抗战爆发后，谭政向党中央呈报了《关于红军中新的政治工作的意见书》。整风运动期间，写了《关于军队政治工作问题的报告》，被誉为是继古田会议决议后，人民解放军政治工作的又一里程碑。
由于西安事变的和平解决，重新开始了国共合作的新局面。1937年3月26日，谭政向党中央呈报了《关于红军中新的政治工作的意见书》。谭政写道：
“鉴于党在新的历史条件下，随着路线、策略的转变，确立了抗日民族统一战线政策，使红军的政治工作也发生重大变化，增添了许多新的内容。红军的政治工作即应由阶级矛盾跟上民族矛盾这一新的形势，由比较单纯的社会活动，转变到复杂的社会活动。在红军政治工作转变后的历史时期，加紧对部队进行党的抗日民族统一战线政治路线的教育，就成为红军政治工作中的中心任务。同时指出，不管红军新形势下的任务怎样改变，组织形式不能不发生变化，党在组织上、思想上的绝对领导是不能改变的，部队的管理教育不能放松，严格的纪律不容破坏。随着民族战争的发展、战争性质的改变，部队基本的政治教育，主要是提高民族自豪感，发扬中华民族的英雄气概，坚定革命的意志。
“基于今后抗日战争作战任务和作战对象的改变，政治工作仍然是以保证提高部队的军事技术和战术素养为前提，使红军部队走上近代军队的地位。军事训练中，着重于干部战术素养的提高和指挥艺术的发挥，并开始指导战争规模的研究。
“红军的政治工作，必须在一定的战略任务之下，确立政治工作的方针。从一个战役计划，过渡到另一个战役计划，使政治工作领导，始终以党的工作为基础。任何时候，任何情况下，政治工作指导系统如果不和党的工作指导系统融成为一块，政治工作必定偏离方向。”
1937年春，谭政和罗荣桓、林彪、杜理卿、冯文彬等在延安城楼上合影。谭政对新时期红军政治工作提出的改进意见，得到上级领导人的基本肯定，并作为文件转发。谭政上书万言里也曾提出了“为了遵从红军改编为国民革命第八路军后的统一行动和编制体制，建议取消设立政治委员和政治机关”的不太妥当的意见。对于这样的意见，上级没有批评批责，只在转发谭政报告的按语中指出，政治制度的改革意见尚待研究，谭政所提红军新时期政治工作改进意见是正确的。
谭政在中国抗日红军大学第一期受训毕业后，即任八路军后方政治部组织部长、政治部主任。在一段较长的时间内，毛泽东兼任中央军委总政治部主任，谭政任总政治部副主任，又成为毛泽东指导八路军政治工作的得力助手。
关于八路军的干部政策，谭政延安时期撰写的文章中，有这样的一段话：“八路军正确的干部政策应当是：无论对待干部，团结干部，培养干部，一律不许有任何私人路线和狭隘的宗派思想。具体说：第一，不存私见。无论提拔干部和使用干部，都是从党的原则出发，不是从私人路线出发的；第二，党员干部与非党员干部，都要一视同仁。党与非党干部之间，只有不同的要求和不同的义务；第三，既不姑息干部，也不糟蹋干部，在干部中高度发展自我批评，依靠自我批评去团结干部、锻炼干部和提拔干部；第四，奖励先进，反对后退，拿先进的标准，作为鉴定和信赖干部的主要尺度。”
这一段话，也可以说，是谭政为自己写下来的座右铭，为自己所树立的一面镜子，实际上，这更是谭政自己思想作风的一个写照。但他有一个特点，凡是给他提出过批评意见、指出工作中错误的干部，他都觉着可敬，从不报复或给人下不了台。所以，尽管他工作态度严肃，但人们都愿意亲近他，和他说知心话，因此，部队专程来找他反映情况的干部总是络绎不绝。
抗日战争初期，八路军部队未任命政治委员，政治工作一度受到削弱。后来，他认识到自己1937年3月上书《关于红军中新的政治工作意见》中也曾提出过取消政治委员这个错误意见，于是，立即纠正。他亲自起草，并由“总政治部主任毛泽东、副主任谭政”签署，于1937年11月12日发布了一项命令，指出：“目前抗战已走上新的阶段，为保证党在红军中的绝对领导，巩固党在红军中的影响，争取抗战的胜利，特决定恢复政治委员制度，并将政训处改为政治处(部)，恢复原来的名义。”
