九月十八日，宣布恢复武场科考旧制。
与此同时，慈禧重奖了在此次政变中效力的守旧派官员，其中荣禄升为军机大臣，兼为节制北洋陆海各军；怀塔布被提升为左都御史兼理藩院尚书；李盛铎被任命为驻日公使。
刚毅、王文韶、廖寿恒、李鸿章、袁世凯、文悌等也都分别得到了慈禧的恩惠与封赏。
慈禧还想斩草除根，彻底根除维新派，害死光绪，但因各地的反抗情绪激昂和一些大臣的建议，不得不停止株连更多的维新人士。光绪与康、梁等人领导的维新运动失败了。
戊戌政变，以变法志士的淋漓鲜血给慈禧集团的胜利抹上了耀眼的底色，给慈禧、荣禄、许应骙、怀塔布之流带来了欢笑，它并没有减轻中华民族所经受的灾难，相反，那一丝变法图新的曙光已被彻底扫除了。
剿抚义和团
义和团运动
义和团运动的兴起
义和团原名义和拳，具有多源而同流的特点，分别源自大刀会、白莲教系统的八卦教、梅花拳等民间教派和结社。但多数还是从民间习拳练武、强身保家的基础上发展起来的。
它本来是北方民间的反清秘密结社，但随着帝国主义的入侵，义和团逐渐发展为反抗外国侵略的组织并在反对外国侵略势力的斗争中不断壮大，成为反对帝国主义侵略的强大力量。
光绪二十四年（1898年），山东巡抚张汝梅在当地义和拳势力不断扩大的情况下，奏请朝廷“将拳民列诸乡团之内”。第二年夏天，继任山东巡抚毓贤上奏将“义和拳”改称“义和团”。同年清廷的公文也开始称之为“义和团”。这样，“义和拳”才有了“义和团”之称。
义和团的成员大多来自贫苦农民、水陆运输工人、手工业者、小商贩等。其基层组织以“坛”为单位，称为“坛场”“坛口”或“拳场”。各坛的首领被称为“师父”“师兄”
等。发展组织称为“铺坛”，封建迷信色彩十分浓厚。义和团虽然没有统一的组织和领导，但由于斗争目标的一致，各坛仍能以揭帖的形式，彼此呼应，互相支援。
义和团反帝爱国运动首先在山东兴起并非偶然，其主要原因是：第一，甲午战争中山东遭到日本侵略者的蹂躏，饱受战祸之苦。战后，德国强占了胶州湾，英国占据了威海卫，整个山东又成为德国的势力范围。德国在山东修筑了胶济铁路，并开发沿线的矿藏资源，严重破坏了铁路沿线的土地房屋，给人民生活带来困难，同时矿藏资源被劫夺。随着帝国主义对中国铁路和航运的掠夺与控制，一方面使大批依赖运河为生的旧式交通运输工人和陆路运输的挑夫、车夫失业；另一方面，大量的洋货倾销，加快了农民和手工业者的破产。失业、破产的威胁使许多运输工人、农民、手工业者走投无路，纷纷加入义和团。
第二，甲午战争后，清政府对人民加紧了搜刮。由于政治腐败，百业凋蔽，水利失修尤为严重。清政府虽曾几次拨款修治，但治河官吏贪污腐败，把拨款据为己有，中饱私囊，修治只是为应付门面，不过是草草行事。黄河连年溃决，山东每年都有水患，到光绪二十四年（1898年），黄河在山东境内大决口20余次，50多个州县受灾，16万多民众被淹死，房屋损毁无数。山东境内不仅频遭水灾，而且旱灾也不时发生。水旱灾害使广大农民陷于流离失所、饥寒交迫的境地，广大人民群众把全部的仇恨对准了清政府的封建统治者。第三，帝国主义教会势力在山东的侵略活动十分猖獗。19世纪末，在山东有天主教、基督教的教堂及其他教会机构1000余所，传教士和教徒有8万多人。教会势力不仅进行文化侵略和间谍活动，还肆无忌惮地干涉中国内政，控制和操纵官府，使之护教抑民。一些外国传教士为扩张势力，还收罗一批为非作歹、万人痛恨的败类替他们办事，从而横行乡里，欺压百姓，这导致广大群众同外国教会势力的矛盾日益激化，各地民众反对外国教会势力的斗争不断发生。长期在中国人民群众中郁积的对帝国主义的仇视与反抗，终于通过义和团运动爆发出来。
