中日之战和《马关条约》对中国产生的影响极为严重。尽管中国军民英勇抵抗外来侵略者，用鲜血和生命谱写出一曲曲英雄壮歌，但是仍无法从根本上扭转败局。北洋水师全军覆灭，湘军的大溃败，既是清朝封建统治者主和投降造成的恶果，又暴露了其极端虚弱的本质。中国人民受到日本侵略者惨无人道的屠杀，国家领土受到强盗铁蹄的践踏。赔款及赔款利息数额巨大，超过清政府每年国库收入的3倍，清政府被迫向列强大举借取外债，中国人民的负担更加沉重。而日本侵略者则以这笔赔款大力发展本国资本主义，逐渐转化为帝国主义国家。条约规定的日本人可在中国投资建厂的权利像一根绳索，捆绑住中国民族资本主义发展的手脚，阻碍了中国近代生产力的发展，而列强对华的资本输出便合法化了。《马关条约》的签订使列强侵华的野心急剧膨胀，各国争相在中国投资，进行资本侵略；列强在中国拼命划分“势力范围”，掀起一股瓜分中国的浪潮。《马关条约》的签订，进一步加深了中国半殖民地化的程度，中华民族的危机空前严重。
还政风波
太后训政
光绪十二年（1886年）光绪帝16岁，已到亲政年龄。慈禧太后碍于祖宗传下的制度，只好作出归政的姿态，于七月十一日召见奕和世铎等亲王，“谕以本年冬至大祀圜丘为始，皇帝亲诣行礼，并着钦天监选择吉期，于明年举行亲政典礼”。当天，这道懿旨就向外公布了。
慈禧的懿旨颁发后，光绪也随即明发上谕，表明他的态度：“兹奉懿旨于明年二月归政，朕仰体慈躬，敬慎谦抑之本怀，并敬念三十年来圣母为天下忧劳尽瘁，几无晷刻可以稍资休息，抚衷循省，感悚交深，慈复特沛温纶，重申前命，朕敢不祗遵慈训，于一切几务，兢兢业业，尽心治理，以冀仰酬我圣母抚育教诲有加无己之深恩。”这样，光绪帝终于得到了亲裁大政的承诺，他于是为此而积极进行准备。
奕明知慈禧嗜权如命，并不是真心想归政，此举不过是摆个样子，而且慈禧之所以首先向他提出归政问题，实际是在考验他，看他究竟持什么态度。奕很善于揣摸慈禧心理，还不到五天，便想出个“训政”的主意，带头上奏“呈恳皇太后训政”。奏折首先对皇太后垂帘听政以来的文功武治极力加以美化，之后便以种种冠冕堂皇的理由，提出等光绪帝年满“二旬”再归政，而且即使亲政之后，也必须永远按照现有规制，一切事情，先请懿旨，再向皇帝奏闻。这就使光绪帝亲政的时间被大大推迟了，更重要的是“承照现在规制行事”，等于把慈禧操纵清廷实权的局面永远固定下来，慈禧自然对此求之不得。
奕在自己带头上奏的同时，又指使世铎、伯彦纳谟祜等人，也异口同声地请求太后“再行训政数年”，以壮大声势。为保证顺利实施训政，接着奕又同世铎等人商议制定了一个《训政细则》。按照这个细则，所有军国大事，都要“候懿旨遵行”“呈慈览发下”或“恭候慈览”。这样，即使光绪帝亲政，也不过是个傀儡，慈禧仍把持了一切军国要政的最终决定权。
太后归政
慈禧训政两年后，鉴于光绪帝即将完婚，再不归政太不成体统，于是在光绪十四年（1888年）七月宣布：明年正月光绪帝举行大婚之后，定于二月初三正式归政。在光绪帝举行大婚典礼前夕，奕又授意军机处起草了一个《酌拟归政事宜折》，提出皇帝亲政后，“在京各衙门每日具奏事件……皇上披阁传旨后”，仍由军机大臣“另缮清单，恭呈皇太后慈览”，对各级官吏的任免，经军机大臣拟定后，由皇上向皇太后奏明，次日再降谕旨。同时奕又同世铎当面协商，预拟了一个清廷办事“条目”，把上述原则进一步具体化、制度化。按照这个“条目”，光绪帝亲政后，虽可接受中外臣工的奏折，但最终决定权必须“仍照规章，请旨遵行”。这就造成了这样的局面：皇上虽有亲政之名，而无亲政之实，一切用人行政皆仍出于“归政”的慈禧之手。
