当然，相比其他，收拾孙立人还是整个过程中的重头戏。当时，孙立人在军队中拉帮结派的行为已经暴露，郭廷亮又“受命”进行发难串联，引动二十多人向当局告密。于是毛人凤接到小蒋的指示，迅速采取行动，一边让情报局特勤室主任毛惕园在台北秘密逮捕郭廷亮，一边亲自指挥对各部队中“联络员”的围捕，一共抓了三百多人，最后立案有罪者一百多人。
常言道：伏虎容易纵虎难。一场涉及几百名少壮军官的大逮捕，总该对外界有个“像样”的交代吧。如果说是台岛的“西安事变”，美国人会出面干预，弄不好孙立人还可逃脱制裁；如果说是阴谋政变，震荡太大，势必会引起岛内海外对台湾政局稳定与否的猜测，而且由此牵带出孙立人搞的意见书、改革方案，其中涉及制止腐败的内容，肯定会博得方方面面的同情和支持，“负面”效应实在是太大了。为此，老蒋心事重重，最后选择了以“共谍案”连累孙立人的方式平稳顺利地解决了这个难题。
如此工于心计的老谋深算，究竟发端于何人？根据现有的资料，无从查考。但有一点是清楚的，即整个“孙立人”事件的关键——“郭廷亮匪谍案”是毛人凤一手罗织的。为此，毛人凤软硬兼施，多次找郭廷亮密谈，要郭顾全大局，承认自己是“共谍”，最后擒得郭廷亮臣服。
“郭廷亮匪谍案”成立后，由军事法庭判郭为死刑。当天总统出面核减为无期徒刑，一直关在原保密局的看守所内。1975年4月蒋介石去世，台湾当局对所有的在押犯实施减刑，郭廷亮由无期徒刑减为十五年有期徒刑，（其时，郭已服刑二十年），获得释放。但情报局出于特殊的考虑，没有让他出狱回家，而是直接押送到绿岛，以“分配工作”的名义延长监禁。到了1988年小蒋去世，不久孙立人又恢复自由，郭廷亮才通过传媒，公开发表了以前写给张群和蒋经国的“陈情书”，接着分别于1991年11月17日至11月25日，发表了致国民党中央秘书长宋楚瑜，以及“总统”李登辉的“陈情书”，详细地披露了罗织此案的内情，其间毛人凤的活动尤为引人注目。
据郭廷亮陈情：1955年5月25日，他被秘密逮捕后，关在台湾南部的凤山，昼夜接受拷打，“在身心完全崩溃及非自由意志之下，依照侦讯官们所设计的奸险政治阴谋，捏造了许多荒谬而毫无事实根据的口供和自白”。从25日起，他被放到老虎凳上，直到6月4日放下来，已“奄奄一息”，“躺在地上做生死的挣扎”。6月20日，特工人员突然改变审讯方式，开始要求他“扮演匪谍自首”。情报局特勤室主任毛惕园对他说：“你必须站在党国利益的立场上，来与我们密切合作，扮演假匪谍自首，使政府对舆论及社会各界有所交代。”7月14日，情报局长毛人凤用自己的专用轿车，把他接到毛公馆谈话。毛人凤说：“为了使这次案情不要扩大而能圆满解决，只有委屈你了。所以我要毛（惕园）主任劝告你，站在党国的立场和我们密切合作。这不但是为了党国的利益，也是处理好参军长孙上将的唯一办法。”接着，毛人凤故意提到了郭的妻子和年在垂髫的儿女，使他产生顾虑，并说：“我保证你的军籍、军职和事业前途，绝不会因本案而受到任何的影响。”毛还说：“本案是以你自首来办理，所以既不公开，也不起诉，仅在政府内办个手续，然后我将真实情况向领袖提出报告，以政治方式来解决。”
据郭廷亮的“陈情书”所述，由于毛人凤的软硬兼施，他屈服了——“当时我听了毛上将的训示，为了党国利益，只有遵照他的指示去做。因此，后来所有的自首书和口供笔录，都是以当时案情发展的需要，由毛（惕园）主任等杜撰编造的”。
1955年9月9日，毛人凤首次在侦防组召见郭廷亮说：“为使本案能圆满顺利的结束，你必须毫不迟疑地照我的话去做。特别是王云五先生（九人调查委员会成员）约谈时，一定要根据我们为你所编的资料去回答，以免引起不良后果。王云五先生现任行政院副院长，他不仅在学术界有崇高的地位，而且也是无党派人士有力的代表人物。作为一个革命军人和忠贞的国民党员，绝不可在无党派人士面前，说出有损党国利益的言论。”郭廷亮在“陈情书”中还回顾说，当时毛人凤曾向他交底：“现在我可以坦白地告诉你，本案之所以要这样做，我们完全是执行最高当局的决策！”
9月10日，郭廷亮在严密的戒护下，乘车去“国防部”军法局，接受王云五委员的约谈，内容全都按事先编定的口径应对。到了10月份，九人调查委员会的报告书见诸于媒体，这就是本节开头的那段“官样文章”。至此，“郭廷亮匪谍案”已告成立。
