万历三十九年（1611年），努尔哈赤53岁了。那个时代，女真人的平均寿命都不高，五十多岁已是高寿，努尔哈赤不得不对自己的身后事作出安排。经过再三斟酌，他于万历四十年（1612年）六月，正式立禇英为太子，并授命其执掌国政。
褚英18岁开始领兵打仗，22岁执掌白旗，参与议政。34岁被指定为储君，秉执国政，是努尔哈赤亲手培养的继承人。然而，实际上不论资历还是威望，褚英都远没有父亲那样至高无上。再加上年轻气傲，见识短浅，心胸偏狭，多年戎马，也没有经历过真正的政治上的训练，在权力角逐和抗衡中，不懂得韬晦绥靖，所以，做了很多蠢事。
此时，他本已是一人之下万人之上，但他却对父王“爱如心肝”的四大贝勒和父王“信用恩养、同甘共苦”的五大臣心存忌惮，总想着趁努尔哈赤在世时，逐渐削夺四大贝勒和五大臣的权力，巩固自己的储位，为自己顺利即位铺平道路。他的这种做法使四大贝勒和五大臣人人自危，更促进了他们的联合，使自己陷于孤立。
更愚蠢的是，褚英对自己的处境不但没有省察自警，反而为了树立自己的权威，竟号令诸贝勒与诸大臣对天发誓，效忠自己。四大贝勒和五大臣怎么能买他的账呢？于是，纷纷上书告状，状告其缺乏治国公心，离间五大臣的关系；逼迫弟弟们在夜里发誓，背着父亲忠于自己；并且威胁贝子们如不顺从自己，将在父亲死后断绝对他们的供养，即位之后，弟弟和大臣们谁反对他，他就杀掉谁。
努尔哈赤接到这些告状后，心情十分沉重。他拿着那些状告文书当面对褚英说：“儿子，这是你四个弟弟和五大臣告发你的文书，你先看看，如有不实之处，你可以据理辩白。”这其实是给褚英一个检讨自己、痛思悔过的机会，只要他能把事情解释清楚，承认自己狭隘偏私给兄弟和大臣造成的伤害，或许会得到父亲的宽宥和一如既往的扶植。可是，褚英仍然固守己见，表示无话可说。他的态度惹怒了父亲，他在立储之时，本就顾虑褚英“从幼偏狭，无宽宏恤众之心”，本希望他通过执掌政务得到锤炼，能够“弃其偏心，为心大公”，不想他一意孤行，不思悔改。于是，努尔哈赤下令削夺了他的权力，并将其所属部民和牧群等悉数收回，分给了其他儿子。至此，褚英从被立为储君到他最后失去执政权力，只经过了短短的三个月时间。
之后，努尔哈赤两次率兵征伐乌拉时，都让他留守建州，却把守城之责先后委代善、莽古尔泰和皇太极，明显表现出对他的不信任。对此，他不但没有反躬自省，心中反而更加愤懑和不满。于是当父亲出兵在外的时候，他竟焚表诅咒努尔哈赤及诸贝勒、众大臣兵败。并扬言说，如果他们兵败回来，我是不会让他们进城的。
努尔哈赤回兵后，褚英的诅咒被部下揭发。努尔哈赤盛怒之下将他囚禁。被押两年之后，明万历四十三年（1615年）八月二十二日，距努尔哈赤建国称汗只有不到四个月的时间，褚英被努尔哈赤以不思悔改之名下令处死，年仅36岁。
一场惊心动魄的政治谋杀
几百年来，人们一直在探询：是什么让努尔哈赤残忍地杀害了自己的亲生儿子？
有人试图从努尔哈赤性格上找原因，说他是一个生性残暴的人，“虽其妻子及素亲者，少有所忤，即加杀害。”也有人认为努尔哈赤杀褚英是要保住自己至高无上的地位；还有人戏说，其父子反目是为了争夺一个女人。
