此时，各省表面似乎非常平静，但暗地里在各督抚的部署下正紧锣密鼓地进行明查暗访。先是山西巡抚阿思哈上奏，说流寓山西介休县的直隶民人王肇基呈联献诗，毁谤圣贤，狂妄悖逆。乾隆皇帝立刻命阿思哈仔细追查，王肇基是否为伪奏稿案的“党羽”。后来，阿思哈查明王肇基进献诗联的目的是为了逢迎皇帝，要求皇上任用他，与伪稿无关。乾隆帝命将王肇基“立毙杖下，俾愚民共知儆戒”。接着，又揭发出山东巡抚准泰拖延追究伪奏稿一事，即本年四月间，山东按察使和其衷发现有署名孙嘉淦奏稿一纸在民间广泛流传，经查寻得知其来源于江南水利废员官贵震，于是禀请巡抚准泰将此事奏闻，准泰把和其衷禀文勾掉发还，责令他将报告中伪稿来源改为在途中偶然拾得。迨至八月经硕色举发，奉旨缉拿伪稿逆犯，准泰又嘱令和其衷不必牵涉四月间官贵震一案。和其衷因此案关系重大，丝毫不敢有半点欺瞒，遂密折据实陈奏。乾隆皇帝将准泰革职拿问，调河南巡抚鄂容安接替其职，又指示尹继善将官贵震秘密缉拿归案进行严审。
以上两件事，对乾隆皇帝触动很大，前者虽然王肇基与伪稿无关，但伪稿流传甚广，肯定其“党羽”不少；后者，地方官员在办理此案时，故意推诿、拖延的情况也确实存在。
故八月二十八日，乾隆皇帝命军机大臣传谕各督抚，提出所有首先诬捏撰写、发散传播之犯为首恶渠魁；传抄之犯中，凡借以蛊惑人心，为之注释，及仿效词句，私自记载者，均当从严办理。又向各督抚提出警告，倘若养虎为患，唯恐株连多人，思欲苟且了事，不实心查办，准泰可作前车之鉴。
在乾隆皇帝的督责之下，各省督抚全力缉查，不敢怠慢，九到十二月之中，各省先后查出有关传抄伪稿的线索，如在云南查出伪稿是由江西传入；四川查出伪稿有注释评语的情况；浙江鄞县知县伍鉽、巡检郑承基、千总雷埙曾传阅伪稿；甘肃也查出了一些抄传伪稿的人，甚至在西南的土司境内的土官家也有传抄的。一时间各省查出伪稿抄传的奏报像雪片一样飞送京师，面对此种情况，乾隆皇帝也叹道：“此等逆恶之词蔓延各省，甚竟传入土司内，其流传之广，一至于此!”到该年的年底，各省已查获了不少案件，缉拿了不少的人犯，其中以湖广、江西为最多，而四川一省就捕获了280余人。在这种情况下，秘密查访已经不可能了，从乾隆十七年（1752年）以后，不得不由某些省的秘密缉访转而进行全国性的公开严查。
乾隆十七年（1752年）初，在已有的各条线索中，有几处重要线索，乾隆皇帝降谕要严加追究：一是江西巡抚鄂昌查出的广饶九南道施廷翰之子施奕度传抄伪稿；一是来往贵州的湖南人龙乾惕曾携带伪稿。乾隆皇帝认为，伪稿内容说到张广泗为官有功，张广泗乃贵州总督，从龙乾惕身上严加根究，或许可以追查出一些有关伪稿来源的线索；再有就是浙江提督衙门书吏包琳供出的，伪稿系从提督衙内传出；还有江西省城抄报房章锦传抄伪稿，乾隆帝对这一条线索十分重视，认为“似为近可根寻”。但是，追查的结果，令乾隆皇帝及诸督抚们非常失望，这样查来查去，涉嫌者、传抄之人，或者互相指控，或者将责任推向已故之人，有的在严刑逼供下，“套夹则甘认罪，松刑又复呼冤”，案情变得毫无头绪，陷入复杂境地，年终整个案情仍很混乱，办案人员对此也感到万分头痛，乾隆皇帝也甚是着急。六月二十九日，他命令军机大臣将历次奏报各案逐一分析查奏，除已追究出来的，应并案办理外，其余未抓获归案以及尚未查清者，将清单分寄各省，按清单所开各案，迅速查办。
