短短的几天，张格尔疯狂地煽动宗教情绪与民族仇视，不断招兵买马加强攻势。喀什噶尔附近清军防线已无力再维持，舒尔哈善、乌凌阿等将领，甚至原先的代理喀什噶尔参赞大臣穆克登布等，都先后英勇牺牲。清军残部由庆祥带领退守喀什噶尔汉城（即徕宁城，其址在今喀什地区公安处驻地）。此后，英吉沙尔、叶尔羌、和阗等地清军，也相继被张格尔叛军包围。闻知张格尔已得手，浩罕汗国也应邀派出3900侵略军赶来，企图与张格尔分享战利。两股强盗合兵，把塔里木盆地西南缘一带陷入一片硝烟战火之中。
张格尔探得喀什噶尔清军力量单薄，乃悔背前约。浩罕首领愤其背约，遂与张格尔叛军火并。这年八月，张格尔率部连续攻陷喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔、和阗，西四城全陷敌手。张格尔叛乱，使回部城镇沦于战火，人民的生命财产遭受战火的浩劫，也危及了清王朝在新疆的统治，道光帝决定遣军入疆平叛。他任命伊犁将军长龄为扬威将军，着手部署征剿张格尔事宜。
总指挥官扬威将军长龄调乌鲁木齐提督达凌阿、伊犁领队大臣祥云保分统满汉官兵各数千，又封陕甘总督杨遇春为钦差大臣率兵5000，再调山东巡抚武隆阿统吉林、黑龙江马队3000骑一齐出关，在阿克苏集结兵力共3.6万余，开始向喀什噶尔挺进。然后，清军仅用5个月的时间，即收复了张格尔盘踞的西四城，基本上粉碎了张格尔的叛乱。清政府平叛的迅速胜利，除了由于张格尔“须索科派，人心离散”，“暴虐已极，众心怨恨”的客观原因外，与道光帝的正确调度，也有密切的关系。
清朝此次发兵喀什噶尔，旨在全歼叛匪、活捉张格尔。然而敌军虽已瓦解，祸首张格尔却漏了网。为此，清朝责令长龄等人限期擒拿张格尔归案。
张格尔逃出喀什噶尔后，流亡于木吉、阿赖、拉克沙、达尔瓦斯等帕米尔深处山区，后来又纠集了200余人逃窜到柯尔克孜牧区萨克雅部落的托古斯托罗一带，伺机卷土重来。
道光八年春节前夕，喀什噶尔代理参赞大臣杨芳派遣细作至边境，放风说清军已全部撤离喀什噶尔，此地防务空虚。张格尔果然中计，带500余骑兵，于大年三十除夕夜偷越边境，连夜抵达阿图什，想乘清军过年无备，袭击喀什噶尔。
喀什噶尔一带百姓饱受张格尔战乱之苦，不仅当地黑山派信徒恨之如骨，就连素被张格尔视为依靠力量的白山派信徒们也不再追随他。各族人民主动向清军通风报信，组织民军沿途袭击堵截。加以扬威将军长龄与杨芳早率6000余清军设伏以待，张格尔见势头不对，未及一战，就掉头回逃。
长龄命杨芳与库车固山贝子鄂对之孙伊萨克等，率兵星夜追击至喀尔铁盖山，终于堵住张格尔。经过一场激战，张格尔余党被斩杀殆尽。张格尔仅带30余亲信弃马登山，妄图隐没在群山沟壑之中。杨芳手下副将胡超、都司段永福二将，率部全力追击，几乎未经格斗，就将张格尔生擒。至此，张格尔叛乱才算彻底平息。
道光八年五月庚戌（1828年6月22日），喀什噶尔六品伯克迈玛特和库车五品伯克斯迪克及部分清军押解张格尔到北京城，献俘于紫禁城午门之外，张格尔被判处死刑。
