九月，福临从沈阳迁到北京，十月一日，他在众人的陪同下于天坛举行祭天大典，即皇帝位，下诏“定鼎燕京”，入主中原的清王朝宣告建立。
山海关之战
顺治元年（1644年）四月十三日晨，大顺军由北京出发攻打山海关。行至三河县吴三桂派人求见，并假意投降，请求暂缓行军。李自成被吴三桂骗过，他派明降官密云巡抚王则尧以兵政府尚书的官衔与吴三桂谈判，大军则缓慢推进。从北京到山海关大约五天可达，大顺军却用了八天的时间才到达。这时，李自成才获悉王则尧已经被扣留，吴三桂的军队在关内沿石河一线做好了作战准备，严阵以待，准备和大顺军决一死战。四月二十一日，山海关战役开始。为了全歼关外清兵，李自成把主力放在石河，另外派遣部队进攻山海关的东罗城、西罗城和北翼城。战争十分激烈，双方死伤惨重，到二十二日早晨吴三桂的军队已经难以抵挡，据守北翼城的吴军投降大顺军。吴三桂见形势不妙，亲自带领部分属官和乡绅冲出关门，到离关城仅二里远的威远拜见多尔衮，请求派兵支援。经过数日的观察，多尔衮十分清楚吴三桂此时的处境和心情，当即回答道：“你们愿意为先帝报仇，十分难得。我特意领兵来成全你们的心愿。先帝时的仇杀，今天不用提，也不忍心再提。但昔日是敌人，如今却合为一家。我领兵入关，与百姓秋毫无犯，否则必以军法处死。你们可告知全城百姓，不用惊慌。”然后又对吴三桂说，“你回去以后，可让部下把白布系于户关作为信号。不然，都是汉族人，难以分辨，恐怕误杀。”说完，一面让吴三桂立即回关准备，一面下令清军从南水门、北水门、关中门三路进关。
清兵进关后，见大顺军从北山至海边排列成一字长蛇阵，多尔衮即令清军沿近海处依次排列，吴三桂排列于清军的右边，准备共同夹击大顺军。这时狂风骤起，尘土飞扬，事物难以辨别，于是清军得以从容布阵。不久风停，多尔衮下令出击，清军以逸待劳，势如潮水，尽管大顺军拼死抵挡，但难以挽回败局，阵容大乱，刘宗敏也负了伤。李自成立马在小冈阜上见难以取胜只得下令撤退。到达永平府范家店时，李自成下令杀死吴襄。
二十六日，回到北京，又杀吴三桂家属34口，李自成对吴三桂的奴颜婢膝引清军入关深恶痛绝。而吴三桂却在山海关战役刚刚结束时就率领关城军民剃发降清，并被封为平西王。
多尔衮摄政
统一全国
顺治元年（1644年）五月二十二日山海关一役之后，大顺军被清军击溃而散，逃出四十余里。随后，多尔衮封吴三桂为平西王，让他带领一万军队继续追剿农民军。五月二日多尔衮率少数军队入京，大军则由多铎、阿济格、吴三桂等率领，向西追击。李自成于四月三十日撤出北京，经河北向山西逃跑。他曾在真定（今河北正定）反抗，与吴三桂奋战了一天，仍然难以挽回失败的结局。不久，农民军由固关（今河北井陉西）撤入山西。清军追到固关后不再追了，就此返回退到北京。这样，山西以东、黄河以北的大部分地区归清朝所辖。五月十二日，多铎、阿济格、吴三桂回到北京。李自成率领大队人马向西安撤退，留下刘永福守住太原。
多尔衮一面于六月派固山额真叶臣进攻山西，一面出兵剿灭、安抚中原的地主武装和小股义军。
清军从河北、河南进入山西南部。十月，叶臣打进固关，攻占太原，占领了山西。
十月，福临下诏定北京为都城。不久，多尔衮先后命令英亲王阿济格为靖远大将军，带兵追击大顺军；多铎为定国大将军，率军平定江南。
