两道上谕明发，朝廷内百官不知所措。正当人们为此事而感到惊讶的时候，光绪对荣禄大加提拔的消息又传下来，这更加令人们惊愕不已。光绪先传旨将荣禄授为文渊阁大学士，接着又实授荣禄为直隶总督兼北洋通商大臣。授予他的此权已超出寻常，达到了权倾朝廷的地步，然而慈禧还觉得不够，故又使光绪给他加重了军权，即由荣禄节制直隶按察使袁世凯教练的新建陆军马步各队。
这样一来，由于慈禧对荣禄的重赏和提拔，使北京处于慈禧的总揽之下。康有为说：
“然而，四月二十三日定国是之诏方下，西后逐翁常熟，召见二品以上大臣，命荣禄出督直隶，统袁（世凯）、董（福祥）、聂（士成）三军，定九月阅兵于天津，以为废立之计。盖八月初六废立之变，已于四月二十七日定之矣。”
百日维新过程中，维新派的每一项变法内容甚至光绪帝颁发的谕令也都遭到了守旧派的抵制和破坏。例如“诏定国是”中明确令军机大臣和总理衙门会同议奏京师大学堂，他们拖了很久不办，光绪帝为此很着急上火，又下旨说，若再不议奏“定即从严惩处不贷”，他们这才慢条丝理、不慌不忙地就此事复奏。光绪帝令军机处拟旨废八股，刚毅则敢公开顶撞说：“此乃祖制，不可轻废”。裁并闲曹、汰减冗员，京师谣传“康有为欲废尽京师六部九卿衙门”。群臣更有与维新变法的诸臣势不两立的，“新政诏旨交疆臣施行……都被搁置而不问”，群臣中有的找借口推托，有的相互察言观色，还有的根本不理睬。
建立变法机构
光绪帝深深感到，要想推行新法必须得有变法的权力机构做保证。但是，变法中最困难的事情也就是建立变法机构。百日维新之始，慈禧就逼迫光绪下旨：凡补授文武二品、满汉侍郎、地方督抚，都必须到太后处具折谢恩，致使慈禧把握光绪的用人大权，使具备高位和实权的变法机构难以建立。尽管如此，光绪仍不气馁，坚持不懈地努力争取，以建立变法权力机构。
办新学、废八股成为变法的开始。四月二十九日，宋伯鲁上书请求废除八股，与其针锋相对的礼部尚书、总理衙门大臣许应骙，竟要将经济特科并入八股。五月初二，宋伯鲁、杨深秀指责许应骙“庸妄狂悖，腹诽朝旨”。光绪帝下旨让许应骙“明白回奏”。五月初四，许应骙“明白回奏”，在奏折中一针见血地攻击康有为“袭西报之陈说，轻中朝之典章，其建言既不可行，其居心尤不可问”，“勾结朋党，快意排挤，摇惑人心，混淆国是”，要求光绪把他“驱逐回籍”。不久，吏部主事王照上折请光绪游历日本等国。礼部尚书许应骙、怀塔布等不肯代奏，王照与之抗争。许应骙则上折训斥王照“咆哮署堂，借端挟制”，诬陷他奏请光绪去日本等国游历是将皇上置于危险境地。“居心叵测，请求皇上加以惩办”。见到此情况之后，七月十九日，光绪帝下旨将礼部尚书怀塔布、许应骙等六堂官全部革职，而封维新人士李端棻、徐致靖、阔普通武、王锡蕃分别为礼部尚书和侍郎，代替了守旧派的位置。
七月初七，光绪又下旨赏谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭四人四品卿衔，在军机章京上行走，参与新政。“军机四卿”的擢用，标志着变法权力机构已形成，四京卿所处位置重要，虽然职位不高，但当时人们把他们当成“宰相”视之。
徐致靖推荐军机四卿中的谭嗣同，七月初五，谭嗣同到京，七月二十日，光绪帝召见了谭嗣同，并于当天授予他四品卿衔。
王锡蕃认为：林旭学西方政治学，颇有建树，还善于交涉商务，年轻有为，是一位超群的才子，因此推荐他给光绪帝。光绪帝知道他是康有为的弟子，保国会员，所以下旨召见他，从此之后林锐得到了光绪的信任。
