岳州既失，武汉就有被湘军攻破的危险。七月，石祥祯、韦俊等战将又被东王调回天京。守卫武昌的石凤魁与地官副丞相黄再兴拥兵2万，只是消极抵抗而已。湘军借此机会先扫荡城外太平军营垒，然后又廓清江面太平军水师船只。石、黄无力应敌，心存畏惧，战至第三天，即九月初九清晨，仓皇撤离武昌，汉阳守军也跟着弃城撤出。杨秀清对武汉弃守极为震怒。石、黄二人被押回天京问斩。奉旨在湖北一带稽查的燕王秦日纲，赶紧加强防守以求保住田家镇，十月十五日起，在半壁山与湘军发生激战。十八日，韦俊等亦自芜湖率援军赶到，次日投入反攻。然而太平军敌不过气势正盛的湘军，各路俱败。国宗石镇镕、国宗韦以德等千余官兵阵亡。二十七日，湘军突破拦江铁链，田家镇失守。湘军乘胜东进九江。太平军在两湖地区连连受挫，这是太平天国金田起义以来最为严重的军事失败。其中万余船只被毁，使太平军水师基本覆灭，丧失了长江江面的控制权。秦日纲因田家镇之败被革除王爵。
这时，天王再次命令石达开驰援西征军，石达开亲赴湖口部署防御。护天豫（由豫王削爵改封）胡以晃、冬官正丞相罗大纲等亦奉命率军前往助守。十二月初四，湘军主力1.5万人进围九江。初九起，太平军受到了湘军的多次进攻。九江守将殿右十二检点林启容沉着应战，不为所动。湘军屡攻不胜，转攻湖口。十二月二十四日，湘军水师长龙、舢板一百二十余号冲入鄱阳湖。石达开率军将湘军水师分成两截。当晚石达开下令以小艇围攻多为笨重大船的湘军外江水师，焚其战船。太平军终于取得了自湘潭覆军以来的第一次胜仗。与此同时，罗大纲在咸丰四年（1854年）十二月二十五日，攻克北岸小池口。当夜，太平军再次发动进攻，烧毁湘军战船十余只，并掳获了曾国藩的座船，曾国藩狼狈而逃。
湖口、九江两次战役中痛歼湘军水师，沉重打击了湘军。石达开乃令林启容继续坚守九江，而以秦日纲等向湖北发动大规模反攻。
太平军又乘胜西进，咸丰五年（1855年）除夕，攻占广济，清湖广总督杨霈统带兵勇5000人不战而溃。咸丰五年正月初七，秦日纲、陈玉成等部第四次占领汉口、汉阳。韦俊占领兴国后，与秦日纲等会攻武昌。罗大纲部则经江西饶州折返皖南。湘军主力被迫分散于几处战场，它的攻势被瓦解了。
正月十七日，太平军第三次克武昌，清湖北巡抚陶恩培等战死。胡林翼接替陶恩培署理湖北巡抚。在湖南湘军的支援下，胡林翼部军势复振，与太平军多次作战，至九月，武昌形势再度紧张起来。石达开率军增援，策划反击。十月，令韦俊固守，而亲自领军由湖北入江西。十二月，石达开在广东天地会起义军的配合下，在江西境内连败清军。咸丰六年（1856年）正月，攻下吉安。二月，又在樟树镇大败湘军周凤山部。江西十三府竟有八府四十多州县都落入了太平军手中。曾国藩困守南昌，处在太平军的包围之中，呼救无人，急向两湖求援。就在南昌城孤立无援之时，杨秀清一个调令将石达开调走去攻江南大营。
曾国藩得到了喘息的机会。
攻破江南、江北大营
在开展北伐、西征后，太平天国领导集团又在天京外围组织了一场激烈的破围战，攻破清军江南、江北两个大营的箝制，解了天京之围。
