自从汉武帝采纳了董仲舒“独尊儒术”的建议，儒家从先秦诸子百家中脱颖而出，实现了从儒学到经学的华丽转身，一跃而成为占统治地位的主流思想。2000年来，儒家思想就像一棵枝繁叶茂的大树，不断分出新的枝桠，开花结果，生生不息。
“古”、“今”相争两千年——古文经学与今文经学
古文经学是经学中研究古文经籍的学术流派，古文经是指秦始皇统一中国以前的儒家经书。大家都知道，秦始皇统一中国后为了进一步统一思想，就听从李斯的建议焚书坑儒，将民间所藏的儒家经典付之一炬。在这个过程中，很多儒生冒着生命危险把一些古文经书给埋藏起来。汉朝建立之后这些经书被陆续发现，这些被发现的书籍又被献给了西汉政府。
今文经则出现在西汉建国后。由于先秦时期的儒家经典都被焚毁，各地的藏书也还没有发现，于是汉初的一些老儒就根据自己的记忆将儒家经典背诵出来，口耳相传，再由弟子用汉初的隶书将经文和解释记录下来，从而形成了今文儒家经典。
今文经出现之后，少数老儒开始建立私人学校，聚众讲学，汉文帝的时候设立了经学博士官，当时的经学博士官主要有三位，他们分别是传授《诗经》的申培公和韩婴，还有传授《尚书》的伏生的弟子欧阳生博士；到汉景帝时又增加了三个博士官，他们是诗博士辕固生、春秋博士董仲舒及胡毋生；到了汉武帝的时候根据公孙弘的建议，设置诗、书、易、礼、春秋五经博士，于是又增加了礼经博士官和易经博士官。后来汉武帝又听从董仲舒的建议“罢黜百家，独尊儒术”，儒家学说就此统治了两汉的学术界。这些被设为博士官的学者学习和研究的都是今文经，所以他们就被称为今文经学派。
后来公孙弘又建议博士官可收弟子50名，也享受一份俸禄。两汉的时候，五经博士官数以及弟子人数都不断增加，已经形成了一个拥有政治势力的学术团体。他们在对经学解释及对政府体制、政策的意见上，形成了特殊的观点。
可是这个时候古文经学派也悄悄地发展起来了，汉哀帝时古文经学派的刘歆在校对儒家经典时发现，古文经不但在文字上与当时立于学官的博士们所学的今文经不同，而且有的博士在传授弟子时只传授今文经，不传授古文经，这一点他非常不满。他上书汉哀帝，指责今文经为秦代焚书之后新编的经书，根本就残缺不全。所以刘歆请求立古文经《毛诗》、《左传》、《礼》于学官。可是他的建议遭到了研习今文经的太常博士的群起反对，无奈之下刘歆只好离开了长安。
西汉末年，王莽想要篡权，提出了“王田”的主张，要将土地收归国有，他利用《周礼》关于井田制的说法，作为立论依据。《周礼》属于古文经，因此古文经学地位得以提高。汉平帝时，设立五个古文经博士，以此和今文经学对抗。
东汉建立之后，刘秀利用谶语来巩固新生政权，他提倡今文经，废除古文经。谶纬之风严重影响了东汉经学的今古两派。东汉中叶以后，古文经学慢慢压倒了今文经学，着名古文经学大师如卫宏、贾逵、马融、许慎等人，都以学术取得高官。他们有几千弟子，势力非常大。古文经学派斥责今文经学派是附会谶纬的妖妄，他们强调文字训诂对于治经的重要性。为了能够准确解释儒家经书，古文经学者在文字、音韵、训诂方面作了精深的研究，提出了一些非常有价值的学术观点，撰为着述，如齐歆认为“六书”是汉字造字的基本法则，扬雄着《方言》，许慎着《说文解字》等，都有相当程度的科学性，受到古今学者的高度重视，到今天仍然是我们理解古代文化典籍的钥匙。
到了东汉末年，儒学大师郑玄以古文经学为根本，吸收今文经学的主张和观点，综合两派，遍注群经，成为汉代经学的集大成者。到了唐朝的时候，唐太宗命令孔颖达统一众说纷纭的古文经和今文经，于是孔氏撰写了《五经正义》，书中摒弃了今古文的门户之见。
宋代学者抛开旧注，直接从经文中寻求义理，敢于怀疑和独立思考，结果建立了“宋学”。一直到清代，乾嘉学者所用的学习方法，被称为“汉学”、“朴学”，无论吴派、皖派还是扬州学派，都和古文经学相近。只有常州学派继承了今文经学，依据《公羊传》以及董仲舒等人着作，阐发孔子的“微言大义”，以此来表达自己的历史哲学和政治态度，影响了龚自珍、魏源、康有为等思想家，至此，经学上的今古文之争宣告结束。