而湖南巡抚陈宝箴则认为杨锐、刘光第“切究当世之务，绝无浮夸之习”，称刘光第“器识闳远，廉正有为”。所以杨锐先于七月十六日被光绪召见，他当面上奏皇上百条建言，使“天颜甚霁”；刘光第于七月十九日被召见，召对也“颇详直”。
光绪任用四卿之后，所有有关新政的奏折，都命令他们阅看；皇帝还特令由他们撰拟谕旨，那班守旧大臣的权力显然被夺回，光绪帝与康有为之间的墙垒被推倒，皇上所有的事情都要问康有为，命令四卿传旨，康有为所陈奏，亦由四卿密陈，“不复由总署大臣矣”。
但是，军机四卿的任用和礼部堂官的更置后，只过了半个月的时间就发生了政变。
七月初十，两江总督刘坤一、两广总督谭钟麟、直隶总督荣禄被光绪帝明发上谕申斥，对朝廷颁发的新政诏旨各省继续沿用旧习，贪图吃喝玩乐，虽然朝廷下旨敦促，但仍然没有行动。刘坤一受到申斥后，为应付皇上曾奏了几道响应新政的奏折；而荣禄受到申斥后，因深知维新派与自己派系之间的矛盾很深，便赶紧与慈禧勾结，密谋策划政变，正如梁启超所说“至明发此谕，荣禄自知不保，而篡废之事益亟矣”。谭钟麟受到申斥，仍然不予理睬。七月二十八日，依据宋伯鲁弹劾谭钟麟的奏本（康有为代拟），光绪帝再次下旨对他申斥，并让湖南巡抚陈宝箴“严查参奏”于他。阻挠新政是宋伯鲁参劾谭钟麟的主要问题，但谕旨下发后，政变指日可待，光绪帝与康有为等维新派皆知情况万分紧急，他们顾不上其他事情，导致查劾谭钟麟之事不了了之。
与此同时，湖南巡抚陈宝箴因认真举办新政而得到光绪帝的多次奖赏。
维新运动在湖南搞得最为活跃，主要是由于谭嗣同、唐才常、黄遵宪、梁启超等维新人物不懈努力，巡抚陈宝箴对此也做了很多贡献。例如当时十分着名的湖南时务学堂，其组织、经费等项皆由陈宝箴一手主持。后来遭到王先谦、叶德辉等封建势力的攻击时，陈宝箴则挺身而出维护时务学堂，斥责封建顽固派。同时，陈宝箴亲率地方官吏参与维新团体南学会活动，他还亲临讲演过两次，对该学会和湖南各地的学会起到了很大的推动作用。
他还大大支持了湖南的《湘学报》《湘报》的举办。其他诸如举办实业，开办学校等多项新政，他都积极推行。
陈宝箴的态度始终遭到旧势力的嫉恨和攻击，御史徐树铭、黄均隆等曾上疏弹劾，企图把他彻底铲除。光绪帝对陈宝箴十分支持，六月二十三日下旨切责顽固派，褒奖陈宝箴说：“陈宝箴自兼任湖南巡抚以来，锐意整顿，即不免指摘纷乘。此等悠悠之口，属在缙绅，倘亦随声附和，则是有意阻挠，不顾大局，必当严惩，断难宽贷。”然而，湖南的顽固势力却置光绪帝的警告于不顾，变本加厉地阻挠新政和围攻维新派，胁制陈宝箴，“乃至哄散南学会，殴打报主笔，谋毁时务学堂”。因此，光绪帝于七月二十九日为了支持陈宝箴再次下旨，让他“坚持定见，实力举行，慎勿为浮言所动，稍涉游移”。当时形势紧张，光绪帝已经感到政治风暴即将到来，仍旧下旨鼓励陈宝箴，足见其对维新变法确实有很大决心。
戊戌政变
斗争加剧
清朝封建专制政权是满洲贵族战胜汉族人统治的明王朝后建立起来的。虽然从清朝建立开始，清的统治者们就汲取了元朝蒙古贵族的教训，注意缓解民族矛盾，没有采取明显的民族等级政策，但这并没有从根本上解决问题，清朝统治的二百多年历史中，一直充斥着满汉间的民族矛盾。中央政府的内阁、军机处虽也有所谓满汉复职形式，但汉官只不过是个陪衬罢了。以后的太平天国运动使满清贵族意识到必须要利用汉族地主的势力来巩固自己的统治，所以不得已才把部分地方统治政权向汉族地主开放，但很多重要权力还是牢牢掌握在自己手中。清朝末年的维新运动、宪政运动更深刻地触及了清朝统治，使满洲贵族统治者忧心忡忡。
