光绪二十四年（1898年）冬天，因南海结冰，光绪帝和几个小太监一起玩耍，不知不觉踏冰走上了岸，后被大太监崔玉贵看见。崔玉贵以小太监挟持光绪帝出巡，欲行不测为由，将6个小太监全部打死。从此，对光绪帝的管束愈加严格，只要南海结冰，就有人不厌其烦地砸冰，防止光绪帝逃跑。
慈禧太后对光绪帝精神上的折磨更加残酷，不仅逼死了他唯一宠爱的珍妃，还处处借机刺激和打击光绪帝，甚至到后来太监们也都不把光绪帝放在眼里。
正是因为慈禧太后曾试图谋害或者废掉光绪帝，并对他的“囚徒”生活极尽虐待之能事，人们才怀疑是慈禧太后最后派人害死了光绪帝。再说，一生要强的慈禧太后能容忍一直被自己压制的光绪帝死在自己的后面吗？她就不害怕光绪帝重新执政后，翻她的旧案？
尤其是二人离世的时间相距不到一天，这仅仅是巧合吗？所以这种怀疑是理所当然的。
当时长期担任起居注官，接近光绪帝的恽毓鼎，在所写《崇陵存信录》一书中说：光绪三十四年（1908年）秋，入诊者都说光绪帝并无大病。十月初十，逢慈禧太后生日，他还准备给太后祝寿，后慈禧太后传懿旨：因皇帝有病在身，免其率百官行礼。并且说，当时慈禧太后患腹泻已经多时，有人进谗言，说光绪帝听到太后病了，面露喜色，慈禧太后十分恼怒地说道：“我不能死在你前面。”到了二十一日光绪帝就驾崩了。这样看来，慈禧是毒害光绪帝的真正凶手，不过，也有人持不同意见。
李莲英、袁世凯谋害皇帝
还有其他说法，认为是李莲英或者袁世凯出于自身安危的考虑，怕慈禧太后死后，光绪帝重新执政，会对自己不利，因而下手害死了光绪帝。德龄女士在《瀛台泣血记》一书中叙述：李莲英一直跟着慈禧太后，他怕慈禧太后死后，光绪帝重新执政算自己的老账，下手毒死了光绪帝。英国人濮兰德和白克好斯合着的《慈禧太后外传》中也支持这种说法。
而末代皇帝溥仪在《我的前半生》中则说，他听说光绪帝是喝了袁世凯送来的一剂药而死的。由于在戊戌变法期间，袁世凯出卖了光绪皇帝，一旦慈禧太后死后，光绪帝重新执政，肯定会向袁世凯算账，所以袁世凯要在慈禧太后死之前，先把光绪帝害死。
总的来说，在光绪帝诸多的死因中，被慈禧太后害死是一种重要的说法。至于事实是否如此，到目前为止，史学界仍没有定论。
慈禧去世
慈禧去世
到了光绪三十四年（1908年），74岁高龄的慈禧进入皇宫已有58年，对大清的统治已48年，十月，慈禧因年纪大了，体力不支，她的精力明显不够用了，此时她也不免有些担心，于是千方百计保养，但尽管如此，她还是病倒了。
她在病倒之后，尽管想不到自己的寿命不久了，但自知年纪大了，既然病倒就十分不利。所以，她一方面依然将朝廷权力握在手中不放，甚至到死前的最后一刻；另一方面必须得考虑自己的身后之事，作一些安排。
慈禧在病重期间，作出了一个重要的决定，就是将醇亲王载沣将近3岁的儿子溥仪迎入宫中。光绪去逝之后，慈禧就在朝廷内外宣示溥仪为入关后第十代皇帝，这是慈禧所立的第三个傀儡皇帝。
在立溥仪登极即位之前，慈禧就下了一道懿旨，曰：“现值时事多艰，嗣皇帝尚在冲龄，正宜专心典学，着摄政王载沣为监国，所有军国政事，悉秉承予之训示施行，俟嗣皇帝年岁渐长，学业有成，再由嗣皇帝秉裁政事。”这充分表明，慈禧虽然立了皇帝，但她绝不放弃手中大权，哪怕一点点。
这年十月二十二日，慈禧太后正在中南海仪鸾殿的御榻上，静卧养病。几天来，慈禧的病情加重了，而且是明显加重，御医们绞尽脑汁，用尽医术为她治疗，但也无济于事，应诏赴京的全国各地名医也轮着为慈禧诊断、治疗，开出许多方子，但慈禧的病情却日益严重。
