乾隆六十年（1795年），各地的白莲教首领聚会于湖北，对当时的形势经过一番讨论分析之后，一致认定起义的时机已经到来了，遂商定于嘉庆元年（1796年）四月十七日各地同时发动起义。但由于湖北宜都、枝江的白莲教徒，对清军的滥杀无辜、肆意追捕已经忍无可忍，于嘉庆元年（1796年）正月，张正谟、聂杰人率领众多穷苦百姓提前举行了起义，长阳、长乐、东湖、当阳等地的白莲教徒一呼百应。三月，王聪儿、姚之富、王廷诏等聚众万人，在襄阳地区也举行了声势浩大的起义，并力克竹山、保康、来国等地。继湖北首先扛起反清大旗、擂响反清战鼓后，四川的白莲教也把起义的大旗高高扛起，徐天德在达州带领白莲教徒，杀死当地的贪官污吏，宣布起义之后，十几天之内就有一万多人聚集在他的旗下供其指挥。随后，东乡（今宣汉）的冷天禄、巴州（今巴中）的罗其清、大平（今万源）的龙绍周、大宁（今巫溪）的陈崇德等，都相继率白莲教徒和当地人民群众揭竿而起。起义虽然比约定的时间提早进行，但当时各地民众已经忍无可忍，不堪忍受清王朝的奴役，对贪官污吏恨之入骨，因此起义大旗刚一举起，各地老百姓立即群起响应，使反抗斗争如燎原之火迅速扩散。
起义军的壮大
此时，乾隆皇帝已经当上了太上皇，在得到南方诸省起义造反的奏报后，立即制定剿灭计划，进行军事部署：命令都统永保，侍卫舒亮、鄂辉，集结陕西、广西、山东五千兵力，进行围剿。但起义的熊熊烈火愈扑愈炽，此起彼伏，清军遂采取分兵合围的办法，由永保、恒瑞对付竹山、保康义军；毕沅、舒亮包围当阳、远安、东湖义军；惠龄、富志那围剿枝江、宜都义军；鄂辉盯住襄阳、榖城、均州、光化义军；四川总督孙士毅剿杀酉阳、来凤义军。
在各地起义军中，襄阳义军声势最为浩大，王聪儿、姚之富、刘之协等人便成了四方义军的领袖人物。因此，他们几个人成了清政府的特别关注对象。清军屯集重兵，企图进剿襄阳义军。乾隆皇帝下令明亮、鄂辉赶赴襄阳，命直隶提督庆成、山西总兵德龄各率二千兵丁来汇合，又把在湖广、河南的蒙古窃马谪犯，补充到清军中去，以加强清军的力量。
清军大队人马逼近襄阳，来势汹汹，王聪儿、姚之富等率义军在人民群众的密切配合下，使得清军的围攻破产了。五月，起义军分两路，向孝感进发，六月，起义军设埋伏于孝感，袭击清军，杀死参将傅成明。七月，他们又在钟祥冲破清军的围堵，分兵攻枣阳。
十一月，王聪儿又率领义军渡过刘农河，逼近谷城、光化，在邓县魏家集围困了前来镇压义军的河南巡抚景安，清军溃不成军。各路义军配合调动，清兵疲于奔命，清政府想以重兵一举歼灭湖北义军的企图宣告破产。
在四川，清政府派总督英善、成都将军勒礼善前去镇压达州、东乡义军。英善分派游击尚维岳、都司清福等在娘娘庙和东乡天星桥扎营。达州的徐天德率领白莲教先分兵攻打天星桥，后亲自率领主力夜袭娘娘庙，清军被全部歼灭。到十月份，达州起义军的势力已蔓延到了东乡、太平、新宁等州县，一次又一次打败了为清军助阵的地主武装，沉重打击了清军的士气。后来一支陕西的清军前来救援，两部合驻在老营湾。在这里，清军用树木、竹条等编成围墙，又挖了一道壕沟于墙外，准备死守。起义军经过一番商议后，决定火攻老营湾，发起攻击之后，向敌营内投掷火球，然后用长绳飞钩扒倒竹木墙，这样清军城破，一番激战之后，全歼了由总兵袁国璜、何元卿率领的守敌。嘉庆二年（1797年）正月，徐天德、冷天禄、王三槐等攻陷东乡。在南坎场、金峨寺两次激战中使清军遭到重创。不久，达州和东乡两支起义军汇集到一起，掀起了四川白莲教起义的高潮。