维新运动兴起后，慈禧太后、恭亲王、刚毅、荣禄、徐桐及绝大多数满洲大臣，之所以拼命反对变法，除了有保守思想外，其更深层的原因是他们害怕改革的深入触及自身利益，害怕200多年辛苦经营的满族政权毁于一旦，害怕自己手中特权的丧失，总之，他们已把维新运动上升到了汉族人对“满族人的夺权斗争”的高度。保国会并非“保中国不保大清”，但满洲贵族却宁愿如此理解，以保证建立他们共同对外扞卫自己特权的联合阵线。
这一点上，刚毅就是一个很好的例证。刚毅曾说：“改革者汉族人之利，而满族人之害也。”
刚毅之言代表了满洲人中守旧党人的心事。
满洲贵族这种执拗的偏见，成为变法运动的极大障碍。何况，维新志士的思想言论中也确有“反满革命”的浓重成分，谭嗣同就是一个典型。他无情地揭露满洲贵族入主中原，屠杀和压迫汉族人的种种罪恶，表现出对满洲贵族势不两立的姿态，他说满洲贵族与古代暴君相比，其残忍程度有过之而无不及，“古之暴君，以天下为之私产止矣”，而满洲贵族“起于游牧部落，直以中国为其牧场耳，苟见水草肥美，将尽驱其禽畜，横来吞噬。所谓驻防，所谓名粮，所谓厘捐，及一切诛求之无厌，刑狱之酷滥，其明验矣”。对满洲贵族无比痛恨的他高呼“誓杀尽天下君主，使流血满地球，以泄万民之恨”。
谭嗣同与康有为相比，在维新运动中更讲究策略，表现比较克制，但随着维新运动的日益推近，他的奏折也尖锐地涉及了满汉问题。五月二十七日，他上奏的《请裁绿营放旗兵改营勇为巡警仿德日而练兵折》，提出各省驻防八旗兵丁“听其所好，择业而从，优给三年之粮，听其改附所在民籍”。要求取消手持特权而又腐败无能的八旗老爷兵，把他们改为一般的“民籍”。到八月末，康有为又上了《请君民合治满汉不分》的奏折，他认为“不宜于一国民之内，示有异同，若疆界既分，即生彼此”。明确提出了取消满汉差别。他以北魏文帝的成功改革为例，让光绪仿效“定裁满汉之名行同民之实”。他还说服光绪帝废除满洲姓氏、取消贵族封号和国家朝号。
七月二十日后，康有为又上《请断发易服改元折》，奏折说“今为机器之世”，而满族所推崇的“辫发长垂，行动摇舞，误缠机器，可以立死，且垂辫“为外人指笑”，应剪掉才合乎时代潮流。又说清朝时兴的褒衣博带同西装西服相比亦“极可怪笑”，也应当更换成新式服装。同时提出改光绪二十四年（1898年）为“维新元年”，从而让举国之民“改视易听，咸与维新”。同时，又上《请设新京折》，建议光绪把都城迁往江苏上海附近，而北京派人留守就行了。
七月二十九日，光绪皇帝根据袁昶的奏折，命令八旗子弟旗民“各习四民之业，以资治生”。
满洲贵族认为康有为是公开与他们为敌，拿他们开刀。如其建议中：改八旗民丁为民籍；取消满族人特权，免除亲贵封号；更易满族姓氏、服饰；迁都上海附近等，这种种举措分别是汉族人的夺权行动，是200多年来反清反满的重演。出于这种想法，满洲贵族才对维新变法百般阻碍。早在保国会活动时，他们就指控维新派是“专变祖宗成法”，是“辨言乱政”、“名为保国，实为乱国”，那时他们就要鼓动慈禧讨伐维新派。由于种种原因，慈禧当时并未发难。“诏定国是”之后，光绪帝和维新派进行了突变式的变法，改革风潮如狂风暴雨，呼啸而来。光绪皇帝百日之内竟下发数百道新政上谕。这一切都引起了满洲顽固派的无比仇恨，尤其是康有为上述奏折的发表，以及满洲顽固派连遭光绪帝惩罚，使他们更加深信光绪帝已背叛了祖宗，成了汉族人的皇帝，于是忍无可忍，从而举起了政变的屠刀。