儒学一统江湖的元勋——董仲舒
董仲舒是西汉着名的思想家、政治家、唯心主义哲学家和今文经学大师。董仲舒从小就非常喜爱学习，已经达到手不释卷的程度。他很小的时候就开始研读《公羊春秋》，那时候他在一个美丽的花园读书三年，三年后他离开花园，人家问他花园好不好玩，他竟然回答不上来。原来这三年董仲舒都在认真地读书，根本就没有看过花园的一草一木，这就是董仲舒“三年不窥园”的故事。
因为董仲舒学习勤奋，所以很快他就成为了一个有名气的学问家。汉景帝任命董仲舒为博士官，和胡毋生一起讲解《公羊春秋》。
当时的西汉政府奉行的是黄老哲学，推行“清净无为”的政策，让百姓们可以休养生息，但是对其他的哲学思想也并不排斥。西汉政府任命了一些儒生为博士官，让他们专门讲解儒家经典，董仲舒就是其中之一。
汉武帝即位后，汉朝的国力已经非常强大，而汉武帝又是一个雄才大略的人，决心要建立一番功业。因此他觉得原来的那一套无为而治的政策已经不合时宜了，必须马上开拓一种新的思想体系来为自己将要开创的事业提供理论依据。所以，汉武帝即位后的第二年，就征召各地的学问家到长安来发表自己对国事的意见，接受皇帝的咨询，董仲舒也在被征召之列。
这个时候的董仲舒因为目睹西汉初年的几次王国谋反事件，感到非常有必要宣传大一统思想，巩固以皇帝为首的中央集权，这样国家才能更加繁荣昌盛。于是，他就根据自己的理解和当时政治上的需要，向汉武帝上《举贤良对策》，列举了自己哲学思想体系的要点，并向汉武帝提出了“罢黜百家，独尊儒术”的建议。他还提出“天人感应”和“大一统学说”。董仲舒强调要把儒家的学说作为国家的统治思想，用儒家学说来提高君主的权威。
董仲舒的想法非常符合汉武帝的需要，也为汉武帝解决了长期以来困扰自己的难题。于是，汉武帝采纳了董仲舒的建议，尊崇儒家学说，使其成为中国的官方哲学，在中国的思想和哲学领域占统治地位。
董仲舒从此受到汉武帝的重用，一时风光无限，同时也引起了很多人的嫉妒，这其中就有主父偃。董仲舒平时很喜欢谈论神秘莫测的事情，擅长灾异之说。有一次西汉皇室的高庙和长陵发生火灾，董仲舒就按照自己的理解写成了《灾异之记》的草稿，还没有上书皇帝，就被主父偃在无意间看到。主父偃原本就妒忌董仲舒，于是就把董仲舒的草稿抄了一遍，然后拿给了汉武帝。汉武帝因为董仲舒的文章中有讽刺时政的文字，一怒之下就把他关进了监狱。后来汉武帝觉得他是着名的经学大师，不能因为一点小事就处罚他，于是又把他放了出来并官复原职，派人向他学习《公羊春秋》。董仲舒至此再也不敢谈论灾异之说了。
此后，董仲舒又担任了十几年的诸侯国的国相，最后辞职回家，但是仍然很被汉武帝看重，国家有什么大事，常常派人征询他的意见。晚年的董仲舒在家里聚众讲学，收了很多弟子，司马迁就是其中之一。
董仲舒除了主张“天人感应”、“大一统”学说和“罢黜百家，独尊儒术”外，还认为“道之大原出于天”，自然和人事都是受制于天命的，因此反映天命的政治秩序和政治思想都应该是统一的。董仲舒还把儒家的思想归纳为“三纲五常”。
“三纲”、“五常”这两个词来源于董仲舒的《春秋繁露》一书，但是作为一种道德原则、规范的内容，则源于孔子。
“三纲”具体是指“君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲”，主要是要求为臣、为妻、为子的人必须无条件地服从君、夫、父。同时也要求为君、为夫、为子的人为为臣、为妻、为子的人做出表率。它反映了封建社会中君臣、夫妻、父子之间的一种特殊的道德关系。
“五常”即仁、义、礼、智、信，是儒家用来调整君臣、父子、夫妇、兄弟、朋友等人伦关系的行为准则。
两汉经学集大成者——郑玄
郑玄，字康成，是东汉末年的经学大师，两汉经学的集大成者，还是着名的思想家、教育家、古籍整理家。
