吴起威镇河西，使韩人、秦人不敢东向，边境的安全为国内推行李悝的变法，为改革的顺利进行创造了条件。在魏文侯支持下，李悝主张政治上废止世袭贵族的特权，提出“食有劳而禄有功，使有能而赏必行，罚必当”的名言。他将无功而食禄的贵族称为“****”，要“夺****之禄以来四方之士”；经济上，尽力统一分配农民耕地，督促农民勤于耕作，增加生产；军事上，吴起推行征兵制，练就一支精锐的军队。他强调兵不在多而在“治”，还首创考选士卒之法：凡是能身着全副甲胄，执12石之弩，背负矢50个，荷戈带剑，携三日口粮，在半日内跑完百里者，即可入选为“武卒”，一旦选为“武卒”，就免除其全家的徭赋和田宅租税，并对“武卒”严格训练，使之成为魏国的精锐之师。经过严格训练，其“武卒”能全副武装，带三天的粮食“日中而趋百里”（《荀子·议兵》）。吴起治军主张严刑明赏，认为若法令不明，赏罚不信，虽有百万之军亦无益，曾斩一未奉令即进击敌军的士以明法。据郭沫若的看法，吴起对魏国兵制的建立亦有举足轻重的贡献，同时郭沫若还认为“武卒制”是“征兵制”的开始。
由于有吴起在边境上的保卫，魏国才能推行这些改革，才能使魏国一步一步地走向繁荣，日渐强盛。
当时，吴起任西河太守时威信很高，魏选相时，许多部将力推吴起，可是结果魏王却任命田文（魏贵戚重臣）为相。吴起对田文说：“请先生与我比一比功劳可以吗？”田文说：“可以。”吴起说：“统领三军，使士卒乐于为国牺牲，敌国不敢窥测，先生与吴起谁行？”田文说：“吾不如先生。”吴起说：“治理百官，亲附人民，使财力充裕，先生与吴起谁行？”田文说：“吾不如先生。”吴起说：“镇守西河，使秦国不敢向东窥测，赵人和韩人听从，先生与吴起谁行？”田文说：“吾不如先生。”吴起说：“至此三项，先生都比不上我，却身居上位，为何？”田文说：“国君年少，国人心中疑惑，大臣没有亲附，百姓还不信赖，此时，是由汝来任相，还是由吾来任相？”吴起说：“应该由先生你来任相。”田文说：“这就是吾之位高于你的原因。”吴起于是自愧不如田文。
四、公叔算计，无奈奔楚
魏文侯去世，其子武侯即位，此时的吴起以威镇西河数十年，压得强秦不敢丝毫动弹而名震诸国。
《战国策·卷二十二》中记载：武侯与诸位大臣曾一起乘船顺西河而下，船到中游，武侯回首望着吴起说：“山河之险要，此魏国之珍宝也！”吴起对他说：“山河的坚固在于一国之君的仁德，而不在于山之险要。过去三苗氏左有洞庭湖，右有彭蠡湖，但却因为不仁义，而被禹所灭。夏桀所居之地，左边有黄河、济水，右边有泰山、华山，南边有伊阙山，北边有羊肠阪，也因治国不讲仁德，而被商汤放逐。殷纣统治之国，左有孟门山，右有太行山，北面有常山，南面是黄河，但因为治国不讲仁德，而为周武王所杀。从以上历史看来，国家的稳固靠的是仁德治国而不是山河本身之险。假如陛下您不修仁德，即使是您身边的人也会成为你的敌人。”武侯对吴起的话十分赞成，于是，越发倚重吴起。
和鲁国的那些诸臣、将军一样，魏国的大臣也十分嫉妒这个臭名昭著但极有才华的吴起。魏国宰相田文死后，公叔继任宰相之职。公叔是魏王的驸马，一直嫉妒吴起的才能，想离间吴起与魏武侯的关系。谁知武侯却对吴起青睐有加，居然有意将自己的女儿嫁给吴起。
公叔自己也是驸马爷，但是他的才能与吴起相比简直是天壤之别。假如吴起也做了驸马，只怕自己的相位难保。既然魏武侯早就听说过吴起母亡不孝、被恩师驱逐、杀妻求将的故事还有心嫁女于他，只怕武侯也不在乎别人挑吴起人品的刺。
公叔苦无良策，恰巧有一天，他的一个仆人闻知主人的烦恼后，献计说：“很容易把吴起从魏国赶出去！”公叔说：“该如何？”仆人说：“吴起为人有节操，廉洁而不拘小节，主人可以先向武侯进谏：‘吴起是个贤明有才能的人，而魏国属于小国，又和强秦接壤，据本相看，恐怕吴起不会长期留在魏国为武侯效命。’武侯必然要问：‘那怎么办呢？’主人可以趁机对武侯说：‘君侯可以把一位公主许配给吴起，如果他有意留在魏国就必定会欣然接受，如果不愿意留在魏国就必然辞谢。以此之法就可以探测他的真实想法了。’”