六月份之后，各省遵照乾隆皇帝的指示，根据中央列出的清单继续追查，其中有一条线索，成为当时追查的热点，即年初的时候，江西巡抚鄂昌等查出该省道员施廷翰之子施奕度传抄伪稿。于是，乾隆皇帝命鄂昌、尹继善带同承审官赴京与舒赫德、刘统勋同审此案。到七月份，舒赫德等人审讯出施氏伪稿来自江西提塘刘士禄处，刘士禄供出伪稿又是从在京城居住的汤赐联处得来。派人前去查拿，但并无汤赐联其人。后刘士禄推翻前供，施奕度也否认伪稿得自刘士禄，而得自其叔施廷皋次子。九月份，乾隆皇帝命舒赫德等，留心“施氏是否与张广泗有亲”，后查寻施氏与张广泗并无关涉。此条线索，上下折腾了一段时间，最终又没有了下文。
十月十九日，乾隆皇帝以各省办理伪稿不善，再次通饬各督抚，谕称：查办伪稿至今已一载有余，却如大海捞针般渺茫，毫无头绪，此皆因各督抚等一切委之属员，唯据详索供词，敷衍塞责，并未实心研究，实力查办，致使线索迷乱，首犯仍逍遥法外，不知去处。
乾隆皇帝深知，此案进展缓慢，与各省督抚互相推诿有很大关系，而承办之员怕担当责任，往往将案情线索转向其他省份，致使隔省隔属，循环往复，拖延了时日。十一月二十三日，乾隆皇帝下令将他认为追查不力的两江总督尹继善、江西巡抚鄂昌等解任候旨，并宣称其他省督抚如有此种情况者均照此办理。
伪稿一案追查不力，乾隆皇帝迁怒于督抚属员。事关封疆大吏，部分朝臣企图劝谏。
十二月十九日，御史书成奏称：“伪稿一案株连波累，恳请将现在人犯一律宽释。”遭到乾隆皇帝斥责，乾隆说书成系满洲奴仆，似此丧心病狂之言，如诅咒彼父祖者，竟然可以视之为漠然!遂革其职交武备院执伞苦差处服役。之后，又有乡居在籍侍郎钱陈群奏言，其意也是不必追查伪稿，同样遭到乾隆皇帝的痛责。到此无人再敢劝阻。继而乾隆皇帝又下令，追查既已延及数省，迟至经年，绝无骤然中止之理。从乾隆的话语中，虽然可以看出其不会轻易放弃对伪稿的追查，但也可看出此时的乾隆处于非常尴尬的境地。
在乾隆皇帝进退两难的时候，军机大臣们在京审出伪稿的又一重要线索：由江西巡抚鄂容安查获的传抄伪稿的长淮千总卢鲁生父子，经军机大臣审讯，供出其稿来自南昌守备刘时达。据刘时达称，乾隆十五年（1750年）七月间，其子刘守朴任浙江金华县典史时，遣家人王玉琳送寄家信，信内附有孙嘉淦稿一张。乾隆皇帝认为刘守朴传递之伪稿与其他伪稿案相比，时间应该是最早的，遂命江浙两省承办此案的周承勃、钱度速往金华秘密查访，又指示两广总督阿里衮：刘守朴系“第一紧要之犯”，即由驿递飞速解京。
卢鲁生、刘时达父子押到北京之后，乾隆皇帝责成军机处对其进行审讯。在乾隆看来，伪稿一案好像找到了头绪，根源似乎就要找到，如不出意外，伪稿必定为卢鲁生及刘氏父子伪造。但案情并没有像乾隆皇帝所想象的那样，又有刘守朴的幕友孔则明供出，封寄伪稿给刘时达系他代为经手，孔则明伪稿乃得自苏州。这样一来，案情另生枝节，又回复到了先前毫无头绪的困境中。
此时的乾隆皇帝，当接到军机处审讯的结果之后，对能否彻底查清此案已全失了把握和信心，一年来，全国上下大张齐鼓追查伪稿，花费了不少人力财力，也不知牵连了多少人，在他看来，即使伪稿查不出真正的捏造者，但经过这一番清查，对政治上的异己力量及不满情绪，也起到了震慑作用，于是他开始考虑如何将此案即行收场的问题。而摆在他面前的卢、刘二犯，正可作为结束这场无法继续追查下去的无头案的替罪羔羊。