张格尔死后，道光帝综合臣下建议，实行了一系列善后政策，他谕令要“重抚绥”，力图妥善地解决各回城伯克自治问题，明文制定了各回城补放伯克章程。规定各城三品至五品伯克缺出，由本城大臣照内地体制，造具四柱清册，一劳绩，二资格，三人才，四家世，出具切实考语，将应升应补之人开列四五员咨送参赞大臣验看。为杜绝边吏和伯克等对回民的需索贪求，道光八年，照那彦成等所议，道光帝令将过去边吏伯克等扰累之事勒石永远革除，一勒各城大臣衙门，一勒各城阿奇木衙门，同时通行刷印，分贴各回庄明白晓谕，明文规定，此后各城大臣或受已禁陋规或改易名目，仍有侵削，即照乾隆年间规定的办法，立行正法，所有滥应中饱之阿奇木等亦予正法。道光帝实行的这一系列善后之策，为西部边陲的安宁巩固提供了条件。
平瑶民之乱
边疆之乱甫定，民族之乱又起。在嘉庆统治时期，蓬勃、迅猛发展的全国各族人民起义的浪潮被残酷地镇压下去了，然而，封建社会内部的矛盾仍然在不断激化，道光年间，各族人民反封建的起义时有发生。其中规模较大的是湖南、广东、广西瑶族人民的起义。
湖南衡、永、郴、桂四州郡，界广东连州、广西全州，踞五岭之脊，是汉、瑶人民共居杂处之地。汉族地主阶级欺压瑶族人民，“掠攘侵侮”，而官府则“右奸民以朘瑶”。瑶族人民不堪封建统治者的欺压盘剥，奋而举起反抗的旗帜。
道光十一年（1831年）十一月，湖南永州江华县锦田乡瑶民联合广东瑶民六七百人，在赵金龙领导下，于两河口起义，迅速攻克两河口地区。道光十二年正月，江华知县林先梁、永州镇左营游击王俊“带兵往捕”，为起义军所败。王俊滥杀无辜以泄愤，激起瑶民更激烈的反抗。起义军迅速发展，各寨响应起义的达1000多人，聚集于长塘夹冲，皆以红布裹首为号。永州镇总兵鲍友智调兵700，永州知府李铭绅、桂阳知州王元凤各募乡勇数百合力进剿。赵金龙率军突围而出，至蓝山之王水瑶。起义军发展到二三千人，乘胜进至宁远地区。道光帝调遣总督卢坤、湖北提督罗思举赴剿，并令两广总督李鸿宾、广西提督苏兆熊各防边界。李鸿宾遣提督海凌阿率军进剿，海凌阿率宝庆协副将王韬以兵500余由宁远之下灌进攻。义军早有准备，一部分人扮成清军模样，混入军中，“伪充夫役，为官兵舁枪械”，大批义军则设伏于山沟陡狭之“池塘墟”。海凌阿率军至，义军四出冲杀，“乘高下突”，清军立即陷于混乱，王韬“披枪阵亡”，海凌阿亦被当场击毙。起义军声威大振。
道光帝增调“久历戎行，身经百战”的贵州提督余步云至湖南，又布置各地实行“坚壁清野”，并令各瑶寨“自相团练”，使起义军“无食可掠，无人可裹”。官兵残酷征剿，到四月才镇压了赵金龙起义。但广西贺县、连州瑶民又分别起义，连败官军，清廷费了很大力气，才将义军镇压下去。
积重难返的政治腐败
捐纳和署职
清朝从雍正年间到嘉庆道光年间，平均每年的财政收入只有4000万两，刚够正常年景开销。每遇军需、河工、营田、赈灾不时之需，就没钱支付了，就只好用捐纳等手段来筹措款项。捐纳即官吏捐加级、封典，平民捐职衔，秀才捐纳做贡生、监生，其实质就是用卖官来换钱。嘉庆时期国家财政入不敷出，朝廷就靠捐纳来作为国家开支的补充，捐纳在户部收入的比重迅速上升。如川楚之役开捐，至嘉庆六年（1801年）就达3000万两白银，自此捐纳之风开始盛行，以致一发不可收拾。到了道光时期，捐纳更成为国家重要的财政收入。官场上到处充斥着靠钱买官之辈，如贵州一省，自嘉庆五年（1800年）至道光二年（1822年）六月，便收捐纳银28.6万余两。而道光三年（1823年）七月，不过一个月就有23人纳资捐监，国家也得到了2300多两的银子的收入。有人统计，在道光帝统治的30年里，捐监者达31万余人，捐银达3300余万两。虽然正途官员未必不贪赃枉法，虽然不可否认也有一些贤达之才捐资做官，但大多数人用钱买官的目的就是捞钱。捐官泛滥成灾，不仅有悖于清朝前期皇帝的初衷，而且还使各级机构冗官繁杂，办事效率低下，且良莠不齐，流品复杂。仕途拥塞不堪，得官越发不易，那些捐官者为了捞钱，当然变本加厉地聚敛钱财、损公肥私，而且更加败坏吏治。道光帝作为封建王朝的最高统治者，并非昏愦庸碌，也深知捐纳带来的负面作用，但也没有可行之法取而代之。
