事实证明，事权归一才能避免扯皮，能更加顺利地开展征剿工作。施琅在《决计进剿疏》中重申要求独任，而令督抚为他提供物质供应，攻台不要有出兵的时间限制，只要顺风，他将出师台湾，如果不能收复台湾就治他的罪。他终于得到议政王大臣会议、明珠、李光地的有力支持，康熙看出问题症结，同意由“施琅相机自行进剿”，施琅终于可以大展拳脚了。
第四，制定作战方案。清军水师经过近一年整顿，已有精兵二万余人、战船三百艘，与郑军在数量上不相上下，作战本领也大有提高，而且士气正旺，但海战经验不如郑军丰富，而且郑军是以逸待劳。因此，施琅提出南风盛发的五、六月出兵，首先攻取澎湖的作战方案：“夫南风之信，风轻浪平，将士无晕眩之患，且居上风上流，势如破竹，岂不一鼓而收全胜！”在澎湖决战，一举歼灭郑军主力，可知明郑虚实，直取台湾，或“暂屯澎湖，扼其吭，拊其背，逼近巢穴，使其不战自溃，内谋自应”。总之，占据了澎湖就进可攻退可守，事半功倍。
准备过程每一步都异常地艰辛。总督姚启圣反对施琅的作战方案。姚启圣坚持乘九、十月北风起时两路出击，或先打台湾，后攻澎湖。在此方案被否定后，他又重弹“剿抚并用”老调，并派人渡过台湾海峡，对台湾进行招抚。施琅反对，抚局失败。
施琅全力准备征进。康熙二十二年（1683年）四月，他向姚启圣要求调捐膳船兵。姚启圣顾全大局，抛弃前嫌，分拨平阳总兵朱天贵统捐膳兵1100名、船61艘随同施琅出征，兴化总兵吴英统捐膳兵和陆师驾船43艘出海策应。
在姚启圣的全力支持下，六月十四日，施琅在铜山港誓师，统水师3万余人、战船300余艘进攻澎湖。
施琅收复台湾
当时澎湖、鸡笼都有郑军重兵把守。康熙二十年（1681年）冬，武平侯刘国轩出任总督守澎湖，左武卫何祜任北路总督守鸡笼，在那里修筑城池炮台，开沟浚濠，架设火炮，加强防御。澎湖是防守重点。刘国轩在此集中了官兵2万余人、战船200余艘，但与清军相比，澎湖守军在数量上处于明显劣势，而且粮饷不足，形势对郑军不利。但是郑军毕竟是一支久经战争考验的部队，其士兵英勇善战。右武卫林升、左虎卫江胜、宣毅左镇丘辉、戎旗二镇吴潜等都表示要死守。因此，清军能否攻下澎湖是关系到整个战争的关键。
施琅水师于十五日出发，直驶澎湖。刘国轩闻讯戒备，但他慑于清军兵威，放弃了主动进攻，只作死守，幻想康熙四年（1665年）施琅征台历史重演，等候台风起，以逸待劳，不战而胜。他由此而丧失了战机。刘国轩命令陆上和各岛要口、战船都严密警戒。丘辉建议先发制人，乘清军战船停泊未定之际，发起攻击，被刘国轩拒绝。当日傍晚，清军从容进泊郑军防守力量薄弱的八罩岛、猫屿、花屿。丘辉再次请战，提出乘晚上潮落时奇袭清军，又遭拒绝。刘国轩期望夜半风起，会把清军扫荡无遗。刘国轩最终失望了。
第二天清晨，清军水师开始进攻澎湖。刘国轩赶忙指挥各部迎战。清军因战船密集，互相挤靠在一起，不得施展。在船尾指挥作战的施琅被流炮击中，他为稳定军心，站起来继续指挥。蓝理见提督坐船被困，直冲过来，连续击沉几艘敌船，总算解围。激战中，蓝理中炮，血流不止，仍高喊督战，后又被炸伤左腿，施琅见攻击不利，便下令全军暂时退出战斗。
丘辉此时又提出要夜袭清军，刘国轩仍坚持扼险守隘，坐等风起。十八日，清军进取虎井、桶盘两屿，向郑军主力逼近。施琅亲自视察岛屿形势，准备与郑军决一死战。
二十二日，澎湖决战爆发。清军吸取了上次作战的教训，改变战术，主力分路进击：