咸丰三年（1853年）十一月，扬州弃守。咸丰四年（1854年），太平军在江北仅存瓜洲一孤立据点，由镇江守将殿左五检点吴如孝统一督理水陆军务。清廷在镇压了上海小刀会起义后，令江苏巡抚吉尔杭阿移师会同江南大营余万清部往攻镇江。这场破围战就从保卫镇江拉开了序幕。解镇江之围，就可以彻底解除江南、江北两个大营对天京的严重威胁，秦日纲（已复燕王爵）、石达开等奉杨秀清命令率部从上游赴援。咸丰五年（1855年）末，秦日纲等部二万余人进至栖霞、龙潭一带，与围攻镇江的清军对峙。决定由冬官正丞相陈玉成乘小船冲破清水师防线，进入镇江与吴如孝会合。咸丰六年（1856年）二月二十七日两军内外夹击，给予了清军沉重的打击。太平军两军会师，随即调集船只乘胜渡江。次日拂晓又向扬州方向发动攻击，踏破江北大营大小营盘120余座，大败清将托明阿，连克扬州、浦口。接着集中兵力扫荡镇江外围之敌，大破清营七八十座，江苏巡抚吉尔杭阿被击毙。接着，太平军乘胜追击，五月初一，再破九华山营垒。清军败退丹阳。五月初七，秦日纲等得胜之师回驻天京观音门、燕子矶一带。最初，燕王秦日纲不想攻打向荣的军营，同杨秀清商量，东王大怒，表示“不奉令者斩”。于是太平军各将方下定决心做决战准备。
此时翼王石达开率主力二三万人已由皖南芜湖、金柱关赶到，进抵天京北郊，与秦日纲所率太平军相连。五月十七日，两路大军约五万人会攻江南大营。次日，天京守军亦出城投入战斗。在优势太平军的夹击下，向荣率残军逃到丹阳。咸丰六年（1856年）七月初九，向荣于丹阳病故。
太平军击溃江北、江南大营，解除了威胁天京三年之久的军事压力。
天京事变
领导集团的内讧
建都南京（天京）、西征的胜利以及天京地区的辉煌战绩，使太平天国在军事上达到了全盛时期。革命形势对太平天国的发展十分有利，但是太平天国的领导人却被胜利冲昏了头脑，尤其是身为主要领导人的洪秀全和杨秀清，抛弃了起义初期那种质朴的思想作风，代之而起的则是对权利名位和奢侈生活的追求。定都南京不久，他们就立即大兴土木，拆毁大批民房，动用成千上万的男女劳力建造豪华壮丽的天王府和东王府。天王府城周十余里，墙高数丈，内外两重，宫殿林苑，侈丽无匹，就连后花园也是雕琢精巧，金碧辉煌。
杨秀清为了营建东王府，不惜大批毁坏附近的民房、商店以开拓地基。东王府虽逊于天王府，但也是周围数里，墙高数仞，穷极工巧，骋心悦目，土木工程的构建在天京首屈一指。
天王从民间大肆挑选嫔妃，不断选取民间秀女入宫，此例一开，其他各王纷纷效仿，这就给民间带来了极大的痛苦和灾难。
身为东王的杨秀清也过着豪华奢侈、排场十足的生活。他每次出行时，天京全城大放礼炮，行人回避，甚至还要跪在街头，高呼千岁，否则就要受到严厉惩处。他出行时常常大摆仪仗、鼓乐，仪仗队常常多达数千人，以至排成二三里的长队。
太平天国因袭了封建君主制度，颁布了等级森严的礼制，对诸王及其妻子儿女、亲戚和各级官员的称呼，都作了严格的、繁琐的规定，不得乱称。例如，天王洪秀全得称万岁，凡上言皆呼万岁、万岁、万万岁！其子称幼主，亦称万岁，但不三呼。洪秀全的女儿被称为天金。东王杨秀清称九千岁，其属下上言呼九千岁、千岁、千岁、千千岁!其子为世子，称殿下，亦呼千岁。杨秀清的女儿被称为东金。对丞相至军师皆称大人；师帅至两司马皆称善人，如此等，不一而足。他们的服饰、仪仗、卫队、舆马等也都有严格的规定。例如天王的轿夫64人，东王的轿夫48人，连最下级的两司马也有轿夫4人。太平天国的领袖们沉湎于声色犬马的繁华生活之中，养尊处优，骄奢自大，关系逐渐疏远，原来的同吃同睡、情同骨肉已不复存在，而是变为彼此不合，猜忌日生。对权利名位和奢侈生活的追求逐渐发展成为相互之间的争夺权利。在太平天国的领导集团中，逐渐形成洪杨矛盾与杨韦矛盾两组错综复杂的矛盾。
