根据1996年3月颁布的《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》的规定，高校实行党委领导下的校长负责制。校党委统一领导学校工作，支持校长按照《中华人民共和国教育法》的规定积极主动、独立负责地开展工作，保证教学、科研、行政管理等各项任务的完成。
东南大学于1997年10月23日，顾冠群校长上任时，开始实行这个新的领导体制，在这之前，已有10多年是试行校(院)长负责制。1999年6月22日至24日，按照党委的工作章程，进行了校党委换届。在第十一次党代会上，校党委负责人进行了新老交替。
新选出的中共东南大学第十一届委员会党委书记胡凌云，47岁;副书记三名:林萍华，44岁;王卓君，41岁;杨树林，50岁。正、副书记四人，平均年龄不足46岁，比上届班子年龄下降了10岁。这四位领导中有两位兼任副校长工作，如王卓君副书记同时兼任分管学生工作的副校长，还负责学校的文科建设;林萍华副书记兼管教学工作，还兼任了材料科学研究院院长;杨树林副书记兼任校纪委书记。校党委常委9人，包括校长顾冠群院士、副校长黄卫、昊介一、邹采荣，组织部长钱勤元。其中分管科研的党委常委、副校长邹采荣教授只有36岁。38岁的党委常委、常务副校长黄卫教授，因1999年11月被教育部评选为“长江学者”特聘教授，后辞去副校长职务。党委新班子从总体上体现了年轻、高效、廉洁的特色。
世纪之交的我校新一届领导集体，可以说是受命于新的危困之际。1999年，国家教育部为在中国建设若干所世界一流大学和世界先进水平大学的目标，开展了人们称之为“211工程”的举措，将3年内每年国民经济生产总值增幅的一个百分点，用来重点投资几所高校，促使其尽快跨上国际先进水平。这“211中的十2，是清华大学、北京大学，每校各得18亿元投资;而“X"，目前是7所大学:复旦大学、上海交通大学、浙江大学、西安交通大学、中国科技大学、南京大学、哈尔滨工业大学，每校各得12亿元投资。这十几亿元交给学校，其中一部分可用于提高教职工的薪金收人。没有进人“2十x工程”对于在《中国大学评价》报告中名列前茅的东南大学来说，不音是一枚巨型炸弹!教师在议论，干部在议论，校领导集体更是压力骤增:如何才能留住优秀人才?如何才能稳定东大人的心?东大向何处去?东大的定位在哪里?1999年9月，清华、北大首先实施了人事分配制度改革，大学教师们依据岗位的不同，可享受9个等级的津贴，每人月收入增幅从300到5000元不等。其余7校也在1999年底前陆续兑现。这是一场校园的薪金革命!可东南大学这次未能人围，而近10年在浦口校区的投资建设以及近年为教师所购700多套住房又耗去了学校的积存资金。在这经费危机连同影响学校声誉地位的困境面前，东南大学党委书记胡凌云提出了“坚定信心，知难而进，努力创建世界一流大学”的目标，顾冠群校长作了“高举旗帜，艰苦奋斗，争创一流”的报告。新一代领导集体力挽狂澜，凝聚全校人心，并大刀阔斧进行了学校机构改革、人事分配制度改革、后勤社会化改革和产业集团改革。在世纪之交的校内管理机构改革中，由于有近10年校内综合管理体制改革的良好基础，因此机关人员精简的矛盾并不突出，这次减去人员230001999年改革的重点是合并、合署、删增机构以及精简中层领导干部，从原先的38个正处级机构，减为18个;47位正处职干部，减为18人;高职低聘的中层干部有41人，占总数的14.03。这无疑也是一次“职位革命”!全校的直属单位依据对全校的服务职能，从12个减为5个(其中还包括新组建的“现代技术教育中心”):图书馆、档案馆、高教所、学报、信息中心(即“现代技术教育中心)。其余直属单位变为有关职能部门的附属单位，实行独立核算。改革后的直属单位、附属单位不再具有行政级别，其内部专业人员走各自的技术职称晋升路线，其行政人员定以“科员”、“副主任科员”、“主任科员”等岗位。改革以后，在党务口，校党委的职能部门工作人员连同中层领导干部，一共只有20多人。在20多个院系党组织中，对党员人数相对较少的几个系，从总支改为直属支部。这样，使管理机构更加“少而精”，而且淡化了“官念”，突出了岗位和职责。
在人事分配改革方面，也是千方百计筹措资金，提高教师收人。1999年底，首先对突出成果的奖励条例进行兑现，我校有599名在教学、科研上取得优秀成绩的教师获得总额为169.8万元的奖励。这599名教师，占了我校在教学、科研第一线工作的教师的近1/2，其中无线电系、生医系、电子工程系、机械系和计算机系名列单位获奖总和的前5名。
“疾风知劲草，板荡识忠臣”，在世纪之交的种种挑战和机遇面前，东大新一届领导集体正奋力带领全校师生迈上新的高度!