慈禧这一手确实高明，很多人认为这回太后确想归政。但是，就在人们对她赞不绝口的时候，慈禧又在进行周密布署。她大肆笼络人心，拉自己的势力，拼凑忠实于自己的集团。在亲政前的一个月里，慈禧不断对诸王重臣们加官晋级。她首先以“醇亲王奕志虑忠纯，经猷闳远，自垂帘听政以来，深宫宵旰焦劳，勤求上理，王以一心一德，宏济艰难，凡可以利国家安社稷者，罔不综揽大纲，竭奕助”为由，对奕重重给予赏赐。显而易见，对醇亲王的加恩，是要使这位声望甚高的宗亲知恩图报。同时，慈禧又遍施恩惠于当朝要员。礼亲王世铎不仅得到御书匾额，而且还得到宗人府的“从优议叙”。大学士额勒和布、张之万，刑部尚书孙毓汶、兵部尚书许庚身等均受到相当大的优待。然后慈禧还对各重要部门的官员如军机处章京，六部侍郎、员外郎甚至主事以及各省总督、巡抚、将军、道员，甚至提督、知府等人赏俸加封。
一道道诏书，把慈禧的奖赏送达朝廷内外，内地边陲。这些受奖赏之人，捧读诏书，都感激涕零。他们对慈禧太后的知遇之恩十分感激，感激她竟然在还政前还没有忘记他们。
光绪十五年（1890年）二月初三，亲政大礼在太和殿正式举行了。大典之后，光绪与朝廷要员们又到慈宁宫，给已等在那里的慈禧上了一个尊号，又把那么几个带有美意的字加在皇太后前面。自此以后，“慈禧端佑康熙昭豫庄诚寿恭皇太后”才是慈禧的全称。
自归政以后，慈禧并未真正放权修养，安享晚年，而是积极活动，继续主揽朝中大权。
时人有评论说：“皇上亲政后，遇除授尚书、侍郎、将军、督抚各缺，仍恭请皇太后懿旨简用，盖由圣德谦冲，于用人行政诸大端犹复禀承慈训，以示不敢独断。”可见，用人的大权仍被慈禧死死地掌握在自己手里。
光绪亲政
光绪亲政以后，知道皇太后的势力遍布朝廷内外，欲成就大事不容易，所以凡事必先征求慈禧意见，然后才能明发上谕。然而即便如此，慈禧还是不放心他，在宫廷内外密布间谍，随时搜集情报，监督光绪的活动，甚至居然在光绪身边安插自己的心腹。
在光绪亲政之后，慈禧假装表示对光绪“关心”，特地召见光绪说：“我身边有一王姓太监，为了照顾你的身体，从今以后，我让他不断前往你身边侍奉，以慰我之心愿。”光绪听到“王太监”三个字，已了解了此中深意。王太监很受慈禧信任，他善于窥测别人秘密，宫中称他为“香王”。光绪明知慈禧派他来自己身边是别有用心，但仍得感谢皇太后的一片“好心”，因此，光绪连忙说道：“孩儿对亲爸爸十分感激，还望亲爸爸保重御体。”从此以后，光绪身边每月中有15天由这位“香王”侍奉，这样光绪这15天的一举一动便处于慈禧的严密监视之中。当然，间谍远不止一人，因为慈禧不可能对另外15天放任不管。
光绪身边时常出没的一些太监，几乎都是慈禧的间谍，因此一件小小的事也无法瞒过慈禧。
例如，光绪很器重廷臣长麟、汪鸣銮，常跟他们商量朝中大事甚至一日召见三次。这件事，很快就被传报到颐和园。慈禧对此二人疑心很重，她很怕二人与光绪密谋夺走她手中的大权，为此召见光绪后说出了她的决定：“皇帝，我看长麟与汪鸣銮图谋不轨，你还是免了他们吧!”光绪听后，知道慈禧有疑心，如果不遵旨，恐怕以后更不好办事，如果惹怒了太后，后果会不堪设想。于是，他无可奈何地当即表态：“孩儿遵旨便是!”第二天，发出上谕，二人被以“迹近离间”的罪名革职，永不叙用。