光绪二十四年（1898年），山东冠县义和团首举义旗，揭开了义和团反帝爱国运动的序幕。冠县城北的梨园屯与直隶威县交界，光绪十二年（1886年），德国传教士来此传教，强行把村北玉皇庙拆毁，改建教堂。村民阎书勤、高元祥等挺身而出，率众反抗外国传教士和教民的压迫，斗争相持长达九年。光绪二十一年（1895年），冠县官府派兵弹压村民，这更引起了村民的仇恨。阎书勤、高元祥等人与威县梅花拳首领赵三多联合，请求他的支持。
于是，这两支队伍互相支持，协同作战，共同反抗官府和教会势力的欺压。光绪二十四年（1898年）九月，赵三多在山东冠县蒋家庄竖起“助清灭洋”的旗帜，攻打教堂，并多次打退前来镇压的清军。此后，赵三多、阎书勤将起义队伍分成两支，赵三多率领一支在直隶中部和南部进行反抗外国侵略势力的斗争，阎书勤率另一支继续在冠县一带打击外国教会势力。与此同时，鲁西北的茌平、高唐、禹城、长清等州县的义和团，也在朱红灯和心诚和尚的领导下展开了积极的反洋教斗争。光绪二十五年（1899年），山东平原县遭灾荒，教民因有教会撑腰，乘机囤积居奇，平原县杠子李庄教民地主李金榜侍借教会势力，压迫百姓，义和团民与教会势力发生冲突。县令蒋楷却袒护教会和教民，而对群众进行压制，团民数人被逮捕入狱。朱红灯率领人一举捣毁了平原县的外国教堂，此后又在平原县的森罗殿战胜前来镇压的清军，为百姓出了一口恶气。
山东巡抚毓贤深感教会势力猖獗，同时，面对义和团反抗斗争的蓬勃兴起，又不安于义和团力量的增长。因此，他在处理平原事件时，一方面建议把蒋楷革职，另一方面又诱捕杀害了朱红灯与心诚和尚。但鲁西北的义和团运动却在不断发展，不仅团民的数量有增无减，而且斗争的规模也越来越大。各国公使对此惊恐不安。他们认为毓贤对义和团运动镇压不力，要求清廷撤换掉他。光绪二十五年（1899年），清政府迫于帝国主义的压力撤换了毓贤，改派袁世凯为山东巡抚。同年十一月，袁世凯率武卫右军七千人走马上任。他一到山东就立即发布了《禁止义和团告示》和《严禁拳匪暂行章程》，残酷镇压义和团的反帝斗争，先后屠杀义和团首领王立言、王玉振等数十人。袁世凯还与驻青岛的德国侵略者相勾结，对义和团进行了联合剿杀。成千上万的团民惨死在他的屠刀之下，在东光县方圆十里内，每棵树上都挂着义和团民的人头。山东义和团在袁世凯的血腥镇压下损失惨重，除部分仍留在山东转入秘密活动坚持斗争外，另一部分则进入直隶和京津一带，与当地团民汇合，继续战斗。
自垂帘听政以来，慈禧对洋人一直妥协退让、求和自保，以此来保持“安定”局势。
但侵略者总是恃强凌弱，对弱者从未有过同情之心。由于侵略者步步紧逼，在大清帝国主权不断丧失，慈禧的统治地位也越发不稳了。面对这空前的威胁，慈禧必须维持自己的统治，她要寻找机会报复打击洋人。恰恰义和团就在这个时候爆发了，慈禧终于找见了反击洋人的武器。对此，她毫不隐讳，直言道：“予四十年来，忍辱含垢，卧薪尝胆，以谋报复，如越王勾践之心，未尝一日忘之。予待洋人，不可谓不宽大，从前我不是请公使夫人到西苑游玩吗？现在全国一心，同仇敌忾，必能战胜无疑矣。”基于这种认识，慈禧对义和团的态度发生了一百八十度的大转变，因此，义和团才有可能“奉旨”灭洋。
