张居正逝世后的第四天，御史雷士帧等七名言官弹劾潘晟。潘晟是张居正生前所推荐的官员，他的下台，标志着暴风骤雨的到来。不久，皇帝下了一道诏书称，过去丈量全国的土地，出现过许多不法行为，主要是各地强迫田主多报耕地，或者虚增面积，或者竟把房屋、坟地也列入耕地，两地方官则以此争功。鉴于弊端如此严重，那一次丈量不能作为实事求是的税收依据。年轻的皇帝认为，由于自己敏锐的洞察力而实施了一大仁政，给了天下苍生以苏息的机会。他没有想到，这道诏书虽然没有提到张居正的名字，但一经颁布天下，过去按照张居正的指示而严格办理丈量的地方官，已被指斥为佞臣；没有彻底执行丈量的地方官，却被田主颂扬为真正的民之父母。风往哪边吹，树朝哪边倒，反张的运动由此揭开了序幕。
反张运动的范围和力度越来越大，参与的人深知政治形势已经大不相同，管他张居正是谁，管他以前对自己有多少恩宠，跟着大势走就万事大吉。他们揭发事实，制造舆论，污蔑丑化张居正。言官把矛头指向张居正，神宗于是下令抄家，并削尽其宫秩，迫夺生前所赐玺书、四代诰命，以罪状示天下，还差点刻棺戮尸。他的家属饿死的饿死，自杀的自杀，流放的流放，逃亡的逃亡，一代能相之家落得如此可悲的下场。
到1582年年底，张居正去世仅仅半年，他已经被盖棺论定，罪状有欺君毒民、接受贿赂、卖官囹爵、任用私人、放纵奴仆、凌辱绍绅等，也就是结党营私，妄图把持朝廷大权，居心叵测。人亡而政息，居正在位时所用一批官员有的削职，有的弃市。而朝廷所施之政，也一一恢复以前弊端丛生的旧观，朝堂上却没有人敢为居正说句公道话。
为国家操劳一生，鞠躬尽瘁，得来的却是家破人亡的惨剧，一个对国家有卓越贡献的大臣却是如此下场，说起来让人寒心。寒心不只是就事情本身，更是对皇权无情的感叹。封建王朝的皇权无所谓恩情，它太现实了，只有对臣子有限的需要，你完成了该完成的未必是好，只要触及了皇权的毫毛，功劳再大也敌不过他的轻轻一击。
直到天启二年（公元1622年），明熹宗为激励臣下，才想起昔日的大功臣张居正，予以复官复荫，但一切都晚了，无济于事。所谓“面劳瘁于国事，人亡而政息”，就这么回事。
可怜生前身后名，对于张居正，有人骂，有人捧，但时间总能让历史恢复原貌，彰显公正的一面。正如朱东润所说：“‘誉之者或过其实，毁之者或失其真’，是一句切实的批评。最善意的评论，比居正为伊周。最恶意的评论，比居正为温莽。
有的推为圣人，有的甚至斥为禽兽。其实居正即非伊周，亦非温莽；他固然不是禽兽，但是他也并不志在圣人。”正是：生前功名身后事，是非任由后人评。
名家回眸
明朝着名清廉之吏海瑞曾这样评价张居正，“工于谋国，拙于谋身”。
朱东润曾说：“‘誉之者或过其实，毁之者或失其真’，是一句切实的批评。最善意的评论，比居正为伊周。最恶意的评论，比居正为温莽。有的推为圣人，有的甚至斥为禽兽。其实居正即非伊周，亦非温莽；他固然不是禽兽，但是他也并不志在圣人。”
没有胜利者的“国本之争”
万历十年（1582年）八月十一日，紫禁城内响起出生婴儿的啼哭声，不受皇帝宠爱的宫女王氏为20岁的神宗生下了第一个儿子。尽管神宗对孩子的母亲毫无爱情可言，但是初为人父的神宗仍然为长子的出生而十分高兴，神宗为孩子取名为常洛，大赦天下，并且向周边的藩属国颁布了措辞华丽的《皇长子出生诏》。太子在当时别称“国本”，按当时明廷制度，皇长子一般立为太子。在那个炎热的夏天，举国上下都为大明江山后继有人而欢欣不已。谁也不曾想到，这个名叫“朱常洛”
的孩子在接下来的30余年间，会成为万历朝君臣“国本之争”的主人公。
万历十四年（1526年），也就是常洛5岁的时候，皇妃郑氏生下了皇三子朱常洵，神宗随即加封郑氏为皇贵妃，并对三皇子表现出超乎寻常的喜爱之情。这引起了大臣们的不安，唯恐皇上存了废长立幼的心思。于是首辅申时行给神宗上疏说，大臣、百姓都希望皇上举行册立太子大典。神宗回复说：“婴儿弱少，候二三年举行。”但是神宗所说的这“二三年”竟然被拖了10余年之久。