为了同四川起义军互相配合、协同作战，湖北襄阳义军决定向四川挺进。嘉庆二年（1797年）初，王聪儿等率领义军，分中、西、北三路进入河南。入河南后，采取迂回战术，敌进我退，不与清军正面接触，忽分忽合，牵制清军。不久，三路义军在汉阴会师，又通过紫阳，夺船渡过汉水，瓦解了敌军的堵截，于六月份进入四川。当时徐天德率领的达州义军在东乡附近的白秀山遭德楞泰率领的清军和地主武装的围攻，刚刚进入到四川的襄阳义军及时赶到救援。他们分成黄、白、蓝三队，前面是步兵，后面是骑兵，突然出现在山梁，山上达州义军得到援助，士气大振，山上山下夹击，清军腹背受敌，被迫撤退。
两支起义主力胜利会师。
会师之后，各地领导人对义军进行整编。以地区为单位统一分编为黄、蓝、青、白等号，设营于各号，作为基本的战斗单位。还设有掌柜、元帅、先锋、总兵等各级指挥人员。
整编大大增强了军队的战斗力，也密切了各支起义队伍之间的联系。
起义失败
起义军会师东乡，势力大为增强。清朝统治者得知后，极为恐惧，立即召集大队军马，从三个方向进逼，企图围困起义军于东秀。王聪儿、姚之富为了避开敌人的锐气，决定转移各部义军。嘉庆三年以后，由王聪儿等率领的襄阳义军在川、陕等地展开游击战。但清军在川、陕机动作战能力较强，义军不但没有给清军造成任何威胁，反而遭到清军围堵，多次战败。义军受挫之后，且战且走，准备退到湖北。王聪儿率义军行至湖北的三岔河，两边被险峻的山沟所阻，清兵从后边追赶上来，前面又被地方乡勇堵住，义军在前有阻截、后有追兵的情况下，只得退向两边的山梁，清兵与乡勇蜂拥而上，义军拼死奋战，终因敌人势众，大部分将士战死，只剩王聪儿、姚之富等十几人。最后他们不愿意做俘虏，便登上山顶，跳崖自尽。
嘉庆四年（1799年），乾隆帝去世，嘉庆帝终于开始亲政。他采取一系列措施，改革弊端，整顿吏治。首先，罢黜了奸相和珅，并铲除了他的势力。这样，和珅及其亲信控制、指挥镇压白莲教起义军务的局面打破了。其次，任用勒保为经略大臣，节制川楚陕豫甘五省军务，撤换了无能的将领，惩办了贪官。在军事上，推行“坚壁清野”与“剿抚兼施”
的策略。
起义军方面也吸取了前一段时间固守山寨从而始终被动挨打的教训，采用流动作战的战略，与清军迂回作战，并在战斗中逐渐恢复元气。一批新的将领在战斗中逐渐成长起来，增加了起义军的战斗力。
嘉庆四年（1799年）上半年，起义军主要在川东、川北和陕楚边境三个战场与清军进行战斗。他们流动作战，飘忽不定，被动挨打的局面逐渐扭转过来，而清军方面则毫无办法。嘉庆皇帝大为恼火，迁怒于勒保，下令革去勒保五省经略大臣之职，由额勒登保继任，以德楞泰为参赞大臣。
额勒登保上任后，主要采取了两项打击起义军的策略。一是引诱起义军主动出老林地区，再围堵到川北，集中加以消灭；二是加紧推行坚壁清野，截断起义军的粮食供给与人员补充。这两项策略在嘉庆五年（1800年）明显起到了作用，极大地打击了起义军的力量。
从嘉庆五年（1800年）下半年起，白莲教起义由盛转衰逐渐败亡下去。
嘉庆六年（1801年）下半年以后，残存的起义军只有龙绍周、苟文明、王国贤、戴仕杰、曾芝秀、辛聪、冉学胜等股，寨堡较少的万山老林成了他们唯一的活动范围，人数大为减少，只有2.4万余人。