其实，努尔哈赤同样也是一个情意深重的父亲，他一生最后悔的事就是囚杀了长子褚英。特别是年老之后，努尔哈赤每每回顾这件事情，都痛彻心扉，久不平静。据《清太祖武皇帝实录》卷三记载，为了不愿再看到子孙们骨肉相残的事，天命六年（1621年）正月十二日，努尔哈赤召集诸子侄代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极、阿济格等对天地神只，焚香设誓：“吾子孙中纵有不善者，天可灭之，勿令刑伤，以开杀戮之端。……昆弟中若有作乱者，明知之而不加害，俱坏（怀）礼义之心，以化导其愚顽。……自此之后，伏愿神只，不咎既往，惟鉴将来。”
对于这桩史上鲜见的父杀子的悲剧，有史学家认为，努尔哈赤是一位具有远大政治抱负的政治家，当他的力量还很弱小时，他需要一支强有力的骨干队伍，同心同德，朝着既定的大目标共同奋斗。当时这个骨干队伍主要是两个集团：一个是宗室贵族集团，以四大贝勒为代表；另一个是军功贵族集团，如五大臣。当褚英被推到执掌国政的地位时，因为他没有恰当地处理好各种关系，两个集团的主要成员都反对他。努尔哈赤不处理褚英，就会出现三个不合：宗室贵族不合、军功贵族不合、宗室贵族与军功贵族不合。除掉褚英之后，使宗室贵族合，又使军功贵族合，更使宗室贵族与军功贵族大合，从而为建立后金政权、创立大清事业奠定了基础。
自斩手足
军功显赫的兄弟
清咸丰十一年（1861年）七月，咸丰皇帝在热河避暑山庄去世，怡亲王载垣、郑亲王端华、尚书肃顺等称“赞襄政务王大臣”，受遗诏辅政。不久，慈禧与恭亲王奕发动北京政变，肃顺陈尸西市，载垣、端华赐死宗人府。这端华、肃顺系同胞兄弟，时人号“端三肃六”，他们是清太祖努尔哈赤亲弟舒尔哈齐的八世孙。
有清一代，舒尔哈齐默默无闻，即使今人闲话清史，述及帝业肇起，也惟知太祖而已。
其实舒尔哈齐是一个很了不起的人物，他与努尔哈赤一起奠定了清朝300年江山的基石，若说他是仅次于太祖的清帝国的缔造者，也并非过誉。努尔哈赤弟兄5人，但称得上同胞手足的只有三弟舒尔哈齐、四弟雅尔哈齐。1583年，努尔哈赤的祖父和父亲被明军误杀，当时努尔哈赤25岁，舒尔哈齐20岁，兄弟遽失护恃，明人谓为“孤雏”，十分可怜，明朝政府为了补偿他们，就让努尔哈赤继父、祖领建州左卫都指挥，给还敕书、马匹，也未加留意。谁想努尔哈赤兄弟沉潜有心计，为报父、祖亡仇，生聚教训，秣马厉兵，不几年间，建州异军突起，不但令周围女真名酋刮目相看，明朝和朝鲜也都知道有“奴速”兄弟二人多智习兵，其志不在小。
明朝人称努尔哈赤为奴儿哈赤，舒尔哈齐为速儿哈赤，故有“奴速”之称。当时朝鲜政府得到情报说，努尔哈赤自称为王，其弟称船将，立志“报仇中原”。明朝留心边事的人记述说，凡军机大事，努尔哈赤兄弟登高密议，决定之后，雷厉风行，竟无一人了解内幕。
以后努尔哈赤晋都督，加龙虎将军勋衔，舒尔哈齐也被明廷授予都督崇阶，故在建州内部人称舒尔哈齐“二都督”，到万历三十九年（1611年）舒尔哈齐去世时，不仅统一了建州女真，而且灭掉了海西女真哈达、辉发二部。昔人曾三，“女直（即女真）兵满万，天下不能敌”。此时建州有精兵劲卒数万，鲸吞女真，虎视辽东，已成不制之势，总之，在开创帝业的最艰苦的头30年间，是努尔哈赤兄弟二人打的天下，舒尔哈齐对清王朝的建立起着不可磨灭的作用，舒尔哈齐军功显赫，对大清朝而言是幸事，对他的哥哥努尔哈赤而言却未必是。
被囚杀的一奶同胞
