1860年1月，李秀成出天京，在芜湖召集李世贤和本部诸将会议。他在会上将洪仁玕所说具体化了，说，江南精兵均集中在天京外围，饷源却在苏杭。现在天京外围长壕犬牙交错，敌军内围外御，敌帅张国梁又善战，攻打很难得逞；不如轻兵由小路直捣杭州。杭州危，苏州也必震动，江南大营害怕我军断其饷源，必定分军来援，我军乘机回击，打破大营，那末苏杭也就在我们手掌了。与会的李世贤、谭绍光、陈坤书等一致表示赞同。
会后，李秀成等引军七千由芜湖南下，猛攻宁国；江南大营不明虚实，就分兵两千来援；谁知李秀成星夜赶到广德，并将州城攻破，在派陈坤书留守后，自带谭绍光、陆顺得等一千三百名先锋，扮成清军官兵，进入浙江，由泗安、武康来到杭州城下，因前队兵卒抢夺马匹，被城军识破，未能进城。李秀成鏖兵城外，困其五门，在得悉江南大营已分军一半前来援救，在到达杭州后的第八天，即3月19日，将清波门城墙轰倒，攻破杭州外城。
3月22日，由总兵张玉良率领的二万人马赶到了杭州武林门外。李秀成得报大队清军来到，为了确证是江南大营援军，翌日，来到武林门上和来军对话，来军真的是远道来的江南大营军队，他心里真是洋洋得意。命令将在杭州新制造的旗帜遍插城垣，用以疑惑敌兵，第二天就全军悄悄地由原路撤走了。张玉良见城头旗帜飘扬，不敢进城，过了一日一夜进城时，方才知道太平军早已撤走，便忙着抢掠民间财富，也不跟踪追赶。
李秀成撤离杭州，昼夜兼程，由小路回到广德，并于4月8日，李秀成、李世贤等和来自宁国的杨辅清等在安徽建平（郎溪）会议，商定集中各路人马，合力分进歼灭江南大营的作战方案。
会议结束后，各路太平军即开始了大动作。
李世贤军先后攻占江苏溧阳、金坛、句容。直趋天京东北，攻江南大营东路；
杨辅清和定南主将黄文金等军攻占江苏高淳、溧水，直趋秣陵关、雨花台，攻江南大营南路；
右军主将刘官芳和后军主将陈坤书等部，自溧阳北上，直趋高桥门，攻江南大营北路。
李秀成自引本部人马由溧阳，句容直趋淳化镇、紫金山，和陈玉成军合力攻打江南大营孝陵卫大营；当时陈玉成和前军主将吴如孝、靖东主将刘昌林等部，已从安徽全椒南下，由西梁山陆续渡江，直趋板桥、头关，会歼江南大营。
江南大营虽然庞大，其实乃是空壳子，领兵者层层吃空额，实际兵力不过只有五万多人，此时已有两万人马为张玉良带出援杭，留守大本营已不到四万人众，而且多不能征战，将士散漫无常，久不训练，酗酒嫖妓，花天酒地：能够驰骋沙场的只有张国梁和冯子材两部。
5月2日，太平军各路人马十余万人同时出击。张国梁等分督各队抵御。
两日后，陈玉成军冒着暴风骤雨，搭造浮桥，突破天京西南长壕，随即从得胜门至江边一线，攻破营垒五十余座，各路太平军紧接向孝陵卫发起总攻击。大营统帅和春还熟睡未醒，幕僚奔进帐内，将他唤醒，告以危急情形，他仍躺在床上不肯起身，催促了几次，方才感到事局严重，穿衣上马出营逃跑。张国梁支撑不了，也跑到了镇江。
江南大营终于被摧毁了。
天京军事危机虽然暂时得到解脱，但曾国藩湘军却完全获得了抬头。咸丰皇帝听从宠臣肃顺建议，破格授予曾国藩以大权。曾国藩自1853年组建湘军出省作战以来，始终没有给他任以督抚重任，这时鉴于江南大营败亡而用之，就在大营破灭后二十天，即6月8日，被任命为署两江总督加兵部尚书衔。8月10日又实授为两江总督，并以钦差大臣督办江南军务，节制江苏、安徽、浙江三省水陆各军。
