靳辅对康熙的知遇之恩感谢不尽，他用他的实际行动来报答康熙帝。康熙十六年（1677年）三月接到任命后，四月初六即赶赴宿迁河工署就任。莅任之后，他除随时向幕宾陈潢请教之外，还“遍历河干，广谘博询”，对黄河进行了为期两个多月的实地考察。在考察期间及任上，不论是绅士、走卒以及工匠役夫，只要有参考价值，靳辅都会接受他们的意见。他研究了我国历代治河的利弊得失，主张继承明代河臣潘季驯“筑堤束水，以水攻沙”的理论，希望以此法治理黄河。他体会康熙帝“务为一劳永逸之计”的谕旨，在《河道敝坏已极疏》中，批驳了只知“保护漕运”而不求治黄的错误做法，提出了“将河道运道一体，彻首尾而合治之”的统筹全局指导方针，并将如何治理黄河写成《经理河工八疏》，同日呈交皇帝。其中主张，挑挖云梯关至海口一段河身，以此土筑堤，以加大黄河入海口；疏浚清口，使淮入黄；加固高家堰堤坝，堵塞决口等。康熙帝对靳辅的治河方策大加赞赏。康熙十七年（1678年）经过议政王大臣议复，批准实行。二月，又决定拨出正项钱粮250余万两，供治河使用，并限三年内完工。从此，清初大规模治河全面展开，并逐步取得成效。靳辅先派人在黄河河道两边各挖一条引河，以所挑之土，筑两岸之堤。南岸自白洋河至云梯关，北岸自清河县至云梯关，以引导黄河入海。至康熙二十一年（1682年）五月，靳辅治河就已收到成效，海口大开，黄河下流疏通。为解决黄河水内灌运河问题，靳辅于康熙十七年（1678年）十月奏请封闭清口，从文华寺开挖新的运河河道，以七里闸为新的运口，使新挖的一段运河在武家墩、烂泥浅与黄河汇合，运河又与黄河相合。明朝初年，南来漕船到清江浦天妃闸进入黄河。明万历年间，河臣潘季驯移运口于新庄闸（亦名天妃）以纳清而避黄，称为清口。靳辅改以七里闸为运口后，扬帆直上，减少了在黄河运输的路程，也减少了风险，收到了很好的成效。为以淮水敌黄，又加固高家堰，修复归仁堤。
高家堰是洪泽湖与高邮、宝应诸湖之间的堤堰。它的主要作用在于挽湖束水、扞淮敌黄，使洪泽湖的水能顺利地流出去，同时它也屏障着运河。康熙十五年（1676年）大水，高家堰多处溃决，泛滥的洪水冲决了漕堤，下河七州县大部被淹。靳辅将诸决口全部堵塞，将清口与周桥间九十里的大堤又加厚增高，并于周桥至翟坝三十里旧无堤并已成河九道之处亦创建新堤。靳辅同时也保留了六处减水坝，以备旱时蓄水济运；洪涝之时排出洪水以保护大堤。靳辅并于堤外帮筑堤坡，坡长为堤高的8倍，同时靳辅还命令在坡上种树植草，勤加维护，收到了极好的效果。这项工程从十七年（1678年）动工，到第二年七月全部竣工。山阳、宝应、高邮、江都四州县围出了大片的肥沃土地，可以招人进行开垦。“增赋足民”。归仁堤原是用来约束睢水以及邸家、白鹿等湖的湖水，使它们不致于冲入淮河，且令由小河口、白洋河二处入黄河，帮助黄河冲刷其携带的泥沙下海。清初，许多河臣认为归仁堤与运道无关，因此许多年没有修理，经常崩溃。靳辅认为归仁堤失修是黄河常年泛滥的原因之一，遂于康熙十八年动工修复。首先把旧堤加高培厚，随后靳辅又指挥开挖了一条引河，并用其土筑大坝一道，此外又筑滚水坝一座，防止黄水倒灌。修复后的归仁堤，成为抵御黄河泛滥的一道屏障。随后靳辅又实施了皂河工程。康熙初年，漕船入黄河，经一段路程后到达宿迁，由董口出黄河向北入运河。后董口淤塞，漕船便取道骆马湖，西北行四十里进入沟河，又二十余里漕船到达窑湾口而入泇河。