当时直接的竞争对手是中信证券。中信证券的理由非常充分，当时国家的三大证券南方、华夏、国泰相继出事，中信证券接管了华夏证券，还掏了钱来解救，现在北京证券出了事，仍希望北京市政府将这块资产给中信证券。
时任北京证券董事长凌新源和杨鶤是同学，杨鶤找到凌，要求收购北京证券零售业务。但这部分资产给谁的话事权在北京证券的大股东手里，更进一步说，实际上是在北京政府手里。
在凌的安排下，宫少林和杨鶤与北京有关方面进行了多轮会商，并且还搬来了时任招商局董事长的秦晓帮助做说服工作。在历时半年多的商业谈判中，招商证券提出的“与该零售业务资产相关的员工照单全收”这一条尤其打动北京市政府，最终，北京市政府被说服，将北京证券零售业务给了招商证券。
这次招商证券新增营业部，是在以往券商托管、股权收购的途径之外，创新采用购买营业部资产与关闭新设并用的方式进行，至2006年9月1日完成所有交接工作。
经过这次收购，招商证券新增21家营业部和1家服务部，营业部总量达到54家，其中，北京有10家，天津2家。
这次收购对招商证券来说意义非凡，自此占据了北京市场的制高点。2006年9月6日，招商证券在深圳举行新增21家营业部新闻发布会。
北京证券营业部收购之后，招商证券的收购工作进入了一个沉默阶段。当时，招商证券领导班子对收购依然保持一贯的谨慎态度，不冒进。招商证券对30多家问题券商进行逐一梳理，拟定不收购券商名单。
就在招商证券刚进驻北京证券营业部时，证监会点名要招商证券接手一家问题券商，由于当时招商证券将人力都抽调到北京证券营业部，抽不出人手，再则这家问题券商也在招商证券不收购名单中，当时被招商证券婉拒了。
直到2006年年底，券商综合治理整顿接近收官，在深圳证监局局长张云东的支持下，深圳将出了问题的巨田证劵交给招商证券托管。
张云东举荐招商证券托管巨田证券有三点理由：第一，当时招商证券有力量接管；第二，招商证券是好公司；第三，招商证券是深圳的券商。
直至被托管前，巨田证券在全国主要中心城市拥有16个证券营业部，均已开通网上交易业务。不过，由于高管长期缺位及历史原因造成的资金窟窿一直无法弥补。
2006年年初，深圳证监局要求辖区内风险券商必须于6月30日之前填补客户保证金缺口，并于10月30日之前充实净资本达到规范类券商底线要求2亿元。
由于早期的委托理财和自营业务亏损，巨田证券至托管前仍有1.8亿元占用的客户保证金余额未归还，正是这1.8亿元资金缺口导致这家改革开放后国内第一家证券公司被托管。此外公司注册资本6亿元，而净资本已不到1.3亿元。
2006年5月8日，巨田证券因未能按期完成整改，存在较大的客户交易结算资金缺口，被证监会采取了限制业务措施，暂停了保荐、承销业务。自2006年7月31日起，公司证券账户开户代理业务也被暂停。
招商证券托管巨田证券的决议公布后，招商证券旋即派出熊剑涛副总裁和张卫华总审计师领导的托管清算小组进驻巨田证券。
招商证券收购巨田证券营业部资产，为招商证券带来可观的营业部资源，招商证券的营业部数量达到70家，其网点分布将更广、更合理，从而向构建以长三角、珠三角和环渤海区域为重点的全国性营业网络更进一步。北京证券营业部的顺利改造更是赶上了2007年的市场高峰，抓住了十年不遇的开户潮，赚得盆满钵满。
2005年，拿了创新试点资格之后，招商证券还是中国证监会批准的第一家在香港开业的券商。招商证券通过收购招商证券控股（香港）有限公司，在香港搭建国际化平台。
招商证券控股（香港）有限公司前身是招商局金融集团于2000年收购友联银行实施资产剥离后保留的证券业务部分。经证监会批准，2005年8月招商证券以1.5亿港元收购了友联控股有限公司。2006年5月26日，经香港公司注册处登记，友联控股有限公司更名为招商证券控股（香港）有限公司。
在总部的支持下，2009年，招商证券控股（香港）有限公司获得全面业务牌照，各项业务齐头并进。而香港公司对于招商证券培育新业务、培养人才，以及风险对冲方面都起到很大作用。
