的教堂被称为“南蛮寺”，不过风格与日本的寺院、神社有所不同，如屋顶竖有十字架，内部设有礼拜堂，墙壁和天花板绘制宗教画等。教堂举行礼拜时，必有音乐伴奏，还有唱诗班表演，西方的乐器、乐谱也随之传入。
沙勿略来日传教以后，天主教发展很快。丰臣秀吉继信长之后执政，在其统治之初，还没有马上改变对天主教的政策。他首次同意天主教徒在大阪城内建立教堂。但天正十五年（1587年）征伐九州时，他将注意力从大阪摒市转向九州，以博多为基地，更多地关心与中国的贸易，同时通过朝鲜引进中国的制陶技术和铅字木版印刷技术。与此同时，秀吉面对西方异教的无孔不入，惧怕它们会妨碍封建社会的统一，试图将与西方的贸易和宗教分离，但这已不可能，于是他就强调日本是神国，不可信邪法，突然下令禁止天主教的活动，限令西方传教士20日内离开日本，收回教会的领地长崎，开始排斥西方异教。秀吉发动了两次侵略朝鲜的战争，引进了陶瓷器和算盘，后者不仅发挥计算的功能，而且有利于加强数理观念。此后，秀吉对西方通过传教士推行殖民政策存有恐惧感，于是加大禁教的力度，庆长元年（1596年）逮捕了26名传教士和信徒，处以极刑，这就是震惊日本海内外的有名的“二十六圣人殉教事件”。尽管如此，他仍无法阻止以天主教为先导的西方文化的洪水般地涌入。庆长五年（1600年），全国传教士已达109人，信徒达75万之众。
江户幕府时期，德川家康从开展海外贸易的需要出发，对天主教的传播持宽容态度。但是，天主教的广泛传播对刚刚建立起来的江户幕府有着严重威胁。天主教宣扬的“平等”观念与幕府的等级森严的封建秩序不能相容；天主教渗入大名，武士使业已统一的国家又潜伏着分裂危险；天主教深入民间进行有组织的宗教活动，幕府害怕一向宗暴动的重演。因此，江户幕府就对天主教的传播采取了禁止措施。
德川家康于1612年3月，命令禁止天主教徒在骏府、江户等直辖领地内活动。次年下令在全国范围内禁止天主教活动。1616年，二代将军秀忠重新颁布禁教令，强迫百姓改宗。1628年，幕府命令长崎居民用脚踩踏基督和圣母玛利亚像，强迫改宗。对拒绝改宗者处极刑，在面孔上烙上“天主教”字样，或剥去衣服捆绑起来受冻挨饿，更有甚者用锯子锯掉头颈筋。据统计，从1614—1635年间因拒绝弃教而遭屠杀的天主教徒达28万人。1633年起，幕府先后发布了五次锁国令，明确规定严禁日本船和日本人出国，不准在外国的日本人回国，违者处死；全面禁止基督教，奖励密告基督徒，驱逐欧洲人的混血儿；限制外国船只来日贸易，断绝与葡萄牙的往来，隔绝他们与日本人的接触，仅允许荷兰、中国、朝鲜的船只在长崎一地贸易。从1639年发布的最后一道锁国令起，日本形成了自我封闭的锁国体制。这虽有利于稳定封建统治，但在当时的国际环境下对日本社会发展有着严重的消极影响。