他立即降谕部署第二次雅克萨之役：“今罗刹复回雅克萨筑城盘踞，若不速行捕剿，势必积粮坚守，图之不易”，“令将军萨布素等，始停迁移家口，如前所请，速修战舰，统领乌喇、宁古塔官兵驰赴黑龙江城。酌留盛京兵镇守，止率所部二千人，攻取雅克萨城”。四月底，又派副都统郎谈、班达尔善、马喇参赞军务。这一次康熙把收复雅克萨的艰巨任务交给了黑龙江本地驻守官兵去完成，而指挥的征途也交给黑龙江将军萨布素。
五月上旬，萨布素率所部两千人从瑷珲出发，月底逼近雅克萨城，清军于六月初从南北两个方向发起猛攻，俄军负隅顽抗。经数日激战，百余名俄军被击毙，其中包括俄国督军托尔布津，俄军被迫撤回城内固守。因城墙比较坚固，一时难于攻克，萨布素便于城周围筑垒挖壕，采取长期围困的办法。临近深秋，康熙见天气转寒，河流即将结冰，考虑到前方过冬准备问题，于八月二十五日谕萨布素：“船舰若何收藏，马匹若何饲秣，敌兵来援，若何扑剿，勿令入城，尔等其详加筹划，密以奏闻。”萨布素遵旨上奏：已在雅克萨城的三面掘壕筑垒，壕外设置木桩鹿角，分汛防御；城西对江，另设一军；为了防备敌人从江上来援，已在江的东西两岸派驻了防御之兵；船泊已准备；离城六七里的上游有港而可以把船藏在那里，另设一江，一半发墨尔根，“令驻彼盛京官兵饲秣”。康熙基本同意他的安排，只是担心盛京官兵喂不好马，因而改令由索伦总管和黑龙江官兵承担。清军长期围困策略取得显着成效，至年底，800多俄军大部死亡，仅剩150余人，粮食、弹药严重缺乏，雅克萨已完全在清军的掌握之中。
康熙二十五年（1686年）九月二十八日，几名俄国使臣马不停蹄地赶到北京，向康熙帝递交了沙皇的信件，他向康熙帝表示，俄国政府愿意就两国边界问题举行谈判，请求中国赶快在雅克萨撤围。
签订条约
期望已久的谈判即将举行，康熙帝在耐心地等待着。他指示萨布素，可以接济雅克萨俄军一些粮食，准许其患病者医治和回国，以表明中国守土自卫，期望以和平谈判解决问题的最大诚意，尽管俄军仍占据着中国的雅克萨等地。
康熙二十五年（1686年）正月初七，俄国沙皇正式任命费多尔·阿列克谢耶维奇·戈洛文为谈判使团的全权代表。除侍卫和翻译人员外，代表团还拥有一支1938人的装备齐全的军队。代表团里包括一支庞大的军队与和平谈判的精神是相违背的，却与戈洛文皮包中的沙皇训令相一致。沙皇政府虽然答应康熙帝谈判边界问题，却从来没想归还所侵占的中国领土。之所以答应康熙帝举行谈判，当然是中国的反击太坚决太凌厉了，雅克萨那些俄军士兵并不特别重要，重要的是雅克萨若被收复，清军的下一个目标就是尼布楚，甚至是色楞格斯克，那样的话再谈判就太迟了。另外，如果坚持对抗，沙俄也实在无力支撑，与瑞典和土耳奇争夺波罗的海和黑海控制权的战争仍在进行，哪有余力向东方派兵。况且政府中两个沙皇（兄伊凡、弟彼得于康熙二十一年同时被立为沙皇）勾心斗角，长公主索菲亚摄政，又想把整个大权揽于手中。这样，政府向东方的侵略扩张在清朝反击下当然难以实现，“和谈”只是迫不得已。通过谈判达到战场上所期望的目的，岂不是更好。正是有此如意算盘，沙皇政府授戈洛文为全权代表并带有一支庞大的军队，并下达了一份密令：力争以黑龙江为界，将黑龙江北岸所有地区都纳入沙皇的统治。如果这一目的不能达到，便争取以牛满河（今布列亚河）或精奇里江为界，将黑龙江中游的北岸地区据为己有。实在不行，则以雅克萨为界，但牛满河和精奇里江作为中俄两国共同的渔猎场。当然，军队随代表团而来，就是要确保这些目的实现，如谈判实现不了，便直接使用武力。