光绪告急
当变法力度进一步加大，守旧的保守贵族势力屡受打击之时，颐和园内的老佛爷——慈禧正在静观待变。她对守旧派们向自己寻求支持并不理会，对维新变法也似乎是任其发展。这使守旧派大惑不解。
其实，慈禧虽然表面上不动声色，但却从未停止过对时局的思考。她要出其不意一举成功。这时荣禄成了这里的常客，许应骙、怀塔布成了这里的听差。
光绪皇帝一直关注着颐和园内慈禧太后的动向，并通过康有为等维新派人士及心腹的小太监不停地打探消息。光绪二十四年（1898年）八月，他得到这样一个重要情报：慈禧准备利用九月在天津阅兵之机，发动兵变，囚禁光绪，复行垂帘。
光绪得知这一消息后，大吃一惊，他没有想到风暴到来得如此之快，慈禧与荣禄竟会这么凶狠。如何对付呢？他不得不求救于康有为等人。
百日维新期间，光绪与慈禧确曾计划过去天津阅兵。由于当时正值新旧两派斗争紧张之时，所以上谕一下，朝野内外，猜议纷起，风传要在天津阅兵过程中废除光绪皇帝。
八九月间，这个风闻在京津之间广为流传。
康有为当然要采取应对之策。但当时，维新派手中并无兵权，这是很要命的事情。对此，他感到很痛苦：“收兵权则恐警觉，不抚将则恐不济事，日夜忧危”。只好一面请求光绪帝“仿日本立参谋本部，选天下虎罴之士，不二心之臣于左右，上亲擐甲胄而统之”；一面运动北洋军队，同守旧派争夺兵权。同时，又进行“围园执后”的谋划。
七月二十九日，军机章京杨锐应皇帝召见来到养心殿光绪的书房。
光绪遣散走身边的人后，便把慈禧准备军事政变的事情一一转告了杨锐。然后付密谕一道，命令他迅速出宫与康梁等人商量救驾对策。杨锐身负重担，怀揣密谕，叩辞出宫，辗转一阵，召集康有为、刘光第、林旭、谭嗣同等人，在康有为的书房集合会面。康有为等人见杨锐面色难看，情绪紧张，便知有大事发生。杨锐掏出皇帝密诏说：“有皇上朱笔密谕。”康有为眼疾手快，见到杨锐出示密谕便伸手接了过来。
在密诏中，光绪说出了自己的苦衷和焦急心情，向康有为等发出了紧急求救的呼号。
康有为看了密诏，一时也无计可施，便把谭嗣同找来商量。康有为说：“现在情况有些不妙，太后他们可能要策划一个大阴谋。我们上受皇上知遇之恩，下受黎民百姓的重托，在这样的关键时刻，须想出一个好主意，先发制敌，才是上策。”
谭嗣同表示赞同：“您说的对，目前局势确实严重，现在的关键问题是我们手头没有军队，在生死关头，哪里去找忠心保护皇上的军队？到时候我们只能任人宰割，死倒不可怕，只是壮志未酬，愧对国人，到时也难以瞑目!”
康有为对谭嗣同的话表示认同，也认为没有军队是维新派的致命伤。这时，他想起了袁世凯这个人。当时袁世凯手中有兵权，对维新表现得也很积极，康有为把“勤王”的希望寄托在了他的身上。听了康有为的介绍，谭嗣同也同意了请袁世凯帮忙、共渡难关的计划。于是决定一面向光绪推荐袁世凯，并让光绪给予超擢（让他知恩图报），一面又派人前往游说。为保密起见，康有为将保荐袁世凯的奏折拟定后，推由徐致靖签名上奏。
袁世凯其人
袁世凯，字慰庭（又作慰廷、慰亭），别号容庵，河南省陈州府项城县人，清咸丰九年（1859年）八月二十日生于一个官僚地主家庭。其叔祖袁甲三官拜漕运总督，生父袁保中为本县着名豪绅，胞叔袁保庆官至道员，从叔袁保恒历任户、吏、刑部侍郎，袁保龄为候补道。袁世凯行四，约在同治三年（1864年）过继给胞叔袁保庆为嗣子。