施肥对水稻和鱼类生长都有利，但施肥过量或方法不当，会对泥鳅产生有害作用。因此必须坚持以基肥为主，追肥为辅；以有机肥为主，化肥为辅的原则。稻田中施用的磷肥常以钙镁磷肥和过磷酸钙为主。钙镁磷肥施用前应先和有机肥料堆沤发酵后使用。堆沤过程靠微生物和有机酸作用，可促进钙镁磷肥溶解，提高肥效。堆沤时将钙镁磷肥拌在10倍以上有机肥料中，沤制1个月以上。过磷酸钙与有机肥混合施用或厩肥、人粪尿一起堆沤，不但可提高磷肥的肥效，而且过磷酸钙易与粪尿中的氨化合，减少氮素挥发，对保肥有利。
因此，采用氮肥结合磷钾肥作基肥深施既可提高利用率，也可减少对鱼类的危害。
有机肥均需腐熟才能使用。要防止有机肥在腐解过程中产生大量有机酸和还原性物质而影响鱼类生长。
基肥占全年施肥量的70％～80％，追肥占20％～30％。
注意施足基肥，适当多施磷钾肥，并严格控制用量，因为对泥鳅有影响的主要是化肥。施用过量，水中化肥浓度过大，就会影响水质，严重时引起泥鳅死亡。几种常用化肥每亩安全用量分别为：硫酸铵10～15千克；尿素5～10千克；硝酸钾3～7千克；过磷酸钙5～10千克。如以碳酸氢铵代替硝酸铵作追肥，必须拌土制成球肥深施，每亩用量15～20千克。碳酸氢铵作基肥，每亩可施25千克，施后5天才能放苗。长效尿素作基肥，每亩用量25千克，施后3～4天放苗。若用蚕粪作追肥，应经发酵后再使用。因为新鲜蚕粪含尿酸盐，对鱼有毒害。施用人畜粪追肥时每亩每次以500千克以内为宜，作基肥时以800～1000千克为宜。过磷酸钙不能与生石灰混合施用，以免起化学反应，降低肥效。
酸性土壤稻田宜常施石灰，中和酸性，提高过磷酸钙肥效，有利于提高水稻结实率，但过量有害。一般稻田水深6厘米，每亩每次施生石灰量不超过10千克。要多施则应量少次多，分片撒施。