朝廷的官职本有定限，捐纳却使仕途人满为患，因此署职现象产生了。据说，道光年间，北京六部中候补的人选比比皆是，甚至有人20年都上不了任。内阁翰林人数亦3倍于前，往往10年不得一差。同样，各省中候补上任的人数不胜数。因官吏拥塞，无法委任，只好暂时署任州、县等地方官，而署任者心下明白，心知不能实授，因此就尽量捞钱，就像市井中的商人一样，以至出现计算哪种职务肥沃与贫瘠、哪个年长与日短，看人给职务，每年都按情况调换的事情。而有的地方，署理之员一年一换，有的地方则半年一换，并视之为定例。每当遇到有关命案盗案时，因为自知任职不会长，就故意借口证据不足，压着不办。行凶肇事的人，出逃在外一年后，就逃脱了追究。那些犯法的还专瞅着该换新官了，马上出来和新官讨价还价，开脱罪责。还有一些更不像话的州县官，在将要卸任时，把国家征收的钱粮，契税折半收取，以此捞取外快，这称之为“放炮”。有的地方放一次炮，就能得到上万两银子，少的也有六七千两。还有的官天天放出谣言，说自己将要离任，因此用降低税额以达到催税的目的。而实际上他没有离任，放的是“太平炮”。还有的新官刚上任，也有减价催税的方法，被称为“倒炮”。地方官利用催税所得用来肥己，其做法无异于白要民财。捐官太多，不容易上任，而捐纳却成风，日渐兴盛。道光末年，署任的情况几近泛滥成灾，如浙江县官署缺者即呈过半局面。
贪污攘窃
当时贪纵营私之风弥漫上下，即使如京师在天子辇毂之下，且嘉、道二帝又屡倡节俭，而猥亵贪冒、作威作福之事，依然风行无忌。京官中枢直是最为华丽显要的，而两书房也只是清静文华罢了。嘉庆道光时的机要大臣们，也无非只是给手下地方官员提供信息、提供靠山而已，每年得到的馈遗居然达数万之多。即使如一般翰林也日渐丰裕，讲究起生活享受，衣食住行，为之一变。京官上下左右只知财贿纳赂，如陕西按察使张集馨改任四川按察使，到北京辞谢，孝敬给每位军机大臣白银四百两；上下两班章京每位十六两；另外给交情深厚的或通信办折的人一百、八十两不等；六部尚书、总宪百两；侍郎、大九卿五十两，这还不包括给同乡、同年及年家世好的那些盘费，总共用别敬1.5万余两。只有军机大臣赛尚阿一人未收张集馨的别敬，在京官宦中也属罕见。
地方官中拥有巨万收入的，并不罕见。出任外官的官员当中，上起督抚，下到州县，都因循陋俗，收入颇为丰厚。
那些直接关系国计民生的漕运、盐政、河工衙门更是以权谋私，中饱私囊。如盐商运盐，自产地到销地，必须要给大小官吏赠送礼物，有节礼、寿礼、贺仪、程仪、重支、预支和使费等繁多名目，因而各个官员们收入也自然随着名目而增多。据熟悉盐、漕、河务的金安清所见，做了10多年两淮盐政的阿克当阿家资巨万，人送外号阿财神。据说他收藏的书籍字画值30万两银，珠玉宝玩值二三十万两，花瓶食器值几十万，衣装，车马超过20万，奴仆数百人，宾客几十名，每次吃饭应有尽有。盐税本为国家的主要财政收入之一，阿克当阿身为盐臣，却假公济私，私肥自己。上行下效，以盐务秕政为衣食，溜须拍马，营私舞弊者为数众多，很多人的身份是衙门中书役、奴仆、幕友。