然而，事情并不像毛人凤说得那么简单。郭廷亮在“陈情书”中又披露了一些情况——1955年12月初，毛惕园突然通知他说：“你的自首虽获上级批准，但仍需经过军法审判。”郭廷亮当即争辩说：“上级既已批准我的自首，依法就不应该再军法审判；既要军法审判，就是自首没有批准。”为此，两人争论不休。接着毛人凤第三次出面约郭廷亮，时为12月26日。毛人凤对郭说：“由于调查委员会的调查及新闻界的传播，上级不得不决定依法来处理，因此本案必须移送军法局办理。但无论将来案情如何发展，我再度向你保证，你的军籍、军职和事业前途不致受到丝毫的影响，将来无论军法局对你的判决如何，都只是一个形式而已。”于是，郭廷亮又屈服了，并按原先的陈述在法庭上“供认不讳”，具结按了手印。
事后，郭廷亮背着“黑锅”去服刑，毛人凤倒也守信用，对郭的家属给予了尽心的照顾。1956年初，毛人凤命毛惕园将位于圆山的房子腾出来，让郭廷亮的妻子儿女搬进去住。毛人凤死后，这种照拂继续得到贯彻。1981年，台湾警备司令部出资三十万元新台币，买下永和一处房产，产权归郭廷亮的儿子郭志忠。1982年，郭廷亮被批准回家探亲，台湾警备司令部又给予一次性“生活补助费”六十万元新台币，直到郭的一系列“陈情书”陆续公布于众，才知是交易的代价。可惜，此时孙立人已死去1年多矣！
从国民党退到台湾开始，毛人凤就在盘算着自己保密局的发展前途。他一直都在考虑：国民党特务机构比起共产党的情报机关，不知要强大多少倍，但为什么在双方的较量中，国民党却屡屡处于下风？他认为其原因就是，内部派系之争激烈，内耗严重，因此，特务机关的工作效率低下，他多次向蒋介石提出，要改变目前的现状，必须严格各单位的职责范围。
1950年初，蒋介石在台湾就职“总统”后，决心统一特务组织。他派出他的长子蒋经国任所谓“总统府资料室”主任，规定各机关所搜集的情报都要送到“总统府资料室”处理，实际上，这个时候蒋经国已控制着国民党的各个特务机关。
然而，毛人凤仍然认为，国民党特务机关的许多弊端并没有彻底革除。譬如，延续了近二十年的军统与中统之争还在继续，这无疑在消耗着国民党本身的实力。毛人凤深感，内部的耗斗实在是教训太深刻了……
抗战时期，毛人凤任军统局本部秘书时，发生了一起军统与中统之间的最大火并，至今，他还清楚地记得。
1943年，戴笠到淳安视察工作。当时浙江缉私处长赵世瑞发现杭州来的两艘商船满载私货，内中夹带大批钞票，商船持有中统局的证明文件，戴笠发现之后如获至宝，把钞票用飞机运往重庆，给中央银行检查，确认是伪币。
后经审讯，押运员只道出钞票是中统上海负责人命他运到后方买货运回上海的，但钞票来源并不清楚，他只知道领钞票的地点。在长时间调查后，仍无法核实。后来，戴笠通过杜月笙和通济公司负责人徐采永查明，原来上海中华书局代中央银行印刷钞票的铜版，在上海沦陷前，运往香港中华书局保存。香港沦陷后，铜版被日本特务拿到上海仿印，印的钞票交中统的地下特务偷运后方，抢购物资外运。
戴笠把这件事立刻向蒋介石汇报，蒋闻后大怒，下令撤销了中统局长徐恩曾的职务。中统受此打击，从此一蹶不振。
当时，毛人凤并没有沉浸在军统胜利的巨大喜悦之中。他开始思考，如何才能避免这种争斗？因为这种争斗常常会给对手以可乘之机。不过，当时的毛人凤不可能改变那种状况。待毛人凤升到保密局长后，又值国共大战，亦无暇顾及。尽管在军统与中统的多次争斗中，军统始终处于上风，但毛人凤却认为，为什么不利用中统的力量珠联璧合，一定要互相倾轧呢？当然，这个问题只有蒋介石本人才清楚。
大陆解放后，中统组织仍在香港及台湾、澳门有着十分强大的特务力量。这一点毛人凤十分清楚，因为他的行动队员在这些地区执行任务时，不仅得不到全力支持，甚至有时还遭到刁难，这使他吃够了苦头，他当时就想，如果这些组织能够归他统一指挥，那么行动起来就会如虎添翼，顺当多了。
毛人凤多次找到蒋介石和蒋经国父子陈述自己的意见。而蒋介石本人也逐渐意识到，各特务机构之间工作界线不明，虽然可以起到相互制约的作用，但是互相之间的扯皮及明争暗斗也会弊大于利。终于，他对蒋经国吩咐道：各情报部门之间应明确划清工作界线，以提高办事效率，加强各部的责任。
1955年3月1日，毛人凤的“国防部保密局”改为“国防部情报局”。该局和“司法行政部调查局”划清工作界限。
“司法行政部调查局”，就是原国民党中央执行委员会调查统计局。抗日战争结束后，改为“内政部调查局”。后与“国防部情报局”合并改为“司法行政部调查局”。“内政部调查局”到台湾后，还从事大陆的特务活动，在香港、澳门等设有情报组。他们的不少活动都与原保密局发生冲突。