嘉庆七年（1802年）以后，形势对起义军越发不利。虽然年初曾经几次小胜清军，但衰败的局势已无法逆转。六月樊人杰兵败于湖北竹山、房县一带，在马鹿坪，被清军从三面围困，加上大雨不断，山洪暴泄，最后力竭，全部溺水牺牲。七月，苟文明被围困于陕西宁陕厅花石岩，拼力作战，最后力竭跳崖牺牲。九月，襄阳蓝号戴仕杰战死于湖北兴山县施家沟。同月，东乡白号汤思蛟在四川东乡县芝包口被俘。十二月，清军统帅额勒登保等向朝廷上奏称“大功戡定”。嘉庆帝闻奏下诏曰：“三省荡平，上终先帝髦期未竟之志，祭告裕陵，宣示中外”，“从此海寓敉宁，升平永庆”。
嘉庆八年（1803年）七月，额勒登保、德楞泰等再次上奏报称“三省肃清，官兵凯旋”，并先后都回京庆祝剿乱成功，同时裁撤了大量协助清军作战的乡勇。“每人以银五钱缴刀矛，银二两资回籍”。乡勇们无家可归，“多勃郁山泽间”，被起义军拉拢过来，加入到与清军作战的行列中来。起义军将领苟文润就曾率领一支由遗散乡勇组成的队伍，并汇合了巴山老林中剩余的起义部队，在西乡将清军副将朱槐击毙。
起义军余部尽管人数很少，又是分散作战，以致清政府在三省一直“不得解严”。起义军余部，一直与清军坚持战斗，直到嘉庆九年，苟文润、苟朝九战死，清朝政府才算最终镇压下去了这场声势浩大、轰轰烈烈的白莲教大起义。
嘉庆元年（1796年）爆发的白莲教大起义，前后与清军作战九年，四川、陕西、湖北、甘肃、河南五省都卷入到这场起义中来。清廷为了镇压这次起义，从全国16个省抽调了大批兵力。九年中，起义军击毙的提督、总兵以下军官四百多人，其中20多人都是提、镇大员，耗用军费2亿两之巨，与当时清朝政府四年的全部财政收入不相上下，尽管起义最终失败了，但也使清王朝从此由盛转衰，逐渐败亡。
嘉庆皇帝遇刺案
清廷入关后统治中国260余年，自顺治至宣统，先后共10位皇帝，其中，有两位皇帝遭遇到刺客的刺杀，那就是雍正帝和嘉庆帝。如果说，雍正遇刺，究竟有没有发生过，属不属实，证据不足，很难判断，已成疑案的话，那么，嘉庆帝遇刺则是千真万确，铁案如山，嘉庆帝尽管并未受伤，然而，从当时奏章档案看，嘉庆帝遇刺原因，仍是一团迷雾，难以分清。
嘉庆八年（1803年）闰二月二十日，嘉庆帝从圆明园上马，带着随从、侍卫，进入了神武门（今故宫博物院门）后下马换乘御轿，一切都显得很平静，没有任何征兆，加上此处已是皇宫禁地，跟班侍卫们都未提防。突然，从神武门西厢房南墙冲出一条大汉，朝嘉庆帝所乘御轿直扑过来。事出仓促，侍卫及近驾的人们都没注意到这位大汉。一时间，那人已奔至近前，皇帝的随从及侍卫这才注意到，大汉手里握着一把短刀，面露杀机。跟在嘉庆轿旁的定亲王绵恩立即感到事情不妙，迎面上前阻拦。岂知，那人来势极为凶猛，举刀便刺，绵恩衣袖被扎破，未能拦住那人。
从那人的来势及出手的招式中，人们已经看出，此人武功根基颇为扎实。这时，紧随皇帝的固伦额驸亲王拉旺多尔济、御前侍卫丹巴多尔济等5人，急忙一齐奔出，拦住来者去路，展开搏斗。这些跟班侍卫，都是皇家精选的大内高手，颇有功力，但那刺客身手极为敏捷，将侍卫丹巴多尔济身上扎伤三处。但卫士们经过长期训练，配合默契，各携兵器，以五敌一。除非是绝顶武林高手，否则是无法长久抵挡的。果然，卫士们以多打少，不出几个回合，已夺下刺客短刀，将其生擒。嘉庆帝事后虽然声称自己在轿内，对当时发生的事情毫不知情，但相距一箭之地，搏斗之声及迎驾、护驾者的惊恐之声，应当是听见了的。
