1908年6月14日，《纽约时报》发布了一则述评：
“袁世凯是大清国当代最重要的人物”，并且预言他“在改革的大潮里，他将登上权力的顶峰”。
慈禧平时关注外报对中国官员的看法，这家报纸发出的信号令她耿耿于怀。
因此，在她病重之前，对身后事已有了一定的安排，后来载津罢黜袁世凯，不能不设想其中自有慈禧太后的意思。
为了不想让天下皆知的贪婪得要命的奕勖与袁世凯得逞，她支走奕勖，好谋划身后事。作为总理大臣，兼管陆军部的奕勖，却和她想象中视为《红楼梦》的汉人“贾雨村”似的袁世凯交往甚密，这是可怕的。
她深知奕勖完全沦落为袁世凯的傀儡。
她心知肚明，但隐忍着。
在重病中的慈禧，她还听说了袁世凯要废掉光绪帝的传言。她宁可信其有。袁世凯出卖光绪，她不可能不防范：在自己离世后，光绪皇帝会报复他。
从慈禧连下两谕旨来看，明显是在防备袁世凯：
派奕助离京去东陵查看自己的陵地菩陀峪万年吉地工程；段祺瑞的北洋第左6镇调往涞水，第1镇调防京畿。
据《袁世凯奸雄之道》的作者木子写道：
1908年10月15日，奕勖得到光绪帝病危的消息赶回北京。慈禧命载沣为摄政王，载沣是光绪的同父异母的弟弟，同时将载沣5岁的儿子溥仪抱到宫里教养。
14日（旧历十月二十一日），年仅58岁的光绪帝在瀛台的涵元殿驾崩。
慈禧立刻将摄政王载沣、军机大臣奕勖、世续、张之洞、鹿传霖、袁世凯召集到福昌殿，宣布关于新君的几项安排：（1）溥仪入继大统；（2）以溥仪承继同治皇帝之嗣，兼承光绪皇帝之祧；（5）溥仪正在冲龄，由摄政王监国，所有的军国政事，悉承他的训示裁度施行。等溥仪年岁渐长，学业有成，再由其亲政。
慈禧留下的最后一道谕旨：“现予病势危笃，恐将不起，嗣后军国政事，均由摄政王裁定。遇有重大事件，必须请皇太后（光绪皇后隆裕）懿旨，由摄政王随时面请施行。”
1908年11月15日（旧历十月二十二日），慈禧太后在中南海仪鸾殿黯然离世。她自26岁守寡，由听政、训政、主政共47年之久。
《清代宫廷史》载：
申刻时分，嗣皇帝溥仪亲至仪鸾殿，恭视大行太皇太后大硷毕，奉安梓宫于皇极殿。十一月初三日伺全国颁发了大行太皇太后的遗诏，关于她的病逝在遗诏中写道“……不期本年夏秋以来，时有不适，政务殷繁，无从静摄，服食失宜，迁延日久，精力渐惫，犹未敢一日暇逸。
本月二十一日，复遭大行皇帝之丧，悲从中来，不能自克，以致病势增剧，遂致弥留。（《清实录》）