1942年，全党进行了整风运动。毛泽东指示，在整风运动的基础上，以“古田会议”决议“当作教材”，在部队开展肃清军阀主义和教条主义的运动。
一天，毛泽东把谭政请来研究抗日战争反攻前夕又一个关键的历史转折时期加强军队建设的问题，炭火盆边两个人无拘无束地谈了起来。
毛泽东问谭政：“你今年有多大岁数？”“三十八了。”谭政回答，但有点莫名其妙，不知毛泽东问这话何意。“孔夫子说过‘三十而立’，你已经快四十了，那早就该‘立’了！”“嗯！”谭政嘴里答应着，但还是不太明白。
这时只见毛泽东用右手指在左手心里比画着：“我知道你原来的名字叫谭世名，不过你注意没注意过你现在的名字？你数一数，‘谭政’这两个字一共有多少笔画？”谭政也开始用手指比画着：“二十八画。”“那你再数一数我‘毛泽东’三个字有多少笔画。”谭政又在手心上数了数，“也是二十八画！”谭政抬头望着毛泽东。“这就对喽！不过，这二十八画可不寻常噢！你看，共产党、共产主义的‘共’字，不就是廿八吗？”毛泽东微笑着看着谭政。
谭政恍然大悟，也随即会心地笑了。毛泽东又继续说：“咱俩从井冈山到长征又到延安，共事十五年有余了。我们都是姓‘共’嘛，既是共产党的人，又在为实现共产主义而奋斗！你说，这个数字是不是不简单啊？”一个“共”字，把毛泽东和谭政两人紧紧地联在了一起。
毛泽东停顿了一下，又说：“现在，我们出现了许多问题，但值得庆幸的是，通过整风运动、民主运动，把问题揭露出来了，我们工作中的缺点也亮相了！这是好事，是整风运动的一大收获。部队的民主运动开展起来了，各种错误倾向揭露出来，要我们去认识，去解决，这不是天大的好事吗？”“啊嗬！”谭政豁然醒悟了。
“那么，谭政同志，你回去就作些准备，把整风运动中、高干会上对军队方面提出的那些意见理一理，再在部队里开展一个民主运动，对各级领导上的错误揭露一番。你带机关干部再深入部队作些调查研究，写成报告，提出改进的办法来！”
谭政接受在大会上作《关于军队政治工作问题的报告》的任务，深感责任的重大。他向毛泽东提出许多问题，与毛泽东商讨决策。毛泽东对他说：“你这次在高干会上的报告，不仅要解决官兵关系的问题，还要检讨军民关系，检讨军队和地方党、政府之间的关系。”
1944年4月，《关于军队政治工作问题的报告》终于写成了，并由谭政在西北局高干会议上报告了，《报告》引起了很大轰动，很多高级干部高度赞扬了它的重大意义，认为是古田会议决议之后我军政治工作的又一里程碑。
4月20日，中央宣传部、总政治部为此而发出的通知指出：这一报告“是八路军、新四军政治工作问题的全面总结”。“这一文件，不但特殊地解决了军队政治工作问题，而且也一般地解决了我党历史经验、领导方法与工作作风上的许多问题。”通知要求全军以及全党干部都要认真研究这一文件，并作为教材进行普遍教育。
后来，在1978年5月29日，叶剑英于全军政治工作会议上的讲话中，曾高度评价谭政所作的这一报告“是继古田会议决议之后我军政治工作的又一历史性文献。”
1946年1月，谭政任东北民主联军政治部主任，抓紧了以总动员为特征的形式多样的部队思想政治教育工作。其中最着名、反响最好的当属诉苦教育和以“五整一查”为核心的新式整军运动。
“诉苦”运动，阶级教育，首先是从辽东军区三纵队七师开始的。三纵队1946年下半年开始在南满坚持斗争，条件极其艰苦，昼夜连续行军作战，再加之物资奇缺，后勤难以保障，少数人出现了畏难情绪，有的厌倦艰苦的战争生活，有的存在地方观念，不愿在东北坚持斗争，有的沾染兵痞流氓习气，有的纪律涣散，甚至出现逃跑离队的现象。为了解决此类问题，巩固部队，提高战斗力，七师决定用阶级斗争的学说来教育部队，师政治部提出了“谁养活谁”，“为谁当兵、为谁打仗”等十几道讨论题，组织部队进行讨论。七师二十团三营机枪连在进行“谁养活谁”的讨论中，副班长任纪贞用他父亲给地主干了一辈子活，最后累得吐血，临死前想喝小米粥地主都不给的事实，控诉了地主阶级的罪恶，使在场的人们都受到了教育。营教导员及时地抓住这个事例，向全营各连作了介绍和推广。
