咸丰三年（1853年）夏，随着太平军的北伐，清朝都城北京受到极大的威胁；与此同时，太平军西征部队攻克安庆，先围南昌，后图武昌；再加上附近地区的争夺，全国内战就出现北西东三大战区的局面。清廷最重视的自然是直接关系切身安危的北京，因此对太平军的北伐尤为注意，不仅以最亲信的蒙古族大贵族僧格林沁和旗员胜保为前敌总指挥，调集京畿八旗绿营，以及关外满蒙部队，甚至还从东战区抽调部队，前来增援。东战区，则是清政府财赋收入的主要地区，且天京是太平天国的中枢所在。为此，清廷调集全国绿营主力数万人，设立两个钦差大臣分别统帅江南、江北大营。对西战区，清政府虽想集中兵力对付西征军，但心有余而力不足，只有湖广总督吴文镕的绿营兵勇万余人在此作战，钦差大臣也未委派，因此湘军在抗击太平军的西征方面起了重大的作用。九月以后，随着武昌不断告急，清廷就不断命湘军出境北援。可见，这时湘军已成了仅次于吴文镕军的西战区主力。身为西战区统帅的吴文镕在致曾国藩信中对曾国藩的湘军寄予了很大的希望，将西战区大局的维持交付曾国藩。这样叮嘱，是因为吴文镕当时迫于旗员巡抚崇纶的中伤，绿营军兵力不足，而不得不依靠湘军来应敌；更为主要的是，他深知不仅所部绿营不可恃，而且在西战区，除湘军外，再无可以御敌的部队。果然，咸丰四年一月，黄州一战，吴文镕即兵溃身死，其他军也相继溃败，太平军的势力发展到包括武汉在内的大半个湖北地区。
这样，在咸丰四年（1854年）一开始，北战区主要是僧格林沁军，东战区主要是江南、江北大营，湘军则活动于西战区，湘军成为鼎足而立的三大主力军之一。与战略地位大为提高相互辉映，湘军又连败太平军，肃清两湖，一举攻夺全国名城武昌。与西战区相比，其他两战区就显得有些逊色了，北战区太平军虽遭到严重挫折，但仍在顽强抵抗，东战区更处于相持状态。咸丰帝对湘军的重大胜利喜出望外，但却听信某军机大臣的进言，对曾国藩及其湘军不信任，并制定既使用又限制的方针。数月之后，获悉这一内情的曾国藩，自然是疑惧交加。常在夕（几）阳亭前叹息良久，担心自己将遭到东汉太尉杨震为权贵所逼、于几阳亭自杀那样的迫害。这样的悲剧虽未发生，但他以空头侍郎领军，受制于地方大吏的境遇，却长期改变不了。湘军与清廷之间处于一种微妙的关系之中。如咸丰五年（1855年）在江西，巡抚陈启迈不仅多方加以刁难，甚至加以监视，曾国藩与省中的文武官僚交往、谈话常常被陈启迈无端怀疑。曾国藩愤而奏参，陈虽被革职，继任的满族贵族文俊，也有所收敛，但根本状况依然如故。对这种情况深为不满的曾国藩，于咸丰七年（1857年）春，趁父丧离军回籍，且在守制期内，又在奏折中历诉自己以空头侍郎领军所碰到的种种困难，提示清廷，如要他再出领军，就要给他地方政权，否则无法治理好军队，更对付不了太平军，这不仅仅是他个人的，也是整个湘军的要求。李续宾、杨载福和彭玉麟这些在前线领军作战的湘军大将，也积极响应曾国藩的上奏，并为此致书胡林翼，要求请曾国藩重掌军权。胡也在奏折中委婉提出相同要求。但是，咸丰帝一概置之不理。八年（1858年），曾国藩服父丧期满，仍不得不以侍郎衔再出领军。
但是，也有相当一部分满汉官员力主重用曾国藩、胡林翼等人，其中文庆尤为突出。
早在道光朝，文庆在与胡林翼分为江南正副乡试主考官时，就对胡林翼的才干特别赞赏。