徐佩瑷用重金赎买了两名幼妓，认为己女，乔装打扮献给李秀成，李秀成果然高兴，给他以苏州长洲县管辖全权。
江南大营被打得落花流水。
李秀成、陈玉成等各路大军乘胜追赶穷寇，在江苏丹阳，张国梁慌不择路，落水身死；和春走投无路，在浒墅关自杀。江南大营终于被剃了光头，彻底完蛋了。
李秀成要开辟第三战场，还要打到上海去。
洪秀全同意了，但作了时间规定，要他必须在一个月里结束苏南战场战事，不得耽误。洪秀全虽然深居简出，不离天京，但还有巩固天京上游观点。他的战略重点也是在安庆。
陈玉成在攻打江南大营时受伤，在江苏常州稍作休养后，就渡江北去安徽，忙于对付湘军西征了。李秀成会同陈玉成留下的刘昌林、赖文光等部队，继续扩大战果，沿着大运河攻城略地。6月1日，打着“太平天国忠义宿卫军”旗号的李秀成直属部队二百七十名将士到达苏州城下，清候补道李文炳、候补知府何信义打开阊门投降，太平军不损一兵一卒，进入了苏州城。太平天国以苏州为省会，设立了苏福省，分兵占领周边各州城。李秀成沿途收编了江南大营败兵残卒五六万众，加上新招的地方民众，他的军队迅速膨胀，发展为一支拥有二三十万的大军了。
太平天国的顺利占领苏南，致使天朝上下都感到非常兴奋，认为像和春、张国梁那样强敌都能被打垮，那真是天下无敌手了。
洪秀全更是踌躇满志。就在太平军占领苏州，苏南局势大定后的半个月，他向全军全民发了一通诏旨。
诏旨是验证收复苏州的梦兆。他在诏旨里编造了一个天妈（洪秀全母）梦见东西南王三人在金龙殿上高呼万岁，说是要去攻打苏州；又安慰天妈说：伯妈宽心，带紧媳及女安福莫慌，我们去打苏州，有哥（天兄）作主。接着又说他自己今晨五更，也梦见天将天使奏报收得苏州城池地土，将一概宝物摆列在朕面前。“朕命他作多营盘，又大喊这天将日：天下无弃土，普天之下通是爷哥朕土，通要收复取回。天将奏日：遵旨”。（《收得城池地土梦兆诏》）
洪秀全说梦后，自我感觉良好，还要史官把它原原本本地记录在案，让后世代代都知道。他说梦说天说幽灵，却全不顾万千将士在前线的浴血战斗，仍以为它才是天国精神支柱，传播真理、维持天国统治的最佳手段哩。他的说梦说天，玩弄乾坤，其实是鬼话连篇，当时的太平将士并非都不清楚，但也只能对它逢场作戏而已。
攻取苏州，洪秀全天王府获得了李秀成专使递解前来的银洋、金珠、参茸、燕窝、珊瑚、玉笔各珍，洪秀全眉飞色舞，高兴极了，用幼主洪天贵福名义下诏嘉奖李秀成：
爷生秀叔扶朕躬，开疆裕国建奇功。
叔善感化洋人顺，又善筹谋库帑充；
富庶之区首苏福，陪辅京都军用丰。
叔筹交库首顾国，功尚（上）加功忠更忠。
（《幼主谕忠王诏》）。
俚句读了真有点肉麻，但总算也提及到军事统帅李秀成的功绩。
李秀成为巩固苏州地区，他执行了八字方针：安定人心，发展生产。
苏州地区逐步稳定，农业生产有发展，商业也欣欣向荣，呈显一副繁荣景象。但潜伏的各种危机正在加速逼来。很多人开始堕落了。
原因仍出在太平天国将士，特别是高级将领。
相传苏州有个太平天国高级将领对部属说：南征北战这么多地方，到这里才尝到享乐滋味。我们如不好好地玩乐一场，那真是空活在世上一场了。
