自1952年院系调整以来，南京工学院基本上是多科性工业大学的模式。至1978年，设有8个系、22个专业。这8个系就是老南工人所熟知的一系到八系:建筑系、机械工程系、动力工程系、无线电工程系、土木工程系、电子工程系、基础课系、自动控制系。
由于十年动乱的影响，恢复高考招生后，基础课、公共课师资紧缺。学校于1977年起，先后办了9个本科师资班，它们是:数学、物理、力学、外文、体育、机械制图、电工、电子、马列主义理论。再者，为充实教辅人员，1978年扩招了4个两年制专修科:机械工程基础、土木工程基础、电子工程基础和电子技术，学校在毕业生中选留了一定数量的学生充实了实验室工作。
1982年教育部开始修订《高等学校工科本科专业目录》，将全国当时的664种工科专业减少到255种，适当放宽业务范围，并统一了专业名称。南工以此为契机，在大量调查研究的基础上，于1984年5月提出了系科、专业的调整改革方案，明确以下4点指导思想，并提出具体设置意见:1.面向现代化、面向世界、面向未来，从我国社会主义现代化建设出发，考虑新的技术革命趋势。当时认为南工有基础或有可能发展的学科为电子、计算机、自动化技术、能源技术、生物技术和材料技术等方面，乃确定以此为重点。
2.以工为主，理工文结合，以适应高等教育和科学技术发展的综合化趋势。
3.扬长补短，在调整改革中发展传统学科。南工的机、电、工、建类传统学科，基础深厚，且均为国家所需，亦应在调整改革中予以发展。
4.拓宽专业口径，增强培养人才的适应性。
按照上述意见，1984年南工系科、专业调整为13个系，30个专业，与1978年相对照，增设了5个系:数学力学系、物理化学系、生物医学工程系、材料科学与工程系、社会科学系(由马列教研室改建)。增设了电气技术、环境工程等8个专业。
以后逐年有所增设和调整。到1988年，全校共设18个系，41个本科专业、6个专修科。所有系及专业，按学科来分:工科有n个系，36个专业，3个专修科;理科有2个系，2个专业，2个专修科;人文社会科学有3个系，1个专业，1个专修科;管理学科有1个系，2个专业;另1个为体育系。其中有的系暂未设专业，只担任培养研究生、开设公共课与选修课以及进行科学研究等任务。
综而观之，南工已初具工、理、文、管相结合的综合大学格局。
1981年我国建立了学位制度，评选了一批博士导师;教育部还在全国高校中确定了一批重点学科。南工是博士学位授予单位之一，并被委托建立8个重点学科:建筑设计、建筑历史与理论、铸造、电厂热能动力装置、通信与电子系统、结构工程、电子物理与器件、自动控制理论及应用、覆盖了当时全校各工科系。
翌年，教育部首批批准南工280名专职科研编制，在教学线上的教师也安排总量三分之一的时间兼搞科研，总计有500余名教师分别参加160余项科研工作，完成通过鉴定24项，其中铝硅合金无公害1号变质剂、玻壳结构氢离子激光器首获国家发明奖。
1988年，经国务院学科评审组的评选和国家教委的批准，我校有4个学科(含5个博士点)被确定为国家级重点学科，它们是:建筑设计、通信与电子系统(含“信号、电路与系统”)、电磁场与微波技术、自动控制理论及应用。
学校整顿和新建了若干跨系、跨学科的研究所和研究室。到1988年，发展至10个研究所，62个研究室、11个研究、开发中心或研究院。专职科研编制达476人，形成了一支知识结构较为合理、年富力强、能打大仗硬仗的科研梯队。
过去，南工向以教学工作著称，科研工作基础相对薄弱。经过1978年以来的10年努力，学科建设有了发展，学术梯队基本形成，科研项目具有一定规模，并取得了丰硕成果。有些成果还得到了推广应用。科技管理初步实现了制度化、规范化，整个科研工作上了一层楼，学校基本实现了建成教育、科研两个中心的目标。
10年中总计取得了国家教委和省级科技成果奖246项;1987年首次评选高等学校优秀教材，南工主编的教材获全国优秀教材特等奖1种，优秀奖4种，还有国家教委和其他部委评出一、二、三等奖19种，名列全国高校前茅。至1987年，南工计有14个博士点，27名博士生导师;37个硕士点，435名硕士生导师，攫盖了多数学科。