这年二月下旬，戈洛文到北京，提出把谈判地点放在色楞格斯克。这虽然对中国不利，但康熙帝为尽快解决两国争端，还是表示了同意。他任命索额图和佟国纲为谈判代表，随行有其他官员和八百名士兵组成的保护队伍。
同年五月初二，清政府谈判使团出发。出发前康熙帝向索额图等发布谕旨，康熙帝指出，中俄冲突是因俄国侵略我国，收纳庇护我逃人而引起的，错误完全在俄方。他着重阐述黑龙江流域自古以来即系中国领土，“环江左右均系我国属鄂伦春、奇勒尔、毕喇尔等人民及赫哲、飞牙喀所居之地，若不把它收复回来，我沿边居民将永远得不到安宁”。到最后，他郑重申明清政府的严正立场：“朕以为尼布楚、雅克萨、黑龙江上下及通此江之一河一溪，皆我所属之地，不可把一寸土地让与俄罗斯；我之逃人根特木儿等三佐领，悉应向彼索还。如俄罗斯遵谕而行，与之划定疆界，准其通使贸易。否则尔等即还，不便更与彼议和矣。”谕毕，索额图率领使团出发，行至喀匀喀蒙古地区，适值噶尔丹进攻喀尔喀土谢图汗，无法前往。康熙闻报立即遣人召回使团，另与俄使商定商谈地点。
康熙帝对北方蒙古地区局势的恶化深感忧虑，如不尽快与俄国达成和议，叛乱分子噶尔丹在俄国的支持下，会更加猖狂，局势也将更为危急。康熙二十八年（1689年）四月初五，俄国信使洛吉诺夫到达北京，索额图与之谈判，确定了双方谈判的新地点为尼布楚。清政府立即组成新的谈判使团，其成员有：索额图、佟国纲、郎谈、班达尔善、萨布素、马喇、温达等，此次谈判代表团成员中增加了熟悉边情的重要将领郎谈、萨布素等人，翻译人员仍由传教士徐日升、张诚担任。同年四月二十六日，清朝使团出发。行前，康熙帝亲自交待索额图三种方案：以原属我国的里雅娜江（今勒拿河）与贝加尔湖为界；或以尼布楚为界；或以额尔古纳河为界。要根据谈判情况竭力争取不损失领土，不能对俄军作大的让步。
索额图一行四月二十六日出行，出古北口一路北行，历49天，行1500公里，于六月十五日到达尼布楚。而戈洛文还在乌的柏兴策划如何进攻与镇压蒙古人。在索额图的催促下，18天后，戈洛文才率俄国谈判使团抵达尼布楚。
戈洛文挑选了和谈场所，使它处于俄军在尼布楚城的炮火的射程之内。七月初八清晨会谈正式开始，首先，戈洛文装腔作势，表现出盛气凌人的架式。双方整整争辩了一天。
戈洛文蛮横无礼，当天的和谈没有任何结果。次日的会议，戈洛文更是蛮横，他提出俄国的最低要求是牛满河为双方界河，决不退让。索额图为打破僵局，提出以尼布楚为界，并把尼布楚留给俄国。戈洛文仍不满足，他还想再从中捞取利益，于是态度更加强横。谈判接近破裂。
在此后13天中，双方正式会谈中止，只有双方译员在活动商谈。俄国传教士在此次谈判中扮演了不光彩的角色，他们刚到尼布楚便已向戈洛文表示：“按自己信仰，有责任在一切力所能及的事务中，对基督教徒给予帮助。”因此在中国代表团准备停止谈判时，两传教士又帮戈洛文出谋划策：表示让出雅克萨的意思，争取中方进一步让步。戈洛文表示同意，但提出会谈内容不涉及喀尔喀蒙古地区。中方代表果然再次让步，提出了以流入石勒喀河的格尔必齐河为界，此举竟突破了康熙帝规定的底线。如果戈洛文不是担心尼布楚地区的我国各族人民的大规模的抗俄斗争会使俄国丧失它在整个外贝加尔地区的扩张利益，戈洛文恐怕还要继续讹诈中方代表团。