洪秀全和杨秀清之间的矛盾，主要是由杨秀清骄傲专横，而使天王大权旁落引起的。
杨秀清有出色的政治和军事才能，从金田到南京，他是实际上的军政指挥者。太平天国起义前期能够取得那样巨大的发展，是和他的领导分不开的。他总理天国的军政要务，辅佐天王，深孚众望。但是，建都南京以后，杨秀清的个人权势的不断上升使他权欲熏心，野心膨胀，威风张扬，不知自忌。随着军事上的一连串胜利，杨秀清自恃功高，一切专擅，骄傲专横的倾向日益严重地表现出来。洪秀全徒存其名。凡天国的军政要务都先在东王府商议好之后，才转奏天王，而天王所能做的就是不得不下旨批准东王的奏议。杨秀清每诈称天父下凡附体，命令洪秀全跪在自己面前，甚至历数洪秀全的罪过，用杖责打他以示惩戒。从定都南京到天京内讧的前夕，杨秀清扮演天父下凡的次数不算多，但却有3次是针对洪秀全的。杨秀清权欲熏心，抓住一切时机与洪秀全争权，凡事都与天王对着干：例如凡是天王认为可行的事，他一概认为不可行；凡是天王认为应该杀的人，他都说不能杀，以此来表明权力掌握在自己手中。而性情暴烈的洪秀全也不是好惹的，他不甘心让大权落入杨秀清之手，处处与自己过不去，因此洪、杨二人的矛盾越来越尖锐。
杨秀清与韦昌辉之间的矛盾也很尖锐。韦昌辉是金田起义的发起人之一，他虽出身于地主家庭，但加入拜上帝会后却很坚决地变卖全部家产，所得全都用来制造武器，为起义做准备。而他全家族的人在他的带动下，几乎全都参加了拜上帝会和太平军。当冯云山、萧朝贵相继牺牲后，他的地位仅次于杨秀清，经常在外统兵打仗，拥有重要兵权，这对于杨秀清不能不构成一种威胁。韦昌辉曾读过书，小有才气，为杨秀清所忌恨，加上杨秀清自恃功盖诸王，骄傲专横，不把别人放在眼里，对韦昌辉极不尊重，常因小事而任意挫辱。
韦昌辉屡受其辱，早就对杨秀清怀有不满情绪。但他表面上却对杨秀清阿谀逢迎，唯命是从，常在杨秀清面前装出尚有惊恐之心、不敢十分多言的样子。只要杨秀清的轿子一到，就三两步地跑出来毕恭毕敬扶轿迎接。他与杨秀清讨论问题的时候，还没说到三四句话，必会跪下向杨秀清称谢，并说：“若不是四哥您教导，小弟才疏学浅，怎会知道这些？”有一次韦昌辉的哥哥与杨秀清的妾兄争夺住宅，杨秀清徇私枉法，袒护妾兄，要杀韦昌辉之兄，又偏偏叫韦昌辉给其兄定罪。韦昌辉心中对杨秀清的做法极为愤恨，但表面上仍是迎合杨秀清，甚至要给自己的哥哥处以五马分尸的酷刑，并说只有这样做，才能起到警示众人的作用。韦昌辉表面上迎合杨秀清，暗地里却寻找机会准备夺他的权。
杨秀清对他周围的将领和士兵更是严刑峻法，随意加以杖责甚至处死，引起人们的普遍不满。
咸丰六年（1856年）取得军事胜利后，杨秀清居功自傲，打算乘机进一步扩大个人权势，企图取得“万岁”的称呼，将洪秀全取而代之。同年六、七月间，他借天父下凡附体，召天王洪秀全到东王府听令。洪秀全来到东王府，杨秀清以天父的口气责问道：“你和东王都是我的儿子，东王有天大的功劳，他的封号何止是九千岁？”洪秀全回答说：“东王打下了大片江山，也应该将他封为万岁。”杨秀清又说：“东王的世子岂能只是千岁？”洪秀全回答说：“东王既然是万岁，东王的世子也就是万岁，而且世世代代都是万岁!”