战船50艘从东路攻鸡笼屿，派50艘战舰从西路入牛心澳，以牵制敌人；56艘均为八股，各作三叠，施琅领一股居中调度，总兵、游击等官分领其余七股直扑郑军大营，余船分股后援。刘国轩指挥迎战，一场血战开始了。清朱天贵喊话招降，中炮阵亡。林贤的战舰遭丘辉、江胜等的包围，林贤四面应战，身负重伤。清兵援舰到达，与林贤内外夹攻。炮火矢石交攻如雨，烟焰张天。清军东、西两路奋勇夹击。双方都奋不顾身，自辰至申，持续激战。清军8条船围攻丘辉，丘辉左足断右足伤，但他坚持督战，直到自己被炸牺牲。施琅在组织和使用力量方面，充分发挥数量上的长处，集中优势兵力，将郑军战船一只一只地消灭。他命令实行“五梅花”，即“遇贼船一只，即会数只合攻”,“以五船结一队，攻彼一只”。这一战术十分有效，基本歼灭了郑军的有生力量。郑军被击沉、焚毁战船百余艘，征北将军曾瑞、水师副都督左虎卫江钦等将领阵亡，江胜、吴潜等自杀，1.2万名士兵阵亡，将军果毅中镇杨德等将领165人率余部4800余人投降。刘国轩仅带30只船逃回台湾。
澎湖大战以清军的胜利宣告结束，随后澎湖三十六岛皆降。清军官兵战死329人，伤1800人。几天来，施琅一面出告示安民，一面向总督姚启圣和康熙帝奏报澎湖大捷。
澎湖大战的胜利，基本上消灭了郑军的有生力量，无论和、战，台湾都已经是清军的囊中之物。
澎湖激战，郑军主力尽灭，为和平解决台湾问题奠定了基础。
清军取得海战的胜利有其必然性。清军在政治上以统一对割据，在军事上、经济上处于优势地位，这决定了其将取得最后的胜利。交战双方在战争指导思想和战术运用上，施琅的正确、刘国轩的错误导致了郑军的失败。这之间也有偶然性，施琅不可能拥有科学的气候预测手段，“稽古以来，六月时序，澎湖无五日和风，即骤起飓台，怒涛山高，变幻莫测，三军命悬，悉听于天”。在这点上他又有些冒险，他此次“抵澎旬余日，海不扬波”，刘国轩期待的台风竟没有到来，是偶然性帮助了清军成功。
澎湖失守后，冯锡范令台湾各港严加防备。但北路总督何祜等却秘密向清军通谋纳款，并将淡水港的守军撤走。郑氏内部发生了严重分裂。闰六月初，当郑克塽集议战守时，冯锡范等主张南走，而刘国轩力主投降。
施琅大军仍驻澎湖，一面因台湾港道深浅莫辨，到北风起时再进军，就有更大的把握。
在这段时间里，施琅乘机做进军台湾的准备。一面派刘国轩旧部曾蜚乘胜去台招抚。郑克塽、刘国轩上表请降。
七月，台湾兵民剃发投降。八月，施琅抵台料理善后。九月，刘国轩等相继进京陛见。
康熙帝授刘国轩天津卫总兵、郑克塽正黄旗汉军公、冯锡范正白旗汉军伯，赐郑、冯第宅居京师，并安置了其余投降的官兵。十一月，施琅将台湾交兴化总兵吴英把守，自己班师回福建。
康熙认为施琅收复台湾，立下了大功，于九月初十“加授靖海将军，封为靖海侯，世袭罔替，以示酬庸”。征台官兵，除照云南例加级、赏赉外，康熙考虑到出海作战难度更大，因而决定“在事官员着再各加一级，兵丁再赏一次，以示特加优渥至意”。康熙七年（1668年）施琅上《边患宜靖》遭否定，并被撤去福建水师提督职，任内大臣，隶汉军镶黄旗，留住北京十余年。收复台湾后，他于是又“疏辞侯爵，乞如内大臣例赐花翎”。兵部认为无此先例，拒绝了施琅的要求。康熙真心体会施琅的心情，命毋辞侯爵，“并如其请，赐花翎”，仍享有内大臣的殊荣。
康熙二十三年（1684年）十二月，郑克塽等奉旨到京。康熙肯定郑克塽等“纳土归诚”