《清实录》记载，1611年8月19日舒尔哈齐“薨，年四十八岁”，但何以致死，丧仪如何，全不作交代。当时明朝方面的记载则为：“奴酋忌其弟速儿哈赤兵强，计杀之。”“奴儿哈赤杀其弟速儿哈赤，并其兵。”对这次骨肉相残的内幕，明代黄道周说得绘声绘影：“酋疑弟二心，佯营壮第一区，落成置酒，招弟饮会，入于寝室，锒铛之，注铁键其户，仅容二穴，通饮食，出便溺。弟有二名裨以勇闻，酋恨其佐弟，假弟令召入宅，腰斩之。”黄氏所云不可目为无稽之谈。清人撰《满文老档》记舒尔哈齐事始起于万历三十七年（1609年）三月间，努尔哈赤以舒尔哈齐图谋出走自立尽夺其所属军民，又杀舒尔哈齐一子及一僚属。两年后，舒尔哈齐死去。揣度当时情状，舒尔哈齐自有军兵，不可能束手就擒。努尔哈赤用计囚禁，杀其亲信以震慑其族党，是意中之事。舒尔哈齐以一代雄杰，纵非被戮而亡，亦会自毙于囚室。明人谓努尔哈赤杀弟，并非诬传。今天的史学家认为舒尔哈齐为其兄囚杀。
舒尔哈齐与其兄同为明廷任命的管理建州女真的官员，二人又分别统辖自己属下的兵马，若舒尔哈齐能屈身事兄，自然相安无事，而舒尔哈齐偏偏又是桀骜难制的人，他虽不及其兄兵强马壮，但处处要分庭抗礼，兄弟之间难免产生龃龉，裂痕日大。舒尔哈齐最后决心离兄出走，自树旗帜。在努尔哈赤看来，当时强邻环伺，断不容在自己身边又立一敌国，由此而导致努尔哈赤火并舒尔哈齐。权力之争最终让手足反目。虽然近年来又有新的解释，认为努尔哈赤兄弟之争，绝不单是权力的争夺，而是一场“叛明”和“拥明”的斗争，建州内部本有拥明派的社会基础，明廷又扶持舒尔哈齐重建建州右卫以削弱勃兴中的努尔哈赤。持这种看法者，还考察得出新设建州右卫治所黑扯木在辽宁铁岭东南。但不管事实的真相如何，努尔哈赤杀了舒尔哈齐，为最终建立后金政权扫清了障碍。
后金政权的建立
创制满文
长久以来，女真人只有语言而没有文字，一直到努尔哈赤时，仍然是借用蒙文和汉文。
女真人讲女真语，写蒙古文，这十分不利于政令的通行，特别是战争时期，常常贻误战机。
万历二十七年，努尔哈赤命巴克什额尔德尼和扎尔固齐噶盖用蒙古字母拼写满语，创制满文，颁行全国。这就是无圈点满文（老满文），皇太极时改进成为有圈点满文（新满文）。
满文是拼音文字，有6个元音字母、22个辅音字母和10个特定字母。创制和颁行满文是满族文化史上的一件大事，它促进了满族社会的进步，扩大了与相邻民族的交往，并为后来女真的全面统一，建立“后金”政权，以至于入主中原都起到了非常重要的作用。满文成为清朝官方语言和文字，促进了民族的统一和清王朝的建立与巩固。特别是它为我们留下了大批满文档案，成为今天研究满族和清朝历史的宝贵财富。
建立八旗制度
女真族是一个主要以狩猎、采集为生的民族，在长期的社会组织生活中，形成了所谓的“牛录”制。“凡遇行师出猎，不论人之多寡，照依族寨而行……出猎开围之际，各出箭一枝，十人中立一总领，属九人而行，各照方向，不许错乱，此总领呼为牛录额真”（《清太祖武皇帝实录》）。“牛录制”利于小规模的征战，但它只是为狩猎而设，组织结构非常松散，不利于努尔哈赤的统一大业。努尔哈赤看到了这一制度的弊端，逐渐对其进行改造。
万历二十九年（1601年），努尔哈赤编牛录为“四固山”，“固山”是满文，汉语译为“旗”。
“四固山”以黄、白、红、蓝四种颜色的旗帜为标志。四旗颜色的确定，源于女真人射猎时各方所用旗之色。总领四方的，为居于北方的“汗旗”，以黄旗为标志。居于东方、西方、南方的，则是贝勒旗，分别以白旗、红旗和蓝旗为标志。后来又增加了四个旗，将原来的四色旗帜周围镶上边，黄旗、白旗、蓝旗镶红边，红旗镶白边。这样，共有八种不同颜色的旗帜，称为八旗。明朝万历四十三年（1615年），具有军事、行政和生产职能的八旗制度正式确立。