权力受到严重威胁的洪秀全虽然答应了杨秀清“逼封万岁”的要求，但立即密令在江西督师的韦昌辉、在湖北督师的石达开以及在丹阳督师的秦日纲等火速返回天京诛杀杨秀清。韦昌辉得令后急如星火，率心腹部队2000人赶回天京。在天京附近遇到燕王秦日纲，便劝秦回京诛杨。秦日纲平日对杨秀清也极为不满，便随北王韦昌辉于八月初三深夜回到天京，封锁天京的交通要道，包围了东王府。四日凌晨，韦昌辉冲进东王府，将杨秀清和他的全家老小全都杀死，杨秀清的许多部下也被杀害。天亮时，东王府内外尸首积塞，秦淮河的水都被血染成了红色。
石达开听到变乱的消息后，急忙从武汉洪山驻地赶回天京。他见杀人太多，很不满意，责备韦昌辉不该滥杀。韦昌辉见石达开不满，顿起歹心，又企图杀死石达开。石达开闻讯后，连夜缒城逃出天京城。杀红了眼的韦昌辉却把留在天京的石达开一家老小全部杀害。
石达开逃至安庆，起兵讨韦，并要求洪秀全交出韦昌辉的人头，否则就攻下天京。但是洪秀全为了斩草除根，不理会石达开的要求，默允韦昌辉继续搜杀东王的部属。
后来，洪秀全见事态发展难以控制，便下令制止韦昌辉滥杀。但韦昌辉接到天王的诏书后，大怒说：“我为他除去杨秀清这个大祸害，现在他反而责怪我，是想为自己沽名钓誉吗？”并立即派兵进攻天王府，双方对峙数十天。韦昌辉的滥杀无辜和专横残暴，激起了天京广大将士的愤怒和人民的不满。十月初，石达开讨韦大军逼近天京，天王洪秀全接受了将士们的要求，将韦昌辉处死，被捕杀的还有秦日纲及其同伙200多人。韦昌辉对天京历时约两个月的恐怖统治结束。事后，洪秀全派人将韦昌辉等人的首级送安徽宁国府交石达开验看。石达开见韦昌辉已被处死，起兵靖难的目的已经达到，家仇也已得报，于是答应洪秀全回天京辅政。
十月底，石达开率军回到天京，洪秀全命他提理政务，天京军民欢天喜地。石达开自幼读书，胸怀大志，且为人平和，重义气，讲究实际，善驭部下，要文有文，要武有武，是太平天国一位不可多得的统帅。天京变乱时，石达开斥责韦昌辉滥杀无辜劝其住手的行为是正义的，后来遭到迫害，深得人民同情。他起兵讨韦也是符合情理的。如果没有石达开的强大的军事压力，韦昌辉不可能迅速被惩办。因此，石达开得到朝中百官的支持和拥护。全朝文武向天王保举石达开总理朝政，辅佐天王治理天国。但是，内讧的阴云依然笼罩着天京。洪秀全长期居住深宫，几乎不与外界接触，日益脱离群众，也不了解当时的实际，加上他的生活纸醉金迷，身边都是善于阿谀奉迎、挑弄是非的小人，这使他的思想变得保守、狭隘，疑心重重。杨韦事变对他的打击很大，使他几乎对所有的有功之臣都心存疑忌，除了信用洪氏本家之外，对外姓大臣不肯放心地委以重任。所以，他对颇受军民爱戴的石达开也疑心重重，不肯重用，反而把自己的两个昏庸无能的哥哥洪仁发、洪仁达封为安王和福王，干预朝政，以牵制石达开。石达开对天王的这些做法非常伤心和不满，满朝文武对此也深表反感。石达开的心腹谋士张遂谋乘机蛊惑视听，劝石达开说：“翼王您很得军心，为什么要受人压制而苦闷不乐？中原之地不容易占领，您何不效刘玄德进入四川成就鼎足天下的一番事业呢？”石达开小心谨慎地在天京待了半年多，生怕遭到洪氏兄弟的暗算，使自己落得第二个杨秀清的下场，于是决定出走天京。
石达开出走