七月，李自成组织了反攻。十月，大顺军两万人攻入河南，多尔衮忙派多铎立即围攻西安。多铎闻命后领军由山东经河南逼近潼关。顺治二年（1645年）正月，多铎占领潼关后，李自成被迫放弃西安向河南转移。阿济格从陕西进攻农民军遭到对方的反抗，二月中旬才进入西安，此时多铎已经领兵向东进发。五月四日，李自成在带兵转战的途中不幸被杀。
多铎于顺治二年二月离开西安，三月接到了多尔衮命他带兵南下的命令。他率兵出了虎牢关，到达归德，分兵两路出发，一路指亳州，一路指徐州。很快，李成栋据守的徐州全城投降，并引清兵南下。四月十八日清军来到扬州城下，此时弘光政权还在内战不断。
二十五日，清军攻破扬州。五月，清军不动一兵一卒地占领南京。弘光政权消亡。清军六月又攻下苏州和杭州。
闰六月，多尔衮命洪承畴为江南总督，住在南京，同时又派人前往南方各省招抚。东南、江南一带各层人士纷纷反抗清政权要求剃发辫的命令。隆武政权和鲁王政权在福州和绍兴相继建立。多尔衮认为，江阴、嘉定等地的抗清斗争由李成栋等降将足以应付，而鲁王政权、唐王政权必须另外派兵征伐。
十一月，清军进入湖南进攻李自成残余和隆武政权大将何腾蛟部。
虽然东南地区战事愈来愈明朗，多尔衮对四川的张献忠仍耿耿于怀。顺治三年（1646年）正月，他命肃亲王豪格进击四川。后来张献忠被打败，其养子李定国、孙可望等退回到云南。
顺治三年（1646年）二月，多尔衮命贝勒博洛平定闽、浙的唐王和鲁王政权。六月，清军渡过钱塘江，占领绍兴，鲁王政权结束。七月清军进入福建，郑芝龙投降，唐王政权灭亡。不久，唐王朱聿键在江西被清兵追上杀死。
九月，多尔衮命令军队分三路向南进发：西路在吴三桂、豪格带领下继续征定四川，中路由勒克德浑、孔有德率领，东路由李成栋带领，进入广东、江西。十一月五日，唐王朱聿键之弟朱聿在广州建立绍武政权，十八日，桂王朱由榔在肇庆建立永历政权。这两个政权建立伊始便遭到清军围攻。十二月十七日，李成栋占领广州后，杀死朱聿。桂王朱由榔由广东跑到湖南，由于孔有德已经带兵南下，他不得不又跑到广西。不久，孔有德等兼并湖广后进入广西。整个东南全在清军控制之中。
事情突然有了变化，多尔衮最不想看到的情况出现了，那便是李成栋、金声桓、姜镶三员降将先后反清。金声桓原归左良玉所管，由于帮清廷占领江西，被授予副官。他对清廷的赏封非常失望，于是在顺治五年（1648年）二月领兵反抗清廷。多尔衮派谭泰、何洛会带兵攻打。第二年正月，清军占领南昌，金声桓败亡。金兴兵之后，李成栋于顺治五年（1648年）闰四月在广州发动叛乱，第二年二月被打败。姜镶之叛虽然发生最晚，但影响最大。姜镶本是明大同总兵，他先投降了李自成，后又投降了清廷。当时各种矛盾十分激烈，他疑虑重重，决定先声夺人。顺治五年（1648年）十二月，姜镶在大同起兵，陕、山部众立即呼应。多尔衮调兵遣将，几经周折才将叛乱平定下去。
在降清三将起事之际，南明军队在大顺军配合下开始反击，湖广等地区都被桂王政权控制。
此后，风云再变，孔有德占据湖南，最后又平定了湖广。顺治六年（1649年）五月，多尔衮改封耿仲明为靖南王、孔有德为定南王、尚可喜为平南王。顺治七年（1650年）十一月，尚可喜占据广州，十二月，孔有德占据桂林。湖广大部分地区基本上安定。
入关后，多尔衮在去世前指挥大军四处征剿，结束了江南江北的大部分叛乱，除川南、云贵、福建沿海等地之外，各地基本扫清了反清势力。
沿用明朝典制