慈禧对义和团给予高度重视。在义和团尚未在京津地区全面发展之际的光绪二十六年（1900年）三月间，端王载漪、庄王载勋等一班亲贵就不断在慈禧面前怂恿利用义和团这张牌打击洋人。
招抚义和团
在“太后当时正把外国人恨到了切齿咬牙的地步，不论谁能够喊一声打倒洋鬼子，她心里就觉得欢喜”的情况下，她听到了一些关于义和团的报告。其中，义和团“共清灭洋”“扶清灭洋”的口号正合慈禧的心思，加之有端王载漪和庄王载勋的怂恿，于是利用义和团打击洋鬼子的决策便逐渐酝酿而成。后来，西逃路上慈禧曾对吴永谈过她当时的动机：
“依我想起来，我还算是有主意的。我本来执定不同洋人破脸的，中国一段时期因洋人欺负得太狠，也就不免有些动气。”
慈禧为了报复洋人，确实想把义和团作为自己的一张王牌，但又不知义和团实力如何，若对付不了洋人，岂不是偷鸡不成又蚀了一把米？于是她派道行作为朝廷特使，前往山东等地调查详情，再作决定。
道行深得慈禧依赖，这不仅是因为慈禧信佛，而且她更认为道行是个高僧，派他去调查义和团是何底细，自然会一清二楚。但她万没料到，端、庄二王已和李莲英通了气。在道行出宫之际，李莲英特地找到了道行，向他传达端、庄二王的意思，道行谨记在心。
道行到达山东义和团大本营以后，立即被待如上宾。因为山东义和团首领李来中等早已与端王载漪、庄王载勋通了消息。道行还未到山东，消息便已先至。于是，李来中便在盛宴招待后，天天陪道行观看义和团的操练，以展示其实力。
数日之后，道行离开山东回京。一方面他既得李莲英嘱托，另一方面又受到山东义和团厚待，于是回京后把义和团锦上添花地说得格外声势非凡，如同天兵下界一般。直听得慈禧心花怒放，利用义和团之心益增。
但是，用义和团抗击洋人并非儿戏，不能等闲观之。慈禧对此事不敢有丝毫大意，慎之又慎。于是她在义和团发展到直隶以后，第二次派人前往涿州调查，这次派出的人是刚毅和赵舒翘。慈禧后来对吴永回忆当时的情况是：“当时拳匪初起，议论纷纷，我为是主张不定，特派他们两人（刚毅、赵舒翘）前往涿州去看验。后来回京复命，我问他义和团是否可靠，他只装出拳匪样子，道是两眼如何直视的，面目如何发赤的，手是如何抚弄的，叨叨絮絮，说了一大篇。”
两次调查的结果使慈禧很高兴，她决定招抚义和团。朝廷政策的转变，给义和团的发展创造了条件。义和团迅速发展到京津一带，其发展速度之快，势力之大，是满朝文武所不曾料到的，大家深感震惊。大学士徐桐给慈禧出了一个主意：“利用反对洋人的义和团，给洋人压力，以收两败俱伤之效。”慈禧对此建议颇为赏识，传令召义和团入京。后来她自己曾回忆说道：“当祸乱起时，人人都说拳匪是义民，怎样的忠勇，怎样的纪律，有法术，绘声绘色，教人不能不信；后来又说京外人心，怎样地一伙向着他们；又说满汉各军已与他们打通一气了，因此更不敢轻说剿办。”
耳听为虚，眼见为实，慈禧并不满足于众人对义和团如何“神功武力”的汇报，而且还把义和团召进颐和园亲自进行考察。当她看了义和团“刀枪不入”的武功后，便完全相信了义和团抗击洋人的能力。不久，义和团便成了“奉旨义和团”。天津、北京、廊坊响起了打击侵略者的呼声。
直隶省南部与山东毗邻，在山东义和团竖旗起义后，直鲁交界地区和直隶南部很快出现了义和团反帝斗争，他们攻打教堂，驱逐传教士，致使直隶各州县中“教案”迭出。光绪二十六年（1900年）四月至五月间，义和团的组织几乎遍及直隶全省，连直隶的省府也被义和团控制了。接着义和团又向北、向东发展，分别进军京、津地区，一个新的斗争中心在京、津、保一带形成了。