这是他登上皇位以后首次遇到刺客，可以想象当时他的惊恐之状。
皇宫生变，大内遇刺，刺伤侍卫，扎破亲王衣服，刺客距嘉庆御轿已经很近，皇帝虽有惊无险，但此事在朝廷内外引起极大的震动，成为当时一桩大案。
事变发生的当天，嘉庆帝先下令军机大臣会同刑部审讯要犯，但毫无结果。又下旨：
此案着派满汉大学士、各部尚书并原派之军机大臣，会同刑部严审定罪。在刑讯逼供之下，刺客终于开口。
据供，刺客姓陈名德，47岁，北京人。陈德父母是镶黄旗人松年的家奴。因主家迁往山东，陈德自幼便和父母一起到了山东，成年后亦以给富豪人家当差为生。父母死后，陈德于乾隆末年到北京投靠亲戚，先后给五户人家当差为奴。案发前，陈德跟上了粤海关回京的王姓官僚的家人孟明，充当厨子，在孟家当差5年。不幸，陈德妻子病死，80岁的瘫痪岳母、两个未成年的儿子都需要他来照顾，维持生计，日子越发艰难。至本年二月，孟家因嫌陈德吃饭人多，能干活的人少，将他一家赶出。
据陈德供称，一家被赶出后，生活没有着落，只有投亲靠友，受人接济，几次搬家，无奈连个差事也找不到，因此产生了寻死的念头。本月十八日，将15岁的长子禄儿从雇处叫回，团聚一两天，然后准备自寻短见。但转念一想，自去寻死，“无人知道，岂不枉自死了”。于是，想去行刺皇帝，这样死也死得轰轰烈烈，惊天动地。
二十日晨，陈德带着长子禄儿出门。次子对儿问他父亲去哪儿，他随口便回答说，去替他也找个做工的人家。他怀揣短刀，先去酒店喝了两碗酒，然后带着禄儿从紫禁城东华门混进了皇宫。路上，禄儿问父亲要去找什么人，陈德不答，又说自己一会儿就要死了，让他千万不要认尸。禄儿一再追问原因，陈德只回答说，一会儿你就知道了，你不要管。
父子从宫内夹道来到了神武门，夹在迎驾的人内。随后，就发生了行刺皇帝未遂之案。禄儿见势不好，马上逃走，不久亦被抓获。
嘉庆皇帝和会审各大臣明显不满意陈德的供词。一个失业厨子，生活固然艰难，但仅凭死得更壮烈、更轰动的念头就行刺皇帝，而且没人主使，也没有帮凶和同谋，实在是不可理解。而且，皇帝行动时间他为什么会如此清楚，皇宫守卫极为森严，他又是如何混进去的呢？于是，嘉庆帝命令大臣们加紧严审逼供，把陈德供词中提到的所有人员逮捕和传唤来。
不料，陈德的两个儿子、借住房主之保甲黄五福在被审讯时，均称并不知晓陈德行刺事，只说陈德最近几天都出去找当差的事做，很晚才回家。为了查清为何陈德如此熟悉宫中的情况，传讯了陈德过去的雇主、内务府包衣达常索。据称，达常索过去在宫中侍候过诚妃娘娘，让陈德陪同其进宫送过碗盏杂物。陈德当时还与太监杨进喜一起办过车辆事宜，这已经过去几年了。又传讯太监杨进喜，据称已有数年未见过陈德。
至二十一日，陈德好友王四、次子对儿等被提审，但仍然毫无进展。又严加审讯陈德，拷问其皇上昨日还宫消息及在御花园外换乘御轿之事是如何得知的。据陈德口供，他正想要自寻短见，又犹豫再三，寻思这样死去很不值得，正在这时，街上垫土铺路的人说起二十日皇上还宫的消息，被他偶然听到，这才有了行刺皇帝的想法。原来，从圆明园到皇宫，其间有些路段为泥土路，皇帝御驾经过之前，一般都会先派人铺垫打扫，陈德据此知道了皇帝的还宫时间。至于皇帝从何门入宫，在何处换轿，他声称并不知晓，是进了东华门之后，向宫内下人们打听才得知的。陈德还供称，自己只想到如果惊了圣驾，肯定当时会被乱刀砍杀，死也死得痛快。