咸丰三年、四年（1853年、1854年），更极力保荐。胡林翼与曾国藩虽是同乡关系，但胡入翰林院更早于曾；胡这时远在贵州为道员，与曾国藩不可能有很深的交往，这样，从历史上看，胡不可能是曾的心腹党羽；同时，重用胡，抬高胡在湘军中的地位，既可以产生分而治之的作用，又有利于发挥湘军的作用。于是经过再三衡量，咸丰帝终于在五年（1855年）三月命胡林翼为湖北巡抚。但咸丰并不放心，开始在西战区设钦差大臣来牵制胡林翼，先以西凌阿为钦差大臣，接着又命官文继任。西凌阿与官文都是咸丰帝的亲信大员，又是旗员，官文更是在道光末与咸丰初时，以头等侍卫外任广州、荆州驻防八旗副都统，再升荆州将军、湖广总督。二人兼任权位高于巡抚的要职，其目的显然在监督胡林翼。
官文与胡林翼一开始共事，就关系紧张。他们往往在征兵调饷等各方面事务上，意见相左，僚吏也相应分成两派，官文事事都要插手，胡遂愤而单衔奏参绿营将领，详细陈奏湖北军事。这实际上既揭了官文的短，又越了官文的权。对此，咸丰帝自然不允许。担心官、胡磨擦会给湖北带来不利的士绅，也不断进行劝和，劝胡林翼要息事宁人，要忍耐不要败坏了大事。
在各方面压力和劝解下，胡林翼终于认识到不能与官文对抗，更不能动摇他的地位，于是转而采取比较柔和的态度，即所谓的“专从里子切实讲求，而不占人面子”。也就是说遇到重大的事情，既要自己拿主意，又要争取官文领衔上奏；遇到攻克城池一类可以邀赏的事，则推功于官文；此外，在经济上适当照顾其私欲，在私人关系上力求亲密。而官文，正如曾国藩所说，“城府甚深”，当然知道胡前倨后恭的用意，但也深知在军事方面确实不如胡林翼，没有胡林翼他们就不能抵御太平军。因之，他拒绝参奏胡的建议，现在胡顿改前态，自然顺水推舟，乐于合作，“事无大小，推贤让能，多由抚署主政”，这虽有点夸大，但大体上符合事实。这样，胡林翼与官文的矛盾得以解决，清廷甚至将他们视为解决满族贵族与汉族地方大员矛盾的榜样。
与此同时，湖南士绅也通过特殊的合作形式，达到官绅联合掌权的目的。通过这样融洽紧密全面的合作，湖南就进入官绅联合掌权的新阶段，从而也就在事实上，冲破清廷不给湘军集团地方政权，力图加以限制的方针，湘军也得以顺利的发展。
两湖政权的取得，特别是胡林翼与官文成功的合作，对湘军集团的发展，以至整个清廷与太平军的战局，都有着巨大而深刻的影响。在政治上，清政府逐渐放松了对汉族官僚的限制，湘军集团就得以一手掌握西战区军权，一手掌握两湖政权，在对抗太平军中迅速崛起，雄踞长江中游，成为举足轻重的军政集团；同时，胡是仅次于曾的集团首领，满洲贵族对胡的信任，就不能不具有超越胡个人功名利禄的作用，也具有典范的作用，为今后大规模合作，提供了经验，树立了先声。在军事上，更为湘军建立稳定的战略后方基地，提供了良好的条件，从而也就为湘军今后获得大量物力、人力，提供了良好的环境。
获得两湖政权后，湘军集团在前线与太平军殊死战斗，同时，积极巩固、创建两湖后方基地。
经过曾、左、胡等人的苦心经营，两湖的治安、吏治、财政、军事，乃至地主阶级内部关系等，都有了很大的改善，为湘军提供了大量人力物力，成为湘军后方基地。在两湖基地强有力的支持下，十年（1860年）初，湘军总兵力增至10多万人，比初时多10余倍，在镇压太平天国运动中发挥了重要作用。湘军继收复湖北、江西之后，又出兵安徽、广西、贵州、四川，不仅成为西战区主力，且进一步成为全国清军的主力。
发展模式
