当年十一月十三日，雍正在李维钧的奏折上批示说：“近来年羹尧上奏言事，朕怀疑他居心叵测，很是有擅政专权的意思。”十二月十一日，雍正在年羹尧折上进行批示，说身为臣子的，有为国立功之心，容易立功，但要持守功劳是不易的，而君王也很难持守对臣子的恩宠。如果臣子有恃功妄为的，必会失去君主恩宠而受到惩罚。在这里就显示出雍正要对年羹尧下手了。从雍正三年（1725年）春开始，雍正对年羹尧的错误和罪行，不断进行指责，对年属下的川陕两省官员进行大批调整，鼓励臣下揭发检举年羹尧，对年羹尧连连罢官。当年一月，曾由年羹尧提拔、深得其赏识的甘肃巡抚胡期恒向雍正上奏弹劾陕西驿道金南瑛，雍正反而指责年、胡搞朋党，没有批准。年羹尧曾上奏弹劾蔡珽将属下官员逼死，刑部奏请斩首蔡珽，雍正反而接见蔡珽，蔡上奏弹劾年羹尧贪暴，雍正不但不问蔡珽之罪，还任命他为左都御史。二月，因为出现的天象怪异，雍正和很多非常迷信的人认为这是祥兆，大臣们纷纷上表祝贺，而年羹尧在三月所写的贺表上将“朝乾夕惕”这个称赞雍正的字眼写得颠倒了，而且字迹不清楚。雍正认为这是大不敬，下诏指责年羹尧并不是因为粗心，而是擅权之心显露无疑。不久，雍正又对年羹尧虐待青海残部、重罪逃入准噶尔之人表示斥责。据传说在雍正改变态度开始斥责年羹尧时，曾有人劝年羹尧谋反，赶走雍正自己称帝。当时年羹尧有个叫孙剑才的门客，投靠年羹尧很长时间了。年羹尧扩建住宅，术士们都说百年之内都可兴旺，而孙剑才却说一会儿就要完了。年羹尧勃然大怒，要杀了他。
孙剑才对年羹尧说：“大将军就要大祸临头了，我也不怕死。”年羹尧马上细问为什么。孙剑才说：“您劳苦功高，声名远扬，圣上怀疑您，而其他人陷害您，这并不是好事，而且张广泗、岳钟琪领兵西征，是在牵制您。如果派人剌杀张、岳二人，您自己亲率大军谋取中原，进攻京师，何愁大事不成呢!”年羹尧说：“成败未卜，再说我手中也有重兵。”孙剑才被放，后来改名换姓逃走了。后年羹尧果然大祸临头。可以说，即使年羹尧当初真的听信孙剑才的话谋反，他也不会成功。
在雍正的不断恩宠之下，年羹尧得意忘形，擅权存私，任意对地方文武官员进行举荐，形成前面所说的“年选”局面。这样，在年羹尧周围聚集起来一批人，形成了新的宗派。
此外，他还仿效胤禵，经常向将军、督抚擅自发布命令；对于皇帝派往军中的御前侍卫像奴隶一样使唤；甚至在进京时还让额驸扎萨克郡王阿宝在他面前下跪，令人难以容忍。还要提一下的是，年羹尧贪赃枉法的情况也十分严重。
年羹尧的行为自然会使雍正无法再容忍下去，不过他还是有充分把握，随时可以将年羹尧绳之以法。所以在年羹尧第二次陛见后，有人提出不要让他回到陕西时，雍正很是不在乎，以为这是非常可笑的。正如他所说的那样：“年羹尧之所以不叛乱，不是不愿意，而是他没有足够的能力；朕不提防他，是没有这个必要。”
康熙初年清朝统一全国后不久，吴三桂等人控制将近半个天下，以这样的力量发动三藩之乱，都还被康熙平定。现在清朝统一全国已80年，国家的富足稳定、皇权的巩固远胜康熙初年，如果年羹尧真的凭借川、陕两省来谋反，只能破坏国家统一和社会生产，给人民的生命财产造成极大损失，历史决不会宽恕他。年羹尧不会谋反，因为他深知这不可能取得成功，而他又自恃有军功，而且手握重兵，雍正也会讲些情面，不会将他怎样。当时京城的确有人担心年羹尧会发动叛乱，建议雍正不要过分责备和处罚年羹尧。