从万历十四年开始，大臣们连篇累牍地要求神宗早日册立太子，常洛一天天长大，大臣们的要求也随着变化，从最开始要求皇长子早日出阁接受教育，到要求神宗为皇长子举行冠礼，再到要求神宗为常洛早日操办婚礼，这其间还连带着要求神宗提高常洛生母王氏的地位等。大臣们的目的其实只有一个，那就是希望神宗早定“国本”。
面对大臣们无休止的上疏，神宗采取了拖延战术，以各种理由推迟册立太子的日期。在此期间，有好几位官员因为跟皇帝说“国本”的事情而被降职、罚工资，甚至说话激烈的几个人还为此挨了板子。当时的内阁首辅王家屏认为神宗对上述那些官员处罚过重，封还御批，劝谏神宗收回成命，神宗不听劝告，王家屏一气之下辞官回家。
在万历朝“国本之争”的过程中，神宗成了名副其实的孤家寡人，如果有哪位大臣表现出一点支持神宗的态度，就会被同僚痛骂。首辅申时行在争“国本”
的问题上态度不够积极，而被认为是两面派，最终只好辞职以平息舆论。万历二十一年（1593年），首辅王锡爵赞成神宗搞“三王并封”，就是把皇长子、皇三子和万历十九年（1591年）出生的皇五子同时封为藩王。这在大臣们看来是实质上降低了皇长子的地位，于是举朝反对，王锡爵迫于压力，也不再支持神宗，最后“三王并封”的提议不了了之。
万历二十九年（1601年），朱常洛终于被册封为太子，几个弟弟也被同时封王。太子朱常洛最终被册立为皇太子，皇祖母李太后的态度非常关键。史书记载，李太后曾经问神宗：“外朝诸臣多说该早定长哥，如何打发他？”神宗回答说：
“他是都人（指身份卑贱的宫女）的儿子。”李太后登时大怒，指责神宗说：“你也是都人的儿子！”神宗因此大受震动，不久之后即册立常洛为皇太子。
但是此后太子位置仍然不稳，三弟福王迟迟不离开京师，朱常洛胆战心惊，却又无可奈何。朱常洛的长子出生的时候，他都不敢向父皇报告喜讯。后来“梃击案”的发生，就反映了当时太子的艰难处境。
梃击案发生于万历四十三年（1615年），当时有一男子张差，手持木棍闯进朱常洛居住的慈庆宫，击伤守门太监。太子内侍在殿前逮捕张差。御史刘廷元审讯张差时，张差语言颠三倒四，常提到“吃斋讨封”等语。刑部官员王之案认为事有蹊跷，觉得张差决不像疯癫之人，用饭菜引诱他：“实招与饭，不招当饥死。”张差低头，又说：“不敢说。”王之案命众人回避，亲自审问。结果张差供出是郑贵妃手下太监庞保、刘成指使他到慈庆宫行刺常洛，于是一时舆论都指向郑贵妃，认为她想要谋害太子。郑贵妃惶惶不可终日，向皇上哭诉，神宗要她去向太子表明心迹。结果在神宗的调停下，朱常洛不愿深究此事，最后梃击案以疯癫奸徒罪将张差处以凌迟而了结。
名家回眸
朱东润曾这样说：“国本之争”在万历朝折腾了二三十年，神宗最终没能按照自己的心愿册立皇三子为太子，从这一点说，大臣们获得了最终的胜利。但是，当时的君臣关系与国家政事都不免因为“国本之争”而受到负面的影响。从这一点说，“国本之争”又没有真正的胜利者。
明之亡，实亡于神宗
万历怠荒
明朝国力的衰退始于正德时期，至嘉靖时期进一步加剧。隆庆和万历初期，因能臣执政，厉行革新，政治上一时颇有起色，国力也有所增强。张居正死后，因明神宗长期怠荒，朝政不举，国力进一步衰退。
万历十年（1582年），明神宗亲政以后，一度颇思振作，不仅勤于政事，且还比较重视生产，关心民事；对臣下的批评也能在一定程度上接受。然而好景不长，自万历十四年以后，他便以种种借口拒不视朝，开始了长期怠政。
万历十四年（1586年）九月，明神宗以生病为由，连日免朝。他在给内阁谕旨中称：“我早晨上朝，本来已起来，可一时头晕眼黑，浑身乏力，已经下谕暂免朝讲数日，静养服药。今年冬至祭祀太庙，特派徐文壁代替。”十月，礼部主事卢洪春上疏对神宗长期不视朝提出疑问，被责以悖妄，廷杖六十贬为民。直至十一月十三日，神宗才出宫，在天坛祭祀天地，回来后在皇极殿接受百官朝贺。但可惜的是这只是昙花一现，此后，明神宗便一发不可收拾，怠政现象日甚一日。