努尔哈赤规定，所有人员都必须全部编入设定的八旗里面。一牛录有三百丁，设立牛录额真一员、代子二人、章京四人。五牛录为一个甲喇，设立一名甲喇额真。五甲喇为一个旗，置固山额真一名、梅勒额真两名。八旗人员居住同一地区，互为婚娶，耕田种地，牧马放羊，采参打猎，遵守国法，纳赋服役，听从汗、贝勒统率，使用满语满文。服装发式亦须一律，妇女不得缠脚，男子皆要剃发留辫。这样一来，使原先来自不同地区、制度相异、习俗不一的几十万女真、蒙古、汉人，在生产力、生产关系、赋役负担、国家法令、语言文字和风俗习惯等等方面，大体上达到了同样的水平，旧有的差异迅速消失，一致性愈益增多，逐渐成为一个在经济条件、语言文字、心理状态等方面基本一致的新的民
族共同体——满族。满族是以建州女真为核心，以海西女真为主体，吸收部分汉人、蒙古人、锡伯人、达斡尔人、朝鲜人等组成的一个新的民族。皇太极于天聪九年（1635年）十月十三日诏谕曰：“我国建号满洲，统绪绵远，相传奕世。自今以后，一切人等，止称我国满洲原名，不得仍前妄称。”从此，满洲族的名称正式出现。满族肇兴的领袖，就是清太祖努尔哈赤。
八旗制度“以旗统军，以旗统民”，是努尔哈赤的一个创造，也是清朝前期的一个重要的社会制度，它对清初的入关、平三藩等战役具有决定性的作用。
“天命皇帝”即位
万历四十四年（1616年）正月，努尔哈赤在赫图阿拉城（今辽宁新宾县）举行登极大典，自称“承奉天命覆育列国英明汗”，定国号为后金，建元天命，隐喻有天命所归的意思。他还将赫图阿拉城改名兴京，定为国都。赫图阿拉城是一个地理位置很重要的宝地，西距抚顺200里，既有关山阻隔，也有大路通辽沈。努尔哈赤以这里为基地，图谋发展，将后金领土扩大到东至日本海、北至库页岛和外兴安岭、西至青海、西北至贝加尔湖、南至长城的广大地区。一个辖地数千里、臣民数十万的强大的后金国，出现在中国的东北地区。
后金建立后，努尔哈赤自称“天命皇帝”，他致朝鲜国王书即钤“后金天命皇帝印”。
努尔哈赤以天命思想来维持他的汗位和奴隶社会的等级制。他宣称，汗是天之子，汗之子是贝勒、大臣，而贝勒和大臣之子又是阿哈（奴隶）。随着努尔哈赤在东北割据的军事实力的扩大，以及明王朝统治势力的进一步衰落，他公开同明朝决裂，把攻伐明朝提上了日程。
七大恨告天
努尔哈赤建立后金，明朝立刻感到这是一大威胁，于是在政治上、经济上进行限制，例如利用叶赫部干扰努尔哈赤统一女真，停止贸易，挑起边界纠纷等。
明万历四十六年（1618年，后金天命三年），恰是努尔哈赤六十大寿，这一天后金兴京的宴殿上，红烛将大厅照得如同白昼，努尔哈赤的儿子们频频向他敬酒。酒过三巡，努尔哈赤郑重向众宣布：“我已下了决心，今年内一定要征讨大明！”
努尔哈赤说的这些话，并非酒后胡言。正因为他对当时的形势十分了解，才敢于公开与明朝翻脸。明朝晚期，因统治者忙于镇压关内人民起义，无力顾及辽东防务。驻守辽东的明军，训练荒废，装备陈旧，缺粮缺饷，兵力虚额10余万，实有不过数万。加上长期处于和平环境，守备又极分散，军队战斗力差。明军的这些弱点，给了努尔哈赤打胜仗的信心。很快，他召集贝勒诸臣讨论方略，具体制定了攻打明军、兼并女真叶赫部，最后夺取辽东的战略方针。尔后努尔哈赤厉兵秣马，扩充军队，刺探明军军情，积极从事战争准备。