慈禧出生在大清帝国中衰之际。西方资本主义列强对东方的富庶很感兴趣，更想吞掉中国这块土地。他们极力用各种方式来撬开中国的大门。在她6岁那年，英国发动了鸦片战争，中国的大门被隆隆的炮声打开了。列强涌了进来，眼看大清政府面临着危亡。她在宫中正受咸丰宠幸的时候，洪秀全在南方闹起了太平天国革命。没有多久，英法发动了第二次鸦片战争，咸丰内外交困，逃入热河避难。在一个集权专制的政体下，最高统治者皇帝重色轻政，为所欲为，手中的大权自然就会失去。在咸丰纵情声色、不问政事的情况下，肃顺等人乘机想篡权，后妃不甘受人指使，与奕联合，最后使肃顺大败，慈禧垂帘听政，步入了政治舞台。她与慈安、奕制定了对洋人妥协、集中全力镇压太平天国革命的政策，终于外揖洋人，内平太平天国。由此形成了所谓“同治中兴”。但时间不长，中法战争中，中国军民齐心协力，镇南关一战大败法军，法国茹费理内阁倒台。慈禧害怕再发大乱，导致别的国家也来干涉内政，因此同李鸿章等人积极鼓吹乘胜即收，与法国签订《中法新约》，造成了不败而败的局面。10年后，中日甲午战争爆发，中国惨败，被迫签订《马关条约》，丧失主权，也大大加深了半殖民化。民众对洋人的侵略十分愤恨，山东闹起了义和团。慈禧采取利用义和团反洋人的策略，招来了八国联军，结果北京被攻陷，慈禧西逃。自《辛丑条约》签订后，中国进入了半殖民地半封建社会，洋人几乎掌握了大清帝国的命运。
慈禧每每回忆到这些，她都怨恨至极点，但她痛恨的不是自己，而是道光与咸丰，更怨恨肃顺、载垣、端华等人。她怨恨上台时就接的是他们的破烂摊子。她更怨恨奕、慈安、光绪、康有为、梁启超、载漪、载勋等人不尽心尽力，导致国家败落。对自己，慈禧本人不但没有怨恨，反而自豪。她曾经说过：“我不逊于任何一个男性统治者!”慈禧认为，她接过这样一个破烂摊子，能将大清帝国维持到这种地步已经够可以的了。历史上有几位能像自己这样，统治的时间长达48年，况且又是在内忧外患的情况下，毫无分裂割据局面，她的确为之自豪。也确实是这样，她统治下的大清帝国，终究还算一个统一的国家。
慈禧不但破坏大清祖制垂帘听政，而且将列祖列宗不得重用太监，更不允许他们参政干政的祖训抛到九宵云外，重用起安德海、李莲英等太监，导致他们在朝中胡作非为、权重一时。但是，也许是慈禧在自豪过后又痛心疾首的缘故，慈禧在临终前留下遗言，即是：
“以后勿再使妇人预闻国政，此与本朝家法有违；尤须严防不得令太监擅权，明末之事可为殷鉴。”
慈禧的殡葬前后，所烧的纸人、纸马、楼库、器皿、松亭、松轿、衣、帽、鞋、履、衾、被、枕、褥等数不胜数。在出殡前两个月，仅仅一次就在东华门外烧掉一只“大法船”。这只船价值十几万两银子，是用绫罗绸缎扎成的。
慈禧的棺材木料，来自于云南的森林，仅运费就花去了几十万两白银。棺材做完后，先用一百匹布缠裹衬垫，然后刷49次油漆。由几千杠夫抬棺，分几十班轮流杠运，每班128人。在出殡前，杠夫在德胜门外“演杠”整10天，按照正式送葬的要求，抬着一块和棺材重量相同的大厚板，厚板中心放着满满的一碗水，直练到碗中水不溢时，演练才可停止。
出殡的那一天，送葬队伍声势浩大，旗伞飘扬，在最前面走的是64人的引幡队，举着花花绿绿的万民旗、万民伞。在其后是上千人的法架卤簿仪仗队，举着无数个金瓜、钺斧、朝天镫，刀枪如林，幡旗蔽日。跟在仪仗队后面的是由100多人组成的抬着慈禧的巨大棺材的大杠。皇家规矩特别多，还把棺材装饰成轿的模样，称为“吉祥轿”。跟在棺材后边的是十路纵队的武装兵弁。最后面是由数千辆车子组成的文武百官、皇亲国戚的车队。送葬队伍蜿蜒十多里，所路过的地方，不能有任何障碍物，只要是有的，不问大小、多少，一律拆掉。
从北京到东陵，要走六七天。途中不仅有已设可供食宿休息的行宫，而且还每隔一段距离用高级布匹搭起芦殿、黄幄。即使这些临时住所，也是金瓦玉阶，朱碧辉煌。芦殿是供棺柩暂停用的，它先以黄绸围成内城，又以白绫子围成外城，外城之外，还有一道网城。
慈禧葬礼准备了近一年的时间，花了120万两白银，消耗资金是如此惊人。
西宫太后为何葬于东边
对弈赌陵说
民间流传着不同的说法，其中一种说法是对弈赌陵。东宫太后慈安是由正宫皇后升为太后的，可以说是天经地义的皇太后，而西太后慈禧只不过是沾了儿子当皇帝的光才升级为太后的，所以在地位上远不及慈安太后，这样，西太后的陵墓无论是在风水上还是在规模上都不能与慈安太后相比。可是我们知道，慈禧太后向来争强好胜，心狠手辣，她怎么可能甘心屈居于慈安太后之下呢？于是她精心布置了一场赌局，与慈安太后约好，谁下棋下赢了，谁就先挑选陵墓。可怜慈安太后性格柔弱而又心无城府，自然不是诡计多端的慈