有功劳，授郑克塽公衔，刘国轩、冯锡范被封为伯，都被抬入旗籍，隶属上三旗汉军，命户部分别“拨给房屋田地”。其他投诚武职1600多人，文职400多人，兵4万余人，也都被妥善安置。刘国轩因主张降清而得到康熙帝的亲自召见，特实授直隶天津总兵官，还赏赐他白金二百两，表里20匹，内厩鞍马一匹，以示特殊恩宠。后康熙得知刘国轩“家口众多，栖息无所”，又特意赐给刘国轩宅第，“俾有宁居，以示优眷”。
在康熙统一台湾的过程中，如何使用“海上投诚人员”，成为了一个重大的政策问题。
最初清廷并不信任“海上投诚”者，不授予他们官职，也无饷银，并把他们派到他省垦荒，另从外地向福建大量增兵；后来才开始信任和重用“海上投诚人员”，不仅没有向福建派兵，而且还裁兵，而平定海疆也正是依靠这些“海上投诚”者，最后完成统一大业。事过20年，对“投诚”者的功绩，康熙帝仍无法忘记，对臣下说道：“昔之海上投诚者，习于水战，今亦不可多得矣。”台湾问题的解决，关键在于康熙的知人善任，他既没有御驾亲征，也没有具体的作战方略作出指示，而是选用了几名得力官员。姚启圣、万正色、施琅三人，就其出身而论，是三种不同类型的人才。康熙把他们从众官将之中选拔出来，大胆使用，且用而不疑。他们得到皇帝支持，都为统一立下了汗马功劳。
永戍黑龙江
沙俄犯境
沙俄在16世纪以前还是个欧洲国家，与中国并不接壤。16世纪下半叶，俄国人开始越过乌拉尔山向东疯狂扩张，于明万历四十七年（1619年），在叶尼塞河中游建立叶尼塞斯克；接着一路征服，于明崇祯五年（1632年）侵入勒拿河流域，建立雅库次克城。从此，俄国才与中国接壤。叶尼塞斯克、雅库次克也成为沙俄后来侵略我国黑龙江流域的两个主要据点。崇祯十六年（1643年），雅库次克督军戈洛文派遣波雅科夫等人，沿勒拿河支流阿尔丹河，进入我国领土之内，吞食我黑龙江流域的土地，中俄边界由此产生纠纷。
黑龙江流域自古就是中国的神圣领土。满族人的祖先肃慎、挹娄、勿吉、楛砮、女真就一直在这片土地上生活。早在公元前11世纪，肃慎即向西周贡“靺矢石鞨”，与中原发生了政治联系。汉朝时，肃慎又名挹娄，臣属于汉属国夫余，他们广泛地分布于黑龙江中下游、乌苏里江流域，以至太平洋海岸，他们活动的地区，都是汉朝的疆域。北魏时，肃慎改称为勿吉，据《魏书》记载，从471年到550年，勿吉年年向北魏、东魏朝贡。到了隋朝，勿吉被称为靺鞨，其着名首领度地稽率领部族移居柳城（今辽宁省朝阳），被隋炀帝封为金紫光禄大夫、辽西太守。唐朝时，中央政府开始在黑龙江及乌苏里江流域建立行政管辖机构。当时靺鞨分为黑水、粟末两大部，唐朝政府即在黑水部设立黑水都督府，在粟末部设立渤海都督府。以后，辽、金、元等朝对东北地区都行使管辖权，中国对其拥有主权。明朝兴起后，进一步加强了对东北地区的管理。从1403年到1409年，明朝政府继续统治松花江、嫩江、鄂嫩江、黑龙江、精奇里江、格林河、京海河、乌弟河和乌苏里江流域，并在那里设置了130多个卫所。明政府因奴儿干位置重要，故在其地设置奴儿干都司，以康旺为都指挥同知，王肇舟为都指挥佥事，指挥机构设在特林，距黑龙江的入海口不远。
明朝中央政府还先后十次派人视察该地，并在永宁寺竖立永乐、宣德两座石碑，石碑及其碑文明确显示了中国对这一地区拥有着无可辩驳的主权。