湘军集团是以军队起家，进而取得两湖政权；然后利用政权，集中力量进一步扩充军队，取得更大军权。这种以军权为第一动力，继而取得政权，再以政权扩大军权，二权相辅相成为发展模式的湘军，由于清廷既使用，又限制方针的阻挠，故长期停滞不前。十年（1860年），在对内对外战争连次大败，又面临着巨大的政治经济危机的压力下，咸丰帝终于不得不忍痛，接受肃顺的建议，先任命曾国藩为两江总督、钦差大臣，后又任命湘军集团二人为巡抚，一人为钦差大臣。这使湘军集团军政二权相互促进的发展过程进入新的阶段。
在这之后，湘军的发展其规模之大，速度之快，与过去不可同日而语。继以上任命之后，十一年（1861年）咸丰帝病死、肃顺掌权的二个多月，又有4个湘军集团人员被任命为督抚。慈禧太后掌权后一个多月，又命曾国藩在其辖区3个省之外，再节制浙江军务。此后，不仅对曾、左和李续宜所奏一切计划措施都表示赞同，言听计从，还特命曾国藩推荐地方大吏人选。凡是需要的人才，都是以其一句话决定升降。这就使同治前三年（1862～1864年），湘军集团人员为督抚者分别多至6人和8人，外加钦差大臣1人，连同咸丰最后两年此项人数，总计4年共达21人。而咸丰三年至九年（1853～1859年）的7年中，湘军集团只有5人任巡抚，且其中曾国藩未到职即被免去，江忠源只3个月就战败而死。前后两期就速度、人数而言，相比十分悬殊。
湘军集团中的许多成员后来都成为清廷的要员，特别是作为封疆大吏督抚予以重用。
如咸丰元年（1851年）七月，为总督者有曾国藩（两江）和骆秉章（四川）两人，为巡抚者有四人，他们是李续宜（安徽）、严树森（河南）、胡林翼（湖北）和刘长佑（广西）。同治二年（1863年）七月，为总督者除曾国藩、骆秉章外，再加上刘长佑（直隶）、左宗棠（闽浙）和毛鸿宾（两广），共5人。李鸿章、唐训方、阎敬铭、曾国荃、沈葆桢、严树森、恽世临、郭嵩焘、刘蓉等人，也分别出任江苏、安徽、山东、浙江、江西、湖北、湖南、广东、陕西九省巡抚。湘军集团为督抚者，在同治二年（1863年）竟分别占5/8和3/5，超过半数。再加上其他汉族人督抚，督抚中满汉比例就更加悬殊了。三年（1864年）五月，总督只有一个旗人，巡抚一个也没有。
湘军集团的迅速膨胀对其自身来说是有双向作用的。这一大批督抚官位，权位相当，又各有地盘，所处的情况，所面临的问题，各有不同，势必因各有利害，各行其是，自为中心，这就势必产生一些矛盾。在强大的太平军压力下，这种矛盾似乎并不严重。而利用手中掌握的地方政权去扩充军队，却是迫切的现实需要。事实上，他们接任督抚后，大多实行了类似两湖的措施，整顿吏治、税政、治安，起用士绅，使各种渠道不渗漏、不阻塞，大力积攒、开发财力、人力、物力，加强防务和军队的建设。这就使这次扩军不仅规模大，且以多中心、多渠道的形式，在约占全国一半的省内展开。湘军集团总兵力已与过去清朝常备军绿营相当。军权与政权相互结合，这是湘军集团成长发展壮大的根本途径。
太平军北伐
长驱北上
咸丰三年（1853年）三月底，天官副丞相林凤祥和地官正丞相李开芳率军从扬州出发（扬州防务交由曾立昌负责），四月初六，会合自天京出发的春官副丞相吉文元、检点朱锡琨所部，由浦口北上，开始了大规模的北伐。北伐军共有9个军的番号，约2万余人。临行前，洪秀全命令各军迅速攻打，直逼北京，不要贪恋于攻打城池。洪秀全等还决定，待北伐军进抵天津后，再派兵增援。