改革开放新时期到来之际，南工也积极面向世界进行国际交流，1977年11月，杨廷宝教教授受委托率我国理工科教育代表团赴美考察。
1979年11月，钱钟韩副院长参加中国大学校长代表团赴西德考察。
1980年4月23日至5月24日，南工首次组团赴美考察高等工程教育，由80高龄的陈章教授率领，一行6人。此次出访，不仅与纽约市立大学双方草签了合作协议(回国后，经院领导同意签字执行)，而且与在美的中央大学校友取得联系，展开交流。代表团介绍了中央大学1949年后的演变和南工现状，校友们均感振奋和引起怀念。以后几年中，著名校友吴健雄夫妇、冯绥安夫妇、唐德刚、陈熙明、张可南等均多次返校访问，有的还设立了奖学金。
1980年11月，由院长钱钟韩率团，访问日本，与日本爱知工业大学结成友好学校。根据签署的校际交流协议书，两校每年进行多种形式的互访学术交流，至今近20年，从未间断。
1981年10月，王荣年副院长率团访问了澳大利亚皇家墨尔本理工学院，签订了学术交流协议书。
1983年11月，管致中副院长率团访间了瑞士和西德，与瑞士苏黎世高等工业技术学院建立进一步联系，后于1985年正式签订了交流协议书。
1985年10月，王荣年副院长率团访美，除访问已有友好关系的大学，还访问了其他一些著名大学，并与俄亥俄州立大学签订了校际交流协议。
除上述几所学校外，南工还先后与下列学校建立了校际交流合作关系:美国塞拉克斯大学(198E11)、法国雷恩国立应用科学学院(1986.10)、德国亚深工业大学(1986.11)、英国北威尔士大学(1987.2)、加拿大康戈迪亚大学(1987.2)，计11所高校，遍及美、英、法、德、日、加拿大、瑞士、澳大利亚等国家。
自1979年，南工陆续派教师出国留学、进修，至1988年学校更名东南大学前夕，共派出留学、进修人员达343人。同时，各学科的教授、学者也积极参加国际学术会议、讲学、合作科研等国际学术活动，10年间也有数百人。合作培养博士研究生的工作也开始展开，如1987年与加拿大康戈迪亚大学达成了联合培养协议，第一期有“通信与电子系统”等学科17名研究生，在南工学完双方商定的课程后，赴加拿大该校从事论文工作。
南工一方面“走出去”，向外部世界学习;一方面“请进来”，邀请外籍专家来校开展学术活动。1980年以来，南工先后聘请了32位校外专家、学者担任名誉教授、名誉顾问和客座教授。其中如胡名桂、杜林、张可南、陈惠开、冯焕、安立克、冯绥安、林颖珠、浅野清等为名誉教授;陈仕元等为名誉顾问;以及王国金、张秋等为客座教授。
南工还曾先后举办过一些国际学术会议。首次召开的国际学术会议是1986年9月1日举行的“国际物理教育学术讨论会”，有世界五大洲的95名代表(其中外宾29人)与会。同年9月18日，“钢筋混凝土及预应力混凝土基本理论国际学术讨论会”接着在南工举行，有五大洲15fi名代表(其中外宾53人)与会，会议主席由土木工程系丁大钧教授担任。会议期间，学校向代表们赠送了丁大钧教授等撰写的5部专著。1987年10月15日，南工还举办了“城镇住宅规划设计国际学术讨论会”，有11国128名代表(其中外宾43人)与会。会议主席由南工建筑系鲍家声教授担任。国际学术会议的召开，扩大了学校的影响。
197年至1988年，南工在校舍的硬件方面，也成绩斐然。10年的校舍建设，达到346964mZ，净增147782mZ，为原来的1.74倍，平均年增14700余m2，成为学校历史上建筑房舍最多、建筑速度最快的时期，基本上能满足当时教学、科研及生活的需要。
总之，1978年以来，“解放思想，实事求是，团结一致向前看”
的基本思想路线，发挥了巨大作用。南工人经过10年思索，10年奋斗，发展了理科，开设了人文、社会学科，增添了管理、经济学科，调整、提高了工科，开拓了新兴、边缘学科，终于使学校走上了多学科综合发展的道路。1988年5月，国家教委正式批准南京工学院更名为东南大学。人们期待着在鸡鸣山南麓这片教育圣地，勤奋耕耘，重振东大雄风。