当晚公叔便在自家设宴请吴起到自己府上做客。吴起深感宰相器重，高兴之余，却愕然地发现堂堂一国之尊的宰相居然恭恭敬敬地站在一旁，不住手地端酒上菜，亲自服侍公主夫人。散席后公叔拉着吴起入内室，一边流着眼泪，一边向吴起大吐苦水，极言公主的刁钻野蛮、驸马生涯的辛酸苦辣。吴起感慨公叔的悲惨，只能好言相慰。
第二天，魏武侯问吴起是否有意迎娶公主，吴起想，做驸马的确可以一步登天，深得魏王信任，并且还有望登上相位。但转念想到做驸马竟是如此辱人，于是，他婉言谢绝了武侯的好意。魏武侯心想宰相所说不假，吴起恃才自傲，肯定不能久留我国。倘若吴起能够灵活多变，先屈居驸马之位，等待日后当上宰相再图改革、变法，壮大魏国，如不逞一时之快，而能够实现自己的远大抱负，岂不美哉？
善于察言观色的吴起知道自己驳了公主的面子，伤了王家的威严，得罪了魏王，只得顺着黄河南下再次出逃。在黄河之上，年近半百的吴起看见河西千亩良田，高高的城墙，城墙上高高飘扬的军旗，一向心狠手辣的吴起第一次洒下热泪，到底这是他为之热血奋斗数十年的土地啊！自己一离开，河西之地只怕很快就要易主了。这就是历史上著名的“吴子之泣西河”的典故。吴起并没有料错，数年之后，秦国果然轻松地攻取了这块河西之地。
公叔担心吴起成为驸马之后，觊觎他的相位，相比吴起不服田文居上位，而与田文理论来讲，吴起坦坦荡荡，直面询问田文，要求田文与自己比较功劳；而公叔却设计陷害吴起，可见，吴起绝不是小人之辈，相比公叔的小人行径，叫尽显“君子坦荡荡”。
五、变法强楚，征战诸国
吴起奔楚之时，已过了不惑之年。经历了几十年的沙场风霜、政坛冷暖、沉沉浮浮，他极想过归隐的安定日子。于是，他在楚境安顿了下来。
春秋时期，楚国实力比较强大，楚庄王时曾雄霸中原。可是到了战国初期，贵族专权，政治腐败，楚国逐渐由强变弱，国势日下，在与各诸侯的征战中屡战屡败。
楚悼王继承王位后，昭、景、屈三大奴隶主把持着朝政，旧贵族势力十分强大，这些旧贵族为了维持自己的权势，把楚国搞得贫困凋敝，民不聊生，军队日渐衰弱，因无力抵抗邻国入侵，而丧失大片国土。
楚悼王为了改变这种内外交困的困境，三番五次拜访隐居楚国的吴起，请他出山辅佐自己。吴起被楚王的求贤若渴所感动，遂来到楚王的王宫，楚悼王喜出望外，大摆宴席为吴起接风。席间悼王请教吴起：“君以为楚为何如此贫弱？”吴起回答道：“楚之所以贫弱，是由子楚之贵戚居多，势大，他们上威逼君主，下凌虐民众，致使楚贫弱不堪”。悼王又问：“君以为何？”吴起认为要改变楚国的现状，必须“明法审令，捐不急之官，废公族疏远者，以抚养战斗之士”。
楚悼王在吴起的倡议下决定变法，但是吴起的变法遭到奴隶主贵族的反对。楚三大奴隶主之一的屈宜臼直接向吴起挑战：“汝之变法，变故易常，不守祖之法制，阴谋逆德，好用凶器，意图亡楚。”说吴起是楚国的“祸根”。吴起痛斥了屈宜臼的无耻之言：“唯有楚强，方争霸四方；唯有变法，国方强盛；因循守旧，亡国之危；欲阻止变法者，意欲国之亡，居心何在？”
屈宜臼不甘失败，继续在暗中策划阴谋，散布反对变法的言论，纠合其他奴隶主，叫嚣着要把吴起赶出楚国，甚至还带领奴隶主贵族闯入王宫威逼楚王杀了吴起，以铲除楚国之“祸根”。
吴起在楚悼王的支持下采取了断然的行动，用武力镇压了旧贵族势力的反抗，取得了变法的第一次胜利。接着，吴起辅佐楚悼王进行政治、经济和军事等方面的变法：
第一，吴起主张“明法审令”，废除“世卿世禄”的世袭制度。为了加强王朝的中央集权统治，他起草了一套政治法令并昭告天下，让贵族和平民百姓都知晓楚国大法，尔后在楚王的大力支持下强制推行。
吴起首先改革了楚国的世袭制、分封制，规定凡是世袭爵号三代者，一律收回封爵，取消俸禄，废除其公族和世袭的特权。同时，驱逐那些不服从楚王管辖，称王称霸，虐待平民百姓的“宗室大臣”，把他们迁往地广人稀的边远地方，责令他们开垦荒地。
第二，实行精简统治机构，整理财政。他下令把没有能力和一些无关紧要的官吏一概裁减，设置精明强干的机构，任用贤德有才能的人来充任朝廷及地方的各级官吏。同时，禁止官员无故迁徙平民百姓，以稳定从事农业生产的劳动。奖励“耕战之士”，以利于楚国经济的发展和繁荣，以此增加财政收入。