经过一番秘密策划之后，乾隆十八年（1753年）二月，军机大臣向乾隆皇帝奏报：经审，孔则明代书寄稿家信，全属捏造之事；卢鲁生经“反复开导”，也承认了与刘时达共同捏造伪稿的“实情”。以上所谓军机大臣的覆审及奏报，全部是在乾隆皇帝授意之下产生的。
当月，乾隆皇帝迫不及待地宣布，伪稿一案已“全行昭着”，命令将“主犯”卢鲁生押赴市曹凌迟处死，同时宣谕中外，伪稿正犯已得，所有传抄各犯全部恩免宽赦。对于传抄伪稿的官员，则照例治罪。另外对审查不力的官员如江西巡抚鄂昌、按察使丁廷让等全部革职拿问，交刑部治罪。两江总督尹继善、闽浙总督喀尔吉善以失察罪而交部严议。至此，历时一年七个月，蔓延京师、直隶、山东、山西、江西、江苏、安徽、浙江、福建、湖南、湖北、云南、贵州、广东、广西以及边远土司等地区的、轰动全国的清查伪孙嘉淦奏稿案，因乾隆皇帝无法再继续追查下去而结案。
胡中藻诗案
乾隆统治初期，以先帝雍正最为倚重的两位大臣——鄂尔泰（满族）、张廷玉（汉族）为辅政大臣。俗话说“一山不容二虎”，鄂张二人权势甚高又不分上下，遂互相攻讦，门户之争应势而起。二人之下各有门生故吏无数，他们攀援门户，结为朋党，党同伐异，大有水火不容之势。
但是，二虎相争，触犯了真龙天子的利益，乾隆皇帝决意铲除党派，以强化专制皇权。
乾隆五年（1740年）四月，他下达了一道耐人寻味的谕旨，说从来臣工之弊，莫大于逢迎揣度。大学士鄂尔泰、张廷玉乃皇考任用之大臣，为朕所倚重，自当思所以保全之。众臣工们想必不敢有互相包庇、结党营私的念头。而无知之辈，妄行揣摩，如满族人则思依附鄂尔泰，汉族人则思依附张廷玉，不仅九品小官如此，官大至侍郎、尚书者也多如此。他的谕旨表面上是在指责那些依附鄂、张的大小官员，实际上是在警告鄂、张二人。但门户之争由来已久，一时不能彻底清除，攀援庇护之风也无法扼止，乾隆皇帝决定先向张廷玉及其党羽下手。自乾隆六年（1741年）以后的十几年中，对张廷玉及其家族势力的发展进行了严厉的扼制，如改组军机处，以满族人为首席军机大臣，以近臣进入军机处等；一度罢除了张廷玉死后配享太庙的殊荣（后来又恢复）;查封和没收了他在京城的一些住房和财物等。另外全面清洗了张廷玉势力，如对他的门生姻亲汪由敦、朱荃严、严瑞龙等人，或撤职或抄家或治罪，到乾隆三十六年（1771年）时，张廷玉除有一子名列仕籍之外，家族其他成员已无一人置身仕途。
在打击张廷玉势力的同时，乾隆皇帝对鄂尔泰本人及其党羽也进行了一定的限制，但鄂尔泰于乾隆十年（1745年）去世，其党羽言行大为收敛，乾隆皇帝对鄂党遂没有进行深究。
鄂尔泰去世，张廷玉退休回家，张、鄂两党势力表面上已经铲除，但两派的明争暗斗尚未终止。对此，乾隆皇帝早有察觉，如何进一步消除这种隐藏在暗处的两派之争，乾隆皇帝似乎已有了解决办法。
以鄂尔泰的高足自居的湖南学政胡中藻与鄂尔泰的侄子江西巡抚鄂昌来往密切，相互唱和，甚为猖狂。因此，乾隆皇帝便决定拿胡中藻开刀。
胡中藻着有一部《坚磨生诗钞》的集子。乾隆皇帝先是秘密责成曾在军机处行走的蒋溥，从《坚磨生诗钞》的字里行间找问题。到乾隆二十年（1755年）二月，罗织胡中藻罪状的准备工作已经就绪，乾隆帝命令广西巡抚卫哲治速奏胡中藻任广西学政时所出试题及与他人唱和的诗文等一切恶迹言行。卫哲治接旨之后，急忙严密搜查，将胡中藻于乾隆十三年（1748年）二月任广西学政一年半时间内所出试题及唱和诗文等，派专人送往北京。