雍正很是坦然，说：“考察一下目前的形势，对年羹尧的实力很是了解，他不会有所作为。”雍正独揽天下大权，政权稳固，实力雄厚，不怕年羹尧谋反，故而敢于彻查年羹尧的罪行。这是雍正的高明之处。当年四月，雍正下令削夺年羹尧的军权，其权力交由岳钟琪暂时办理，命他去浙江就任杭州将军。年羹尧接旨后3天才交出大将军印，不得不离开了他管辖了十几年、指挥过十万大军、建立过重大功勋的川陕，带着少数随从赶往浙江，任由雍正控制。
为了防止年羹尧在途中有什么不轨行为，雍正命令所经地方官员，密切注意他的动向。在去浙江途中，年羹尧还在幻想雍正能原谅他，竟上疏说自己不想去杭州赴任，这等于抗旨不遵，使雍正更为不满，命他即刻上任。朝廷大臣们看到雍正决心已下，纷纷上奏揭发检举年羹尧。直隶总督李维钧三次上疏，说年羹尧利用权势作威作福，贪赃枉法，排除异己，侵吞国库，滥杀无辜，残害百姓。雍正将这些奏折一一给年羹尧观看，要他回奏。随后，雍正严惩年的心腹和党羽，一一处理。同年七月，雍正免去年羹尧杭州将军职务，授以闲散章京将其安置在杭州，又令地方官员对如何处理年羹尧发表自己的意见，为处死年羹尧作舆论准备。于是广西巡抚李绂、河南巡抚田文镜等纷纷递上奏章，要求将年羹尧处死。雍正表示接受，于九月将年羹尧的官职头衔尽数革除，下令立即逮捕他。十一月，年羹尧被装进囚车送往京城。十二月，议政大臣奉雍正旨意历数了年羹尧九十二款罪行，请求处死年羹尧。这时年羹尧在狱中还希望雍正念自己有功能免一死，上书哀求雍正说：“我已经知罪了。希望主子能开天恩，可怜我，饶了我吧。我现在还不算老，还能给主子效犬马之劳。”但雍正不为所动，决心已下，认为在年羹尧的九十二款罪行中该判极刑和斩立决的就有30多条，但表示开恩，允许年羹尧自杀。在给年羹尧最后的谕旨中，雍正说：“你也是读书人，纵观历史，像你这样不法悖逆之人还有比得上的吗？自古悖逆之臣也大有人在，可在败露前还进行掩饰，而你却毫无顾忌，任意妄为，从古以来有这样的吗？”接到自杀的命令，年羹尧不愿动手，雍正就让他的死对头蔡珽担任监刑官，年羹尧只好上吊自杀了。
年羹尧的父亲年遐龄、兄长年希尧因为没有参与年羹尧的罪行，被免去官职而没有被刑罚，年羹尧的儿子年富被斩首，其他15岁以上的儿子被发配到广西、云南、贵州等边远烟瘴之地充军，嫡亲子孙将来长到15岁时，一个个地发配，永不赦免。但雍正五年（1727年）正月，雍正还是将年羹尧戍边的儿子赦免了。
隆科多大狱
处死年羹尧后，雍正着手消灭隆科多势力。隆科多担任总理事务大臣并主管吏部后，经他操办的铨选，人们称之为“佟选”，这样，他独揽了用人大权。隆科多虽然是雍正的亲信，在雍正登基时起了重大的作用，但他深知雍正不能容人，担心自己的地位不能长久保持，很早就把私产分藏到各位亲友家和西山寺庙中。雍正得知后认为他不守臣子之道。隆科多又主动辞去步军统领的职务，雍正马上想让巩泰来代替他，不让隆科多再对这一重要职务有什么影响。隆科多还经常与允禩一党的人秘密往来；年羹尧案发后，隆科多又包庇纵容年羹尧的罪行。雍正愤怒无比，认为隆科多与年羹尧结为朋党，还想让允禩党人加入自己的集团。这样，雍正在谴责年羹尧的谕旨中，就把隆科多跟年羹尧相提并论了。
