作为同盟会领袖、革命党人孙中山，他本人并不主张暗杀。仅次于他的黄兴，因多次起义失败而生“暗杀”一事。黄兴在致巴达维维亚华侨书报社同人称：“自三月事败（指1911年黄花岗之役），弟愤同事诸人之畏缩，以致徒伤英锐之同志，故愿专事暗杀一方面。”孙中山知道后，批评道：“暗杀……
亦为不值。敌之势力未破，其造恶者不过个人甲乙之更替，而我以党人之良搏之，其代价实不相当。”
孙中山所说的“良搏”，其中内蕴着对生命权利的尊重及其正义感。他设计的三民主义（民族、民权、民生），充满了“平等、自由、博爱”底蕴。
他自幼受中国《论语》中讲到的“泛爱”、“仁者无敌”、“仁者爱人”的熏陶，又受到《圣经》“博爱”的洗礼，以及受了美国《人权宣言》上讲到的“人人生而平等，造物主赋予每个人一些不可剥夺的权利，其中包括生命、自由和追求幸福的权利——为了保障这些权利，人们才在他们中间设立政府，无论何时，任何形式，只要破坏上述目标，人们就有权改革或废除它，并创造新政府”的影响。这对一个追求创建民国共和的革命家来说，是比较完善的心灵修养。伍立扬在《铁血黄花》一书中，对孙中山处在那个“暗杀时代”的革命的两难境遇，有着恰如其分的评估及其慨叹：
中山先生不可思议之人格魅力，除有天赋奇智以外，更由其素养、学识、敏锐、识力、亢爽、深情、沉着、率真、勇毅综合而成。那些后来成为大功臣、大革命家的留日学生，在当时与先生识，亲炙教诲，也就从“山有小孔，仿佛有光”的小隧道，一下子进入了土地平旷、阡陌纵横的桃花源，顿有豁然眼明的开朗了。个人的行为绝非沧海一粟，当其涌上社会行为风浪的顶尖，即带动生命力寻求更为良性的循环。值此万本萧疏的时代，回望那智窍开心时分，令人何等眷念不置啊！
中山先生，以他的学养、识见、修为、口才、敏悟、大气、坚忍、勇毅、平和，综合造成一种极饶魅力的人格形象内涵。在世界各地奔走革命问，影响吸引各阶层人士。
我们知道，孙中山至死不渝地贯彻“和平、奋斗、救中国”的理念。他在推动民主共和的进程中，再三强调：“革命青年在推翻满清朝廷，只是推翻其专制政体，而对满人生命则予以尊重。而政治民主化的关键和基础，又在保障人权，令人民有参政的自由与权利，令人人不受政治迫害和清算斗争，在法律面前人人平等。党人的竭忠尽智，碎骨捐躯，其意在此。”
在孙中山看来，真正的革命者，不是为当皇帝才去推翻封建王朝的。建立共和社会，才是一个政党的真正目标。在说到政党政治时，他曾说：“人民之凭借在政党，国家必有政党，一切政治始能发达，政党之性质，非常高尚，宜重党纲，宜重党德，吾人宜注重此点，以与他党争胜。……互相更迭，互相监督，而政治始有进步”。
所谓“党德”，即是孙中山在无论何时，都秉持“以仁制暴”的革命精神。他注意到，醉心暗杀之恐怖，看似反对政府，但终究会造成民间的负担和灾难。孙中山对压制人心的暴政，是永远反对的，但也是从容不迫的。他始终认为：对暗杀这个恐怖性质，充其量应“惟与革命进行事机相应，及不至摇动我根本计划者，乃可行耳。”（语见《孙中山集外集》）。然而，在辛亥革命前夜，孙中山无法完全阻拦革命党人的暗杀行动。他们往往性急如湍流。而且多如史坚如那样信奉孔子“杀身成仁”的壮举，但多半是因“反清复明”或“狙击清廷的立宪”而甘愿付出生命的义士。