禧太后的对手，于是西太后就毫不客气地把属于东太后的陵墓给霸占了。
慈禧太后明抢慈安陵
还有另一种说法，认为慈禧在柔顺的慈安太后面前根本就懒得去玩弄什么花招，说白了就是明抢了人家的陵墓。传说慈禧太后有一天晚上做了个怪梦，梦见自己死了以后被慈安葬在了清东陵的西边。这个梦给了慈禧一个大大的灵感，她想，如果慈安太后先于她死的话，把她葬在哪里还不是由自己说了算吗？于是，歹毒的慈禧太后就真的下药把慈安太后给毒死了，并如愿以偿地把她葬在了清东陵的西边。再后来，慈禧为了让自己死后继续过上豪华奢侈的生活，以“年久失修”为借口，对自己的陵寝花巨资大肆修整了一番。
东边本身就是慈禧的墓地
当然也有人认为，慈禧太后生前虽然狡猾奸诈，不甘居人之下，但在祖宗面前她还是有所顾忌，不敢造次的，规规矩矩地葬在了属于自己的陵墓内。这个看法同样有不一样的观点：一种观点认为，东太后、西太后的名称，与她们的地位、资历是没有什么关系的，更不可能由她们的陵墓方位所决定。慈禧太后之所以称为西太后，是由于她生前居住于紫禁城内西边的储秀宫和长春宫，同样的道理，慈安太后之所以称为东太后，则因为她生前居住于紫禁城东边的钟粹宫。正是因为她们生前居住的方位不同，才决定了她们的称号。
西宫太后是否理应葬在东边？恐怕这个谜底将永远随着慈禧太后埋进坟墓。
附：光绪帝大事年表
同治十三年（1874年甲戌）
十二月，载淳逝于养心殿，年19。以醇亲王之子载湉承继文宗，入承大统。以明年为光绪元年。
光绪元年（1875年乙亥）
正月，光绪帝即皇帝位。英国借马嘉礼案强迫清政府签订《烟台条约》。
光绪七年（1881年辛巳）
三月，慈安太后逝于钟粹宫，上谥为孝贞皇后。
光绪九年（1883年癸未）
五月，法军进攻越南河内的纸桥，挑起中法战争。
光绪十年（1884年甲申）
八月，法舰炮轰福建马尾造船厂，挑起马尾海战。
光绪十一年（1885年乙酉）
二月，中法战争结束。九月，改台湾府为行省，刘铭传为台湾巡抚。设立海军事务衙门，命醇亲王奕总理，节制调遣沿海水师等。
光绪十三年（1887年丁亥）
正月，光绪帝始亲政。
光绪十四年（1888年戊子）
二月，改清漪园为颐和园，诏修颐和园。
光绪十五年（1889年巳丑）
正月，光绪大婚礼成。二月，慈禧太后归政。
光绪二十年（1894年甲午）
七月，中日甲午战争爆发。九月，北洋水师在黄海与日军海战。十二月，北洋水师在威海卫一战中惨败。
光绪二十一年（1895年乙未）
三月，李鸿章代表清廷在日本马关议和，签订《马关条约》。四月，康有为发动“公车上书”。六月，康有为与梁启超在北京组织“强学会”。
光绪二十二年（1896年丙申）
四月，沙俄诱订《中俄密约》，攫取中东铁路权，将侵略势力伸入东北三省。
光绪二十四年（1898年戊戌）
四月，选派宗室王公出洋游历。召见康有为，颁布“定国是诏”，开始百日维新。五月，诏立京师大学堂；陆军改练洋操；科举改试策论。八月，慈禧太后发动政变，重新垂帘殿训政。康有为逃，谭嗣同等戊戌六君子下狱处斩。
光绪帝被禁瀛台，懿旨一切复旧。
光绪二十六年（1900年庚子）
四月，义和团起义，入京师。五月，义和团焚正阳门城楼，杀德使克林德。清廷向列强宣战，嘉奖义和团为“义民”，借以御外侮。七月，德、奥、美、英、法、日、意、俄八国联攻军陷北京。光绪帝、慈禧太后仓皇出逃西安，珍妃被害于宫中。史称“庚子西狩”。
光绪二十七年（1901年辛丑）
七月，奕匡、李鸿章与十一国公使订立《辛丑条约》。
光绪三十一年（1905年乙巳）
七月，孙中山在日本成立中国同盟会。清廷派五大臣出洋考察，掀起立宪运动。
光绪三十二年（1906年丙午）
正月，醇亲王载沣之子溥仪（即宣统皇帝）生于醇王府。七月，考察宪政大臣载泽呈递密折，力请清廷宣布立宪，以保政权。
光绪三十四年（1908年戊申）
十月，光绪帝逝于瀛台。次日，慈禧逝世。
十一月，溥仪即位于太和殿，以明年为宣统元年。