“湖浅水面阔，纤缆无所施，舟泥泞不得前，挑掘舁送，宿邑骚然”。靳辅发现宿迁西北四十里皂河集有许多沟渠，还有已淤平的旧日河床，因而上疏要求，并于康熙十八年（1679年）十月议准，用节省的河工钱粮，兴工挑挖新河浚通旧水，在骆马湖旁挖出了四十里的皂河，上接泇河，下达黄河，行驶安全，便于漕运。又自皂河迤东，历龙冈、岔路口至张家庄二十里，挑新河三千余丈，并且把运口也移到了张家庄，以防黄水倒灌。此项工程自康熙十九年（1680年）初动工，中间又被大水冲淤，历时二年始告成功。
另外，为保护重要堤堰，靳辅还增筑一系列滚水坝与减水坝，康熙二十年（1681年）六月经朝廷批准，靳辅又在徐州长樊大坝之外，“创筑月堤，长一千八百六十九丈”。经过靳辅的几年努力，黄淮的治理已初见成效。但遇有大水，仍会发生河道溃决之事。康熙此次南巡，便欲亲往其地，视察河工。
康熙二十三年（1684年）十月初八，康熙帝继续南巡到达江南（今江苏）宿迁。
十九日，到达桃源县众兴集，康熙亲自到黄河北堤岸巡视，指示靳辅要筹划精详，措施得当，使黄河之水顺势东下，不再有溃决之势。对于宿迁、桃源、清河等地日益增多的减水坝，康熙指出，此项措施对治理黄河只能起一时之利，如果遇到河水泛滥，减水坝决口，下游居民就要受到巨大损失，因命靳辅筹措一举两得之法，既使河道免梗塞之患，又使人民无生产之忧。十月二十二日，康熙乘船过高邮、宝应等处时，发现洪水将大量的土地房屋淹没，遂登岸步行十余里视察水势，召集当地生员耆老查问遭灾原因，众人指出这是因为黄河入海口被泥沙堵塞，水流下泄不畅，导致了良田被淹，此情况已长达二十年之久。康熙遂命江南江西总督王新筹划赈济。康熙帝在此次南巡中最远到达苏州。
十月底自无锡、丹阳由陆路经句容，十一月初一到达江宁（今江苏南京）。十一月初二，康熙帝拜谒明太祖陵，表示要勤勉治国，吸取前代兴废的教训。十一月初十，经过清河县天妃闸，康熙登岸巡视高家堰堤工，指示靳辅：高家堰关系重大，必须年年加以防护，不可轻视。并命靳辅斟酌妥善之策，使黄河之水永不倒灌运河。巡河完毕后，康熙帝于归途中到曲阜孔庙朝拜孔子，亲书“万世师表”四字，悬挂于大成殿，大大抬高孔子的地位，同时免去曲阜县一年的地丁钱粮。十一月二十八日，康熙返回京城南苑，第一次南巡结束。
停止圈地令
清初的圈地主要是在京师附近地区推行的。顺治元年（1644年）十二月，多尔衮为解决满洲人入关后的生计问题，发布了圈地令。名义上说是把近京各州县“无主荒田”“分给东来诸王、勋臣、兵丁人等”，实际上北京附近地区的土地，不管有主还是无主，都统统地被圈占。“圈田所到，田主登时逐出，室内所有皆其有也。妻孥丑者携去，欲留者不敢携。
其佃户无生者，反依之以耕种焉”。
顺治二年（1645年）九月，多尔衮第二次下达圈地令，圈地地区扩大到河间、滦州、遵化等府州县。他命令上述地区的地方官吏将无主田地尽数查明，交给八旗兵丁耕种。此外，还以“土贼窃发，民不聊生”为由，下令满洲八旗兵丁驻防直隶顺德府、山东济南府、德州、临清、江北徐州、山西潞安府、平阳府、蒲州，同时将各地的无主荒田交给满兵。
顺治四年（1647年）正月，清廷又开始第三次圈地。清廷借口以前所圈土地“薄地甚多”，而“今年东来满洲又无地耕种”，下令近京各府、州县内所有土地，一部分拨换去年所圈薄地，一部分分给今年新来的满族人。土地被圈占的民人被安插到其他地方。这一次圈地涉及近京四十二州县，范围较广。