不久，胡中藻被逮捕押往京师，同时乾隆又命令陕甘总督刘统勋赴甘肃巡抚鄂昌处搜查胡中藻与之往来应酬诗文、书信等。接着还指示对曾为《坚磨生诗钞》作序，并出资帮其刊刻传播的礼部侍郎张泰开进行审讯。当上述种种布置和行动安排就绪后，乾隆皇帝遂召集大学士、九卿、翰林、詹事、科道等廷臣，宣布胡中藻的种种罪状。他先是指责胡中藻出身科班、名列清华，而鬼蜮为心，于语言吟咏之间，以大逆不道之词，肆意诋讪，“实非人类中所应有”。尔后，便从《坚磨生诗钞》中摘取诗句，历述胡中藻的条条罪证。
最后，又对站在他面前的众大臣们说道，胡中藻有以上如此之罪状，但多年来，竟没有一人参奏他，可见互相袒护之风已牢不可破，对此不得不申国法、正嚣风，仿效先皇之诛查嗣庭，惩治胡中藻。遂下令众大臣对胡中藻案情严加审议，提出处置意见。众大臣们见乾隆皇帝对胡中藻如此之愤恨，严惩胡中藻已不容置疑，遂秉承乾隆旨意，纷纷提出将胡中藻按“大逆罪”凌迟处死，其嫡属男16岁以上者皆处斩。
乾隆皇帝治罪于胡中藻，其用意是司马昭之心——路人皆知，对胡中藻的指责及在处理全案过程中的种种议论，都可以看出他是针对张、鄂各结党羽、党派相争这种恶习的。
但当大臣们提出凌迟处死胡中藻的时候，他却强调说：“朕御极以来，从未尝以语言文字罪人”，只是胡中藻所刻《坚磨生诗钞》连篇累牍地谤讪诋毁，才不得不“申明宪典”，重治其罪。以此来表明他治罪胡中藻是有着充分理由的，是没有冤枉他的，为了表示宽厚大度，乾隆皇帝特意对胡中藻的处置，由“凌迟”改为“处斩”。乾隆二十年（1755年）四月十一日胡中藻被斩决。
与胡中藻同案治罪的还有鄂昌、史贻直等人。因鄂昌与胡中藻平日来往密切，于是指责他见胡中藻悖逆诗词，不但不知愤恨，反而与之往复唱和，实是罪不可恕。在抄他的家时，又发现了他所作的一首《塞上吟》，称蒙古为“胡儿”，乾隆又指责说这是“自加诋毁（鄂为满族人），非忘本而何”，说鄂昌“纯属满洲败类”。在处死胡中藻的一个多月后，乾隆皇帝遂赐令鄂昌自尽，并警告满族官员说：“今后如有与汉族人互相唱和，较论同年行辈往来者，一律照鄂昌，严惩不贷!”在鄂昌被处死之后，乾隆又下令将已死10多年的鄂尔泰以结党罪撤出贤良祠，以此告诫大臣切勿植党。
胡中藻一案就此了结。乾隆皇帝达到了他的预期目的，进一步强化了专制皇权。
彭家屏藏书案
彭家屏是清朝政府的一个官僚。康熙六十年（1721年）中进士，后来当过刑部司员，乾隆时期担任江苏布政使。
雍正末年，彭家屏与深得雍正帝信任的封疆大吏李卫交往深厚。因李卫与鄂尔泰等人素有矛盾，彭家屏也因此常常对鄂及其党羽进行攻讦，无意中卷入了党派之争。乾隆皇帝对结党营私之恶习深为痛恨，而彭家屏作为未依附这两大党的另一小股政治势力，也引起了乾隆皇帝的注意。在发动了胡中藻诗狱案之后，乾隆遂把打击的目标又移向彭家屏。乾隆二十年（1755年），以召彭家屏进京面询政事为名，派人替补了他的遗缺，不费吹灰之力便剥夺了他的江苏布政使的官职。从此，彭家屏以养病为由回到了家乡河南夏邑县。但是，彭家屏并未因闲置在家而不理政事，乾隆皇帝也未因彭家屏告病还乡而放松对他的警惕。