李秀成到苏州后，就被糖衣炮弹打中了，他经不起纸醉金迷的花天花地生活，处处要显示阔气的宏伟排场。
太平天国诸王和高级将领都很讲究自己的官衙住宅。李秀成原在天京明瓦廊有王府，后在附近又新筑王府。王府是炫耀权力很显明的象征。他在占领苏州后第三个月，就动用了几千名工匠，改装、扩充旧拙政园为奢华绮丽的忠王府，造了三年，直到苏州城沦陷了，还没有完全竣工。它的规模巨大，连李鸿章都称它是“琼楼玉宇，曲栏洞房，真如神仙窟宅”。
李秀成也爱钱财，喜欢阿谀奉承。
太平天国晚期名义上仍是奉行取诸圣库的供给制，所有官员都没有薪俸，这样为他们搜括钱财和建立私衙的小金库带来了方便和借口。李秀成的钱财，部分是从清朝衙门银库转移，或是下级献呈，也有是以巧立各项名目掠夺来的。如他每年要做寿，每次生日做寿，在他管辖的苏州和杭嘉湖等地区，乡乡镇镇都得按亩摊派寿礼费，街坊商店也得按店面分送银钱。上梁不正下梁歪，他的部属也相互攀比，以送礼珍贵为荣，而且愈演愈烈。送礼者往往敲锣打鼓，炫蟥于道，抬着放置礼物的桌子前往，礼物有人参、燕窝，也有金银财宝，甚至还送女人，“一物一桌，甚至献使女于王宫，亦缚如牛羊以进”。（《磷血丛抄》）上行下效，听王陈炳文每次做寿向城乡摊派钱物还不满足，竞以王娘（妻子）生日勒索摊派。1862年仅嘉兴王店镇就勒交贺礼三千两。
李秀成耳朵软，也喜欢听好话。
永昌劣绅徐佩瑗是清朝候补官员，江苏巡抚薛焕门生，曾兴办团练，纠结枪船，对抗太平军；当太平军进入苏州后，就乔装打扮，竟也蓄发披巾，向太平天国效忠；因为善于拍马奉迎，被李秀成看中，任忠殿前检点，旋封为抚天侯。他嫌小，向李秀成送上白银六万两，由此讨得欢心，给封抚天豫。徐佩瑗身着黄马褂，门前飘扬的是写有太平天国名号的青龙旗，俨若是一方王侯，但忽而他又嫌不足了，于是用几百两银子从妓院赎买了两名幼妓，认为己女，乔装打扮献给李秀成；李秀成果然高兴，给他以苏州长洲县管辖全权，全县各级乡官都由他调遣、任免。徐佩瑗得益匪浅，他得凭权力搜集、接收全县抄家后集中于库房的几千幅名家古书画，偷偷地运送到上海存放，还巧立名目，向民间搜括钱财，仅按亩收敛的税捐就捞到了三十万两银子。
徐佩瑗丢把米骗只鸡，且以阿谀奉承，成为李秀成跟前的红人，后来他和上海薛焕阴谋勾结企图叛乱被暴露，方才关进牢狱，在苏州危急时，谭绍光亲手用洋枪把他打死。
戴着枷锁跳舞。进入苏州的李秀成及其多数高级部属，就是这样消磨斗志和活力的，因而当李鸿章淮军和“常胜军”有组织地反攻时，就难以抵挡。很快就失败了。
停舶黄浦江上的英国兵船用三角法测得李秀成黄轿所在位置，准确的火炮射击，致使他的脸部中弹受伤。
上海是江苏松江府所属的一个县。
太平天国多次进攻上海，仅李秀成就三次亲临前线。进攻上海的目的是要有个出海口，购买火轮二十个装备水师，掌握长江制水权，也是为控制、争夺天京上游的战略需要准备的。
李秀成在攻占苏州后几天，部将陆顺得带领一千人东进上海：陆顺得军一路顺风，连占昆山、太仓、嘉定、青浦和松江。当时上海清军不多，且有余义正等二千余广勇准备内应。太平军胜利在望，陆顺得出松江赴上海，仅留下了一百多名牌尾守城。
就在他出城几十里，松江失陷了。