同年三月，由于入关的满洲人已基本安顿下来，所以多尔衮发布命令：自今以后，圈占田地永行禁止。此后，大规模的圈地停止了，但零星的圈地、换地仍时有发生。如顺治八年（1651年），户部曾下令在文安、良乡、涿州等地圈地13处。
顺治十年（1653年），清廷再次发出停止圈地的命令，但小规模的圈换土地之事仍未停止。
康熙八年（1669年）六月，亲政后的康熙皇帝谕令户部：“自后圈占民间房地永行禁止，其今年已圈者，悉令给还。”至此，官方的圈地宣告停止。康熙二十四年（1685年），清廷又下令：停止圈拨直隶各州县的民人田地。各处壮丁及新满洲应拨地亩，将于皇庄及八旗等土地内多余部分拨给。这样，起于顺治元年（1644年）的圈地终于结束了。
清初圈地持续二三十年，名义上是圈占无主的土地，但实际上民人的土地大量被占。
当时圈地是由户部主持的，这些人来到一个村庄之后，常常是跑马圈地，凡马跑过的地域内，不管是房屋还是其他的东西，一律圈占，在此范围内的民人一律迁往他处。原来田产的主人自然要被扫地出门。
受地的八旗贵族、官兵常常借口土地瘠薄，不断新圈拨换。仅顺治四年（1647年）正月一次圈占的畿辅四十一县沃地就多达约99万垧。汉族官员以圈地上有害于国家的征税，下不利于人民生产，上疏力争，清廷每次下令圈占时都声称“以后无复再圈民地，庶满汉两便”。而这些话只不过是说说而已，圈地一直在断续地进行着。直到康熙二十四年（1685年）发布了“嗣后永不许圈”的谕旨才告结束。
当时圈地的总数实在难以统计，不过可以从几个侧面略窥一二。在顺治二年至三年（1645～1646年）的时间内，清统治者在近京四十二州县内一共圈占土地5.4万多顷。从一州一县的统计来看，所圈田地的比例是很大的。如密云，在圈地之后所余民田不过1/6。
在遵化，99%的民田都被圈占了。再从北直隶大多数州县圈地的总量来看，北直隶七十二州县有20多万顷土地被圈占，约占该地区田地总数的70%左右。
由此可见，清初的圈地，不但数量庞大，而且比例惊人，各州县的民地被圈占了大半。
清廷圈占土地主要有三个目的：一部分授给八旗士兵作为份地。一部分分给满汉贵族和旗人官员，作为王庄和官僚庄田。另一部分则作为皇庄。庄丁、战俘、投充人等是这些田庄上的劳动者。这些人没有独立的经济和人身自由，处于农奴的地位。
清初在京畿地区的圈地造成了极大的破坏。
第一，圈地使许多民人背井离乡，最终被迫走上了反抗的道路。
第二，圈地导致“投充”和逃人问题更加严重。
第三，圈地也影响了社会经济的恢复。
圈地之外，又有所谓的“投充”。它既是满洲贵族奴役汉族的重要途径之一，又为进一步侵占汉民耕地房产大开方便之门。
通过圈地和接纳投充，满洲贵族及其八旗兵丁掠夺了数量惊人的土地。如遵化州经过圈占和投充后，剩下的民地不到原额的1%，蓟州不到原来的2%，东安县最为彻底，“尽行圈丈讫，并无余剩”。
满洲八旗人员用这种野蛮的掠夺方式，侵占了大片土地和劳动力，过着不劳而获的寄生虫般的生活。达官显贵所占耕地人口数量更大，一般都选用“汉族人悍猾者”充任庄头，有的庄头竟还被授予低等品级的官员顶戴。这样做既便于对庄园内的农奴进行管理，又可以对付州县官吏的箝束，借以保证源源不绝的剥削收入。
二次南巡