七月二十三日双方恢复正式会议，次日即康熙二十八年（1689年）七月二十四日双方达成协议，签订了《尼布楚条约》。
三征噶尔丹
征讨噶尔丹
噶尔丹是漠西厄鲁特蒙古准噶尔部的首领。康熙九年（1670年），准噶尔部内部出现争权斗争，噶尔丹乘机从西藏回到该部，杀死侄儿，囚禁其叔，消灭竞争对手，夺取该部领导权。康熙十六年，噶尔丹出兵攻灭和硕特部，自称博硕克图汗，协迫各部听其驱从，成为厄鲁特各蒙古的盟主。康熙十七年（1678年），噶尔丹将天山南路叶尔羌等回部各城攻灭，势力日渐强大。此时喀尔喀蒙古内部出现了不和，噶尔丹想利用此机会，一统众蒙古，称霸北部，与清王朝一较长短。
漠北喀尔喀蒙古是元太祖成吉思汗十五世孙达延汗的后裔。达延汗死后，诸子大都内迁，只有幼子留居故地，将其部众分为七旗，号喀尔喀，到明末，喀尔喀又分成土谢图汗、札萨克图汗和车臣汗三大部。崇德三年（1638年），三部分别向清政府上表称臣，献“九白之贡”，从此确立了三部与清王朝的隶属关系。同年赛因诺颜部也遣使通贡，喀尔喀蒙古全部臣属于中央政府。清世祖顺治十二年（1655年），喀尔喀蒙古三汗及赛因诺颜部首领奉表派遣子弟向清王朝朝贡，清廷在其地设八札萨克，分左右翼。左翼有土谢图汗部、车臣汗部及赛音诺颜部，札萨克图汗部独成右翼。康熙元年（1662年）右翼札萨克图汗部发生内乱，札萨克图汗在乱中被杀死，其部属大都投向左翼土谢图汗，从此，左右两翼因属民问题长期不和。噶尔丹为达到控制喀尔喀蒙古三部的目的，企图利用喀尔喀蒙古左、右翼的矛盾。康熙为避免喀尔喀蒙古分裂和自相残杀，建议双方在库伦会盟，谕旨两翼和睦相处。
噶尔丹借口喀尔喀蒙古宗教领袖哲布尊丹巴在会盟时对达赖喇嘛的使者礼数不敬，于康熙二十七年（1688年）悍然出兵入侵喀尔喀。沙俄侵略者也乘机从乌丁斯克出兵攻击土谢图汗部，与噶尔丹相呼应。在噶尔丹和沙俄侵略者的两面夹击下，喀尔喀蒙古处境极其危险。
当时土谢图汗正率主力部队在北方与俄军作战。在噶尔丹的突然袭击下，土谢图汗部顿时乱了阵脚，哲布尊丹巴遂要求南迁，内附清王朝。九月，土谢图汗与哲布尊丹巴率部众进入清王朝境内，请求清廷保护，以后又有车臣汗和札萨克图汗所属来归，清廷一律大加优待，将喀尔喀部众分别安置在苏尼特、乌珠穆沁、乌喇特牧地游牧。
康熙二十九年（1690年）五月，噶尔丹发动了新的进攻。他借口讨伐喀尔喀蒙古，率军二万余人，沿索约尔济河南下，攻入内蒙古乌珠穆沁境内，“剥下守汛界者衣服，出言不逊”。
六月十四日，进至乌尔会河东乌兰之地，在该地大肆烧杀抢劫，受害者“遍及四佐领之人”。
针对噶尔丹的进攻，康熙帝派理藩院尚书阿喇尼、兵部尚书纪尔他布领六千余各部蒙古兵驻守洮儿河上游，跟踪其后，侦察、奏报，待镶蓝旗满洲都统额赫纳军队、科尔沁达尔汉亲王班第军队、盛京乌喇满洲军队到达，再“同时击之”。可是，阿喇尼对噶尔丹的杀掠行径极为愤慨，竟违抗旨令贸然出战，于六月二十一日偷袭噶尔丹兵营于乌尔会河地方，结果失利，退驻鄂尔折伊图，“以俟诸军”。