顺治元年（1644年）五月，多尔衮掌权后开始治理各项事务。摆在他面前的是亟待解决的重大难题，即怎样管理这一幅员辽阔、人口众多的泱泱大国。原来的清政权土地面积狭小，人口不多。入关后，满族人的数量和汉族人相比根本不值一提。显然原来的大清政权机构还无法有效地管理这个庞大的帝国。
这件事并没有难住这位能干的摄政王，他一边指挥大军平定天下，一边还草拟清政府的各项典制规章，建立健全各个机构。他采取了模仿明朝旧例的办法，仍然用汉族人管理汉族人。
顺治元年（1644年）五月初三，进京第二天，多尔衮即公告天下，仍然使用原来各衙门的明朝旧官员。初六，他又下命令满官和明朝旧官一起办理公务，同心协力。六月初二，由于冯铨、洪承畴的建议，多尔衮照搬明朝旧有体制，由内三院行使内阁职权，但明代时内阁高于六部，到了多尔衮时期内阁职权已大大不如从前。同时，多尔衮还允许按照明律审查案件，问罪定刑。九月，编成《大清律》，基本上是照搬《大明律》而来。
顺治三年（1646年），吏科给事中向玉轩对没有汉族人尚书十分不满，多尔衮听说后很气愤，处分了向玉轩。顺治五年（1648年）七月，多尔衮下令六部必须各设一个汉族人为尚书，这算是满汉复职制，其目的显然是要收买汉族人之心。
清朝的地方官制与明朝相差无几，此时的总督、巡抚等多是从东北随清入关的汉族人。
多尔衮在效仿明朝体制时始终牢记清祖的传统和满洲利益，并不是生搬硬套，全盘接受。议政王大臣会议显然是八大贝勒议政的残余，这时仍然是雄踞于各种机构之上。另外，不管多尔衮如何提倡“满汉一家”，他在处理国务中还是以“尊满”为首要原则。
多尔衮的策略非常成功，许多汉官和满洲贵族一样尽心尽力地为他效力，奋战沙场，为有清一代的繁荣兴盛奠定了扎实的基础。
兴利除弊
由于汉军旗人官员及汉官的上表，多尔衮开始一系列旨在聚合民心的改革，这些措施除改变抄掠蛮抢、为崇祯帝发丧之外，还有尊重明宗室、崇孔、开科取士和革除弊政。
顺治元年（1644年）五月，多尔衮宣称明诸王只要来降，都不会剥夺他们的官位。其后，他又下令善待明朝皇宫子弟。这与以往入关之役中对明宗室的态度大不一样。
顺治二年（1645年），汉官李若琳上表，请求称孔子为“大成至圣文宣王”。多尔衮让礼部再次审议后，定孔子为“大成至圣先师”。多尔衮按照明制，封孔子后人为衍圣公。
多尔衮在定都燕京之初已经宣布要开科取士，经过一个阶段的准备以后，顺治二年（1645年）八月，全国许多地方举行了乡试。按照先例会试隔三年才有一次，但多尔衮为了平定士人的反清情绪，在摄政的7年里会试3次，取士1100人，全部任以官职。
导致明亡的重要因素之一是加派，即辽饷、剿饷、练饷——三饷加派。人民负担十分沉重，大大加速了明王朝的灭亡。多尔衮不想就此失去民心，走上明朝的老路。入关之初，京师户部只有明万历时的赋税册籍，李自成农民军烧毁了天启、崇祯时的赋税档案。当时有的清廷官员提出征求各省明末税册（指万历以后的）以方便征收赋税。范文程反对这种观点，他说：“即便按照万历时税额为标准仍然害怕民力不济，又怎么再求新册收取更多的赋税呢？”后来多尔衮按照范文程所说，决定按照万历期间的赋额，依惯例征收赋税。顺治元年（1644年）七月，清摄政王多尔衮向全国宣布免除明末的召买米豆、三饷加派等负担。除了免掉超额加派的赋税，还要适当减免本年额内正赋，具体的原则是清军所过之处免征粮一半，未过之处只要全心向清，可免全年的1/3。
