司马迁既是一位史学家，也是一位文学家。文学家的创作都是带有感情的，没有感情成不了文学；史学家呢？则应尽可能地平和公正，感情色彩越少越好，但要史学家完全排除个人感情因素，事实上也很难做到。熟悉司马迁的人都知道，他的思想渗透着道（道家）儒（儒家）的光芒，他对法家则很反感，他一生中遭受的摧残（曾受宫刑），也不可能让他对鼓吹以刑慑民的商鞅心怀好感。
司马迁说商鞅是“少恩”之人，“少恩”究竟是什么意思？“恩”的意思，其一是德惠，其二是****。所谓“少恩”，意思是说商鞅冷漠刻薄，缺乏人情味；也可以说是指商鞅只刑行法，不顾人情，一切以法律为依据，没有回旋的余地。所谓“少恩”，反映了商鞅为人残暴的一面，当然这是非常令人仇视的。但是全面地、客观地看待商鞅，可以说“刻薄”、“少恩”这样的评价，是适用于指他执法不偏，毫不讲个人感情。可以说“少恩”，揭示了商鞅为人品格的两面性。
史料记载，商鞅是一个认法不认人的人。在他心目中，也许只有秦孝公可以作为实施法治的例外，其他人一律必须按法律办事，毫无特殊性可言。
司马迁举了这样几个例子来说明商鞅的“少恩”：
其一，商鞅见孝公时，有意以试探的口气来谈帝王之术，自然可以称之为“少恩”。
其二，商鞅是通过孝公近臣景监这种不正当的关系才得以接近孝公的，这也可说明商鞅为达到目的可以不择手段。
其三，商鞅铁石心肠，一点也不知道人情世故。对公子虔的用刑坚决、果断，丝毫不顾人情；赵良对他的劝阻，商鞅毫不所动，一点也不知道回心转意。
当然，从现实来看，是司马迁并不真正懂得法家的特点。如果商鞅连这些都不做或做不到的话，他还能算得上是一个纯粹的法家吗？而且法家搞的是政治。在法家看来，政治是不讲感情的，政治注重的是目标，政治需要决断。
商鞅头一次见孝公，他并不十分了解孝公的意图，只能以话试探着前行。
通过孝公近臣的这层关系去见孝公，不这样做恐怕商鞅不知要等到猴年马月才能见到孝公。当时，商鞅人生地不熟，千里迢迢来到秦国，如果不尽快设法见孝公，求得任用，恐怕最后连吃饭、睡觉都会成问题。
严厉惩戒公子虔，为的就是打击反对派的嚣张势力，不那样做，变法肯定无法顺利实行。
总之，司马迁恐怕并不真正懂得法家的思想，法家的思想家和实践家，特别对像商鞅这样真正的法家是理解和欣赏的，他们追求的只是目标的实现，至于用何种手段、怎样实现，对他们来说并不重要。
十三、商鞅的历史地位和影响
在经历了“礼崩乐坏”、旧制度衰朽、新制度萌生的春秋时期以后，“诸侯力政，争相兼并”的战国形势迫使各诸侯国进一步实行改革、变法，因为只有这样才能在兼并战中取得胜利。春秋时期的几百个诸侯国到战国时只剩下十几个较大的诸侯国，可见当时的竞争之惨烈。先改革者先受益，改革得越彻底的受益越多，也越容易取得最终的胜利。魏国是战国时期最先实行改革的国家，因而它也理所当然地成为当时的首强之国。商鞅充分吸取了魏国的改革经验，在秦孝公的大力支持下，先后实行了两次变法，其改革的深度和广度是其他诸侯国所不能比拟的。商鞅变法顺应了历史发展的潮流，在秦国建立了一套新的政治制度和经济制度，从而收到了“富国强兵”的效果，秦国也得以称雄。
秦国六世君主依靠商鞅的这套制度最终横扫六国，统一了中国。虽然秦王朝二世而亡，但“秦法”、“秦制”、“秦政”等基本内容仍被中国历代王朝所沿用。清末的谭嗣同曾指出：“二千年来之政，秦政也。”从制度改革这方面分析，商鞅无疑是历史上“成大功”的“好汉”。当然，商鞅变法由于历史的局限性，也有很多弊端，尤其是文化建设这方面，商鞅有着重大的缺陷。他看到了历史发展的阶段性，却忽视了文化沿革的继承性；他抓住了“富国强兵”的关键，却以狭隘的“实用”标准排斥一切“不可以强兵辟土”的文化；他急于实现武力兼并六国的目标，却没有为统一帝国的“长治久安”做必要的文化准备。
历史上不少人对商鞅的历史地位和影响做出过评价，战国时期的人物中，韩非对商鞅留下了较多的评论。
在《韩非子》一书中，有多处论及商鞅及其变法，韩非对商鞅在秦国的变法持肯定、欣赏的态度。《韩非子》说“秦行商君法而富强”，秦国通过商鞅变法“是以国治而兵强，地广而主尊”。
韩非还记述了商鞅推行新法的一些情况。他说，商鞅最早推行新法时，秦民还很不习惯，并且抱着侥幸心理，对于犯法可能带来的后果没有引起重视，结果，凡是犯法的人一定会受到严厉的惩处，而告发者也一定会得到奖赏。韩非子认为，有赏有罚是商鞅在秦国成功的重要原因。