帝后两党的形成与斗争
光绪帝亲政后，慈禧太后虽退居颐和园，但仍操纵和把持朝政。光绪帝每月至少要到颐和园向慈禧“听训”“请安”两次，有时甚至多达六七次；重要奏折，必须送呈慈禧阅览后，方能处置，所谓光绪“事太后谨，朝廷大政，必请命乃行”，说明光绪帝仍处于傀儡地位，随时受慈禧摆布。那些接近光绪的近臣对这种状况非常不满。南书房行走、侍读学士陆宝贵向光绪进言：“母后只可婉劝，不可唯谨”。御史安维峻则上疏指责慈禧“皇太后既归政皇上，若仍遇事牵制，将何以上对祖宗，下对天下臣民”。光绪帝本人也不甘心于充当傀儡。为了摆脱慈禧的控制，他利用身边的亲信，开始组织政治力量，在其周围渐渐形成帝党集团。
协办大学士、户部尚书翁同龢是帝党核心人物。翁同龢原是慈禧的亲信，曾任同治帝师傅。光绪帝即位后，又被慈禧指派为光绪帝师傅，在弘德殿教授读书。光绪帝亲政后，翁同龢渐渐倾心于光绪，而光绪处理军国大政时，也十分倚重他，差不多事事都与他商量，因而成为光绪帝党的主要人物。军机大臣李鸿藻在政治上也倾向于帝党，翁同龢的至友工部侍郎长麟、汪鸣銮以及礼部侍郎志锐、侍讲学士文廷式、侍读学士陆宝忠、经筵讲席官李文田等，也都成为了帝党成员。不过，帝党成员的骨干主要还是清流派的一些人物，如工部主事沈曾植、翰林张謇、国子监祭酒盛昱、编修王仁堪、黄绍箕、丁立钧等。此外，御史高燮曾、安维峻等也靠近帝党。这些人有的是光绪近臣，有的是翁同龢门生故吏，这些人大多是无权无勇的词馆清显、台谏要角，只有翁同龢在政府中权势还比较大，这就注定他们敌不过后党。
相比之下，以慈禧太后为首的后党，阵容则相当强大。内有控制军机处的慈禧亲信徐用仪、孙毓汶以及大多数的六部九卿等；外有封疆大臣中权势最重、地位最高的北洋大臣兼直隶总督李鸿章作为支柱，使得众多文武百官以及京外督抚藩臬，或诱于权势利禄，或慑于慈禧淫威，大半都投靠于后党。
帝后两党均属清朝封建统治集团，它们是伴随慈禧、光绪为争夺清廷最高统治权而产生和形成的，1894年中日甲午战争的爆发是其最初的分野并使矛盾趋于表面化。
在甲午战争中，慈禧和光绪对日本侵略的态度截然相反。慈禧顽固保守，厌烦战争，特别担心战争会影响她的六十大寿的庆典，于是置国家民族利益而不顾，一意主张妥协求和。以李鸿章为首的一批地方官僚为维护其私利，也力求退让求和，屈膝投降。以翁同龢为首的一部分官僚则主张积极抵抗。在对日的和战问题上，帝后两党遂产生了严重的分歧与激烈斗争。
在中日战争爆发前，日军步步向中国进逼，在严重的侵略威胁面前，是立足本国，积极准备抗敌，还是依赖外国调停，搞所谓的“以夷制夷”，构成了帝后两党的第一个分歧。
李鸿章奉慈禧旨意，竭力主张避战，幻想通过英、俄等国的调停，和平解决争端。针对这种情况，光绪二十年（1894年）五月二十二日光绪帝向李鸿章发出谕旨，明确指出，依照现在情形看来，口舌争辩，已经无济于事，并要李鸿章对俄使的调停提高警惕，说：“俄使喀布尼留津商办究竟彼国有无助我收场之策，抑或另有觊觎别谋，李鸿章当沈几审察，勿至堕其术中，是为至要。”李鸿章对光绪帝谕旨采取阳奉阴违的态度，仍集中主要精力会见俄、英等国使节。