如一俗称张大麻子者，原系寒士，50多岁始补通州运判，就因为屡次被任命审理盐商巨案，纵横捭合，用10年的时间就积攒了上百万。当时扬州园林素有甲天下之誉，而扬州园林最为华丽缜密者，即是张大麻子发迹后所购之宅。他的花园占地几十亩，里边有三层楼，可以俯瞰大江，想要赏梅、荷、桂、菊都各有去处。唱戏之舞台建筑结构犹如皇家。另外还有30多间套房，曲折蜿蜒，金碧辉煌犹如迷宫一般。鸡鸭鱼肉供应也无所不有。张大麻子在园中藏美姬12人，安寝之处床都相通，晚上还在这儿睡，第二天清晨就已经在别处了，豪侈淫纵，以至于此。
政务废弛和道德沦丧
嘉道朝各级政府机构臃肿，办事拖拉推诿，蒙混成风，官员们只知道敷衍了事，因循守旧，根本不把政务放在心上。当时众官员开会，只有一两个人主持，剩下的人就坐在那儿应承着。衙中官吏，或空发宏议，或与名流唱和，或终日奔走应酬不暇，或衣帽鲜艳出入于茶馆戏院，因此有“小官大做，热官冷做，俗官雅做，闲官忙做，男官女做”之谣。
道光帝亦曾指责“官员相护的恶习，积垢难除”、“因循守旧，得过且过，尸位素餐，明哲保身”的现象。
各级地方政府政务废弛，比京师更为严重。道光朝曾署两江总督的梁章钜说：“这些天来，有人作了一首十字令：一是红，二是圆融，三是路路通，四是认认古董，五是不怕大亏空，六是用棋马钓中中，七是梨园子弟能勤奉，八是衣服整齐，言语从容，九是主恩宪德，满口常称颂，十是座上客常满，樽中酒不空。”无谓的应酬成为地方官的第一要务，而各级衙门却百务废弛，讼案山积。如四川庆符县关押一名无罪犯人长达35年之久，县令不闻不问，听任差役贿供，道光帝得悉此事，惊叹地说：“竟有此事发生!我估计别的省也好不到哪儿去。”
这些官吏不以政务为重，不但众人聚在一起不谈种田植桑，甚至连封建政治的所谓“教化”也不以为意，就连口头上也不再提及了。营私舞弊，得过且过，贪图享乐，不仅使传统道德败坏，还诱使他们中的某些人以官经商。屈大均在《广东新语》中说，广东几乎无官不贾，官吏依仗权势，放高利贷经商的人中，民间的人占3/10，而官方的人占7/10，至道光朝，官员比清初则更有过之而无不及，福建汀漳地区有一陋规，郡里妓女院赌场名声闻于全省，都是受衙门保护的。衙门每月收取300元的保护费，并且他们的家人也能得到十几元、几十元的好处，这真正是地方陋习。衙署差役坐地分赃，其长官操守可知。地方官员营私舞弊，广泛从商，使封建道统和封建规范遭到破坏，而人人私欲膨胀，一心只向钱看。在造成道德沦丧的同时，更加速了社会风气的败坏。
八旗兵和绿营兵的衰微
徒有虚名的八旗兵
清朝兵制的状况，集中地体现了清王朝在政治上的衰败。清朝统治者所以能入主中原，与八旗制的优越大有关系。八旗军入关以后开始腐化，到了乾隆年间时更是不可收拾。嘉庆帝论及此事，曾在上谕中指出：“我朝初期时，八旗军精锐骁勇，所向披靡，兵士们作战时也是奋勇争先，勇往无敌。而如今的八旗军，衰落得连绿营都比不上了，以致于没有人愿意再带他们。”的确，这时的八旗兵已成为徒有其名、不能打仗的老爷兵了。
八旗将领多是皇亲国戚或勋臣后裔，作为军事贵族，他们是和清朝朝廷荣辱与共的。
可是，嘉庆时期的川楚军前却是另一番景象：八旗将领虚报功级，侵吞军饷，索取贿赂，花天酒地。有个将领刚到军队时，居然一次收受某地方官珍珠三斛，蜀锦一万匹，以及许多其他物品。前线将领发国难财，京师八旗贵族亦羡慕眼红。嘉庆帝亲政之初，曾痛斥前线将领玩寇养患的恶劣行径。