中国革命党人的暗杀活动，深受俄国无政府党人的影响。主要来自巴枯宁、蒲鲁东等思想家的影响。而且，他们还熟知了列宁的哥哥亚历山大公开讲过的话：“由于人民缺乏最有限的自由，唯有恐怖行动是可行的。如果沙皇给予人民于最有限的自由，我们则愿意放弃恐怖行动。”当时，有许多俄国革命党人在1905年的革命失败之后，逃亡到日本，而逃到日本的中国革命党人，无形中得到恐怖言行的激励，他们从他们那里学到了不少从事恐怖活动的手段，特别是制造炸弹的技术。因此，革命党人在发动武装起义的同时，也组织对清官员的暗杀，并且成为一时的风气。行侠仗义的刺客行为，在中国历史上本来就受到人们的赞扬，故在孙中山的革命活动中，很难避免其他党人把暗杀作为革命手段之一，如史坚如牺牲之后，这种暗杀活动更加扩大化了，同盟会另组建的一个专门搞暗杀的部门，由方君瑛负责主持，成员有吴玉章、黄复生、俞云纪、黎仲实和曾醒等。然而，孙中山并不知情。但对汪精卫要去谋炸摄政王载沣，他虽然知情，却是奈何不了的。直到建立民国，卸任临时总统的他，还去拜看闲居的载沣，好像欲还歉疚之情似的。据溥杰自传《往事如烟》称：
1912年9月孙中山先生来北京，要见我父亲。父亲有些紧张。孙中山先生不是说过要“驱除鞑虏”吗？这“鞑虏”不是满族吗？父亲怀着忐忑不安的心情在家里接待了孙中山先生。一见面，孙中山先生就说：
“你拥护共和，这很好呀！虽然你是摄政王，但将来在中华民国五族共和的大家庭里，你还是有前途的。”
我父亲说：“我拥护民国，大势所趋，感谢民国政府对我们的照顾。”
孙中山先生赠给父亲他亲笔签名的照片。父亲非常感动。父亲想回拜孙中山先生，被袁世凯阻止了。袁世凯对父亲不放心。
孙中山是位集医生、基督、革命三者的政治家。他想做个摩西，带着人们走出专制的异族的埃及；做个基督，是因为耶稣为了反抗异族的统治，宁肯被钉在十字架上。他称：“耶稣也是革命者。”而耶稣基督的博爱——宽容你的敌人的精神，长存心中。他要打倒的是专制，而不是某一个人；因为专制才是敌人，是公敌。因此，专制是不能暗杀的，它只能被推翻。所以，他反对暗杀，阻止暗杀。台湾作家李敖在《孙中山研究》一书中，则高度赞扬了孙中山的阻止暗杀的博爱精神：
热爱自由的人、了解自由的人，必然同时是尊重别人的人。一个人的最后自由是人身的自由、存在的自由，这一点尤其该被起码的尊重。
在革命年代，革命党人为了达到革命目的，曾有暗杀之举，这本是一时的权宜。民国成立以后，当革命党人再提出暗杀的方法来的时候，孙中山立刻表示反对。他在民国八年七月一日，曾有答王鼎的信。当时王鼎认为：“救亡之策，鼎以为非组织暗杀团体不可。”可是，孙中山却把来信批给秘书说：“代答以暗杀一举，先生向不赞成。则在清朝时代，亦阻同志行此，以天下恶人杀不胜杀也。道在我有正大之主张，积极之进行，则恶人自然消灭，不待于暗杀也。”凡是读过中国历史的人，都不难看出春秋、战国、唐朝等时代的“暗杀”传统，而这种不光明的手法，传统的“中国人”固然优为之，可是西化的孙中山却不为之。
