养殖用水和废水处理的目的就是用各种方法将污水中含有的污染物质分离出来，或将其转化为无害物质，从而使水质保持洁净。根据所采取的科学原理和方法不同，可分为物理法、化学法和生物法。
（1）养殖用水的物理处理。在养殖用水和废水中往往含有较多的悬浮物（如粪便、残饵等）或其他水生生物，为了净化或保护后续水处理设施的正常运转，降低其他设施的处理负荷，都要将这些悬浮或浮游有机物尽可能用简单的物理方法除去。处理方法包括栅栏、筛网、沉淀、气浮和过滤等。
（2）养殖用水的化学处理。常用的简单经济可行的方法是用生石灰进行水质、底质改良。底质常用生石灰以水即化即泼洒的方法；池水中则以每亩用10～15千克生石灰进行化水泼洒，能产生净化、消毒和改良水质、底质的效果。
（3）养殖用水的生物处理。生物处理方法很多，在泥鳅养殖中一般可采用以下方法：①微生物净化剂。目前利用某些微生物将水体或底质沉淀物中的有机物、氨氮、亚硝态氮分解吸收，转化为有益或无害物质，而达到水质（底质）环境改良、净化的目的。这种微生物净化剂具有安全、可靠和高效的特点。②水生植物种植法。水体中氮、磷和有毒有害物质转化的一个重要环节是由水生植物吸收。利用氨、磷，对有毒物质也有很强的吸收、分解净化能力，在采收这些水生植物产品时从水体中移出氮、磷及净化有毒有害物质。