明朝末年，后金、清政权崛起于东北，经过努尔哈赤与皇太极的不断征战，黑龙江、乌苏里江流域各族先后归附，并向后金、清朝缴纳贡赋。索伦、萨哈尔察、虎尔哈、使鹿部、使犬部等，每年都要缴纳貂、狐、猞猁、海豹、水獭等毛皮，其中貂皮是最重要的进贡物品。后金及清政权对黑龙江、乌苏里江的居民有的编入八旗，平时生产，战时出战，或者以村屯或氏族为单位将他们编入户籍，分户管辖。顺治元年（1644年），清军入关夺取全国政权后，设盛京总管管辖整个东北地区，包括外兴安岭一带。顺治三年（1646年），改总管为昂邦章京。顺治十年（1653年），清政府把盛京昂邦章京所辖的松花江、黑龙江、乌苏里江流域，包括库页岛和尼布楚等地，设置为单独的行政区，在原设的宁古塔副都统之上，增设宁古塔昂邦章京，以加强对这一地区的管辖。
明崇祯末年，沙俄派遣波雅科夫等人侵入我国黑龙江流域，我国东北的达斡尔族人民英勇地打击了入侵者，使他们的阴谋未能得逞。但沙俄殖民者并不死心，继波雅科夫之后，顺治七年（1650年），又以哈巴罗夫、斯捷潘诺夫为首，再次侵入我国黑龙江流域。这年年初，沙俄哈巴罗夫匪帮侵入鄂尔河口达斡尔族首领拉夫凯管辖区，但他们由于兵少力单，不敢前进，于四月返回雅库次克。六月沙俄侵略者得到增援后，再次侵入达斡尔族居住区。
秋天，侵略者攻占达斡族首领阿尔巴札住地雅克萨。顺治八年，继续在黑龙江流域侵扰，六、七月间侵占瑷珲，屠杀达斡尔族人民多人。顺治九年（1652年）哈巴罗夫部沿黑龙江窜入朱舍里族和赫哲族居住地，大肆烧杀抢掠。赫哲人和朱舍里人奋起反抗，并向清朝驻宁古塔军队求援。四月三日，清宁古塔章京海色率600名清军在当地居民的配合下与沙俄入侵者在乌扎拉村激战，由于指挥失误，清军最后失败。但哈巴罗夫部也受到严重打击，向黑龙江上游撤退。
顺治十一年（1654年）初，沙俄叶尼塞斯克督军巴什科夫派兵侵入我贝加尔湖以东地区，占领尼布楚，由于当地蒙古族人、索伦人的奋起反击，被迫撤离，窜往黑龙江中游，与斯捷潘诺夫会合，在我黑龙江流域大肆烧杀。顺治十二年（1655年），清固山额真明安达礼率军与斯捷潘诺夫匪帮在黑龙江流域的呼玛城堡展开了激战，清军多次击败沙俄侵略者，但后来由于粮饷供应不上被迫撤退。顺治十五年（1658年），斯捷潘诺夫再率500人沿松花江而上，宁古塔昂邦章京沙尔虎达分乘船47艘，于松花江和牡丹江合流处包围俄军，击毙斯捷潘诺夫。同年，沙俄侵略者重占尼布楚。黑龙江流域各族人民和清朝驻军英勇奋战，于顺治十七年（1660年）全歼斯捷潘诺夫残部，肃清了黑龙江中下游地区的沙俄侵略者，但上游尼布楚仍被俄军侵占。康熙继位之后，俄国侵略军骚扰我边境。康熙四年（1665年）,俄国向中国发起了新的侵略扩张活动。他们一股军队南下占领了喀尔喀蒙古管辖的楚库柏兴，另一股东犯雅克萨。而且，俄国侵略军逐渐改变了入侵方式。17世纪50年代，俄军在黑龙江上采取的是骚扰政策。然而这一次，俄侵略军继续为避免孤军深入，采取了建立侵略据点、逐渐推进的方式。除尼布楚、雅克萨、楚库柏兴三个最重要的据点外，他们建立的小的侵略据点遍布于黑龙江中下游地区。他们修筑工事，建起堡垒；从据点派兵四处推进，不断建立新据点。他们以据点为掩护，四处骚扰我国索伦、赫哲、费牙喀、奇勒尔等各族人民，“构乱不休”“子女参貂，抢据殆尽”。虽然中国军民拼力抗击，但无法阻止俄军的侵略活动。这样，17世纪60年代以后，俄侵略军从贝加尔湖到黑龙江流域，在中国的广大土地上建立了殖民统治。
康熙亲政后，正面临着这一严重的边患。他深深地意识到，这是一大祸患。此患不除，祖宗发祥地不安，而且侵略强盗得寸进尺，如不加制止，边疆将永无宁日，后果不堪设想。