李敖所谓的传统的“中国人”，他在《容忍异己》一节中阐述：是指“对付异己的方法，总是孔夫子仗势，‘诛少正卯’的方法：或是打小报告，告御状，挑得龙颜震怒，借刀杀人。饱受西方容忍训练的孙中山，对思想与他不合的人——尤其是‘少年之辈’，不主张‘用他种手段’，而主张‘对付之法，最好与他辩论明白’。”
孙中山曾在批复中华革命党人加拿大支部部长陈树人的专函上写道：
“无政府主义之说，乃发生于最黑暗之专制国；在欧洲往日之俄国、意大利、西班牙等，其人民多受政府之暴虐无道，故忿而为此过激之论；但今各国陆续行宪政之制，而此等过激之论消灭矣。……政府为代国家执行法律，以限制恶人而保卫良善，为不可少。故无政府主义实不能行于今日，而使之亿为平和，或可为吾党之助，较胜于用暗杀手段也！”
可惜，孙中山反对暗杀的恐怖主义倾向，不为当时的无政府主义者及其革命党人所理解。他们坚决要推行激进的主张，因为无政府主义在当时被译为这样的主义：
无治主义主张无强权、无宗教、无姓氏、无民族、无婚姻、无家庭、提倡自由恋爱，主张消除一切治人的机关，政府为治人机关之首要，应在根除之列，这也是因为，强权与国家是根本违犯个人自由的意志的。
在无政府主义者眼里：“政权就是自由的魔敌”；“强权之魁首既去，即百事皆了”；“强权这样东西，任随何时何地，都有人利用他来侵占人们的生存和剥夺人们的自由，如现在的军阀官僚，我们亦依然要为他受害”。
广东香山（今中山市）人刘思复（1884—1915，又名师复），是代表国内派的典型的无政府主义者。他认为：“除了国家权力的寄生虫官僚武人政客日日把法律来颂扬外，其余四万万的国民，良心上都不敢道一个好字。”他这一派对恐怖手段十分热衷，而且专司暗杀专制头目，借此打击专制的嚣张气焰。同盟会在国内外屡遭挫折后，许多无政府主者从同盟会里分化出来了。如刘思复是同盟会第一批成员，1906年回国，次年6月，他在广州谋暗杀广东水师提督李准，因自制炸弹不慎引爆受伤，惊动警察被捕，治愈后押解原籍监禁二年。1910年春与谢伯英、高剑父等组织支那暗杀团。1911年6月19日，团员林冠慈将李准炸成重伤，9月，执行者李沛基用刘思复制造的五磅式炸弹，炸毙了前往镇压革命的广州将军凤山。武昌起义后，在广东东江一带领导民军起义，号称香军。同年冬，刘思复率军与丁湘田、郑彼岸一起北上，准备谋杀袁世凯，到得上海时，已是临时大总统的孙中山正与袁世凯共谋南北和议，并以“虚位以待”，当他知道老乡老同志的意图后，立即劝他不准再做这暗杀之事。并令其解散支那暗杀团。于是，这位虚无党党魁刘思复，“遂隐居西湖白云庵”。
这大概是孙中山成功阻止暗杀的首次。在革命年代，孙中山就已经为建立正义良善的政府而有过精密的分析。他的三民主义思想精髓为蔡元培（1868—1940。浙江绍兴人，字鹤卿，号孑民。光绪进士）所领略，他在《中华民族与中庸之道》的演说词说：
继儒家而起的，是为孙逸仙博士的三民主义。
三民主义虽多有新义，为往昔儒所未见到，但也是以中庸之道为标准。