除了香港业务，招商证券在期货业务上也有所建树。
2007年9月24日，广东省工商行政管理局核准新基业期货变更企业名称为招商期货经纪有限公司，2008年6月13日，变更企业名称为招商期货有限公司。招商期货按国内同行业领先标准，搭建了全新IT系统，该系统为模块化的系统架构，易于系统升级和扩展，可保证未来市场发展的需要。
经纪业务转型
变“坐商”为“行商”
正如深圳证监局张云东所说，招商证券是家“好公司”。2004年拿下创新试点、2006年并购北京证券营业部、托管巨田证券做大经纪业务，2007年并购博时基金提升资产管理业务，2009年挺进资本市场，招商证券每一步都准确地把握了中国资本市场发展的脉搏，抓住机遇，夺得先机，而这和招商证券领导高瞻远瞩，招商证券人扎实的内功不无关系。
时间回转到2001年。7月28日，时任招商银行副行长的宫少林被任命为招商证券董事长。
2001年还发生了一件重大的事情——11月21日，当地时间晚上19点30分，卡塔尔首都多哈，外经贸部长石广生代表中国政府在《中国加入世界贸易组织议定书》上签字，完成了中国长达15年的“入世”梦想，成为世界贸易组织的第143个成员。
中国加入WTO，中国证券市场必须对外门户开放。然而，此时中国证券市场建设刚满10年，与西方成熟的市场相比较，无论在规模、市场层次、投资者结构，还是在法律监管环境、市场发展理念上，都有巨大的差距。同时，中国券商仍处在一个政策壁垒森严的垄断经营环境中，券商只需要设点开店，客户就会不请自来，因此形成了“坐商风格”，还谈不上市场意识、服务意识、客户意识。
证监会为了推动证券行业的市场化改革，推出了当时最具有标志意义的“佣金浮动制度”——2002年4月4日，中国证监会、国家计委、国家税务总局联合发文，决定从5月1日起，A股、B股、证券投资基金的交易佣金实行最高上限向下浮动制度，证券公司向客户收取的佣金不超过证券交易金额的3‰。
“佣金浮动制度”意味着延续11年的固定佣金制被打破，由各家公司自己制定市场策略。券商赖以生存的交易佣金不再是由券商说了算，而是由客户说了算。一些规模较小的券商也纷纷利用浮动佣金即将实施的机会，推出“零佣金”、“年费制”等营销手段大挖大型券商的墙角，一时间，转托管潮流纷起。
当时招商证券交易量排名在第12、13位左右，经纪业务占总收入的70%~80%；投行业务实行的是额度制，招商证券很难建成一只强大的投行团队；资产管理业务还没起步，集合理财业务还没开展。面对新的经营形势，招商证券在宫少林的带领下，做了一件对日后意义深远的事——经纪业务转型。
通过什么方式改造经纪业务，管理模式和服务方式需要如何调整，是摆在当时领导班子面前的重要课题。
2002年12月14日、15日，招商证券在深圳召开了转型动员会——变“坐商”为“行商”。
宫少林说，技术的进步和观念的更新加快了证券行业的发展，投资者对券商的服务要求也越来越高。证券投资者投资需求千差万别，要求券商改变等客上门的“坐商”习惯，千方百计地收集、分析和了解客户需求，主动承揽客户，为他们提供差别化、个性化服务。
据宫少林介绍，2001年招商证券请来波士顿咨询公司做咨询，那次咨询工作在此次经纪业务乃至券商转型中起到重要作用。
对于经纪业务，波士顿咨询提出要大力发展大客户，20%大客户创造80%的收益，需要花大力气去服务；对于有固定席位的中户要压缩分流，波士顿咨询还做了一个测算，现场客户佣金率要达到6‰才能覆盖成本，公司要为这些客户租商用场地，中午提供盒饭，下午、周末还安排活动，还有电话费用、订报纸费用等，成本非常高。
波士顿咨询提出，要缩减营业面积，大力拓展非现场客户。佣金要有竞争力，成本就必须有竞争力。这次转型中，招商证券采纳了波士顿的咨询建议，缩减营业面积，压缩成本。但这项战略的实施被后来的行业危机打断了，直到2004年才重新启动。
在转型战略的指引下，招商证券推出了若干改革措施。
其一，分设投资顾问、客户经理两个不同的团队，投资顾问团队通过产品的服务提升客户的价值量；客户经理团队则要走出去承揽客户。