早在太平军未到苏州时，上海官绅出资武装了一支外国雇佣军，它就是美国人华尔的洋枪队。刚开始洋枪队全是外国人，头扎绿巾，着淡绿色的短衫紧身窄裤，在领襟两面各绣一块红布以为标记。他们驻扎在松江广富林，在侦悉松江留守人员疏于防备，甚至白天还敞开城门任人自由进出，就雇用了几艘小火轮，装载将士埋伏在城墙附近小河边，乘着不备，就轻易地袭取了松江府城。清上海当局即犒赏了三万两银子。更有甚者，是江苏巡抚从松江送缴查获的太平军遗留文书档案里，发现了余义正内应的绝密报告，立即清查、镇压，断了太平军内线。
陆顺得孤军深入，在上海西南七宝就被团练打败，因松江已陷，退驻嘉定南翔、黄渡。
华尔洋枪队攻陷松江后，联合清军李恒嵩向青浦进犯。
李秀成从苏州率军赶来援救，击毙洋枪队成员三分之一和清军五六百人，华尔身中五枪，差点毙命，缴获洋枪二千多支，大炮十余尊，立解青浦之围。
一个星期后，李秀成军再次重创洋枪队。洋枪队不敢再战，撤回松江广富林休整。
李秀成以为上海垂手可得，仅带领亲兵三千前往。
他在初占苏州时，曾极其友好地款待前来探访的英法传教士，这些民间使者其实是上海殖民当局的密探，是来摸太平天国政治态度和军事动向的。李秀成误会了。以为他们信仰基督教，是与太平天国共同礼拜天父上帝天兄耶稣的。这次上海之行，他就是抱着与“洋兄弟”磋商亲善，是“洋兄弟”接应进入上海的。李秀成在上海似乎没有伏线，他不知道内应的广勇已被屠杀，更不清楚，外国殖民当局已从租界出兵，登上了上海城楼，架起了火炮枕戈以待。
8月18日清晨，当李秀成兴高采烈在徐家汇天主教堂做完弥撒后，就冒着狂风暴雨，向上海县城进发。临近西门和南门，见到城楼上米字英国旗和三色法国旗招展时，还以为是在迎接呢！不料迎来的是密集如雨点般的枪弹，太平军毫无戒备，损失很大。停舶黄浦江上的英国兵船还用三角法测得李秀成黄轿所在位置，准确的火炮射击，致使他的脸部中弹片受了轻伤，以致有段时期连喉咙发音也受到影响。
李秀成不知所措，没有反击，就撤出战场；但薛焕为冒功受奖，向皇帝扯了一个弥天大谎，说是太平军围攻了上海四门连续长达七日七夜，炮火连天，弹片遍地。他也是在四门督战，七日七夜没有睡觉。
几天后，李秀成虚插旗帜，扎草为人，撤出徐家汇，回军苏州。
他开始认识外国殖民者的嘴脸，通过战争实践，也逐步懂得要改造军器，使用洋人的枪炮。此后李秀成的部队也不断强化武装，建立自己的兵工厂，礼遇来投的洋兵洋将。英国人吟唎就是这时来到苏州投效的。
吟唎是军官，懂得铸造炮弹、制造信线和炮位瞄准的全过程，后来还带炮队随征，为李秀成训练洋炮干部，一度曾在天京教练将士炮术和操练一种中西混合的阵法。据他自称，还参加守卫天京炮台，接受了相当于“上校”军衔的太平天国官阶。吟喇长期跟随李秀成，对李秀成很是敬仰，他在天京时候似乎没有见过洪秀全，因而描绘的晚年天王的全身立像：瘦弱，蓄须，乃是凭传说和想像的写真，与通常记述的洪秀全身材高大、魁梧，不蓄须不全相同，佐证在他后来写的文学色彩特浓且带有传奇味的《太平天国革命亲历记》就没有记录会晤洪秀全，或被洪秀全委任做什么官。洪秀全后期确实有个传教士在天京做官，他就是当年洪秀全在广州教堂学《圣经》的罗孝全；罗孝全被封为通事官领袖接天义，通事官领袖用现在意思解释，就是首席翻译。