例如，持国家主义的，往往反对大同；持世界主义的，又往往蔑视国界，这是两端的见解；而孙氏的民族主义，既谋本民族的独立，又谋各民族的平等，是为国家主义与世界主义的折中。尊民权的或不愿有强力的政府，强有力的政府又往往蹂躏民权，这又是两端的见解；而孙氏的民族主义，给人民以四权，专关于用人、制法的大计，谓之政权，给政府以五权，关于行政、立法、司法、监察、考试等庶政，谓之治权；人民有权而政府有能，是为人民与政府权能的折中。持资本主义的，不免压迫劳动；主张劳动阶级专政的，又不免虐待资本家。这又是两端的见解；而孙氏的民生主义，一方面以平均地权，节制资本，防资本家的专横；又一方面行种种社会政策，以解除劳动者的困难。要使社会上大多数的经济利益相调和，而不相冲突，这是劳资间的中庸之道。
“中庸之道”及其“标准”是什么呢？孔子说：“一张一弛，文武之道也。”蔡元培说：“一张一弛，就是中庸。儒家的开山祖师孔子曾说：‘道之不行也，贤者过之，不肖者不及也；道之不明也，知者过之，愚者不及也。’（中庸的道理在天下不能流行，我现在明白缘故了。聪明人天分高，超过中庸，所以认为不值得实行中庸；愚笨的人天分低，见识达不到中庸，所以认为不能够实行中庸）又尝说：‘过犹不及。’何等看重中庸！又说：‘质胜文则野，文胜质则史，文质彬彬，然后君子。’是求文质的中庸。又说：‘君子之干天下也，无过也，无莫也，义之与比。’又说：‘我无可无不可。’是求可否的中庸。又说：‘君子惠而不费，劳而不怨，欲而不贪，泰而不骄，威而不猛。’他的弟子说：‘孔子温而厉，威而不猛，泰而安’。这都是中庸的态度。”
从人格上来讲，孙中山也是中庸得可以。1909年，章太炎、陶成章和孙中山在政治理念上发生了严重分歧，章在报上著文恶攻中山，蔡元培对陶成章、章太炎的闹内讧，称‘尤为无理取闹’。建立民国后，孙中山致信蔡元培，提到政府用人的问题，他“认为康有为反对民国之始，终难聚合，而‘太炎君等，则不过偶于友谊小嫌，决不能而与反对民国者作比例。尊隆之道，在所必讲，弟无世俗睚眦之见也’。中山先生待人，是不设防的宽厚，他深知，如杰斐逊所说：‘管制的结果怎么样呢？把世人一半造成傻子，一半则为伪君子。’”（伍立扬：《铁血黄花》）。
蔡元培原也是无政府主义者，大力介绍俄国的虚无党事，意在鼓吹反清革命；他和陶、章都是光复会领导人，三人也是主张暗杀最得力的人。像吴樾、杨守仁都是他们的亲密朋友与战友。在光复会人中，只有蔡元培洞察、领会孙中山的知与行的三民思想。他看到过孙中山告诉黄兴警语：“若以暗杀而阻我他种运动之进行，则虽歼敌之渠，亦为不值。”这话，在蔡元培看来，也是一种中庸的素养。而这对“暗杀”的权宜，也应是孙中山“一以贯之”的准则。除非迫于形势的急需。否则，通概以武装起义最为理想选择。但鉴于失败，他与主张暗杀的革命党人渐行渐远。伍立扬说：
观察一个政治家，既要看他的既有成就，更要看其潜在的能力。中山先生确乎把理想主义及实际经验结合到最佳结构，经验与理想，互为提携、制约、补充。险阻、经纬艰难万端的时代，仿如海上风暴，每一朵浪花，也皆似有食人之感。他就要在那样的时分运作奋斗，寻求变更之道。这和徒以画饼驭人权术家有着本质区分。
1909年，孙中山离开无政府主义者成堆的日本，在美国接见了哥伦比亚大学学生顾维钧，事后，顾在回忆录中说：“我知道，他一直按照美国的模式建立共和。”
而这一年10月26日，时任朝鲜监国的日本前首相伊藤博文，竞被不愿做亡国奴的朝鲜志士安重根刺杀于哈尔滨。
这事，震惊中外，并大大地刺激了几乎所有复国志士，特别是令暗杀团的喻云纪、汪精卫等人闻鸡起舞。