噶尔丹气焰嚣张，进一步向内地深入。康熙帝对此极为恼怒，因为这不仅挫伤了清军的锐气，使噶尔丹更加嚣张，还使康熙帝担心因此打草惊蛇，使噶尔丹感到清政府准备大举讨伐他，而乘势溜掉。因此，康熙帝命大臣就此事商议。清廷中一些勋贵大臣认为蛮夷荒服，唯有驱逐防守而已，如果派出军队进行讨伐，未必能消灭噶尔丹。康熙认为，噶尔丹借机无端生事，举兵大举进犯，他的野心不小，如果不狠狠地打击他，恐怕后患无穷，且喀尔喀也不能长期借地游牧，于是决定御驾亲征。以裕亲王福全为抚远大将军，皇长子允禔副之，出古北口；以恭亲王常宁为安北大将军，简亲王喇布、信郡王鄂札副之，出喜峰口；内大臣舅佟国纲、佟国维，内大臣索额图、明珠、阿密达，都统苏努、喇克达、彭春、阿席坦等参赞军务。七月初六，清军主力在福全的率领下从北京出发，准备阻击南下噶尔丹军，七月十四日，康熙帝也离开北京，巡行边塞，打算亲临前线指挥，不料突患感冒，不得已只得取消亲征噶尔丹的计划，前线各路兵马听大将军调用。
噶尔丹气焰嚣张，于七月十五日向清廷宣战，大举进犯，屯于西巴尔台（今内蒙古克什克腾旗土河），此后逐步南下，于二十七日占据乌兰布通，仅距京师七百里。利用有利地形，噶尔丹布阵于山岗，在骆驼背上加上箱垛，并蒙上湿毡子，让它们环卧于大军阵前，士卒备钩钜，躲在骆驼后面，伺机放箭发炮，号曰“驼城”。八月初一，清军向乌兰布通推进，向噶尔丹大军发起猛攻。在清军攻击下，噶尔丹“驼城”被攻破，清军乘胜进击，大败叛军，噶尔丹乘夜遁去。乌兰布通之战虽然未能消灭噶尔丹的力量，但却沉重地打击了他的嚣张气焰，使其实力大大削弱。噶尔丹的军队在战斗中损失惨重，而且“归路遭罹瘟疫，得还科布多者，不过数千人耳”。其侄策妄阿拉布坦，在噶尔丹尚未进入漠北以前，即率5000人逃回伊犁河流域，这次乘其南侵之机，偷袭了噶尔丹的后方基地科布多，“尽收噶尔丹之妻子人民而去”。乌兰布通一役使噶尔丹认识到了清王朝强大的军事实力。因而此战之后，噶尔丹改变了他的傲慢态度，不仅不再坚持索要土谢图汗及哲布尊丹巴，而且还发誓称“自此不敢犯喀尔喀”。康熙遂于八月十八日遣人敕谕噶尔丹，历数其“率兵入我边汛，行劫乌珠穆素”之罪，并严正声明：“尔今率尔兵出界而居，不得擅犯我属下部喀尔喀一人一畜，亦不得有一人与众部落往来通使”;“若再违背誓言，发动攻击与劫掠之事，朕厉兵秣马，必务穷讨，断不中止”。这就不仅进一步肯定喀尔喀与清朝的臣属地位，为多伦会盟打下基础，而且警告了噶尔丹，如果噶尔丹胆敢再侵犯喀尔喀，清廷就必将大举征讨。
多伦会盟
我国的蒙古族在清初分裂为三大部：外藩蒙古、喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古。清太宗天聪年间（1627～1636年），清基本统一了内蒙古。崇德三年（1638年），喀尔喀向清王朝俯首称臣，献“九白之贡”。崇德二年（1637年），固始汗派使者向清纳贡，“阅岁乃至”，厄鲁特蒙古自此建立了与清王朝的臣属关系。
喀尔喀蒙古是元太祖成吉思汗十五世孙达延汗的后裔。达延汗死后，他的儿子大多数迁入内蒙古，按蒙古习惯，得由小儿子札赍尔浑台吉留守在原地，他统领的部被称为喀尔喀，所领万余人分为七旗，由札赍尔浑台吉的7个儿子分别统领。明朝末年，喀尔喀蒙古分裂为土谢图汗、札萨克图汗及车臣汗三大部，大致在东达额尔古纳河和呼伦贝尔，西抵阿尔泰山，南邻内蒙古，北面包括贝加尔湖直到石勒喀河的广大游牧地区。
清太宗崇德元年（1636年）清政府统一内蒙古之后，采取了“因其教不易其俗”的策略，得到蒙古各部的支持与拥护。崇德三年（1638年），喀尔喀汗也向清朝投表称臣，献“九白之贡”。