二十八日，光绪帝又向李鸿章发出上谕，严厉地斥责说：“前经迭谕李鸿章，酌量添调兵丁，并妥筹办法，均未复奏”，并又一次强调“势甚岌岌，他国劝阻亦徒托之空言”，要求李鸿章加强防御。六月初二，又就李鸿章擅自乞求英国政府派舰赴日“勒令撤兵”一事，特意发出谕旨，严正申明：对日本的战争挑衅，中朝自应大张挞伐，不宜借助其他国家，以致日后别生枝节，并告诫李鸿章今后绝不要做乞求外力示弱于人的事。另一方面，光绪帝为加强抗战，集中国力筹备战守事宜，又第一次公开冒犯慈禧的旨意，请求把修建颐和园工程的款项用来扩充军费，慈禧对此勃然大怒。
爱国官僚积极支持光绪帝的主战态度，翁同龢在战争乌云密布之际，主张调东三省及旅顺兵迅速赶赴朝鲜，以备抗战。战争爆发后，慈禧命他去天津传话李鸿章请俄国出面调停时，翁以“臣为天子近臣，不敢以和局为举世唾骂”为由，断然拒绝了慈禧的旨意。李鸿章却在慈禧的指使下，一再抗拒光绪帝的上谕，一味寄希望于外国调停，电令已被日军包围的驻朝清军，“宜驻牙山静守，切勿多事”“我不先与开仗，彼谅不动手”。这样，中国军队完全陷入被动挨打的地位。
战争爆发后，是屈辱求和还是坚持抗战，构成了帝后两党斗争的第二个回合。在日军挑起丰岛海战与成欢之战后，七月初一，清政府正式对日宣战，命令李鸿章迅速派出各路大军进剿，并谕令“沿江、沿海各将军督抚及统兵大臣，整饬戎行，遇有倭人轮船驶入各口，即行迎头痛击”，于是全国出现了一个令人振奋的抗战局面，主战派暂时占据了上风。
然而李鸿章等人却对国内出现的这种奋发局面怏怏不乐，徐用仪、孙毓汶等军机大臣，极力干扰破坏光绪帝组织的抗战和试图整顿军政的努力，使陆军在平壤战败和北洋水师在黄海之战中遭受严重损失，清政府的抗战很快出现了一落千丈的颓势。
平壤、黄海之战失败的消息传来后，举国上下一片震惊，后党在这时乘机散布妥协投降论调，开始同英、俄公使频繁接触，再次施展故伎乞求外国调停。帝党为了坚持抗战到底，要求严惩李鸿章，并把主持军国大计的军机大臣交部议处，从“玩法营私”的徐用仪、孙毓汶等慈禧亲信手中夺回军事指挥大权，重新起用与慈禧素有旧怨的恭亲王奕主持军机处。双方斗争的结果，给予了李鸿章“革留摘顶”的处分，奕也重新主持军机处和总理衙门。另一方面，慈禧则下懿旨，以“干预朝政”的罪名，将珍妃、瑾妃降为贵人，把坚决支持光绪帝抗战的志锐发送到乌里雅苏台，并撤销满汉书房，使光绪帝再没有机会接近自己的亲信近臣。慈禧对帝党人物采取了上述处罚镇慑措施之后，背着光绪帝决定对日求和。重新上台的奕,也有免于光绪帝的期望，没有违背慈禧的求和意图，继续坚持反侵略战争，而是加紧对日进行议和活动。
当然，帝党的反侵略斗争也不彻底，他们在后党的打击下，在战败的既成事实面前，最终只有接受辱国丧权的不平等条约，但他们比起后党的卖国投降，多少表现了一定的爱国主义精神，从而使帝后两党从权力之争的狭小圈子中跳出来，具有了抵抗和投降，爱国和卖国的斗争性质。
甲午战后，光绪帝“愤外难日迫，国势阽危，锐欲革新庶政致富强”。翁同龢认识到只有变法才能图存自强，必须采取西法改革清政府。在维新思想的影响下，光绪帝终于开始认真考虑康有为所提出的变法事宜。从此之后，翁同龢日益亲近维新派，支持和资助康有为在北京创办强学会，并把康有为密荐给光绪帝，沟通了维新派同光绪帝的关系，使之得以互相结合起来。于是帝党便走上了维新变法、救国自强的道路。帝后两党之间的斗争，又围绕变法维新展开了。