当然，韩非对商鞅变法的不足之处也有所批评。批评之一，是说商鞅“无术以知奸”，结果是富强的秦国给了其大臣专权的方便和条件。事实上，这种状况是在商鞅死后，秦国才出现的新问题，不能算是商鞅的过失。
批评之二，韩非说商鞅新法有一些偏失，比如把斩首立军功来作为加官晋爵的依据，这就好像下一道命令：“如今只有斩首立军功者才可以为医生、为工匠。”结果怎么样呢？房子盖不成，病也治不好，这是因为做工匠需要手巧，做医生需要懂得配药，而这些并不是杀敌立战功的人就能胜任的。当然，这是韩非打的一个比方，他从而得出结论说：“当官是要用智能的，而斩首是凭勇气的，让杀敌的勇士去做需要智能的官吏，就好比让他们去做医生、工匠一样。”韩非的这个批评是有道理的。
著名的思想家、政论家贾谊在他的《过秦论》中，也表达了他对秦孝公和商鞅的看法，总的来说是持比较平和的首肯态度。他说：“秦孝公据有崤山和函谷关的地形之险，秦国又有广大的土地，君臣固守着基地，窥视着周王室，拥有统一中国的愿望，而这时商君辅佐他，在秦国确立了法度，百姓努力从事耕织，军队积极备战，对外通过连横政策而与各诸侯国一争短长。这样做，秦人最后攻取了西河外的地区。”
自汉武帝实行“罢黜百家，独尊儒术”后，两千余年间，在正统的中国封建思想中，儒家思想基本上是占统治地位的，法家退隐二线，历代统治者都是“霸、王道杂用”，亦儒亦法，刑德并重。由于秦税太重，秦政过严，法家也因而不那么光彩。法家的治国理论，讳言的人多，而敢于提倡的人很少，对商鞅这样一个和秦朝统治有着密切联系的人物来说，自然也笼罩着一层阴影。
历代儒生谈起商鞅，大都是胸怀仇视的，北宋大文学家苏轼可以说是一个代表。苏轼对司马迁为商鞅立传很不理解，他对司马迁给予商鞅的评价也非常不满意，认为司马迁评论商鞅有功劳是一大罪过。苏轼认为，自汉以来，学者们都耻于谈商鞅，可是有的君主还是对他很感兴趣，这就是司马迁的罪过。苏轼还认为，秦国的富强主要是秦孝公的英明领导。秦孝公是一位“有志之君”，即便没有商鞅，秦国也一定会富强起来，秦国的强大是孝公的“务本立穑之效果”，而不是商鞅实行变法、实施残暴统治的功劳。他得出的结论是：用商鞅那一套，最终是要破国亡宗的，有的君王之所以还没有醒悟，是因为觉得商鞅那一套说法动听，使君王忘记了会造成的深重祸难。
苏轼的评论把商鞅完全否定了，这样太片面。秦国富强的原因是多方面的，作为杰出的历史人物，商鞅和秦孝公都起了很大的作用，虽然秦国没有商鞅也可能会走上强国之路，但可以预见的是绝对不会这么快。商鞅主持变法的功绩不能被抹杀，孝公是一位“有志之君”这是事实，但他在变法过程中是依靠商鞅的，他没有商鞅那样丰富的知识，而且他是一国国君，不可能事必身躬，总得有人辅助他，为他操持国政。
进入近代后，史学界有了全新的面貌，史学观点也有了比较大的突破，对两千多年的帝制，富于民主主义的史学家进行了全面的批判。作为秦朝开始的****主义统治的始作俑者，持续两千多年的****制度都是由商鞅最初设计和推行的，毫无疑问，商鞅也在冲击之列。因此，在对历史进行清算时，自然要联系到他。在对历史进行清算中也有另一方面。批判****主义的利锋同时也指向了儒家，而儒家又是反对商鞅的，所以，人们在批儒、批孔的同时，又产生了重新看待商鞅思想的动机。起码人们不再像历史上的某些腐儒那样，不加分析、不看历史条件，甚至可能仅凭个人感情、个人好恶就把商鞅骂得万恶不赦了，这使得对商鞅的历史地位、影响有了新的评价。
20世纪初，梁启超所编《中国六大政治家》一书，就把商鞅作为重要的历史人物包括在内（麦超华作《商君评传》）。把商鞅作为中国历史上的六大政治家之一，这绝对是一个全新的评价，麦超华甚至把商鞅视为“法学之巨子，政治家之雄才”，评价之高，前所未有。
从20世纪20年代开始，一部分中国史学家根据马克思主义关于社会发展分期的理论，依照西方历史的分期模式，把中国在公元1840年以前的历史也划分为原始社会、奴隶社会、封建社会这样几个阶段。当时，以郭沫若为代表的一部分史学家，一致认定商鞅变法是属于从中国奴隶社会过渡到封建社会的这个时限中。这样，商鞅变法就被看做是中国历史上一个具有重大革命意义的事件，正是由于商鞅的变法才促使中国社会由已经腐朽、落后的奴隶制生产方式和社会制度，转变为相对先进的封建主义的生产方式和社会制度。
这样一来，商鞅又被推崇成为卓越的革命者了。
经过几次反复，人民终于清醒地认识到，商鞅毋庸置疑是历史上的一个杰出人物，他在当时的历史条件下，做出了顺应历史发展的事情，他的变法让中国历史的发展产生了重大而深远的影响。