首先是停止经筵日讲。自万历十四年九月以后，明神宗便一直对经筵日讲不感兴趣：“每遇讲期多传免。”万历十六年（1588年）闰六月，神宗以肝火旺盛，头眩目烦为由传谕内阁罢经筵日讲，为免朝臣责难，他称：“奏进讲章，可不拘日期，每日写进，以备温览，待秋凉朕疾稍愈，仍赴讲筵。”首辅申时行为迎合神宗意旨，同意了这种以进讲章代替君臣当面讲习的办法。从此以后形成惯例，经筵被正式废止。
其次为不见大臣。万历十四年九月以后，神宗常借口有病，不愿上朝视事。万历十六年闰六月，御史潘士藻即上疏指责神宗不亲近大臣，“召对之典久旷”。万历十七年元旦，因发生日食，免朝。从此，每年元旦神宗都不再视朝了。三月，免升授官面谢，从此视朝覃加稀少。四月，大学士王家屏被复召入阁，三个月未能见上神宗一面。万历十八年，王家屏抱怨：“统计臣一岁间，仅两觐天颜而已。”大抵自万历二十年（1592年）以后，明神宗即一直晏处深宫，不再上朝。
再次为章奏留中不发。所谓留中，是指对臣下奏疏不进行批答，留在宫中不发。奏疏留中引起关注始于万历十五年。这年十月，内阁曾奏请神宗：“将御前见在章奏，即赐裁发。”之后至万历十七年，留中现象已十分严重。上奏之疏，十留六七。同年年底，大理评事雒于仁上酒色财气四箴，批评明神宗嗜酒、恋色、贪财、尚气。疏入，神宗大怒，于万历十八年元月召见首辅申时行，声言将重惩雒于仁。申时行请勿下其章，而劝雒于仁自己辞职。从此，章奏留中遂成为惯例。章奏批答是明朝皇帝处理政务最主要的方式，明神宗将奏疏大量留中，则朝廷事务很多都得不到及时处理。万历三十七年，大学士叶向高曾为此慨叹：
“一事之请，难于拔山。一疏之行，旷然经岁。”
明神宗不仅自己不理朝政，而且对朝廷内外缺官亦不补。万历二十四年（1596年）七月，吏部尚书孙丕扬以廷推（朝臣推举内阁大学士、六部长官和地方督抚制度）、行取（选拔地方推官、知县到朝中任科道官制度）、年例（给事中、御史等官改任他职制度）停止数月，奏请神宗将近日推补官员章疏简发，有不合适的指出来，他们好别推酌补。疏入不报。史载，万历二十四年，吏、户、礼、兵、刑、工六科中“止有掌科一人，署印五人”，而十三道监察御史中竟然“无一人主印”。对此。明神宗不仅无动于衷，而且故意放纵，说：“帝自以海宇承平。官不必备，有意减损。”故而，缺官问题不仅没得到解决，而且日趋严重，导致政府机构几乎瘫痪。
据《明神宗实录》记载，万历二十九年（1601年）四月，全国布政司和提刑按察司缺员70余人，知府缺22人，加上“迁转未到”及“奉差未还”者，全国在职官员和缺官正好各半。万历三十一年（1603年）六月，两京部院大臣缺20余人，各省直司道府等官缺90多人。万历三十七年（1609年）二月，吏、礼二部无人管事，尚书、侍郎均无；兵部有尚书一人，但养病不出。“户、刑、工三部及都察院堂上官，俱以人言注籍，通政、大理亦无官……九卿俱旷。”万历四十一年（1613年）十一月，两京尚书缺5人，左右侍郎缺9人，都御史缺2人，副佥都御史缺2人，仓场、戎政及卿寺京堂缺官10余人，总督巡抚缺4人。“一时公卿大夫，比于晨星。”至神宗去世时，阁臣只有一人，刑、工、礼三部均由他官兼掌。“职业尽弛，上下解体。”
因缺官严重，为处理有关政务，常由他官兼理，但效果并不理想。御史王以时曾指出：“布政司、提刑按察司等官职掌，各有不同，每遇缺员，则其长官必择近便者一人，使之摄理，职钱谷而摄军屯，职兵戎而摄盐马。长期任职尚未必能熟悉，一朝一夕怎么可能旁通？”因此，导致“舞文者乘此弄其机械，玩法者借以恣其侵渔”。公文往来，诉讼断案，近数十里，远者数百里，乃至千余里，道路奔波，既耗费时日，又开支浩大，导致老百姓有的卖儿卖女而事尚未完，有的死于沟洫而冤无处可诉。很明显，兼理方式误事病民，得不偿失。