其二，加强内部考核，调整考核机制，让员工既有压力也有动力，要能上能下，承揽客户的数量和质量都纳入考核。
其三，也是最关键的，利用好浮动佣金政策，对客户进行分类。根据服务所带来的成本核算客户佣金率。服务比较多的客户，佣金定得高些，服务比较低的客户，佣金放低。
转型的启动为招商证券后来的发展作了良好的铺垫。当时招商证券和招商银行进行广泛的联系与合作，甚至派客户经理在银行网点驻点，拓展招商银行的客户开立证券账户，也是这一时期，招商证券银证通业务得到了快速发展。招商银行客户产生的交易量，一度占到公司总业务的一半，这意味着招商证券通过和招商银行合作，把规模扩大了一倍。其中很多还不是在招商证券有营业部的城市产生的。当时排名前十位的证券公司，还都没有主动开拓这一领域。
在采访时，宫少林回忆，当时公司将主要精力放在经纪业务转型上，而没有力推资产管理业务，这也是后来证券行业风险集中爆发，招商证券也有保本保息、委托理财业务，但规模不大；虽然也出了问题，但没有伤筋动骨，在招商局集团等大股东的支持下很快度过危机的重要原因。
结构调整
2003年12月，杨鶤就任招商证券总裁。在宫少林的支持下，转型工作进一步深化。
在2004年4月份的工作例会上，杨鶤提出，“即使不考虑因杭州、南京事件造成的亏损，我们的成本效益水平与国内优秀券商相比也有明显不足，与国际水平相比有更大的差距”。
要提升成本效益水平，一是要提升创收能力，二是要减少低效和无效成本的支出。
证券公司属于智力密集型行业，创收能力的提升，取决于人才队伍素质的提升，取决于优秀人才资源的扩大。公司要为一流的人才提供一流的待遇，为高素质的人才队伍建设进行高投入。
分析当时财务成本结构，招商证券人力资源费用占比不足四分之一，其余大部分都耗费在日常经营费和职场设施费上。而国际大行与之相反，后者占小头，前者占大头，进入中国市场的合资公司，平均人力资源费用占比也不低于50%。杨鶤开出药方，“扭转不合理的成本结构，逐步提高人力资源费用占比，使人力资源成本占比逐步提高到40%的水平”。
调整公司成本结构的基本思路就是降低刚性成本和低效成本所占的比重。当时最突出的任务就是减少职场费用，控制日常经营费用。
在调查中发现，营业部租金及其他现场费用在成本中占比很大，但直接使用营业部资源的现场交易客户对经纪业务收入贡献比逐渐下降，仅有1/4，而非现场交易客户的收入贡献比逐渐增至3/4，并且这种趋势还在强化。
当时营业面积凡是在一楼的，或者是出售，或者是出租，搬到二楼，降低成本。
在缩减营业面积的同时，招商证券做了大量工作，和客户进行互动，培养客户新的操作习惯。在北京东三环营业部一层变半层时，招商证券出了个招，让客户将营业场所的电脑搬回家，辅导他们在家操作，还和客户签订一个协议，如果两年都在招商证券交易，电脑就归他了。
毋庸置疑，当时招商证券的转型是有压力的。
然而从全公司的角度来说，面向未来，选择好客户定位，就要重点去发展招商证券独有的客户——比较年轻，能够广泛地使用信息手段，对资讯研究相对有依赖性的客户。
在寻找和拓展新客户的同时，招商证券对客户进一步细分和分流——以非现场交易为主的高端客户和低端客户。为高端客户提供高水平的专业理财咨询服务、满足客户需求的优质咨询产品和投资产品。对于低端客户，通过强大便捷、界面友好的信息技术平台来满足客户对交易、咨询、投资等服务的要求。招商证券在信息系统的利用上一直走在行业的前列。
通过转型，招商证券在客户选择上更加明确——白领、知识阶层。同时“缩减营业面积，减少职场费用”为公司战略腾挪提供了空间，为提高人力资源费、研究开发费、信息技术费创造了条件，有利于公司引进高素质人才，提高投资、咨询产品质量，发展高附加值服务，最终对客户产生更大的吸引力，也为公司带来更大的利润空间。
与转型相对应的，公司在管理和风险控制上也颇有建树，通过强化总部风险管控能力，实现了投资银行、资产管理和自营证券等各项业务风险的集中管理。