雍正三年（1725年）六月，在处理年羹尧之子年富时，雍正又免去了隆科多的二儿子玉柱的乾清门头等侍卫、总理侍卫事、銮仪卫使等职务。雍正下令吏部议处年羹尧妄参金南瑛之罪，隆科多主持的吏部前后提出两个不同处理意见，雍正认为前者过轻，后者过重，这是隆科多有意这样做，命令都察院严肃处理，结果隆科多被免去太保一职，到阿兰善山修城垦地。年羹尧被处死后，雍正四年（1726年）一月隆科多被削去职务，但雍正还是命令隆科多先去阿尔泰山主持准噶尔和喀尔喀蒙古游牧地的划分疆界事宜，后来又派隆科多代表中国政府与俄国使臣举行会议划定中俄中段国界。雍正说：“这件事只有隆科多才能胜任，他要尽心竭力的话，朕会宽恕他；如果他心存叵测，不能办好定边大事，朕一定要治他的罪。”隆科多认真贯彻雍正的旨意，在执行自己的使命时尽心尽力，作出了贡献。特别要说的是，在中俄边界会谈时，隆科多坚持维护中国领土完整和国家主权的严正立场，强烈要求俄国归还它所侵占的中国蒙古族地区。尽管隆科多尽心竭力，雍正却违背自己诺言，不肯宽恕隆科多，他清除隆科多的决心已经确定。正当隆科多为维护国家主权与俄国使臣紧张谈判时，雍正以追查隆科多私藏玉牒底本为借口，突然召回隆科多，命策凌等人接替隆科多，策凌等在谈判中没有坚持维护国家主权，却接连向俄方让步，在当年七月签订了中俄《布连斯奇条约》。隆科多回京后，诸王大臣历数隆科多罪行四十一款。其中有大不敬之罪五，如私抄玉牒收藏在家，将康熙钦赐御书贴在厢房里视为玩具，“妄拟诸葛亮，奏称白帝城受命之日，即是死期已至之时”等；欺罔之罪四，如“圣祖仁皇帝升遐之日，隆科多并未在御前，亦未派出近御之人，乃诡称伊身带匕首，以防不测”等；紊乱朝政之罪三，如“皇上谒陵之日，妄奏诸王心变”,“妄奏调取年羹尧来京必生事端”等；奸党之罪六，如“交结阿灵阿，邀结人心”等；不法之罪七，如“任吏部尚书时所办铨选，官员皆自称为佟选”、“纵容家人勒索财物，包揽招摇，肆行无忌”等；贪婪之罪十六，如索诈安图银38万两，收赵世显银1.2万两等。隆科多的四十一款罪行，有的和年羹尧的罪行类似，但隆科多的罪过是不能与年羹尧相比的，要轻得多，雍正处治他虽不为过，但隆科多还不像年羹尧那样肆无忌惮，还是有所收敛的。而且，在犯罪后异常艰难的情况下，还受命与俄国使臣谈判边界问题，维护国家的领土完整和国家主权，作出了应有的贡献，难能可贵。
年、隆结党又结亲，本来是雍正自己促成的，想要他们两人成为巩固自己统治的主要力量。
年羹尧死后，隆科多已势单力孤，其实对雍正皇权已形不成什么威胁。如果雍正全面考虑一下，对隆科多降级免官就能达到他的目的。但是，雍正五年（1727年），隆科多还是被囚禁在畅春园附近。雍正六年（1728年）六月，隆科多最后死在被囚禁地。
改土归流
土司肆意横行
我国少数民族分布最多的当属西南地区，在这里居住着二十多个少数民族，而且历史悠久。但由于与内地相比生产力水平低下，再加上特殊的自然地理条件和特殊的生活方式，历代封建王朝都对这里相继采取特殊的方式加以统治，其行政体制和内地差异很大。秦朝时候，就在这里设置官吏。到了汉武帝时，设置都尉县属。唐宋时期，实行羁縻州制，设置州县，其中大的作为都督府，由其部落首领担任，而且世袭，这就是土司制度的雏形。