北伐军没有自扬州沿运河北上，而是经由皖北迂回前进，以迷惑清军。清廷对太平军的北进意图一时判断不清，不知北伐军是牵制和吸引进攻扬州的清军兵力，还是挺进黄河以北。咸丰帝只得调兵前堵后追，阻止太平军北上，并把苏皖地区的作战行动交给琦善统筹。
林凤祥等率北伐军自浦口出发，在乌衣镇一带击败察哈尔都统西凌阿率领的黑龙江马队后，一路连破州县，经安徽滁州、临淮关、凤阳、怀远、蒙城，于五月初四到达亳州（今安徽省亳县），并与当地义军配合作战。北伐军路过各地时，吸收了许多劳苦群众参军，扩大了自己的队伍。五月初六，北伐军放弃亳州，又在河南归德府城（今河南省商丘）大败清军，缴获火药4万余斤以及大量铁炮。之后，便北上刘家口（归德北），原定由此北渡黄河，取道山东北上。但由于山东防范极严，巡抚李德沿河布防，并将大小船只一律集中北岸，太平军无法北渡，只得沿河西走，连下宁陵、睢州、杞县、陈留，于五月十三日进逼开封，因没能攻下，便撤往中牟县之朱仙镇。林凤祥等在此发给北王韦昌辉一份禀报，告以归德战况及未能渡河的原因，告知北伐军现在谷米缺乏，交通不便。这时，北伐军由于沿途大量吸收捻党和淮北各地群众参军，声势更大。
由于清军前线将领开始时对北伐军的兵力和行动企图判断不清，以为不过二三千人，意在牵制扬州外围的清军，所以清廷并没有调集重兵，阻击北上太平军，这就为北伐军的北进提供了有利条件。等到北伐军进抵蒙亳地区，北伐军已成蔓延之势时，清廷才如梦初醒，便陆续令各路清军驰援河南：急调江宁将军托明阿率兵2000余人由江苏清江浦北上，并由都统西凌阿率滁州的残兵败将尾追；同时命令山东直隶督抚配合清军，防止太平军北上，又急忙调山西、陕甘等地兵八千开赴河南协防；命直隶布政使张集馨率兵一部驻扎临关（今河北省永年），等待机会南下；命江北大营帮办军务胜保带兵1900名北上追击，胜保迟迟未动，到五月十二日才出发，而此时北伐军早已攻破归德，正沿黄河西进。
北伐军于五月十七日撤离朱仙镇，经中牟、郑州、荥阳，十九日到汜水、巩县地区。
北伐军决定利用民船渡过黄河，从二十二日起开始抢渡黄河。五月二十五日，托明阿率盛京、吉林马队数千赶到汜水。北伐军一面阻击敌人，一面继续抢渡。五月二十八日，北伐军主力全部渡过黄河。由于清军力量过于强大，尚未渡河的北伐军无法继续渡河，后又在河南、湖北、安徽，遇到清兵，损失严重，最后于七月中旬攻下安徽太湖，东向与西征军胡以晃会合。
北伐军渡过黄河后，于五月二十六日攻破河南温县，六月初二进围怀庆府。当时城内清军力量薄弱，由怀庆知府余炳焘等督率，死守待援。林凤祥原以为怀庆清军单薄，可以迅速攻克，然后等后援物资到达后继续北上，没想到屡次进攻都没有攻下，于是将怀庆城团团围住，在城外建营立寨，加筑木城，挖掘深壕，双方互相僵持着。
太平军北渡黄河，这直接威胁着北京，六月初八，清政府急忙派直隶总督讷尔经额为钦差大臣，以理藩院尚书恩华和江宁将军托明阿帮办军务，统帅黄河南北各路清军，对抗太平军。六月中旬，托明阿率部6000人、胜保率部1900人、恩华率部5000余人，先后赶到怀庆外围。驻扎在彰德（今河南省安阳）的讷尔经额也移营怀庆东北的清华镇指挥。
北伐军在怀庆遇到了很大的阻力，增援的清军却越来越多，为了摆脱被动，不得不于七月二十八日主动撤围西进。北伐军在怀庆滞留了两个月，在这段时间里，清廷调兵遣将在黄河以北纠集兵力，加紧布防，这样北伐军进军京津地区就更困难了。