光绪二十六年（1900年）四月间，涞水县义和团焚毁了当地的教堂，惩办了20余名作恶多端的教士、教民。直隶总督裕禄急忙派提督梅东益、道员张莲芬、副将杨福同率兵前往镇压。义和团闻讯后便在石亭村设伏，将清军杀了个落花流水，清军六七十人送了命，副将杨福同当场毙命。史称“涞水大捷”。此后，义和团又乘胜攻占涿州，在城头上树起“兴清灭洋”的大旗。为了粉碎清军的围剿，切断清廷的增援部队，义和团拆毁了琉璃河到长辛店的铁路百余里，焚烧和毁坏了沿线的车站、桥梁和电杆。义和团在涞水、涿州的胜利，打开了进逼京、津的通道。清廷上下无不震惊。
以慈禧太后为首的清政府自有一套对付义和团的手段。剿抚兼施是其惯用伎俩。初期主要是采取查禁和剿杀方法，可这不仅没有镇压住义和团，相反却使“拳会蔓延，诛不胜诛”，直接威胁到清廷的统治。面对义和团运动的蓬勃兴起，清政府内部意见不一，曾发生过多次激烈的辩论和争吵。概括起来，主要有两种意见，一种主张镇压，另一种主张招抚。
两派意见针锋相对。慈禧太后既慑于义和团的声势，深恐镇压会激起更大的反抗，同时，又怕招抚会得罪帝国主义，只得采用折中之法，和平解散义和团。于是便宣布对拳民、教民要“一视同仁”，命令清军不得“轻伤民命，启衅邀功”。这样，义和团便在清政府的默许下大批进入北京和天津。
初期慈禧太后对义和团的态度是敌视的。她先下令“抚绥弹压，消患未萌”，继而要求地方官分清“匪”“会”，对义和拳会采取较宽容的姿态，也只是策略上的需要，而非本质的改变，其本质就是镇压，即所谓“剿”。“抚绥弹压，消患未萌”，带有硬性镇压的性质；分清“匪”“会”，则具有分化瓦解的性质。至于后来，慈禧对义和团由“剿”到“抚”以致于“用”，即采取“招团御侮”的政策，其原因归纳起来主要有三点：
第一，义和团“扶清灭洋”和“神助灭洋”旗号的诱惑力及其在畿南的迅猛发展。
义和团的斗争旗号，不但有“扶清灭洋”，还有“神助灭洋”。这些口号说明义和团只是把洋教洋人作为斗争对象，而对清廷则是拥护与扶助的，至少是不妨碍清朝的统治，并且得到天意的神助。义和团掀起的各次教案都很好地说明了这一点。义和团不敌视清朝各级政府，虽然有时也有对官兵的武力行为，那也只是为了抗官逮捕，并非蓄意颠覆政府。
至于所谓“神助义和团”，除却其宗教迷信色彩外，在中国当时的科学水平下，颇得广大人民的崇信，以致广大官民竟认为它的行为符合天意。所以清廷权力的核心人物普遍看好义和团。经过光绪二十六年（1900年）四月二十四日在畿南的“涞水戕官”和二十九日的“涿州踞城”后，义和团的斗争队伍不仅迅速壮大了，而且由于近在畿南，对北京朝廷也造成了巨大而直接的影响。因为“涞水戕官”，是直隶义和团击杀了清军副将杨福同，这一举动显示了义和团的威力。“涿州踞城”，是指义和团入涿州占据城池七日，地方官竟蒙混过关，没有向上司报告，说明已与官府相安无事。另外，义和团与涿州居民相处得十分好，几乎达到拳、民无法区分的程度，即所谓“穿起衣巾则为匪，脱去衣巾则为民，至于不可究诘”。“涿州踞城”后，义和团在畿南已“无处不有”。义和团在畿南势力的迅速扩大，与人民的水乳相融以及它对清廷的友善、对帝国主义的刻骨仇恨，这一切不能不使早已对列强心怀不满的慈禧太后在对待义和团的政策上重新作出考虑。