元朝没有平定中原前，先攻下西南，但由于少数民族强烈反抗他们的统治，不仅很难委任官吏进行管理，而且不能腾出手来进攻中原。因此，蒙古统治者实行安抚政策，任用当地各个豪门大姓的首领以及部落酋长担任不同等级的官吏，让他们管理当地事务，而且可以世袭，于是享有与普通官吏不同的特权。土司制度也就由此开始了。明朝沿用元制，对于前来归附的西南少数民族部落，仍旧让他们的首领担任原来官职，并且陆陆续续地制定了有关土司的承袭、贡赋、征调、奖惩的一系列法规，使得土司制度比元代更为完备。清沿用明制，继续实行这一制度。
顺治元年（1644年），清朝入主中原，为稳固新政权，对西南少数民族地区暂时沿用以前的制度，对以前的土司一律承认，想等到天下大定之后，再对他们进行约束。但土司们的要求不仅仅只是空名号，于是就在大批土司归顺后，武装反叛也随之发生。但这时清政府正忙于巩固新政权，稳定中原局势，因此对于土司问题的出现，尽可能实行怀柔政策，并在一些地方实行改土归流。但从当时全国的形势看，土司问题还不是主要矛盾，清政府也没有力量进行大规模地改土归流。
康熙中后期，四海平定，国力渐强，西南地区与内地进一步加强了联系。由于内地人民南迁，使西南地区的民族成份变化很大，各族人民杂居在一起，互通有无，进行贸易往来，而且在不同民族间还有通婚，这都促进了民族的融合。到雍正时期，湖广的民、苗通婚现象已经比较流行，这种民族间的通婚，更加强烈地要求打破少数民族地区和内地的界限。与此同时，西南地区和内地人民在经济上进行贸易往来，也已成为各族人民生活中不可或缺的一个方面。但由于存在土司制度，极大地限制了各族人民在经济上的互通有无和贸易往来，有些土司甚至对富足的民、苗进行偷盗劫杀，往来商旅也不能幸免，这使多民族国家的发展受到严重阻碍。雍正登位后，更加暴露出土司制度的弊端，土司对其所管辖的属民任意驱使，肆意掳掠，为所欲为，人民苦不堪言。
第一，土司反叛和相互间的争斗。土司制度本身具有浓厚的割据色彩。这种制度的实行，使土司的势力发展很快。明清时期，出现了许多像云南丽江木氏、车里刀氏，贵州水西安氏，四川乌蒙禄氏，湖广永顺彭氏、容美田氏，广西泗城岑氏等颇具实力的大土司。
这些土司管辖的范围有百里甚至千里之多，统领兵众数万以至数十万，凭此骄横跋扈，恣意妄为，割据一方。他们除了拥有自己的世袭领地和大量土兵之外，还自设官吏、监狱和法庭。他们名义上虽归朝廷管辖，实际却是当地的土皇上。
土司势力无节制地发展，而且愈演愈烈，使得他们和中央政权之间的矛盾日渐突出。
许多土司不仅违背朝廷、不服政令，甚至公然发动叛乱。虽然清朝土司反叛的规模与明朝相比要小，但还是颇为严重。如康熙四年（1665年），云南迤东土司禄昌贤、王耀祖发动叛乱，带领数万人马，一连攻下临安、蒙自、嵋峨、宁州、石屏、宜良及六诏山区各个城邑，震动了整个云南。除了不断发动叛乱外，土司之间或一个土司之内，经常为了争夺土地和世袭地位互相残杀或自相残杀。他们动不动就出兵数千甚至数万，甚至与若干土司联合缔约，结成盟好，以对付其他土司，在更大范围内互相残杀和烧杀掳掠。
如雍正三年（1725年），湖广容美土司田如与桑植土司向国栋联合进攻保靖土司，焚毁六十多处村砦，掠走一千多人口，卖到施南与四川酉阳等地。而且这种互相残杀，往往是一旦结仇，永无休止。土司的反叛和相互间的争斗，不仅使人民的生命财产遭受重大损失，而且使清王朝在这些地方的统治受到直接威胁。清王朝统治者是不能忍受的。