康熙首次南巡返京后，立即部署疏浚海口一事。他已亲身视察了治黄工程，深知永久地解除黄河水患还没有实现，以往的争论都已过去，重要的是真抓实干。每实施一项工程，他都要认真听取各方面的意见，他尤其重视靳辅的意见。康熙二十四年（1685年），经靳辅呈请，在徐州毛城铺、河南考城、仪封黄河两岸都进行了大规模的筑堤筑坝工程。高家堰也开始得到加固。然而康熙帝觉得应尽快将遭水灾的难民救出苦海，而且他认为靳辅治河只关注防堵，这些都不能使问题得到根本的解决。以他的想法，只要能将黄河来水及高邮、定应等地积水顺畅排出，一切问题都可迎刃而解，所以根本的方法就是开挖海口，如此才能一劳永逸。自康熙二十三年（1684年）年底，伊桑阿一行回京、并提出与康熙帝一样的下挖海口的意见后，康熙帝便决定开挖海口，并当即下令由安徽按察使于成龙主持此事，由靳辅相予支持，不得有误。
旨意下达，立即引起一场争论。
靳辅和于成龙先后上疏，可见解却完全相反。靳辅根据多年经验提出，海口不能轻易挖开。因为泛区有很多地方低于海平面，如海口一开，不仅难排积水，反倒会引起海水倒灌，只会带来更大的灾难。唯一可行的办法是筑堤束水，以击退海潮。而于成龙却坚持开浚海口，坚决执行皇上的主张。双方一时相持不下。康熙虽重治河，但并非行家，对靳辅的正确意见不能理解，加之开挖下河最初是康熙本人所提议，而靳辅此时又卷入被弹劾的明珠一案，遂偏袒于成龙，将靳辅罢官。康熙帝很想在平定噶尔丹叛乱之前，将治河问题基本解决，以免除后顾之忧。于是决定康熙二十八年（1689年）初再次南巡河工。
康熙二十八年（1689年）正月初八，康熙帝亲率皇长子胤禔及扈从300余人，从北京出发，再次南巡，“躬历河道，兼欲观览民情，周知吏治”。正月十四，康熙到达山东平原县，晓谕山东巡抚钱珏，免除山东一年地丁正赋。正月二十三日抵达宿迁。康熙亲率随从大臣及江南总督傅拉塔、河道总督王新命、漕运总督马世济等阅视中河，指出河道关系漕运民生，对地形水性应加以研究，科学治河。同时又指出，中河邻近黄河，若遇上雨水丰沛之年，水势愈涨，万一黄堤溃决，无法加以拦阻，中河、黄河必将混而为一，应该筹划一妥善预防之法。正月二十五日，康熙帝免除了江南历年积欠，包括地丁钱粮、屯粮、芦银、米麦豆杂税等共二百二十余万两。二月十一日，康熙南巡抵达杭州，因江南、浙江士人极多，特诏入学额数应酌量增加，永昭弘奖。为安抚人心，特诏凡经过地方尚被监禁狱中的犯人，除十恶不赦及诏款所不赦等罪及官员犯贪赃罪外，其余自康熙二十八年（1689年）二月十一以前死罪及军流徙罪以下，不管有没有完结，一律加以释放。此次南巡，康熙最远到达浙江绍兴府会稽山麓，亲往禹陵，拜祭大禹。三月初七，康熙于南巡归途中率随行诸臣到高家堰一带视察堤岸闸坝，重新肯定了高家堰减水坝的作用。对淮河存在的问题，除表示同意王新命将天长、盱眙、六合等处疏浚旧有河道以使雨水入长江而不入淮的建议外，还提出了自己的看法与见解。康熙说：必于淮水会合之处修置板闸，如淮水上涨，打开闸门以泄洪，淮黄均敌，则闭加不令旁溢。通过二次南巡的实地考察，康熙对靳辅有了新的认识，江南淮安民人皆称誉靳辅治河得当，于是恢复靳辅以前的官职。
康熙二十八年（1689年），靳辅奉旨写成《治河书》（即《治河方略》），疏表进呈。此后凡遇河工方面的问题，康熙都命令去询问靳辅。康熙二十九年（1690年），准噶尔部噶尔丹北犯边疆加剧，康熙把他的注意力转到了北部边防上。康熙三十年（1691年），有人揭发王新命勒取库银，康熙遂免去王新命治河总督之职，命靳辅复任河道总督，以保证漕运畅通。