郑玄出身于没落的官宦世家，从小就很聪明，勤奋读书，八九岁时就精通基础算术，十二三岁时可以诵读和讲解儒家的“五经”。他从小就立志于经学，终日埋头于书中，朴实无华，不慕虚荣。他在16岁的时候不但精通儒家经典，对古代典制烂熟于心，而且还通晓方术之学，能写一手好文章，在当地名气很大，被人称为“神童”。郑玄曾经代替郡守给朝廷写公文，获得了郡守的赏识。他还成功地预测到了一次火灾，造福于当地百姓，被大家称为“异人”。
成年后的郑玄虽然有继续钻研经学的想法，但是因为家境贫寒，不得已开始出来谋生，在县里做地方小吏，管理赋税和诉讼的事情，后来因为工作成绩优异而得到提升，在这期间他仍然利用一切机会去学习。
21岁的时候，郑玄已经成为一个满腹才学的年轻学者，这个时候他遇到了当时的大名士杜密，受到杜密的赏识，被提拔到郡中任职，获得了继续学习和深造的机会。后来他辞去官职，进入太学，师从博士官第五元先生学习，此后10年的时间里他又拜多位学问大师为师，读万卷书、行万里路。
30岁的时候，郑玄已经成为山东地区（指山东、山西、河南、河北等地区）首屈一指的经学家了，这个时候的郑玄虽然已经学富五车，但是他却没有丝毫的满足，反而觉得自己的知识越来越不够用。于是，他通过朋友卢植的关系，在33岁的时候离开家乡，进入关西，拜当时东汉最着名的经学大师马融（东汉着名经学家、古文经学大师，学问渊博，让古文经学达到了成熟的境地）为师。
马融有上千的门徒，经常跟随在身边的就有四百多人，其中比较优秀的有50余人。马融比较骄傲，虽然有众多的门徒，但是却只亲自面授少数的高材生，其余的学生就让这些高材生传授学业。一开始的时候，马融并不看重郑玄，所以郑玄在马融门下三年，竟然没有见过马融一面，平时只能听马融的高足弟子传授学业。可是郑玄并没有因此放松学习，他仍旧日夜苦读，研究学问。
有一次，马融和自己的那些高材生在演算天文学问题时遇到一些难题而不能解答，他们找来了郑玄，郑玄圆满地解决了那些问题，从此马融对郑玄刮目相看。他对卢植（汉末名将）说：“我们都不如郑玄啊！”在以后的日子里，马融亲自教授郑玄，郑玄的学业终于能够更上一层楼。
郑玄在马融门下学习了7年，终于学问大成，因为父母已经年老，需要他回去侍奉，于是他辞别马融回到故乡。这个时候发生了历史上非常有名的一件事，那就是马融追杀郑玄，这究竟是怎么一回事呢？
话说郑玄向马融辞别之后，马融已经预感到郑玄会超过自己，他感叹从此以后礼乐的中心就要随着郑玄转移到山东去了，于是心中非常嫉恨，就不想放郑玄回去。郑玄也料到马融不会轻易放他回去，所以当他走到一座桥上的时候，就来到桥下，在水里垫着一双木板鞋坐着，想用这种方法躲避灾难。不出他所料，马融果然用“转式盘”来占卜郑玄的踪迹，结果他占卜到郑玄在土下、水上、靠着木头，就料定郑玄一定是死了，所以没有派人追赶。于是郑玄终于逃过一劫，安全返回家乡。
郑玄回到家乡后开始聚众讲学，这时候的他已经成为精通古文经学和今文经学的大师了，对于百家之学更是无所不通。以郑玄的名声和学问本来是可以做官的，但是很不幸，郑玄遭遇了两次“党锢之祸”，被终生禁止做官。于是他就隐居在家，开始了遍注群经的工作。他摒弃了古文经学和今文经学的差异和争端，博采众长，吸取各家的优点为经书作注。他很好地融合了古文经学和今文经学的相关主张和理论，将古文经和今文经融为一炉，独创了郑学，让经学进入了“小一统”的时代。
当时的人们转而崇尚郑学，郑学逐渐成为天下所宗的儒学。郑玄对儒家经典所做的注释，长期被封建统治者指定为官方教材，收入九经、十三经注疏中，对于儒家文化乃至整个中国文化的流传作出了相当大的贡献。
郑玄在58岁的时候被解除了做官禁令，可是当时的东汉王朝也已走到了崩溃的边缘。黄巾起义爆发后，东汉王朝多次征召郑玄为官，都被郑玄拒绝，他仍然专心从事着书讲学的工作。后来他被大将军何进强召入朝，结果还没有等到授予官职他就逃走了。
郑玄晚年颠沛流离，多次拒绝大军阀大官僚的聘请，高标之风堪当海内名士。他和陶谦、袁绍、孔融等人都有来往，官渡之战时他在袁绍的逼迫下随袁军南下，结果在途中染病去世，享年74岁。