九连是1945年组建的，士兵成分复杂，思想较混乱，指导员就用本连战士的苦难家史进行阶级教育，采取吐苦水，算苦账，挖苦根的方法教育启发战士的思想觉悟。该连战士房天静在全连大会上讲述家史，他16岁就被国民党抓丁到东北，其父在家被地主逼债身亡，其母到东北来找他时，途中因生活所迫，卖掉两个弟弟，好不容易找到本溪，母子俩隔着铁丝网没能讲上几句话就被迫分离，其母不久也死去。他一边哭一边检讨自己的错误，决心为母亲报仇，坚决跟着共产党走。这使大家受到深刻的教育，当场就有三名战士主动上台倒苦水，检讨自己的忘本思想。李东山战士边哭边说：“我和房同志有一样的苦难家史，一定要牢记血泪深仇，不消灭国民党反动派死不瞑目！”
诉苦教育提高了战士们的阶级觉悟。房天静在1947年1月的一保临江的热水河子战斗中，单人独枪冲入敌人阵地，歼敌一个班，俘敌五人，成为全纵队第一个记特等功的战士，纵队赠给他“孤胆英雄”的称号。
1947年8月，谭政全面了解了三纵队诉苦教育的经验，并予以高度重视，向副政委罗荣桓详细汇报了这一经验。不久，在罗荣桓的指示下，东北民主联军政治部发出了由谭政主持起草的关于在东北军政治教育中普遍开展诉苦运动的训令。同时，1947年8月26日的《东北日报》也发表了由谭政组织撰写的社论《部队教育的方向》和关于诉苦运动经验的报道。这篇社论指出：
三纵诉苦教育的全过程，在部队教育工作中是一个具有极其重大意义的创造。这个创造主要解决了部队教育的两个问题：第一个是部队教育当前的主要内容应该是什么；第二个是如何进行部队教育。
由于第三次国内战争是由中国的大资产阶级的总代表国民党一小撮挑起的，因而当前部队的基本内容应当是阶级教育。而进行这种教育的方法绝不能用抽象的说教来提高群众的觉悟，而应该用群众自己的经验来教育自己，通过诉苦说明当前极其复杂的阶级关系和战争性质，把个人仇恨与阶级仇恨、个人要求与集体要求、个人利益与阶级利益紧紧结合起来，以明白个人在这个战争中的应有地位和作用。
后来，谭政又将三纵诉苦教育的工作经验，以东北民主联军政治部的名义，向中央军委作了报告。毛泽东非常重视这个经验，对报告全文逐字逐句作了修改，尔后批发全军推广。1948年3月7日，毛泽东在《评西北大捷兼论解放军的新式整军运动》一文中指出：“人民解放军用诉苦和三查方法进行了新式整军运动，将自己无敌于天下。”
谭政为东北民主联军的政治工作弹精竭虑，日夜操劳，在他领导的强大政治工作推动下，为期50天的秋季攻势，大获全胜，共歼敌6.98万人，攻克城市15座，扩大解放区面积3.8万平方公里，迫使敌蜷缩于面积仅占东北总面积的百分之十四的狭小地区。
1947年，谭政与周保中在哈尔滨。1947年11月，东北民主联军改称东北人民解放军兼东北军区，谭政由“东总”政治部主任，改任东北人民解放军兼东北军政治部主任，配合政委罗荣桓开展大决战前的东北人民解放军的政治工作。
他受命之后，立即投身于对大决战前东北敌我形势的总体分析上。他为使政治部在整个战争运动中发挥政治司令部的作用，当好高层首长政治参谋，首先对时局的整体情况进行了解和把握，做到了心中有数。在形势汇报会上，谭政详细分析了战争形势，说：“在全国各个战场，国民党军队已处于全线防御，总兵力下降到370万人，已经几乎没有战略机动部队。蒋介石预感末日来临，狗急跳墙，于7月4日悍然颁发《戡平共匪叛乱总动员令》，妄图作垂死挣扎。在东北，国民党军在我夏季攻势中遭到惨败后，杜聿明调离东北，陈诚取代熊式辉出任东北行营主任。陈诚到江北后，大吹‘六个月消灭共军’，大力整编部队，并采取了‘维护交通，确保海口，倚托重点，向外扩张’的机动防御方针，企图确保北宁路，打通锦承路，维护中长路，待机转为攻势。此时，关内我军也已转入战略反攻。”