如果说三饷加派仅仅出现在明末，那么宦官干政则是有明一代的弊政，兼之明末大臣朝三暮四，所以多尔衮对于宦官倾力提防。他一入京便阻止太监往收明代皇庄子粒。顺治二年（1645年）十二月，他又听从礼部所言，不准宦官混入文武群臣朝参行列（自明熹宗时始，每逢大朝，宦官穿朝服与百官一齐朝贺）。顺治三年（1646年）四月，多尔衮取消了织造太监一职。
多尔衮不但能痛革明代弊政，而且对清廷弊政也小有举动。顺治三年（1646年）四月，他下令完全取消肉刑，认为耳、鼻是面目最重要的地方，贯穿耳鼻之刑应永行禁止。
加强个人集权崇德八年（1643年）十二月多尔衮与济尔哈朗开始被任为摄政王。同月，二位摄政王宣布，除了贝子公满达海、博洛外，贝勒、贝子、诸王等不再兼管政务，政务全部由尚书处理，从而削减诸王的权力，提高摄政王的职权。顺治元年（1644年）正月，身为摄政王之一的济尔哈朗与多尔衮平起平坐，宣布今后国内如有什么事都必须先请示睿亲王。本来两王很难同时摄政，一天不容二日。济尔哈朗情知自己论能力、论实力或权术都比不上多尔衮，于是自愿退出较量。从此，多尔衮成为清最高决策人。他成为唯一的、真正的摄政王。
顺治元年（1644年）十月一日，多尔衮拥立福临在燕京登基，并且诏告天下。十月九日，他被封为叔父摄政王。十月十三日，济尔哈朗被封为信义辅政叔王，与多尔衮的身份、地位根本无法相提并论。顺治二年（1645年）五月，根据御史赵开心的建议，多尔衮被晋封为皇叔父摄政王。顺治四年（1647年）十二月，听从满汉所有大臣的请求，允许多尔衮不对皇上跪拜。顺治五年（1648年）十二月，晋升多尔衮为皇父摄政王。多尔衮在臣子中居前位，甚至超过了人臣，福临成了有名无实的皇帝。
多尔衮既不断提高自己的势力，又连续肃清政乱，打击异己势力。
肃亲王豪格和多尔衮原有旧仇，但慑于多尔衮翻云覆雨一手遮天的权势，他也是有怒不敢发，有言不敢出。虽然豪格为清入关屡建军功，但仍未能逃出多尔衮的魔爪。顺治五年（1648年）三月，多尔衮找茬将豪格囚禁起来。没多久，便传出豪格死去的消息，死因不明。不长时间以后，漂亮的肃亲王妃便被多尔衮娶到府中。
郑亲王济尔哈朗是多尔衮压制的另一对象。济尔哈朗虽手中没有权力，但权势越来越重的多尔衮却并不感到满足。多尔衮认为济尔哈朗只是表面上臣服，不可信任，因而不断地给这位老资格的王爷出难题。顺治四年（1647年），济尔哈朗的辅政之位也被多尔衮罢免了。顺治五年（1648年），多尔衮借济尔哈朗的几个侄子一起告发叔叔的罪状的机会将济尔哈朗贬为多罗郡王。后来济尔哈朗虽然又被恢复了亲王爵位，但地位已远不如昔，直到多尔衮死后他才得以翻身。
豪格和济尔哈朗这两位亲王一是反对派领袖，一是中间派代表。他们遭遇还如此悲惨，就更不用说其他人的遭遇了。没有人敢对多尔衮不言听计从!当然，多尔衮也很留心从八旗贵族中精挑一批年轻人对他们宠幸有加，形成自己的势力集团，以加强统治。
这样，多尔衮紧握朝中大权，小皇帝福临不过是个傀儡。
顺治七年（1650年）十二月初九日，多尔衮由于顽疾缠身回天乏术，在喀喇城（今河北承德市郊）离开了人世。
顺治初掌实权
福临亲政
当多尔衮的地位显赫至极之时，一场争夺权力的殊死斗争正在满洲贵族内部酝酿起来。
福临业已长大，不可能长期忍受多尔衮如此干政。虽说“年长归政”是理所当然之事，可究竟什么时候以怎样的方式实现权力的转移，却是问题的关键所至，同时，也关系到清廷政局的稳定与否。